CN101115846A - 与感染相关的哺乳动物基因 - Google Patents
与感染相关的哺乳动物基因 Download PDFInfo
- Publication number
- CN101115846A CN101115846A CNA2005800449607A CN200580044960A CN101115846A CN 101115846 A CN101115846 A CN 101115846A CN A2005800449607 A CNA2005800449607 A CN A2005800449607A CN 200580044960 A CN200580044960 A CN 200580044960A CN 101115846 A CN101115846 A CN 101115846A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- gene
- cell
- infection
- sequence
- virus
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
- C12Q1/18—Testing for antimicrobial activity of a material
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/04—Antibacterial agents
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/10—Antimycotics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/502—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing non-proliferative effects
- G01N33/5023—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing non-proliferative effects on expression patterns
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
- A01K2217/00—Genetically modified animals
- A01K2217/07—Animals genetically altered by homologous recombination
- A01K2217/075—Animals genetically altered by homologous recombination inducing loss of function, i.e. knock out
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
- A01K2267/00—Animals characterised by purpose
- A01K2267/02—Animal zootechnically ameliorated
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Hematology (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Oncology (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Abstract
本发明涉及与与感染相关的或以其它方式与病原体的生命周期相关的核酸序列以及由这些序列编码的细胞蛋白质。本发明还涉及与感染相关的或以其它方式与病原体的生命周期相关的核酸序列的调节剂以及由这些序列编码的细胞蛋白质的调节剂。
Description
本申请要求以2004年10月27日提交的流水号为60/622,486美国临时申请作为优先权基础,其全部内容通过援引纳入本文。
致谢
本发明是在政府支持下利用了公共健康服务基金R01CA68283完成的。政府对本发明享有一定的权利。
技术领域
本发明涉及与感染相关的或以其它方式与一种或多种病原体例如病毒、细菌、真菌或寄生物的生命周期相关的核酸序列以及由这些序列编码的细胞蛋白质。本发明还涉及与感染相关的或以其它方式与病原体的生命周期相关的核酸序列以及由这些序列编码的细胞蛋白质的调节剂。
背景技术
病毒感染的常规治疗方法包括使用针对特定病毒来源的蛋白质例如HIV蛋白酶、反转录酶或重组(克隆)的免疫调节物(来自宿主)例如干扰素的药物。但是,现有方法存在一些局限和缺点,其中包括病毒的高突变率使抗病毒药物制剂失效。对于免疫调节物,效果有限、限制性的副作用、缺乏特异性均使得这些药剂的广泛应用受到局限。同时,采用现有抗病毒药物和免疫调节物的成功率也不尽如人意。
本发明着眼于这样一些基因,它们是病毒复制所必需的基因,但在它们的一个或一对等位基因被破坏时对细胞存活并不产生致命的影响。其发生可伴随剂量效应,其中将一个等位基因敲除可赋予细胞病毒抗性表型。作为干预疗法的靶标,对这些细胞基因产物的抑制不太可能有很严重的毒副作用,所述细胞基因产物包括蛋白质、部分蛋白质(包括但不限于糖基化、脂质修饰物[十四烷基化等]的修饰酶)、脂质、转录元件和RNA调节分子,并且病毒突变也不太可能克服“阻断”而成功复制。
通过处理病毒生长所必需的细胞基因,本发明相对于先前尝试的针对病毒感染的干预疗法有明显的改进。因此,通过提供抑制病毒感染所必需的细胞基因从而处理病毒的方法,本发明还提供了一种新的干预病毒感染的治疗方法。对这些细胞基因的抑制还可用于治疗其它病原体例如细菌、真菌和寄生物所致的感染。由于这些基因对细胞存活是非必需的,因此,这些治疗方法可用于受试者,且不会对受试者造成在使用先前方法时发现的那些严重的有害作用。
发明内容
本发明提供了与感染相关的或以其它方式与一种或多种病原体例如病毒、细菌、真菌或寄生物的生命周期相关的核酸序列以及由这些序列编码的细胞蛋白质。本发明还提供了鉴定一种调节剂的方法,所述调节剂为与感染相关的或以其它方式与病原体的生命周期相关的核酸序列的调节剂以及由这些序列编码的细胞蛋白质的调节剂。还提供了与感染相关或以其它方式与病原体的生命周期相关的核酸序列的调节剂以及由这些序列编码的细胞蛋白质的调节剂。
附图说明
图1显示对1型呼肠孤病毒感染有抗性的克隆RIE-1细胞的表型特性的表征。(A)如前人所述[3]针对呼肠孤病毒抗原对细胞进行染色。如免疫组织化学检测所得,只有PI细胞含有呼肠孤病毒抗原(黑孔)。上方孔为来自针对呼肠孤病毒抗性所筛选的两组RIE-1突变型细胞系的克隆突变型RIE-1细胞。下方孔,PI RIE-1(左)以及未感染的野生型RIE-1(右)。(B)将在1ml完全培养基中给养的呼肠孤病毒易感L细胞单层用来检测在由突变型细胞(上方两孔)、PI RIE-1细胞(左下孔)或未感染亲代RIE-1细胞(右下孔)获得的100μl裂解物中是否存在病毒。请注意,仅有暴露于PI RIE-1细胞的裂解物中的L细胞单层在暴露一周内裂解(龙胆紫染色)。
图2显示RIE-1突变型细胞抗呼肠孤病毒所致溶解性感染。各列包括未筛选的RIE-1细胞文库、RIE-140℃和代表性抗呼肠孤病毒的突变型细胞克隆。制备了一系列二倍稀释的呼肠孤病毒,最高滴度在最上行,MOI=1×104。在感染后3至7天的突变细胞中观察到对1型呼肠孤病毒感染的抗性。标注为“C”的最下行的细胞为未经感染的细胞,用作细胞成活力和增殖的对照。感染后4天用龙胆紫对细胞染色。澄清的孔表明病毒感染之后细胞死亡。
图3表示呼肠孤病毒的生命周期模型以及基于本申请中通过插入诱变识别的细胞基因的功能所提出的检查点。病毒生命周期开始于(顶部,顺时针方向)病毒与细胞表面受体结合并被胞吞进入早期内体。然后这些内体与膜联蛋白-II(Anax2)结合[85]并与含有新合成的、来自高尔基体的溶酶体酶的膜联蛋白-II-相关囊泡融合[86],它随后再与溶酶体融合。空泡H+-ATP酶将溶酶体酸化,使得酸依赖性蛋白酶能够消化病毒颗粒的外层衣壳并将其激活[87]。然后这些被激活的颗粒穿过溶酶体膜并开始mRNA的转录。当囊泡携带其新合成的物质穿过高尔基体叠层时,高尔基体蛋白gm130(Golga2)被认为可介导囊泡停靠[88,89]。N-乙酰葡糖氨基转移酶I(Mgat I)可启动细胞表面蛋白质(例如受体)的糖基化,并可能通过亲缘识别在帮助维持溶酶体酶的正确分类中起重要作用[90-94]。Igf2r使得与来自高尔基体的溶酶体结合的酶来回穿梭[95]并将组织蛋白酶转移至溶酶体。Igf2过表达可改变igf2r结合物质向溶酶体的送递(Sheng I,Organ EL,Hao C,Wells,KS,Ruley HE,RubinDH.2004.Mutations in the IGF-II pathway that confer resistanceto lytic reovirus infect ion.BMC Cell Biology,5:32(27 August2004))。钙周期蛋白和α-原肌球蛋白彼此特异性结合,并且已知钙周期蛋白可结合Anxa2[16,20]。因此,它们可能参与内体融合。Eif3s10特异性结合病毒信息来开始进行其优势翻译。DnaJa1蛋白有助于具有伴侣功能的病毒蛋白的正确折叠[96]。但是,DnaJal蛋白和Eif3分别可在病毒运输或细胞凋亡中起其它作用。最终,在形成新的病毒体的结晶样阵列、出现细胞溶解并且病毒被释放时完成形态发生。由突变基因编码的很多细胞蛋白质对内体运输或溶酶体融合有着直接或间接作用,因此可在早期分解或将具有转录活性病毒体送递至合适细胞位置的过程中发挥作用。
具体实施方式
通过参照下面对本发明优选的实施方案以及本文中的实施例所进行的详细描述,可更容易地理解本发明。
在公开和描述本发明的化合物、组合物、物品、设备和/或方法前,应该理解的是,本发明并不限于特定的核酸、特定的多肽,或者具体的方法,因为它们理所当然地可有所改变。还应该理解的是,本文所使用的术语仅仅是为了描述具体的实施方案,无意于限定。
除非上下文另外明确指明,说明书和随后的权利要求书中所使用的单数形式“一种”、“一个”和“该”包括复数指代形式。除非上下文另外明确指明,术语“或者”指所述备选元素中的单个元素或者两个或多个元素的组合。本文所使用的“包括”意思是“包含”。因此,“包括A或B”意思是“包含A、B或A和B”,且不排除其它元素。
范围在本文中表示为从“约”一个具体数值,和/或到“约”另一具体数值。这样表示范围时,另一实施方案则包括从一个具体数值和/或到另一具体数值。同样,当通过在前面使用“约”将数值表示为近似数时,应理解的是具体数值形成了另一实施方案。还应理解的是,每个范围的端点在与另一端点相关时以及独立于另一端点时都是有意义的。
“任选的”或“任选地”意味着随后描述的事件或情况可能出现,也可能不出现,并且意味着该描述包括所述事件或情况出现的情形以及不出现的情形。例如,短语“任选在处理前获得”意味着可在处理前、也可处理后获得,或者根本不处理即获得。
全文所使用的“受试者”意味着个体。优选地,所述受试者为哺乳动物例如灵长类,更优选为人类。术语“受试者”包括驯养动物例如猫、狗等,家畜(例如牛、马、猪、绵羊、山羊等),实验动物(例如小鼠、兔、大鼠、沙土鼠、豚鼠等)以及禽类(例如鸡、火鸡、鸭、雉、家鸽、野鸽、鹦鹉、凤头鹦鹉、鹅等)。本发明的受试者还可包括但不限于鱼类、两栖类和爬行类。
本发明提供了几种细胞基因,它们是病毒在细胞中生长所必需的,但并不是细胞存活所必需的。本文所使用的“细胞存活非必需的”细胞基因意味着这样一种基因,它的一个或一对等位基因被破坏后细胞还可存活至少一段时间,而这种破坏使得细胞中的病毒复制被减少或抑制。这种减少可用于预防或治疗用途或者用于研究。“病毒生长必需的”基因意味着该基因的基因产物,不管是蛋白质还是RNA,无论分泌与否,均以某种直接或间接方式成为病毒生长所必需的,因此,该基因产物(即功能上可用的基因产物)不存在时,至少一些含有病毒的细胞会死亡。全文所使用的“基因产物”为基因表达所得到的RNA或蛋白质。
与病毒感染相关的这些细胞基因或宿主核酸序列可使用基因捕获方法鉴定。这些基因捕获方法在实施例以及美国专利6,448,000和6,777,177中得到阐述。美国专利6,448,000和6,777,177均通过援引全文纳入本文。例如,本文所阐述的宿主核酸序列可通过鉴定细胞中病毒生长所必需的、而细胞存活非必需的细胞基因的方法得到鉴定,所述方法包括:(a)将编码缺乏功能性启动子的选择性标记基因的载体转入细胞培养物中,(b)筛选出表达标记基因的细胞,(c)用病毒感染细胞培养物,以及(d)从存活细胞中分离其中插入了标记基因的细胞基因,由此鉴定细胞中病毒生长所必需的、而细胞存活非必需的基因。宿主核酸序列还可通过鉴定细胞中病毒生长所必需的、而细胞存活非必需的细胞基因的方法得到鉴定,所述方法包括(a)将编码缺乏功能性启动子的选择性标记基因的载体转入在含血清培养基中的细胞培养物中,(b)筛选出表达标记基因的细胞,(c)将血清从培养基中除去,(d)用病毒感染细胞培养物,以及(e)从存活细胞中分离其中插入了标记基因的细胞基因,由此鉴定细胞中病毒生长所必需的、而细胞存活非必需的基因。
对这些宿主序列及其编码的蛋白质进行鉴定,可鉴定出可被靶向而用于调节(例如减少基因表达和/或减小基因产物的活性,或者增加基因表达和/或增大基因产物的活性)和/或治疗性干预的序列。
表1给出了与病毒感染相关的或以其它方式与病毒的生命周期相关的宿主核酸序列。例如,这些核酸及其编码的蛋白质可参与到病毒生命周期的全部阶段,包括但不限于病毒附着至细胞受体、病毒感染、病毒进入、内化、病毒分解、病毒复制、病毒序列的基因组整合、mRNA的翻译、病毒颗粒的组装、细胞裂解以及病毒脱离细胞。
本文所使用的基因是在调节序列如启动子或操纵基因等的操控下编码多肽的核酸序列。该基因的编码序列为在合适调节序列的操控下转录并翻译成为多肽(体内、体外或原位)的部分。编码序列的边界可通过5’(氨基)端的起始密码子和3’(羧基)端的终止密码子确定。若欲使该编码序列在真核细胞中表达,则可在编码序列的3’加上多腺苷酸化信号和转录终止序列。
转录和翻译控制序列包括但不限于提供的用于表达编码序列(例如在宿主细胞中表达)的DNA调节序列,例如启动子、增强子和终止子。多腺苷酸化信号是示例性真核生物控制序列。启动子是能结合RNA聚合酶并能启动下游(3’方向)编码序列转录的调节区域。另外,基因可包括在分泌于或表达于细胞表面的蛋白质的编码序列起始处的信号序列。该序列可编码信号肽(在成熟多肽的N端),它可指导宿主细胞转移多肽。
表1(第2列)还提供了由表1所列基因编码的蛋白质。在几种情况下,用于捕获基因的基因捕获载体破坏了两个基因,其中一个基因的破坏是由于载体占据了转录(transcribe off)了负链的基因中的位置。这种事件的一个实例是相同载体对编码aprataxin的基因和编码DnaJ(Hsp40)同系物亚家族A成员1的基因的破坏。
表1还提供了所述基因在大鼠和人基因组(分别为第3列和第4列)染色体上的位置。因此,本发明鉴定了与病毒感染相关的基因的基因组基因座。通过鉴定基因及其在基因组中的位置,本发明提供了作为治疗例如抗病毒治疗、抗细菌治疗、抗真菌治疗和抗寄生物治疗等等的靶标的基因及其产物。
表1还提供了大鼠mRNA序列的GeneBank编号(第5列)、人mRNA序列的GeneBank编号(第6列)以及人蛋白质序列的GeneBank编号(第7列)。本文提及的以GeneBank编号提供的核酸序列和蛋白质序列全部通过援引纳入本文。本领域的技术人员应知晓本文所述以GeneBank编号提供的核苷酸序列可容易从美国国立医学图书馆的国立生物技术信息中心(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=nucleotide)获得。同样,本文所述蛋白质序列可容易从美国国立医学图书馆的国立生物技术信息中心
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=protein)获得。本文提及的以GeneBank编号提供的核酸序列和蛋白质序列可通过援引将其全部内容纳入本文。
表1还提供了插入基因捕获载体后获得的大鼠基因部分序列的GeneBank编号(第9列)。简而言之,通过形成基因捕获文库可以分离这些基因,基因捕获文库可通过以下方法形成:用反转录病毒基因捕获载体感染细胞,然后选出其中发生基因捕获事件的细胞(即其中插入了载体,藉此插入没有启动子的标记基因,由此细胞启动子启动标记基因的转录,即插入至功能基因)。然后,使用特异性针对反转录病毒基因捕获载体的探针可将其中插入反转录病毒基因捕获载体的基因从集落中分离。因此,通过这种方法分离得到的核酸为分离的基因部分。然后,通过序列比较和其它生物信息学方法,将这些部分用于识别每个基因的完整序列。
还提供了大鼠基因和人基因(分别为第10列和第11列)的Entrez基因编号。以表1所列Entrez基因编号提供的信息也通过援引将其全部内容纳入本文。本领域的技术人员可容易地从美国国立医学图书馆的国立生物技术信息中心
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene)获得该信息。通过进入Entfez基因系统,本领域的技术人员可容易获得表1所列每个基因的其它信息,例如基因的基因组位置、基因编码蛋白质的性质概述、基因的同系物信息以及多个参比序列例如每种基因的基因组序列、mRNA序列和蛋白质序列等。因此,除了表1中以GeneBank编号所列出的序列外,本领域的技术人员还可容易通过获取以Entrez基因编号提供的每种基因的其它信息来获得其它序列例如基因组序列、mRNA序列和蛋白质序列。因此,可以从本文所阐述的Entrez基因编号容易地获得的所有信息也通过援引将其全部内容纳入本文。
表2提供了根据基因在细胞中的作用对表1所述多种基因的分类。调节序列(如转录因子)的几个实例提供于表2(例如Brd2、Brd3、Ctcf、E2f2、Gtf2el、Hnrpl、Hoxcl3、Hpl-bp74、Id3、Znf207和Zfp7)。因此,这些转录因子可控制多基因途径。在某些情况下,转录因子的破坏对病毒生长有着直接影响。其它一些情况下,转录因子的破坏可通过影响受其调控的一种或多种基因的转录或翻译来影响病毒生长。因此,本发明还提供了受控于表1和表2所述转录因子的基因以作为治疗例如抗病毒治疗、抗细菌治疗、抗寄生物治疗和抗真菌治疗的靶标。表2还提供了参与其它途径例如膜泡运输、遍在蛋白化、细胞凋亡、代谢等的基因的实例。因此,本申请还提供了这些途径中的其它基因作为治疗性干预(治疗方法)的靶标,所述其它基因在表2所述这些途径的基因上游或下游。例如,产生与遍在蛋白化途径中的上游或下游Ubel C相互作用的基因产物的基因被认为是针对细胞内病原体的治疗靶标。例如,它可为调控Ubelc表达的或与Ubelc结合的另一种蛋白质的表达的转录因子。这些实例仅为示例性的,因为这可应用至本文所述全部基因以及这些基因所参与的细胞途径。
提及表1中的一种或多种基因时,所述基因包括可起表1所列基因或核酸作用的来自任何生物的任何基因、核酸、cDNA或RNA。提及表1中的一种或多种蛋白质时,所述蛋白质包括可起表1所列蛋白质作用的来自任何生物的任何蛋白质或其片段。例如,术语ANXA1(膜联蛋白1)包括可起ANXA1基因或ANXA1核酸作用的来自任何生物的任何ANXA1基因、核酸、cDNA或RNA。术语ANXA1还包括可起ANXA1蛋白质作用的来自任何生物的任何蛋白质。
本文所使用的术语“核酸”指单链或多链分子,它可为DNA或RNA或其任意组合,包括这些核酸的修饰物在内。核酸可代表编码链或其互补链,或其任意组合。核酸序列可与本文所讨论的任何部分的天然存在序列相同,或者包含编码与存在于天然存在序列中的相同氨基酸的备选密码子。还可对这些核酸的典型结构进行修饰。所述修饰包括但不限于核酸甲基化,用硫(产生硫代磷酸脱氧核苷酸)、硒(产生硒代磷酸脱氧核苷酸(phosphorselenoate deoxynucleotide))或甲基(产生膦酸甲酯脱氧核苷酸)取代磷酸盐残基的非桥连氧,AT富含区域的AT含量减少,或者表达系统利用非偏好密码子的用法替换为表达系统利用偏好密码子的用法。核酸可直接克隆至合适的载体内,或者如若需要,可对核酸进行修饰以促进随后的克隆步骤。这种修饰步骤是常规的,其中的一个实例是将含有限制酶切位点的寡核苷酸接头加至核酸末端。常规方法叙述于Sambrook et a1.(2001)Molecular Cloning-A Laboratory Manua1(3rd ed.)Vol.1-3,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold SpringHarbor Press,NY,(Sambrook)。
只要获得核酸序列,则可通过本领域所熟知的技术在任何特定氨基酸位置修饰或改变编码特定氨基酸的序列。例如,可设计PCR引物,该引物跨越一个或多个氨基酸位置并且可将任一氨基酸置换为另一氨基酸。或者,本领域的技术人员可通过点突变技术在具体核酸序列的任何位点引入特定突变。常规方法叙述于Smith,M.″In vitro mutagenesis″Ann.Rev.Gen.,19:423-462(1985)和Zoller,MJ.″New molecularbiology methods for protein engineering″Curr.Opin.Struct.Biol.,1:605-610(1991),这两篇文献就其方法全文纳入本文。这些技术可用来在不改变其编码的氨基酸序列的前提下改变编码序列。
本文考虑到的序列包括保留了具有起与病毒感染相关的细胞核酸或蛋白质作用的能力的全长野生型(或天然)序列以及等位基因变体、变体、片段、同系物或融合序列。在某些实例中,蛋白或核酸序列与表1所述天然序列具有至少70%的序列同一性,例如具有至少75%、80%、85%、90%、95%或98%的序列同一性。在其它一些实施例中,与病毒感染相关的核酸序列具有可与表1所述序列杂交并保持表1所述序列的活性的序列。例如,本发明考虑到了与表1所述ANXA1核酸序列(例如GeneBank编号为NM_000700的核酸序列)杂交并编码保留ANXA1活性的蛋白质的核酸。这类序列包括表1所述基因的基因组序列。上述ANXA1的实例仅为示例性的,而不应将这些实例限定为ANXA1,因为这些实例可应用至表1所列每种核酸和蛋白质。
除非另外指明,任何提及的核酸分子包括核酸的反向互补分子。除本文要求为单链的(例如ssRNA分子)情况以外,仅书写表示为单链的任何核酸包括相应双链核酸的两条链。例如,表示的dsDNA的正链还包括该dsDNA的互补负链。另外,所提及的编码特定蛋白质或其片段的核酸分子包括有义链及其反向互补链。还考虑了表1以及整个说明书中所述的核酸片段。这些片段可用作引物和探针来扩增或检测表1所述任何核酸或基因。
产生具体严格程度的杂交条件可根据杂交方法的性质以及杂交核酸序列的组成和长度有所变化。一般而言,杂交温度以及杂交缓冲液的离子强度(如Na+浓度)将决定杂交的严格性。关于获得具体严格程度的杂交条件的计算方法叙述于Sambrook et al,(1989)Molecular Cloning,second edition,Cold Spring Harbor Laboratory,Plainview,NY(第9和11章)。下面为一系列示例性而非限制性的杂交条件:
极高严格度(检测具有90%同一性的序列)
杂交:5x SSC,65℃,16小时
洗涤两次:2x SSC,室温(RT),每次15分钟
洗涤两次:0.5x SSC,65℃,每次20分钟
高严格度(检测具有80%或更高同一性的序列)
杂交:5x-6x SSC,65℃-70℃,16-20小时
洗涤两次:2x SSC,RT,每次5-20分钟
洗涤两次:Ix SSC,55℃-70℃,每次30分钟
低严格度(检测同一性高于50%的序列)
杂交:6x SSC,RT至55℃,16-20小时
洗涤至少两次:2x-3x SSC,RT至55℃,每次20-30分钟。
还提供了一种载体,它包含本发明的核酸。该载体可指导本文所描述的任何蛋白质或多肽在体内或体外的合成。考虑了该载体具有指导和调节插入核酸转录的必需功能元件。这些功能元件包括但不限于启动子、启动子上游或下游区域如可调节启动子转录活性的增强子、复制起点、有助于克隆与启动子相邻的插入物的合适限制性酶切位点、用来筛选含有载体的细胞或含有插入物的载体的抗生素抗性基因或其它标记、RNA剪接点、转录终止区域或可用来帮助插入基因或杂合基因表达的任何其它区域。(通常参见Sambrook et al.)。载体例如可为质粒。载体可含有具有潮霉素抗性、氨苄青霉素抗性、艮他霉素抗性、新霉素抗性的基因或其它适合用作筛选标记的基因或表型,或者具有甲氨蝶呤抗性用以基因扩增的基因或表型。
本领域普通技术人员已知有很多其它大肠埃希杆菌(Escherichiacoli)表达载体可用于表达核酸插入物。其它适用的微生物宿主包括芽胞杆菌例如枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)以及其它肠杆菌科例如沙门氏菌种、沙雷氏菌种以及各种假单胞菌种。也可制备这些原核宿主中的表达载体,这些载体通常含有与宿主细胞相容的表达调控序列(如复制起点)。另外,可存在任何数目的多种熟知启动子,例如乳糖启动子系统、色氨酸(Trp)启动子系统、β-内酰胺酶启动子系统或来自λ噬菌体的启动子系统。启动子通常可控制表达,任选与操纵基因序列一起控制表达,并且具有核糖体结合位点序列,用来例如启动和完成转录和翻译。如若必要,可通过在5’端插入Met密码子并使其与下游核酸序列插入物共同构成一个框架来提供氨基末端甲硫氨酸。另外,可使用标准寡核苷酸突变法除去核酸插入物的羧基末端延伸部分。此外,还可制备核酸修饰物来提高氨基末端的同质性。
另外可采用酵母表达。本发明提供了编码本发明多肽的核酸,其中核酸可由酵母细胞表达。更具体而言,核酸可由毕赤酵母(Pichiapastoris)或酿酒酵母(S.cerevisiae)表达。包括例如酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)和毕赤酵母在内的酵母表达系统有几点优点。首先,有证据表明由酵母分泌系统产生的蛋白质可呈现正确的二硫键配对。其次,使用酵母表达系统可进行高效大规模生产。酿酒酵母前体α交配因子原前导区(pre-pro-alpha mating factor leader region,由MFα-1基因编码)可用来指导从酵母中分泌蛋白质(Brake,et al.)。前体α交配因子原的前导区具有信号肽和前区段(pro-segment),所述前区段包括由KEX2基因编码的酵母蛋白酶的识别序列,该酵母蛋白酶可在Lys-Arg二肽切割信号序列的羧基端切割前体蛋白质。核酸编码序列可与前体α交配因子原前导区融合成同一框架。该构建体受控于较强的转录启动子,例如醇脱氢酶I启动子、醇氧化酶I启动子、糖酵解启动子或半乳糖利用途径的启动子。核酸编码序列之后是翻译终止密码子,翻译终止密码子之后是转录终止信号。或者,核酸编码序列可融合至另一蛋白质编码序列例如Sj26或β-半乳糖苷酶,用于帮助通过亲和色谱法对融合蛋白进行纯化。用来分离融合蛋白组分的蛋白酶切割位点的插入可应用到用于在酵母中表达的构建体。在杆状病毒系统中还可实现重组蛋白质的高效表达和翻译后糖基化。
哺乳动物细胞可使得蛋白质在有利于重要的翻译后修饰的环境中表达,所述重要的翻译后修饰例如为折叠和半胱氨酸配对、复杂碳水化合物结构的引入以及活性蛋白质的分泌。用于在哺乳动物细胞中表达活性蛋白质的载体的特征在于:在较强的病毒启动子和多腺苷酸化信号之间插入了蛋白质编码序列。载体可含有具有潮霉素抗性、艮他霉素或G418抗性的基因或其它适合用作筛选标记的基因或表型,或者具有甲氨蝶呤抗性用以基因扩增的基因或表型。可使用甲氨喋呤抗性编码载体将嵌合蛋白质编码序列引入中国仓鼠卵巢(CHO)细胞系,或者使用合适的选择标记将其引入其它细胞系。转化细胞中是否存在载体DNA可通过Southern印迹分析进行确证。对应插入物编码序列的RNA的产生可通过Northern印迹分析进行确证。本领域中已经开发了很多能分泌完整人蛋白质的其它合适的宿主细胞系,这些宿主细胞系包括CHO细胞系、Hela细胞、骨髓瘤细胞系、Jurkat细胞等。这些细胞的表达载体可包括表达调控序列如复制起点、启动子、增强子等,以及必需的信息加工位点如核糖体结合位点、RNA剪接位点、多腺苷酸化位点等,以及转录终止子序列。优选的表达调控序列为来源于免疫球蛋白基因、SV40、腺病毒、牛乳头状瘤病毒等的启动子。
本文所述表达载体还包括受控于诱导型启动子如四环素诱导型启动子或糖皮质激素诱导型启动子等的本发明核酸。本发明的核酸还可受控于组织特异性启动子,以促进核酸在特定细胞、组织或器官中表达。还考虑了任何可调节的启动子如金属硫蛋白启动子、热休克启动子和其它可调节的启动子,其中很多实例为本领域熟知。另外,还使用了Cre-loxP诱导性系统以及F1p重组酶诱导性启动子系统,两者均为本领域已知。
还可使用在哺乳动物细胞中表达基因或核酸的其它载体,它们与所开发的用于表达人γ干扰素、组织纤维蛋白溶酶原激活剂、凝固因子VIII、乙型肝炎病毒表面抗原、蛋白酶Nexinl和嗜酸性粒细胞主要碱性蛋白的载体相似。另外,载体可包括可用于在哺乳动物细胞(如COS-7)中表达插入核酸的CMV启动子序列和多腺苷酸化信号。
昆虫细胞也可表达哺乳动物蛋白质。用杆状病毒载体在昆虫细胞中产生的重组蛋白质会经历翻译后修饰,该修饰与野生型蛋白质的修饰相似。简而言之,用于在昆虫细胞中表达活性蛋白质的杆状病毒载体的特征在于:在多角体蛋白(主要包含体蛋白(occlusion protein))编码基因的苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒(Autographica californicanuclear polyhedrosis virus,AcNPV)启动子下游插入了蛋白质编码序列。用病毒和质粒DNA的混合物转染培养后的昆虫细胞例如草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)细胞系,然后将病毒子代涂板。多角体蛋白基因的缺失或插入失活可导致产生包含体阴性病毒,该病毒形成的噬斑显著不同于野生型包含体阳性病毒所形成的噬斑。这些特征性噬斑形态学使得可对重组病毒进行目测筛选,在所述重组病毒中,AcNPV基因已由所选择的杂合基因所替换。
本发明还提供了含有所考虑的核酸的载体,所述载体在适于表达该核酸的宿主中。宿主细胞可为原核细胞,包括例如细菌细胞。更具体而言,细菌细胞可为大肠埃希氏菌细胞。或者,细胞可为真核细胞,包括例如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞、COS-7细胞、HELA细胞、禽类细胞、骨髓瘤细胞、毕赤酵母细胞或昆虫细胞。例如使用甲氨喋呤抗性编码载体,可以将本文所述任何多肽的编码序列引入中国仓鼠卵巢(CHO)细胞系,或者使用合适的筛选标记将其引入其它细胞系。转化细胞中是否存在载体DNA可通过Southern印迹分析进行确证。对应插入物编码序列的RNA的产生可通过Northern印迹分析进行确证。已经开发了很多其它合适的宿主细胞系,这些宿主细胞系包括骨髓瘤细胞系、成纤维细胞系和多种肿瘤细胞系例如黑素瘤细胞系。用于这些细胞的表达载体可包含表达调控序列例如复制起点、启动子、增强子,以及必需的信息加工位点如核糖体结合位点、RNA剪接位点、多腺苷酸化位点,以及转录终止序列。优选的表达调控序列为来源于免疫球蛋白基因、SV40、腺病毒、牛乳头状瘤病毒等的启动子。含有目的核酸区段的载体可通过已知方法转入宿主细胞,这些方法根据细胞宿主的类型有所变化。例如,氯化钙转化方法通常用于原核细胞,而磷酸钙、DEAE葡聚糖、脂转染胺试剂或脂转染试剂介导的转染、电穿孔或任何现在已知或待将来鉴定的方法可用于其它真核细胞宿主。
多肽
本发明提供了分离的多肽,包括表1中以GeneBank编号述及的多肽或蛋白质序列。本发明还提供了这些多肽的片段,例如膜联蛋白A1蛋白质的片段、膜联蛋白A2蛋白质的片段、膜联蛋白A3蛋白质的片段等。这些片段的长度足以用作抗原肽,以形成抗体。本发明还考虑到表1所述蛋白质的功能性片段,该片段具有该蛋白质的至少一种活性,例如为病毒感染所必需的、但并非细胞存活所必需的活性。本领域的技术人员应知晓表1所述多肽具有其它性质。例如,ABCA4为ATP结合盒转运体超家族的成员。因此,本领域的技术人员可对ABCA4片段用作ATP结合盒转运体的能力进行评估。若具有ATP结合盒转运体活性,则本领域的技术人员便可获知ABCA4为ABCA4的功能片段。表1所列多肽的片段及变体与其各自的GeneBank编号所列的氨基酸序列相比可包括一个或多个保守氨基酸残基。
“分离的多肽”或“纯化的多肽”指基本不含有在自然环境中或在培养条件下通常伴随该多肽的物质的多肽。本发明的多肽例如可通过从可获得的自然来源(例如哺乳动物细胞)来提取获得,通过表达编码多肽的重组核酸获得(例如在细胞或不含细胞的翻译系统中),或者通过化学合成多肽获得。另外,可通过切割全长多肽来获得多肽。多肽为天然存在的较大多肽的片段时,分离的多肽比天然存在的全长多肽短,并且不包括该天然存在的全长多肽,其中分离的多肽是天然存在的全长多肽的片段。
使用任何一种本领域普通技术人员已知的多肽化学合成技术可制备本发明多肽,这些多肽化学合成技术包括溶液法和固相法。生产本发明多肽的一种方法是通过蛋白质化学技术将两个或多个肽或多肽连接在一起。例如,可使用现有的实验室设备并应用Fmoc(9-芴甲氧羰基)或Boc(叔丁氧羰基)化学(Applied Biosystem,Inc.,Foster City,CA)可化学合成肽或多肽。本领域的技术人员可容易理解对应于本发明抗体的肽或多肽可通过例如标准化学反应合成。例如,可合成肽或多肽,且不将其从其合成树脂上切割下来;可合成抗体的其它片段,但随后从树脂上切割下来,由此暴露其它片段上被官能性封闭的末端基团。通过肽缩合反应,这两个片段可通过肽键分别在羧基和氨基末端共价连接起来形成抗体或其片段(Grant GA(1992)Synthetic Peptides:A User Guide.W.H.Freeman and Co.,N-Y.(1992);Bodansky M and Trost B.,Ed.(1993)Principles of Peptide Synthesis.Springer-Verlag Inc.,NY)。或者,肽或多肽可按如上所述在体内独立合成。可以在分离后将这些独立的肽或多肽通过类似的肽缩合反应连接起来形成抗体或其片段。
例如,可用克隆的或合成的肽区段的酶连接而使相对较短的肽片段连接起来生成较大的肽片段、多肽或整个蛋白质结构域(Abrahmsen Letal.,Biochemistry,30:4151(1991))。或者,可用合成肽的天然化学连接从较短的肽片段合成构建较大的肽或多肽。本方法由两步化学反应组成(Dawson et al. Syntlxesis of Proteins by Native ChemicalLigation.Science,266:776-779(1994))。第一步为未保护的合成肽-α-硫酯与另一含有氨基端Cys残基的未保护的肽区段进行化学选择性反应,获得硫酯键连接的中间体作为初始共价产物。若不改变反应条件,该中间体会自发进行快速的分子内反应,并在连接位点形成天然的肽键。这种天然化学连接方法在蛋白质分子的总体合成中的应用可通过制备人白细胞介素8(IL-8)得以阐述(Baggiolini Met al.(1992)FEBS Lett.307:97-101;Clark-Lewis Iet al,J.Biol.Chem.,269:16075(1994);Clark-Lewis I et al.,Biochemistry,30:3128(1991);RajarathnamK et al.,Biochemistry 33:6623-30(1994))。
或者,可化学连接未保护的肽区段,此时由于化学连接导致肽区段之间形成的键为非天然(非肽)键(Schnolzer,M et al.Science,256:221(1992))。该技术已被用来合成的蛋白质结构域的类似物以及大量相对较纯的具有生物学活性蛋白质(deLisle Milton RC et al.,Techniques inProtein Chemistry IV.Academic Press,New York,pp.257-267(1992))。
本发明多肽还可通过包括例如重组技术在内的其它方法制备得到。合适的克隆和测序技术的实例以及足以指导本领域的技术人员完成多种克隆实验的教导可见于Sambrook et al.(2001)Molecular Cloning-A Laboratory Manual(3rd ed.)Vol.1-3,Cold Spring HarborLaboratory,Cold Spring Harbor Press,NY,(Sambrook)。
本发明还提供了一种多肽或该多肽序列的片段,所述多肽含有与表1中以GeneBank编号给出的多肽序列有至少约70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%或99%同一性的氨基酸序列。
应理解的是,正如本文所述,使用的术语“同源性”和“同一性”含义是相同的,都指的是相似性。因此,例如如果在提及两个非天然序列时使用词语“同源性”,则应理解的是这不一定表示这两个序列之间有进化关系,而应着眼于其核酸序列之间的相似性或相关性。为了测量序列相似性,可将很多用于测定两种进化相关的分子同源性的方法常规地应用至任何两种或两种以上核酸或蛋白质,而不用考虑它们是否进化相关。
总而言之,应理解的是,确定本文所公开的核酸和多肽的任何已知变体和衍生物或可能出现的变体和衍生物的一种方法是通过确定变体和衍生物与特定已知序列之间的同源性而进行的。总的说来,本文所公开的核酸和多肽的变体一般与所述序列或天然序列具有至少约70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%的同源性。本领域的技术人员可容易理解如何确定两种多肽或核酸的同源性。例如,可在对两个序列进行比对而使同源性水平最高之后,计算得出同源性。
计算同源性的另一种方法可通过公开的算法进行。用于比较的最佳比对可通过Smith and Waterman Adv.Appl.Math.2:482(1981)的局部同源性算法进行,通过Needleman and Wunsch,J.MoI.Biol.48:443(1970)的同源比对算法进行,通过Pearson and Lipman,Proc.Nat l.Acad.Sci U.S.A.85:2444(1988)的相似性检索方法进行,通过这些算法的计算机执行(Wiscons in Genetics Software Package中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA,Genetics Computer Group,575 Science Dr.,Madison,WI;国立生物技术信息中心提供的Tatusova and Madden FEMSMicrobiol.Lett.174:247-250(1999)的BLAST算法(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/b12seq/b12.html))进行或通过审查进行。
相同类型的核酸的同源性可通过例如Zuker,M.Science 244:48-52,1989,Jaeger et al.Proc.Natl.Acad.SciUSA 86:7706-7710,1989,Jaeger et al.Methods Enzymol.183:281-306,1989所公开的算法获得,这些文献至少将其与核酸比对相关的内容通过援引纳入本文。应理解的是,通常可使用任何一种方法,并且在某些情况下这些不同方法得到的结果有所不同,但是本领域的技术人员可以理解若用这其中的至少一种方法获得了同一性,则称该序列具有所述同一性。
例如,本文所使用的与另一序列具有具体百分比同源性的所述序列是指具有由上述一种或多种计算方法计算得到的所述同源性的序列。例如,如果使用Zuker计算方法计算得到第一序列与第二序列具有80%的同源性,则即便使用任何其它计算方法计算得到第一序列与第二序列没有80%的同源性,第一序列与第二序列也具有本文所述的80%的同源性。作为另一实例,如果使用Zuker计算方法和Pearson和Lipman计算方法计算得到第一序列与第二序列具有80%的同源性,那么即便使用Smith和Wateman计算方法、Needleman和Wunsch计算方法、Jaeger计算方法或任何其它计算方法计算得到第一序列与第二序列没有80%的同源性,第一序列与第二序列也具有本文所述的80%的同源性。作为又一实例,如果使用每种计算方法计算得到第一序列和第二序列具有80%的同源性,则第一序列与第二序列具有本文所述的80%的同源性(尽管实际上,不同的计算方法通常会计算得到不同的同源性百分比)。
本发明还提供了将表1中以GeneBank编号形式述及的多肽进行一个或多个保守氨基酸置换的多肽。这些保守置换即为将天然存在的氨基酸置换为具有相似性质的氨基酸。这种保守置换并不改变多肽的功能。例如,保守置换可依据下表进行:
| 表1:氨基酸置换 | |
| 原始残基 | 示例性置换 |
| ArgAsnAspCysGlnGluGlyHisIleLeuLysMetPheSerThrTrpTyrVal | LysGlnGluSerAsnAspProGlnleu;valile;valarg;glnleu;ilemet;leu;tyrThrSerTyrtrp;pheile;leu |
因此,应理解的是,如若需要,可对编码本发明多肽的核酸和/或本发明多肽的氨基酸序列进行修饰和改变,并仍能获得具有相似特征或其它所需特征的多肽。这种改变可在天然分离物中进行,或者可利用位点特异性诱变通过合成引入,所述通过位点特异性诱变引入的方法例如错配聚合酶链反应(PCR)为本领域所熟知。例如,多肽中的某些氨基酸可被置换成其它氨基酸,而不会显著丧失功能活性。因此考虑了可对本发明多肽的氨基酸序列(或其核酸序列)作出多种改变,而不显著丧失生物效用或活性,并且这种效用或活性还可能得到提高。因此,很清楚的是,本发明考虑了本文所述多肽序列天然存在的变化形式以及本文所述多肽序列通过基因工程得到的变化形式。通过提供与病毒感染相关的基因的基因组位置,本发明还提供了这些基因的任何变体序列的基因组位置。因此,基于本文提供的信息,对于本领域的技术人员而言,鉴定申请人所鉴定的基因组位置并对其测序以及鉴定本文所述基因的变体序列是常规的。对于本领域的技术人员而言,利用比较工具和生物信息技术来鉴定来自其它物种的序列也是常规的,所述来自其它物种的序列是本文所述基因的同系物并且也是感染所必需、但并非为细胞存活所必需的。
抗体
本发明还提供了特异性结合表1所述基因产物、多肽、蛋白质及其片段的抗体。本发明抗体可为多克隆抗体或单克隆抗体。本发明抗体选择性结合多肽。“选择性结合”或“特异性结合”指的是测定抗原是否存在的抗体结合反应(在本文中是指测定在一群异源蛋白质中和其它生物制品中是否存在表1所述多肽或其抗原性片段的反应)。因此,在特定的免疫分析条件下,所述具体抗体优先结合特定的肽,而不是以显著的量结合样本中其它蛋白质。优选地,选择性结合包括大约或大于1.5倍分析背景的结合,小于1.5倍分析背景的结合为不存在显著结合。
本发明还考虑到了与表1所述蛋白质的天然相互作用因子或配体竞争性结合的抗体。换而言之,本发明提供了干扰表1所述蛋白质和其结合伴侣之间的相互作用的抗体。例如本发明抗体可与某种蛋白质竞争细胞上的结合位点(如受体),或者该抗体可与某种蛋白质竞争结合另一种蛋白质或生物分子,例如受表1所述转录因子转录调控的核酸。与抗原相比,抗体任选具有拮抗作用或激动作用。
优选地,抗体可在体内或离体时结合多肽。任选地,本发明抗体用可检测部分进行标记。例如,可检测部分可选自荧光部分、酶联部分、生物素部分和放射标记部分。抗体可用于诸如诊断、筛选或成像等技术或方法中。抗独特型抗体和亲和成熟抗体也被认为是本发明的一部分。
本文所使用的术语“抗体或其片段”包括具有两种或多种抗原或表位特异性的嵌合抗体和杂合抗体,以及包括杂合片段在内的片段例如F(ab’)2、Fab’、Fab等。因此提供了保留了与其特异性抗原进行结合的能力的抗体片段。这类抗体和片段可由本领域已知的技术制备,并可根据实施例所述方法和生产抗体和筛选抗体的特异性和活性的一般方法对抗体的特异性和活性进行筛选(参见Harlow and Lane.Antibodies,ALaboratory Manual.Cold Spring Harbor Publications,New York,(1988))。
“抗体及其片段”的含义还包括例如美国专利4,704,692所述的抗体片段和抗原结合蛋白的缀合物(单链抗体),所述文献的内容通过援引纳入本文。
任选地,抗体在其它物种中形成并为了给人施用而被“人源化”。在本发明的一个实施方案中,“人源化”抗体为由种系突变体动物产生的人类抗体形式的抗体。非人类(如鼠类)抗体的人源化形式为嵌合的免疫球蛋白、免疫球蛋白链或其片段(例如Fv、Fab、Fab’、F(ab’)2或抗体的其它抗原结合子序列),它们含有最少的来源于非人类免疫球蛋白的序列。人源化抗体包括人免疫球蛋白(受体抗体),其中受体CDR的残基被来自人以外物种(供体抗体)如小鼠、大鼠或兔CDR的、具有所需特异性、亲和力和容纳力的残基替换。在一个实施方案中,本发明提供了抗体的人源化形式,包含特异性结合表1所述蛋白质的单克隆抗体的至少一个、两个、三个、四个或最高至全部CDR。在某些情况下,人免疫球蛋白的Fv框架残基由相应的除人外的残基所替换。人源化抗体还可包括既不存在于受体抗体中也不存在于引进的CDR或框架序列中的残基。一般而言,人源化抗体包括基本上所有的可变域,或者包括至少一个可变域,一般包括两个可变域,其中所有的或基本上所有的CDR区域对应非人类免疫球蛋白的CDR区域,并且所有的或基本上所有的FR区域为人免疫球蛋白共有序列的FR区域。人源化抗体最好还包含至少一部分免疫球蛋白恒定区(Fc),一般为人免疫球蛋白的恒定区(Jones et al.,Nature,321:522-525(1986);Riechmann et al.,Nature,332:323-327(1988);and Presta,Curr.Op.Struct.Biol,2:593-596(1992))。
人源化非人类抗体的方法为本领域所熟知。一般而言,人源化抗体具有从非人类来源引入其中的一个或多个氨基酸残基。这些非人类氨基酸残基通常指“引进”的残基,它通常来自“引进”的可变域。依照Winter和他的同事的方法(Jones et al.,Nature,321:522-525(1986);Riechmann et al.,Nature,332:323-327(1988);Verhoeyen et al.,Science,239:1534-1536(1988)),通过将啮齿类CDR或CDR序列置换为相应的人抗体的序列,可基本完成人源化。因此,这种“人源化”抗体为嵌合抗体(美国专利4,816,567),其中基本上不到一个完整的人可变域由来自非人类物种的相应序列所替换。实际上,人源化抗体一般为人抗体,其中一些CDR残基和可能的一些FR残基被来自啮齿类抗体的类似位点的残基所置换。
药剂的鉴定
一种鉴定抗病毒药剂的方法包括a)将所述药剂给予含有表1所列细胞基因的细胞,b)检测由细胞基因产生的基因产物的水平和/或活性,该基因产物和/或基因产物活性的减少或消失表明该化合物具有抗病毒活性。
本发明还提供了一种鉴定抗病毒药剂的方法,包括:a)将所述药剂给予含有表1所列细胞基因的细胞,b)使细胞和病毒接触;c)检测病毒感染的水平;并d)将病毒感染水平与表1中基因的表达水平或表1中基因编码的蛋白质的活性相关联,病毒感染的减轻或消失与基因表达和/或活性的减少或消失相关就表明所述药剂为抗病毒药剂。例如,药剂可干扰基因表达和/或基因的蛋白质或多肽产物的活性。在本发明的方法中,本发明测试化合物或抗病毒药剂可在细胞与病毒接触之前或之后或在细胞与病毒接触的同时送递。
上述方法可用来鉴定在经病原体感染之后具有减轻感染、预防感染或提高细胞存活的活性的任何药剂。因此,在本发明的方法中,细胞与病毒接触的步骤可替换为细胞与任何感染性病原体接触。感染包括引入感染物,例如非重组病毒、重组病毒、质粒、细菌、朊病毒、真核微生物或能感染宿主例如细胞培养物的细胞或受试者的细胞等的其它物质。这种感染可为体外的、离体的或体内的。
用于本文所述方法的测试化合物可包括但不限于化学品、小分子、药物、蛋白质、cDNA、抗体、morpholinos、三链螺旋分子、siRNA、shRNA、反义RNA、核酶或任何其它已知的或今后将被鉴定的、会干扰本文所述细胞基因的表达和/或功能的化合物。测试化合物还可调节本文所述细胞基因的基因产物的活性。
小干扰RNA(siRNA)为双链RNA,它可诱导序列特异性转录后基因沉默,由此减少甚或抑制基因表达。在一些实例中,siRNA分子长约19-23个核苷酸,例如至少有21个核苷酸,例如至少有23个核苷酸。在一个实例中,siRNA可触发siRNA和靶RNA之间序列同一性区域的同源RNA分子如mRNA的特异性降解。例如,WO02/44321公开了在靶mRNA与3’突出端碱基配对时能序列特异性降解靶mRNA的siRNA。dsRNA加工的方向决定了所产生的siRNA核酸内切酶复合物所切割的是有义靶RNA还是反义靶RNA。因此,例如通过使基因例如表1所述一个或多个基因沉默,可将siRNA用于调节转录。siRNA的作用已在来自包括果蝇(Drosophila)、线虫(C.elegans)、昆虫、蛙、植物、真菌、小鼠和人在内的多种生物体的细胞中得到证实(例如WO02/44321;Gitlin etal.,Nature 418:430-4,2002;Caplen et al.,Proc.Natl.Acad.Sci98:9742-9747,2001和Elbashir et al.,Nature 411:494-8,2001)。在某些实例中,设计针对某些靶基因的siRNA以验证针对相同核酸序列所使用的基因捕获的结果。采用序列分析工具,本领域的技术人员可设计siRNA来特异性打靶表1所述任何基因来减少基因表达。抑制表1所述任何基因的基因表达或使其沉默的siRNA可从Ambion Inc.2130Woodward Austin,Tx 78744-1832 USA获得。只要提供编码序列的GeneBank编号或基因的Entrez基因编号,就可以容易地获得由Ambion公司合成的siRNA,大鼠和人编码序列的GeneBank编号或Entrez基因编号均已在表1中提供。
本文还提供了可用来减少表1所列基因的基因表达的序列的实例。特别地,表3提供了表1所列基因的有义RNA序列和反义RNA序列。因此,表3所述任何有义或反义序列可单独使用或与其它序列一起使用,以抑制基因表达。这些序列可包含3’TT突出端和/或其它可有效克隆和表达s iRNA序列的序列。这些序列可通过分析表3所列基因的可译框架获得。因此,表3提供了所分析的每种基因的名称、基因的mRNA的GeneBank编号、mRNA的长度、mRNA的ORF区域和每种基因的基因座编号。每种基因的基因座编号与表1所列Entrez基因编号相同。表3还提供了基因可译框架中的序列的起始位点,所述基因可通过表3所述有义RNA序列和/或反义RNA序列对其进行打靶。靶序列的起始位点在名称栏和起点栏标出。名称栏还提供了每个靶序列的GeneBank编号标识符。因此,很清楚的是,表3中具有名称NM_000350_siRNA_458的行表明有义序列和反义序列对应GeneBank编号NM_000350,靶序列的起始位点为458。例如,ABCA4基因靶序列开始于458位。因此,含有SEQ ID NO:1的序列和/或含有SEQ ID NO:2的序列为可用来靶向ABCA4并减少ABCA4基因表达的两个序列。同样,含有SEQ ID NO:3的序列和/或含有SEQ ID NO:4的序列可用来靶向ABCA4表达。这些实例并非意在限制,而是属于表3所述每一个有义和反义RNA序列的一部分。包含本文所述有义和反义RNA序列的序列可用来抑制任何细胞(真核细胞或原核细胞)、动物或任何其它生物中的基因表达。这些序列可克隆至载体中并在体外、离体或体内条件下用来减少基因表达。
shRNA(短发夹RNA)为DNA分子,它可被克隆至表达载体来表达用于RNAi干扰研究的siRNA(19-21个核苷酸的RNA双链)。shRNA具有如下结构特征:长约19-29个核苷酸、来源于靶基因的短核苷酸序列,其后为约4-15个核苷酸的短间隔物(即环)以及约19-29个核苷酸的序列,所述19-29个核苷酸的序列为起始靶序列的反向互补序列。例如,表3所述任何基因的有义siRNA序列均可用来设计shRNA。作为一个实例,C10orf3(SEQ ID NO:292)的有义RNA序列可用来设计具有示例性接头序列(CGAA)的shRNA。如下所示,有义序列通过接头(CGAA)与反义序列连接而形成顶链(top strand)。顶链和底链(bottom strand)退火形成可克隆至恰当表达载体的双链寡核苷酸。该双链寡核苷酸具有如下所示有助于克隆的核苷酸突出端。这些序列可克隆至载体并离体、体外或体内应用以减少基因表达。
因此,表3所述任何有义序列可用接头使其与相应的反义序列连接起来形成shRNA的顶链。底链是顶链的反向互补序列。将表3所述序列中的“U”由“T”置换从而形成DNA链。然后将顶链和底链退火形成双链shRNA。如上所述,顶链和底链具有突出端或其它有助于克隆至表达载体序列。
核酶是能催化特异性切割RNA的具有酶活性的RNA分子。核酶的作用机制包括核酶分子特异性杂交至互补的靶RNA和随后进行核酸内切。使用核酶来降低或抑制RNA表达的方法为本领域已知(例如参见Kashani-Sabet,J Investig.Dermatol.Symp.Proc,7:76-78,2002)。
通常,术语“反义”指由于一定程度的序列互补性而能与RNA序列(如mRNA)的一部分杂交的核酸分子。本文所公开的反义核酸可以是双链或单链寡核苷酸,RNA或DNA或其修饰物或衍生物,可直接将它给予细胞(例如通过将反义分子给予受试者),或者通过外源引入序列的转录在细胞内产生(例如通过给予受试者含有受控于启动子的反义分子的载体)。
反义核酸为多核苷酸,例如为至少长6个核苷酸、至少长10个核苷酸、至少长15个核苷酸、至少长20个核苷酸、至少长100个核苷酸、至少长200个核苷酸的核酸分子,例如为6至100个核苷酸的核酸分子。然而反义分子也可以长得多。在具体的实例中,核苷酸在一个或多个碱基部分、糖基部分或磷酸盐骨架(或其组合)上被修饰,并可包括其它附加的基团例如肽或有助于跨细胞膜(Letsinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1989,86:6553-6;Lemaitre et al,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 1987,84:648-52;WO88/09810)或者血脑屏障(WO89/10134)转运的药剂、杂交触发切割剂(Krol et al,BioTechniques 1988,6:958-76)或插入试剂(Zon,Pharm.Res.5:539-49,1988)。
经修饰的碱基部分的实例包括但不限于:5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-氯尿嘧啶、5-碘尿嘧啶、次黄嘌呤、黄嘌呤、乙酰胞嘧啶、5-(羧基羟甲基)尿嘧啶、5-羧甲基氨甲基-2-硫尿核苷、5-羧甲基氨甲基尿嘧啶、二氢尿嘧啶、β-D-半乳糖基Q核苷(galactosylqueosine)、肌苷、N~6-异戊基腺嘌呤(sopentenyladenine)、1-甲基鸟嘌呤、1-甲基肌苷、2,2-二甲基鸟嘌呤、2-甲基腺嘌呤、2-甲基鸟嘌呤、3-甲基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、N6-腺嘌呤、7-甲基鸟嘌呤、5-甲基氨甲基尿嘧啶、甲氧氨甲基-2-硫尿嘧啶、β-D-甘露糖基Q核苷(mannosylqueosine)、5’-甲氧基羧甲基尿嘧啶、5-甲氧基尿嘧啶、2-甲硫基-N6-异戊基腺嘌呤、尿嘧啶-5-羟基乙酸、假尿嘧啶、Q核苷(queosine)、2-巯基胞嘧啶、5-甲基-2-硫尿嘧啶、2-硫尿嘧啶、4-硫尿嘧啶、5-甲基尿嘧啶、尿嘧啶-5-羟基乙酸甲酯、尿嘧啶-S-羟基乙酸、5-甲基-2-硫尿嘧啶、3-(3-氨基-3-N-2-羧丙基)尿嘧啶和2,6-二氨基嘌呤。
经修饰的糖基部分的实例包括但不限于阿拉伯糖、2-氟阿拉伯糖、木糖和己糖,或者磷酸盐骨架的修饰组分例如硫代磷酸酯(phosphorothioate)、二硫代磷酸酯、氨基硫代磷酸酯(phosphoramidothioate)、氨基磷酸酯、二氨基磷酸酯(phosphordiamidate)、磷酸甲酯、烷基磷酸三酯、或formacetal或其类似物。
在一个具体实例中,反义分子为α-异头寡核苷酸。α-异头寡核苷酸与互补RNA形成特异性双链杂合体,与通常的β单位不同,其中的链彼此平行(Gautier et al,Nucl.Acids Res.15:6625-41,1987)。寡核苷酸可与另一分子例如肽、杂交触发交联剂、转运剂或杂交触发切割剂缀合。寡核苷酸可包括可增强宿主细胞摄入分子的寻靶部分。寻靶部分可为特异性结合分子,例如识别存在于宿主细胞表面的分子的抗体或其片段。
在一个具体实例中,识别本文所述核酸的反义分子包括催化性RNA或核酶(例如参见WO90/11364;WO95/06764;和Sarver et al.,Science 247:1222-5,1990)。反义分子与金属复合物如三联吡啶铜(II)的缀合物描述于Bashkin et al.(Appl Biochem Biotechnol.54:43-56,1995),该缀合物能介导mRNA水解。在一个实例中,反义核苷酸为2 ’-O-甲基核糖核苷酸(Inoue et al,Nucl.Acids Res.15:6131-48,1987)或嵌合的RNA-DNA类似物(Iroue et al,FEBS Lett.215:327-30,1987)。
使用这些方法鉴定的抗病毒药剂可用于离体、体外或体内抑制细胞中的病毒感染。
本发明的方法中,可使用可被病毒或其它病原体例如细菌、寄生物或真菌等感染的任何细胞。细胞可为原核细胞或真核细胞,例如来自昆虫、鱼、甲壳动物、哺乳动物、鸟、爬行动物、酵母或细菌如大肠埃希氏菌的细胞。细胞可为生物体的一部分或为细胞培养物例如哺乳动物细胞的培养物或细菌培养物的一部分。
本发明的病毒包括所有RNA病毒(包括负链RNA病毒、正链RNA病毒、双链RNA病毒和反转录病毒)和DNA病毒。病毒的实例包括但不限于HIV(包括HIV-1和HIV-2)、微小病毒、乳头瘤病毒、麻疹病毒、纤丝病毒(filovirus)(例如Marburg)、SARS(严重急性呼吸道综合征)病毒、汉坦病毒、流感病毒(如A型、B型和C型流感病毒)、A至G型肝炎病毒、杯状病毒、星状病毒、轮状病毒、冠状病毒(例如人呼吸道冠状病毒)、微小RNA病毒(例如人鼻病毒和肠道病毒)、埃博拉病毒、人疱疹病毒(例如HSV-1-9,包括带状疱疹病毒、Epstein-Barr病毒和人巨细胞病毒)、口蹄疫病毒、人腺病毒、腺伴随病毒、天花病毒(痘疹病毒)、牛痘病毒(cowpox)、猴痘病毒、痘苗病毒(vaccinia)、脊髓灰质炎病毒、病毒性脑膜炎病毒和汉坦病毒。
对于动物,病毒包括但不限于任一上述人病毒的相应动物病毒、禽流感病毒(例如毒株H5N1、H5N2、H7N1、H7N7和H9N2)和动物反转录病毒例如猿猴免疫缺陷病毒、禽免疫缺陷病毒、假牛痘病毒、牛免疫缺陷病毒、猫免疫缺陷病毒、马传染性贫血病病毒、羊关节炎脑炎病毒和绵羊髓鞘脱落病毒。
本发明方法还可用于评价细菌感染和鉴定抗细菌药剂。具体而言,可以使用相同的方法,只是将细胞与病毒接触替换为将细胞与细菌接触。因此,本发明提供了一种鉴定抗细菌药剂的方法,包括a)将药剂给予含有表1所列细胞基因的细胞,b)检测由细胞基因产生的基因产物的水平和/或活性,基因产物和/或基因产物活性的减少或消失表明化合物具有抗细菌活性。
本发明还提供了一种鉴定抗细菌药剂的方法,包括a)将药剂给予含有表1所列细胞基因的细胞,b)使细胞与细菌相接触,c)检测细菌感染的水平;并d)将细菌感染水平与表1中基因的表达水平或表1中基因编码的蛋白质的活性相关联,细菌感染的减轻或消失与基因表达和/或活性的减少或消失相关则表明药剂为抗菌剂。
细菌的实例包括但不限于下列细菌:利斯特菌属(Listeria(sp.))、结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)、立克次氏体(Rickettsia(全部型))、埃里希氏体(Ehrlichia)、衣原体(Chylamida)。可由本发明方法靶向的细菌的其它实例包括结核分枝杆菌(M.tuberculosis)、牛分枝杆菌(M.bovis)、牛分枝杆菌BCG菌株、BCG亚株、鸟分枝杆菌(M.avium)、胞内分枝杆菌(M.intracellular)、非洲分枝杆菌(M.africanum)、堪萨斯分枝杆菌(M.kansasii)、瘰疬分枝杆菌(M.marinum)、溃疡分枝杆菌(M.ulcerans)、鸟分枝杆菌副结核亚种(M.avium subspecies paratuberculosis)、星状诺卡氏菌(Nocardiaasteroides)、其它诺卡氏菌种、侵肺军团菌(Legionella pneumophila)、其它军团菌种、伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi)、其它沙门氏菌种、志贺氏菌种、鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia pestis)、溶血巴斯德氏菌(Pasteurella haemolytica)、多杀巴斯德氏菌(Pasteurellamultocida)、其它巴斯德氏菌种、大叶性肺炎放线杆菌(Actinobacilluspleuropneumoniae)、单核细胞增生利斯特氏菌(Listeriamonocytogenes)、伊氏利斯特氏菌(Listeria ivanovii)、流产布鲁氏菌(Brucella abortus)、其它布鲁氏菌种、反刍类考德里氏体(Cowdriaruminantium)、肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)、砂眼衣原体(Chlamydia trachomatis)、鹦鹉热衣原体(Chlamydia psittaci)、伯氏考克斯氏体(Coxiella burnetii)、其它立克次氏体种、埃里希氏体(Ehrlichia)种、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、酿脓链球菌(Streptococcuspyogenes)、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、炭疽芽孢杆菌(Bacillus anthracis)、大肠埃希氏菌(Escherichia coli)、霍乱弧菌(Vibrio cholerae)、弯曲杆菌属(Campylobacter)种、脑膜炎奈瑟氏球菌(Neiserria meningitidis)、淋病奈瑟氏球菌(Neiserriagonorrhea)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)、其它假单胞菌属(Pseudomonas)种、流感嗜血菌(Haemophilus influenzae)、杜氏嗜血菌(Haemophilus ducreyi)、其它嗜血菌属(Hemophilus)种、破伤风梭菌(Clostridium tetani)、其它梭菌属(Clostridium)种、小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterolitica)和其它耶尔森氏菌属种。
已发现的对一种细菌有效的抗菌剂对其它细菌特别是来自同一科的细菌也可能有效。因此,可使用本发明的方法对针对某种细菌鉴定得到的抗菌剂就其针对其它细菌的抗菌活性进行测试。
本发明的方法还可用于评价寄生物感染或鉴定抗寄生物药剂。具体而言,可使用相同的方法,只是将细胞与病毒接触替换为将细胞与寄生物接触。因此,本发明提供了一种鉴定抗寄生物药剂的方法,包括a)将所述药剂给予含有表1所列细胞基因的细胞,b)检测由细胞基因产生的基因产物的水平和/或活性,基因产物和/或基因产物活性的减少或消失可表明化合物具有抗寄生物活性。
本发明还提供了一种鉴定抗寄生物药剂的方法,包括a)将药剂给予含有表1所列细胞基因的细胞,b)使细胞与寄生物相接触,c)检测寄生物感染的水平;并d)将寄生物感染水平与表1中基因的表达水平或表1中基因编码的蛋白质的活性相关联,寄生物感染的减轻或消失与基因表达和/或活性的减少或消失相关就表明所述药剂为抗寄生物药剂。
寄生物的实例包括但不限于下列寄生物: 隐孢子虫属(Cryptosporidium)、疟原虫(Plasmodium)(所有种)、美洲锥虫(American trypanosomes)(克氏锥虫,T cruzi)。另外,本发明方法中考虑到的原生动物和真菌属种的实例包括但不限于镰状疟原虫(Plasmodium falciparum)、其它疟原虫属(Plasmodium)种、鼠弓形体(Toxoplasma gondii)、卡氏肺囊虫(Pneumocystis carinii),克氏锥虫(Trypanosoma cruzi)、其它锥虫属(trypanosomal)种、杜氏利什曼原虫(Leishmania tdonovani)、其它利氏曼原虫属(Leishmania)种、环形泰勒虫(Theileria annulata)、其它泰勒虫属(Theileria)种、柔嫩艾美耳球虫(Eimeria tenella)、其它艾美耳球虫属种(Eimeriaspecies)、荚膜组织胞浆菌(Histoplasma capsulatum)、新型隐球菌(Cryptococcus neoformans)、皮炎芽生菌(Blastomycesdermatitidis)、粗球孢子菌(Coccidioides immitis)、巴西副球孢子菌(Paracoccidioides brasiliensis)、马尔尼菲青霉(Penicilliummarneffei)和念珠菌属种(Candida species)。
已发现的对一种寄生物有效的抗寄生物药剂对其它寄生物特别是来自同一科的寄生物也可能有效。因此,可使用本发明的方法对针对一种寄生物鉴定得到的抗寄生物药剂就其针对其它寄生物的抗寄生物活性进行测试。
在上述方法中,在将含有表1所列细胞基因的细胞与药剂接触后,就可将感染水平与基因表达和/或活性水平相关联,由此与基因表达和/或活性的减少或消失相关的感染的减弱或消失就表明了该药剂可有效对抗病原体。这些方法可用来评价药剂对细菌感染的影响、抗病毒感染作用、抗真菌感染作用、抗寄生物感染作用等。例如,可在给予抑制表1所述基因的表达的siRNA后,测量细胞中的病毒感染水平。若病毒感染减轻,则siRNA为有效的抗病毒药剂。病毒感染的水平可通过测量抗原或与具体病毒感染相关的其它产物(例如针对HIV感染的p24)进行评价。若给予针对表1所述基因的siRNA后,p24的水平降低,则靶向该基因的siRNA为针对HIV的有效抗病毒药剂。病毒感染的水平还可通过实时定量反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)分析进行测量(参见例如Payungporn etal.″Single step multiplex real-time RT-PCR for H5N1 influenzaA virus detection.″J Virol Methods.Sep 22,2005;Landolt et la.″Use of real-time reverse transcr iptase polymerase chain reactionassay and cell culture methods for detection of swine influenzaA viruses″Am J Vet Res.2005 Jan;66(1):119-24)。
同样,给予化学品、小分子、药物、蛋白质、cDNA、抗体、morpholino、反义RNA、核酶或任何其它化合物后,细胞内的病毒感染水平还可使用上述方法以及本领域已知的方法进行测量。若病毒感染减轻,则该化学品、小分子、药物、蛋白质、cDNA、抗体、morpholino、反义RNA、核酶或任何其它化合物是有效的抗病毒药剂。其它类型的感染如细菌感染、真菌感染和寄生物感染的水平可用类似的方法来测量。
已发现的对一种病毒有效的抗病毒药剂对其它病毒特别是来至同一科的病毒也可能是有效的。然而,还考虑到了已发现的对HIV有效的药剂也对流感病毒或禽流感病毒或任何其它病毒也可能是有效的。因此,可使用本发明的方法对针对一种病毒鉴定得到的抗病毒药剂就其针对其它病毒的抗病毒活性进行测试。通过任何标准方法例如通过用特异性针对该蛋白质的抗体进行检测可测量基因产物的水平。可将本文所述核酸及其片段可用作引物,并通过常规扩增技术来扩增核酸序列例如表1所述基因之一的基因转录物。例如,使用自细胞分离得到的RNA,通过RT-PCR对基因转录物的表达进行定量。各种PCR技术为本领域的技术人员所熟知。对PCR技术的综述,可参见White(1997)和名为“PCR Methods andApplications”(1991,Cold Spring Harbor Laboratory Press)的出版物,就扩增方法通过援引将其全文纳入本文。在这其中的每种PCR方法中,将有待扩增的核酸序列的任一侧PCR引物与dNTP和热稳定聚合酶例如Taq聚合酶、Pfu聚合酶或Vent聚合酶一起加至恰当制备的核酸样本中。将样本中的核酸变性,随后PCR引物特异地杂交至样本中的互补核酸序列。使杂交的引物延伸。然后开始另一个变性、杂交和延伸的循环。多次重复该循环以产生在引物位置之间含有核酸序列的扩增片段。PCR在一些专利中已有进一步的描述,这些专利包括美国专利4,683,195、4,683,202和4,965,188。上述每篇出版物均就PCR方法通过援引将其全文纳入本文。本领域的技术人员应知道如何设计和合成可扩增表1所述任意核酸序列或其片段的引物。
扩增反应中可含有检测标记。合适的标记包括荧光团如异硫氰酸荧光素(FITC)、罗丹明、德克萨斯红、藻红蛋白、别藻蓝蛋白、6-羧基荧光素(6-FAM)、2’,7’-二甲氧基-4’,5’-二氯-6-羧基荧光素(JOE)、6-羧基-X-罗丹明(ROX),6-羧基-2’,4’,7’,4,7-六氯荧光素(HEX)、5-羧基荧光素(5-FAM)或N,N,N’,N’-四甲基-6-羧基罗丹明(TAMRA);放射性标记如32P、35S、3H等。标记可为两级系统,其中扩增得到的DNA与具有例如抗生物素蛋白、特异性抗体等高亲和结合伴侣的生物素、半抗原等缀合,其中结合伴侣与检测标记缀合。标记可与一种或两种引物缀合。或者,对扩增中所使用的核苷酸混合物进行标记,以此将标记引入扩增产物中。
样本核酸例如扩增得到的片段可由本领域已知的多种方法之一进行分析。核酸可通过双脱氧法或其它方法进行测序。还可使用通过Southern印迹、点印迹等进行的序列杂交来测定序列是否存在。
本发明的基因和核酸还可用于多核苷酸阵列中。多核苷酸阵列提供了一种高通量技术,这种高通量技术可分析单个样本中大量的多核苷酸序列。例如,该技术可用于鉴定与对照样本相比表1所述核酸表达有所减少的样本。该技术还可用于测定表1所述核酸表达减少的效果。通过这种方式,本领域的技术人员可鉴定出表1所述核酸表达减少后得到上调或下调的基因。同样,本领域的技术人员可鉴定出表1所述核酸表达增加后得到上调或下调的基因。通过这种方式,可鉴定出作为治疗靶标的其它基因,所述治疗例如抗病毒治疗、抗细菌治疗、抗寄生物治疗或抗真菌治疗。
为制备阵列,可将单链多核苷酸探针点样至二维矩阵或阵列形式的基质上。每个单链多核苷酸探针可包括选自表1以GeneBank编号形式述及的核苷酸序列的至少6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25或30或更多个连续核苷酸。
阵列还可为含有表1所述一种或多种基因的不同多态等位基因的探针的微阵列。若一个受试者群体中存在一个核酸序列的两种或多种形式则就存在多态性。例如,多态核酸可为其中最常见等位基因频率为99%或少于99%的核酸。不同的等位基因可根据核酸序列中的差异进行鉴定,在多于1%的群体中(这是定义多态性时通常接受的频率)出现的遗传变异对于某些应用而言是有用的多态性。
等位基因频率(特定类型群体中所有等位基因核酸的比例)可通过对群体中等位基因的直接计数或估计数目以及群体中等位基因的类型来确定。多态性以及测定等位基因频率的方法叙述于Hartl,D.L.andClark,A.G.,Principles of Population Genetics,Third Edition(Sinauer Associates,Inc.,Sunderland Massachusetts,1997),特别是第一章和第二章。
这些微阵列可用于检测来自受试者的样本中的多态性等位基因。这些等位基因可表明受试者对病毒感染是更易感还是对病毒感染不易感。例如,由于本发明表明表1所述任何基因的破坏都可导致病毒感染减轻,因此这种微阵列可用于检测使得基因表达减少和/或基因产物的活性减弱的表1所述基因的多态形式,由此鉴定对病毒感染不易感的受试者。
基质可为多核苷酸探针可附着其上的任何基质,包括但不限于玻璃、硝酸纤维素、硅和尼龙。多核苷酸探针可通过共价键或通过非特异性相互作用如疏水性相互作用结合到基质上。构建阵列的技术以及使用这些阵列的方法描述于EP No.0 799 897、PCT No.WO97/29212、PCT No.WO97/27317、EP No.0 785 280、PCT No.WO97/02357、U.S.Pat.No.5,593,839、5,578,832、EP No.0 728 520、U.S.Pat.No.5,599,695、EP No.0 721 016、U.S.Pat.No.5,556,752、PCT No.WO95/22058和U.S.Pat.No.5,631,734。还可使用可商购的多核苷酸阵列例如AffymetrixGeneChip.TM.。使用GeneChip.TM来检测基因表达描述于例如Lockhart etal.,Nature Biotechnology 14:1675(1996);Chee et al.,Science274:610(1996);Hacia et al.,Nature Genetics 14:441,1996;和Kozal et al.,Nature Medicine 2:753,1996。
可将基因产物的水平与未与化合物接触的对照细胞中的基因产物的水平相比较。可将基因产物的水平与加入化合物前相同细胞中的基因产物的水平相比较。活性或功能可通过任何标准方法测量,所述任何标准方法例如测量底物转化成产物的酶分析或者测量蛋白质与核酸结合的结合分析。
另外,基因的调控区域可功能性连接至报告基因,并就对报告基因的抑制作用对化合物进行筛选。这种调控区域可与基因组序列分离,并可通过任何观察到的呈现物种的调控区域特征的特征,以及可通过它们与基因编码区的起始密码子的关系得到鉴定。本文所使用的报告基因编码报告蛋白质。报告蛋白质为表达时可被特异性检测的任何蛋白质。报告蛋白质可用于检测或定量表达序列的表达情况。很多报告蛋白质为本领域的技术人员已知。这些报告蛋白质包括但不限于产生特异性可检测产物的β-半乳糖苷酶、萤光素酶和碱性磷酸酶。还可使用荧光报告蛋白质例如绿色荧光蛋白(GFP)、蓝绿色荧光蛋白(CFP)、红色荧光蛋白(RFP)和黄色荧光蛋白(YFP)。
病毒感染还可通过以细胞为基础的分析进行测量。简而言之,用所需病原体感染细胞(20000至2500000个),然后连续培养3-7天。可以在用病原体感染之前、期间或之后将抗病毒药剂施用至细胞。给予的病毒和药剂的量可由本领域的技术人员确定。在某些实例中,可给予几种不同剂量的潜在治疗剂来确定最佳剂量范围。转染之后进行分析来测定不同药剂引起的细胞对感染的抗性。
例如,若分析病毒感染,病毒抗原是否存在可通过使用特异性针对病毒蛋白质的抗体并随后检测该抗体来进行测量。在一个实例中,特异性结合病毒蛋白质的抗体被例如可检测标记如荧光团标记。在另一实例中,抗体可通过使用含有标记的二抗检测。然后使用例如显微镜、流式细胞术和ELISA检测是否存在结合抗体。
或者,另外,细胞经历病毒感染后存活的能力可例如通过进行细胞活力分析例如台盼蓝排除试验测定。
细胞中的表1所列蛋白质的量可通过本领域对细胞中的蛋白质进行定量的标准方法,以及现在已知的或随后将被开发用来对细胞中的蛋白质或由细胞产生的蛋白质进行定量的任何其它方法测定,所述标准方法例如Westerr印迹、ELISA、ELISPOT、免疫沉淀、免疫荧光(例如FACS)、免疫组织化学、免疫细胞化学等。
细胞中的表1所列核酸的量可通过本领域用于对细胞中的核酸进行定量的标准方法测定,以及通过现在已知的或随后将被开发用来对细胞中的核酸进行定量的任何其它方法测定,所述标准方法例如为原位杂交、定量PCR、RT-PCR、Taqman分析、Northern印迹、ELISPOT、点印迹等。
可在动物模型中对抗病毒药剂预防或减轻病毒例如HIV、Ebola、A型流感病毒、SARS、天花病毒等感染的能力进行评价。几种用于病毒感染的动物模型为本领域已知。例如,小鼠HIV模型公开于Sutton et al.(Res.Initiat Treat.Action,8:22-4,2003)和Pincus et al.(AIDSRes.Hum.Retroviruses 19:901-8,2003);Ebola感染的豚鼠模型公开于Parren et al.(J.Virol.76:6408-12,2002)和Xu et al.(Nat.Med.4:37-42,1998);流感感染的食蟹猴(Macaca fascicularis)模型公开于Kuiken et al.(Vet.Pathol.40:304-10,2003)。这些动物模型还可用来测试药剂缓解与病毒感染相关症状的能力。另外,这些动物模型可用来测定对受试动物的LD50和ED50,并且这些数据可用来确定潜在药剂在体内的效力。动物模型还可用来评价抗细菌药剂、抗真菌药剂和抗寄生物药剂。
如若需要,任何物种的动物包括但不限于鸟、小鼠、大鼠、兔、豚鼠、猪、小型猪(micro-pig)、山羊以及除人外的灵长类例如狒狒、猴和猩猩可用来形成病毒感染、细菌感染、真菌感染或寄生物感染的动物模型。
例如,对于病毒感染模型,可用所需病毒在有或没有抗病毒药剂存在下对合适的动物接种。给予的病毒和药剂的量可由本领域的技术人员确定。在某些实施例中,可将几种不同剂量的潜在治疗剂(例如抗病毒药剂)给予不同测试受试者来鉴定最佳剂量范围。治疗剂可在病毒感染之前、期间或之后给予。治疗之后,就恰当的病毒感染的发展情况和与之相关的症状对动物进行观察。若药剂存在时,恰当的病毒感染的发展有所减缓或者与之相关的症状有所缓解,则可提供证据表明该药剂为可用来减轻甚或抑制受试者体内病毒感染的治疗剂。
本发明还提供了一种制备减轻感染的化合物的方法,包括:a)合成化合物;b)将化合物给予含有表1所述细胞基因的细胞;c)将细胞与感染性病原体相接触;c)检测感染水平;d)将感染水平与表1中基因的表达水平或表1中基因编码的蛋白质的活性相关联,感染的减轻或消失与基因表达和/或活性的减少或消失相关就表明制备得到了减轻感染的化合物。
还提供了一种制备减轻感染的化合物的方法,包括:a)将化合物给予含表1所述细胞基因的细胞,b)将细胞与感染病原体相接触;c)检测感染水平;d)将感染水平与表1中基因的表达水平或表1中基因编码的蛋白质的活性相关联,感染的减轻或消失与基因表达和/或活性的减少或消失相关就表明化合物为减轻感染的化合物;以及e)将化合物置于可药用载体内。减轻感染的化合物可为抗病毒化合物、抗细菌化合物、抗真菌化合物或抗寄生物化合物或任何减轻感染物感染的化合物。
转基因细胞和非人类哺乳动物
包括重组和基因敲除动物在内的转基因动物模型可用本文所述宿主核酸产生。示例性非人类转基因哺乳动物包括但不限于小鼠、兔、大鼠、鸡、牛和猪。本发明提供了这样一种转基因非人类哺乳动物,它具有表1所列一种或多种基因的基因敲除,并且对病原体例如病毒、细菌、真菌和寄生物感染的敏感性降低。这种基因敲除动物可用来减少病毒从动物到人的传播。在本发明的转基因动物中,表1所述一种或多种基因的一个或两个等位基因可被敲除。
“敏感性降低“表示,与表1中基因的一个或两个等位基因没有被基因敲除或功能性缺失的动物相比,动物不易被感染或动物所经历的病原体感染有所减轻。动物不必对病原体具有完全的抗性。例如,与表1所述基因没有功能性缺失的动物相比较,动物对病原体感染的敏感性可降低10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%或其间任何百分比。另外,感染减轻或感染敏感性降低包括减少进入、复制、发病、插入、溶解或病毒或其它病原体进入细胞或受试者的复制过程中的其它步骤,或它们的组合。
因此,本发明提供了一种功能性缺失了表1所述一种或多种基因的非人类转基因哺乳动物,其中哺乳动物对病原体如病毒、细菌、寄生物或真菌感染的敏感性降低。功能性缺失为突变、部分或完全缺失、插入或对基因序列进行的其它改变,这些功能性缺失抑制基因产物的产生或使得基因产物功能不完全或丧失功能。
用于基因敲除或功能性缺失目的基因的序列的表达可受到恰当启动子序列的调节。例如,组成型启动子可用来确保动物不表达功能性缺失基因。相反,诱导型启动子可用于在转基因动物表达或不表达目的基因时进行调控。示例性诱导型启动子包括组织特异性启动子和对特定刺激物(如光、氧、化学品浓度等,如四环素诱导型启动子)做出反应或不做出反应的启动子。
例如,具有被破坏的表1所述基因的转基因小鼠或其它转基因动物可在暴露于不同病原体期间被检查。从比较数据可对病原体的生命周期有所了解。另外,可制备不进行基因敲除时会对感染(例如流感)敏感的基因敲除动物(如猪)来对抗感染,这归功于基因的破坏。若转基因动物中基因的破坏使得对抗感染的抗性增加,则可繁殖这些转基因动物来建立不易感染的动物群。
转基因动物包括制备和使用转基因动物的方法描述于多个专利和公布文本中,例如WO01/43540、WO02/19811、U.S.Pub.No:2001-0044937和2002-0066117以及U.S.Pat.No:5,859,308、6,281,408和6,376,743,以及文中引用的参考文献。
本发明的转基因动物还包括例如通过采用SIRIUS-Cre系统产生的条件基因敲减的动物,所述SIRIUS-Cre系统可将特异性敲减基因的s iRNA、组织特异性表达的Cre-loxP和诱导表达的四环素-on结合起来。这些动物可通过在四环素控制的条件下用含有组织特异性重组酶和目的基因的特异性SiRNA的两个亲本品系进行交配产生。参见Chang et al.“Using siRNA Technique to Generate Transgenic Animals withSpatiotemporal and Conditional Gene Knockdown.”American Journalof Pathology 165:1535-1541(2004),就条件性基因敲减动物的产生,通过援引将其全文纳入本文。
本发明还提供了含有有所改变或被破坏的表1所列基因的细胞,这些细胞对病原体感染有抗性。这些细胞可为体外、离体或体内的细胞,并且其一个或两个等位基因可发生变化。因此这类细胞包括对HIV感染、Ebola感染、禽流感、A型流感病毒或本文所描述的任何其它病原体包括细菌、寄生物和真菌的敏感性有所降低的细胞。
就感染抗性进行筛选
本文还提供了就感染抗性对受试宿主进行筛选的方法,所述方法通过表征宿主核酸的核苷酸序列或宿主多肽的氨基酸序列(例如表1所示的核苷酸序列或氨基酸序列)而进行。例如,可分离受试者的ANXA1核酸,对其测序并与ANXA1的野生型序列进行比较。受试者ANXA1核酸与野生型ANXA1序列之间的相似性越大,则该受试者对感染就越敏感,而受试者ANXA1核酸与野生型ANXA1序列之间的相似性越小,则该受试者对感染的抵抗力就越强。这种筛选可针对任何物种中的表1所述任何宿主核酸或宿主多肽的氨基酸序列进行。
对群体遗传特征的评价可提供关于该群体对病毒感染的敏感性或抗性的信息。例如,在特定人群例如特定城市或地理位置的人群中等位基因的多态性分析可表明该群体对感染的易感程度。与表1所列野生型序列基本相似的等位基因百分比越高,就表明该群体对感染越敏感,而与表1所述野生型序列基本不同的大量多态性等位基因表明该群体对感染的抵抗力更强。这种信息可用于对例如关于对易感群体进行接种作出公共卫生决定。
本发明还提供了一种就表1所列基因的变体形式对细胞进行筛选的方法。变体可为具有使得基因产物的量或活性发生变化的功能性缺失、突变或基因发生改变的基因。可将这些含有表1所列基因的变体形式的细胞与病原体相接触,来测定含有表1所列基因的天然存在的变体的细胞是否在其感染抗性方面有所不同。例如,可就表1所列基因的变体形式对动物例如鸡等的细胞进行筛选。若发现有天然存在的变体,并且在其基因组中具有基因变体形式的鸡不易感染,则可选择性繁殖这些鸡来建立具有感染抗性的鸡群。通过使用这些方法,可建立对抗禽流感的鸡群。同样,可就表1所列基因的变体形式对其它动物进行筛选。若发现有天然存在的变体,并且在其基因组中具有基因变体形式的动物不易感染,则可选择性繁殖这些动物来建立具有感染抗性的群体。这些动物包括但不限于猫、狗、家畜(例如牛、马、猪、绵羊、山羊等)、实验动物(例如小鼠、兔、大鼠、沙土鼠、豚鼠等)和禽类(例如鸡群、鹅群、火鸡群、鸭群、雉群、家鸽群、野鸽群等)。因此,本申请提供了具有表1所列基因的天然存在变体的动物群,所述天然存在变体可使得对病毒感染敏感性降低,由此提供对不易感染病毒的动物群。同样,若发现有天然存在的变体,并且在其基因组中具有基因变体形式的动物对细菌、寄生物或真菌感染不易感,则可选择性繁殖这些动物来建立对细菌、寄生物或真菌具有感染抗性的群体。
抑制感染的方法
本发明还提供了一种抑制细胞中的感染的方法,包括抑制表1所列基因或基因产物的表达或活性。如全文所述,感染可为病毒感染、细菌感染、真菌感染或寄生物感染等等。抑制可出现在体外、离体或体内的细胞中。表1的一种或多种基因的表达可被抑制。同样,表1所列一种或多种基因产物的活性也可被抑制。对表达的抑制或减少不必是完全的,因为这可从表达略有降低到表达完全消失。例如,与其中表1所列基因表达未被抑制的对照细胞相比较,表达可被抑制约5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%、100%或其间任何百分比。同样,对基因产物的活性的抑制或降低不必是完全的,因为这可从基因产物的活性略有降低到活性完全消失。例如,与其中表1所述基因产物的活性未被抑制的对照细胞相比较,基因产物的活性可被抑制约5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%、100%或其间任何百分比。
反义寡核苷酸、RNAi分子、核酶和siRNA分子可用来干扰表达和/或降低基因产物的活性。小分子、药物、抗体、蛋白质和化学品也可用来抑制表达和/或基因产物的活性。可以减少表1所述基因的表达和/或基因产物的活性的反义寡核苷酸、RNAi分子、核酶、siRNA、小分子、化学品、抗体蛋白质、cDNA和任何其它现已知的或今后将会被鉴定的化合物均可单独使用,或与其它治疗剂例如抗病毒化合物、抗细菌药剂、抗真菌剂、抗寄生物药剂、抗炎剂、抗癌剂等一起使用。
抗病毒化合物的实例包括但不限于用于治疗流感及其相关症状的金刚烷胺、金刚乙胺、扎那米韦和奥塞米韦(达菲)。用于治疗HIV的抗病毒化合物包括双汰芝_(拉米夫定-齐多夫定)、佳息患_(茚地那韦)、Emtriva_(恩曲他滨)、Epivir_(拉米夫定)、沙奎那韦软凝胶剂_(沙奎那韦-sg)、Hivid_(扎西他滨)、Invirase_(沙奎那韦-hg)、Kaletra_(洛匹那韦-利托那韦)、LexivaTM(福沙那韦)、诺韦_(利托那韦)、Retrovir_(齐多夫定)、Sustiva_(依法韦仑)、惠妥滋EC_(去羟肌苷)、惠妥滋_(去羟肌苷)、Viracept_(奈非那韦)、维乐命_(奈韦拉平)、赛瑞特_(司他夫定)、赛进_(阿巴卡韦)、Fuzeon_(恩夫韦地)、Rescriptor_(地拉韦啶)、Reyataz_(阿扎那韦)、三协唯_(阿巴卡韦-拉米夫定-齐多夫定)、Viread_(替诺福韦延胡索酸双异丙酰氧基甲酯)和Agenerase_(安泼那韦)。其它用于治疗Ebola和其它纤丝病毒的抗病毒化合物包括利巴韦林和蓝藻菌病毒素-N(cyanovirin-N,CV-N)。对于疱疹病毒的治疗可用舒维疗_(阿昔洛韦)。抗细菌药剂包括但不限于抗生素(例如青霉素和氨苄青霉素)、磺胺药物和叶酸类似物、β-内酰胺、氨基糖苷类、四环素、大环内酯、林可酰胺、链阳性菌素、氟喹诺酮类、利福平、莫匹罗星、环丝氨酸、氨基环多醇和噁唑烷酮类。
抗真菌药剂包括但不限于两性霉素、制霉菌素、特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑、酮康唑、灰黄菌素。
抗寄生物药剂包括但不限于驱肠虫药、驱线虫药、驱扁虫药(antiplatyhelmintic agent)、抗原生动物药、杀阿米巴药、抗疟药、抗毛滴虫药、aoccidiostats和杀锥虫药。
本发明提供了一种减轻或抑制受试者感染的方法,包括给予受试者一定量抑制表1的基因或基因产物的表达或活性的组合物。如全文所述,感染可来自任何病原体,例如病毒、细菌、真菌或寄生物。对感染的减轻或抑制不必是完全的,因为这可从感染略微减轻到感染完全消除。例如,在本文所述方法中,感染可减轻10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、100%或其间的任何百分比。这种减轻可导致感染引起症状的缓解至感染彻底消除。但是,对于减轻或抑制受试者的感染,只要有效地减轻感染相关症状或有效地使得受试者对感染不易感就可以了,并不一定要使感染彻底消除。
全文所使用的预防感染指的是抑制感染的发展。在提及治疗时,它是指缓解与感染相关的疾病或病理状态的征候或症状,例如抑制或减轻病毒感染,而并不需要完全缓解症状或感染。
本发明还提供了一种减轻或抑制受试者感染的方法,包括离体条件下在所选定的来自受试者的细胞中,将表1所列基因突变成不能产生该基因的功能性基因产物的突变基因,或将表1所列基因突变成产生的该基因的功能性基因产物的量有所降低的突变基因,然后替换受试者体内的细胞,由此减轻受试者体内的细胞感染。
任何可被病毒或其它病原体例如细菌、真菌或寄生物感染的细胞均在本发明考虑范围之内。宿主细胞可为原核细胞或真核细胞如来自昆虫、甲壳动物、哺乳动物、鸟、爬行动物、酵母或细菌如大肠埃希氏菌等的细胞。示例性宿主细胞包括但不限于:哺乳动物的B淋巴细胞、造血细胞、胚胎干细胞、胚胎生殖谱系细胞、多能干细胞和全能干细胞。
例如,易感染或遭受了感染的受试者可用治疗有效量的反义寡核苷酸、RNAi分子、核酶或siRNA分子(或它们的组合)治疗。反义寡核苷酸、RNAi分子、核酶或siRNA分子起效(观察到病毒感染水平降低,或者病毒感染相关症状减轻)后,例如24-48小时后,可就病毒感染相关症状对受试者进行监控。
同样,其它药剂例如可与表1的宿主蛋白质相互作用的抗体、多肽、小分子或其它药物也可用于减轻病毒感染。这种相互作用可以是直接的,例如与宿主蛋白质相结合,也可为间接的,例如与和表1所述宿主蛋白质相互作用的蛋白质相结合或对其进行调节。抗体、多肽、小分子或其它药物起效(观察到病毒感染水平降低,或者病毒感染相关症状减轻)后,例如24-48小时后,可就病毒感染相关症状对受试者进行监控。还可给予受试者治疗有效量的其它药剂例如肽和有机分子或无机分子。
本文所公开的治疗方法还可以预防方式用于例如抑制或预防感染例如病毒感染、细菌感染、真菌感染或寄生物感染。在已表明治疗方法可用于治疗或预防病变的情况下需要这种给药。在已知的或疑似的正发展为感染相关病症中,需要这种预防应用。
在某些情况下,某些基因由于本发明方法的反转录病毒的插入而受到破坏,会导致基因产物的过表达,并且这种过表达抑制了病毒复制。例如,一旦破坏了含有CTCF的序列的基因组基因座,就会导致IGF2的过表达,由此减少病毒复制。因此,本发明提供了一种通过使可减少病毒复制的基因过表达来减少或抑制病毒复制的方法。本发明方法还提供了一种增加基因表达的方法,所述基因的过表达可通过破坏一种基因或抑制一种基因的基因产物来减少病毒复制,由此可增加基因表达,而该基因的过表达使病毒复制减少。例如,可抑制CTCF来增加IGF2的表达。这对任何已被发现的可增加另一种基因的表达的基因而言是相似的,并且这会使得病毒复制减少。
一旦发现某种基因被破坏就会导致另一种基因的过表达,则该过表达基因可直接被调节,即通过该过表达基因直接调节,或者也可间接被调节,即通过最初被破坏的基因(或其基因产物)或通过另一种与过表达基因相关的基因(或其基因产物)间接调节。
因此,本发明提供了一种鉴定出可增加基因的表达和/或基因产物的活性的药剂的方法,包括将细胞与药剂相接触并测量基因表达和/或基因产物的活性的增加。
本发明还提供了一种鉴定通过基因的过表达和/或基因产物活性的增加来减轻或抑制感染的药剂的方法,包括将药剂给予细胞,使细胞与病原体相接触,并将基因表达和/或该基因产物活性的增加与感染水平相关联,这样与感染减轻相伴随的基因表达和/或基因产物活性的增加可表明药剂是通过基因的过表达和/或基因产物的活性增加来抑制病原体感染。
例如,本领域的技术人员可给予可引起IGF2过表达的化合物。该化合物可与IGF2基因、IGF2 mRNA、IGF2蛋白质或其片段相互作用。人IGF2基因及其相关序列的信息可参见Entrez基因编号3481。该化合物还可与CTCF基因、CTCF mRNA、CTCF蛋白质或其片段相互作用来增加IGF2表达。该化合物还可与参与IGF2途径的其它基因、mRNA或蛋白质相互作用,使得IGF2表达增加。
因此,若基因X的破坏引起基因Y的过表达,则过表达的基因(Y)可被直接调节,即通过过表达的基因(Y)直接调节,也可被间接调节,即通过最初被破坏的基因(X)(或其基因产物)或通过另一种与过表达基因(Y)相关的基因(或其基因产物)间接调节。例如,本领域的技术人员可给予可引起Y过表达的化合物。该化合物可与Y基因、Y mRNA或Y蛋白质相互作用。该化合物还可与X基因、X mRNA或X蛋白质相互作用来增加Y表达。该化合物还可与参与Y基因途径(即基因Y参与的细胞途径)的其它基因、mRNA或蛋白质相互作用,使得Y表达提高。
药物组合物和给药方式
已知有多种用于给予本文公开的治疗剂的送递系统,这些送递系统包括以脂质体、微粒、微囊形式的胶囊化、由重组细胞表达、受体介导的胞吞作用(Wu and Wu,J.Biol.Chem.1987,262:4429-32)以及将治疗核酸构建为反转录病毒载体或其它载体的一部分。引入方法包括但不限于粘膜、局部、真皮内、肌内、腹膜内、阴道、直肠、静脉内、皮下、鼻内和口服途径。化合物可通过任何便利途径例如通过输注或推注注射、通过上皮或粘膜被覆层(例如口腔粘膜、直肠、阴道或肠粘膜等)吸收给药,并且可与其它具有生物活性的药剂一起给药。给药可为全身给药或局部给药。药物组合物可例如通过局部施用或局部注射而局部送递至需要治疗的区域。
公开的药物组合物可包括单独的治疗有效量的RNA、DNA、反义分子、核酶、siRNA、分子、药物、蛋白质、抗体或其它治疗剂,或者还可包括和可药用载体一起的上述物质。另外,药物组合物或治疗方法可与其它治疗方法例如其它抗病毒药剂、抗细菌药剂、抗真菌药剂和抗寄生物药剂一起(例如之前、期间或之后)给予或进行。
送递系统
本文所使用的可药用载体是常规的。Remington’s PharmaceuticalSciences,by Martin,Mack Publishing Co.,Easton,PA,15th Edition(1975)中描述了适用于本文公开的治疗剂的药物送递的组合物和制剂。通常,载体的性质要根据所采用的给药方式而定。例如,胃肠外制剂通常包括可注射的流体,所述流体包括药学和生理学上可接受的、作为载体的流体例如水、生理盐水、平衡盐溶液、葡萄糖水溶液、麻油、丙三醇、乙醇、或它们的组合等。载体和组合物可为无菌的,并且制剂与给药方式相适应。除了生物学上中性的载体外,待给药的药物组合物可含有少量的无毒辅助性物质例如润湿剂或乳化剂、防腐剂和pH缓冲剂等,例如醋酸钠或脱水山梨醇单月桂酸酯。
组合物可为液体溶液、悬浮剂、乳剂、片剂、丸剂、胶囊、缓释制剂或粉剂。对于固体组合物(例如粉剂、丸剂、片剂或胶囊形式)而言,常规无毒固体载体可包括例如药用级甘露醇、乳糖、淀粉、糖精钠、纤维素、碳酸镁或硬脂酸镁。组合物可用常规粘合剂和载体如甘油三酯制备成栓剂。
本领域的技术人员应知晓,所公开的包括药剂在内的实施方案可由常规药用载体、佐剂和抗衡离子制备得到。
有效减轻或抑制感染的治疗剂的量取决于病原体的性质及其引起的病变或病症,并且可用标准的临床技术确定。因此,这些量会随病毒、细菌、真菌、寄生物或其它病原体的类型发生变化。另外,可采用体外分析来确定最佳剂量范围。制剂中采用的精确剂量还取决于给药途径和疾病或病变的严重程度,并应该根据技术人员的判断和每名受试者的情况确定。有效剂量可从来源于体外测试系统或动物模型测试系统的剂量-反应曲线推知。
本公开还提供了药包或药盒,它包括一个或多个装有药物组合物的一种或多种成分的容器。任选地,该容器还配有一份公告,该公告的形式是由管理药物或生物产品的制造、使用或销售的政府部门所规定的形式,该公告表明该药物组合物得到了人类用药的制造、使用或销售的管理部门的批准。还可包括组合物的使用说明。
在采用核酸例如反义或siRNA分子来减轻感染例如病毒感染的一个实例中,核酸可通过如下方式送递:通过细胞内送递(例如通过核酸载体的表达或通过受体介导机制);或通过给予至细胞内的恰当核酸表达载体,例如通过使用反转录病毒载体(参见美国专利No.4,980,286);或通过直接注射;或通过使用微粒轰击(例如基因枪;Biolistic,Dupont);或用脂质或细胞表面受体或转染剂包被;或通过将其与同源框样肽(homeobox-like peptide)相连接给予,已知该同源框样肽可进入细胞核(例如Joliot et al,Proc.Natl.Acad.ScL USA 1991,88:1864-8)。本公开包括所有形式的核酸送递,包括合成的Oligo、裸DNA、质粒和病毒送递(不论是否整合至基因组)。
如上所述,载体送递可借助病毒系统例如可包装重组反转录病毒基因组的反转录病毒载体系统(参见例如Pastan et al.,Proc.Natl.Acad.SciU.S.A.85:4486,1988;Miller et al.,MoI.Cell.Biol.6:2895,1986)。然后重组反转录病毒可用来感染并由此将核酸例如反义分子或siRNA送递至感染细胞。当然,将发生变化的核酸引入哺乳动物细胞的具体方法并不限于使用反转录病毒载体。该方法可广泛采用其它技术,包括如下载体的使用:腺病毒载体(Mitani et al.,Hum.Gene Ther.5:941-948,1994)、腺伴随病毒(AAV)载体(Goodman et al.,Blood 84:1492-1500,1994)、慢病毒载体(Naidini et al.,Science 272:263-267,1996)和假型反转录病毒载体(Agrawal et al.,Exper.Hematol.24:738-747,1996)。还可使用其它非病原体载体系统例如泡沫病毒载体(Parket al.″Inhibition of simian immunodeficiency virus by foamy virusvectors expressing siRNAs.″Virology.2005 Sep 20)。还可通过载体送递系统来送递短发夹RNA(shRNA),目的是抑制基因表达(参见Pichler et al.″In vivo RNA interference-mediated ablation of MDR1P-glycoprotein.″Clin Cancer Res.2005 Jun 15;11(12):4487-94;Leeet al.″Specific inhibition of HIV-I replication by short hairpinRNAs targeting human cyclin T1 without inducing apoptosis.″FEBSLett.2005 Jun 6;579(14):3100-6.)。
还可使用物理转导技术例如脂质体送递和受体介导的胞吞机制以及其它胞吞机制(参见例如Schwartzenberger et al.,Blood 87:472-478,1996)等实例。本发明可与任意上述或其它常用基因转移方法一起使用。
本申请通篇引用了多篇出版物。这些出版物的公开内容通过援引全文纳入本申请,目的是为了充分描述与本发明相关的现有技术。
对于本领域的技术人员而言显而易见的是,在不背离本发明的范围或精神的条件下,本发明可有多种修改和改变。通过考虑在此公开的本发明的说明书及其实施,本发明的其它实施方案对于本领域的技术人员是显而易见的。说明书和实施例仅旨在示例,而本发明的真实范围和精神由下面的权利要求书指明。
实施例
病毒为在其生命周期中的不同阶段均依赖于宿主细胞专性细胞内寄生物。病毒感染和/或细胞杀伤所需的细胞基因的特征对理解病毒生命周期很重要,并且可为新的抗病毒治疗方法提供细胞靶标。
溶解性反转录病毒感染所需的候选基因可由标记序列诱变法鉴定,这是一种可快速鉴定基因捕获所破坏的基因的方法。从含有2×105个独立的被破坏基因的细胞文库中筛选出了一百五十一个反转录抗性克隆,其中有111个克隆在先前表征的基因和功能未知的转录单位中含有突变。总而言之,与反转录病毒抗性相关的基因不同于被随机基因捕获靶中的基因,表现在已知突变热点未被充分表示出来,并且很多突变似乎集中在特定细胞过程中,包括:IGF-II表达/信号传导、囊泡转运/细胞骨架运输和细胞凋亡。
标记序列诱变法提供了一种在基因组范围内快速鉴定病毒感染所需候选细胞基因的方法。
细胞基因可能参与病毒生命周期的全部阶段,包括附着至细胞受体、内化、分解、mRNA的翻译、组装和脱离细胞[1]。不同细胞类型对病毒感染的敏感性大不相同,并且感染后期经常会出现病毒抗性细胞[2-4]。这表明遗传决定因子会影响对病毒生命周期有贡献的宿主细胞。尽管有影响病毒感染的哺乳动物基因的实例,但是由于缺乏对培养细胞进行遗传分析的实用方法,使得对这类基因的鉴定受到阻碍。本研究中,不论标记序列诱变法——一种广泛用于对小鼠胚胎干细胞中的基因进行突变的基因捕获方法[5-10]——是否被用来鉴定反转录病毒引起的溶解性感染所必需的候选细胞基因,均对在细胞质中复制的小型溶细胞RNA病毒进行测试。由于哺乳动物反转录病毒能够优先在增殖细胞和未分化细胞中复制,它们可作为病毒-宿主细胞相互作用的有用模型[3]。
基因捕获为在小鼠的研究中评价得到的最初在胚胎干细胞中诱导突变的有效突变剂。体细胞中,该方法假定基因捕获法引起的功能丧失突变由于基因剂量效应(例如单剂量不足)、已有的杂合性或杂合性的丧失可赋予反转录病毒抗性。在用U3NeoSV1反转录病毒基因捕获穿梭载体感染后,分离经诱变得到的大鼠肠上皮(RIE)-1细胞克隆的文库,其中每个克隆含有被原病毒整合所破坏的单个基因[6]。用1型反转录病毒感染捕获文库,还可在针对不存在细胞突变时表现出病毒抗性的持续感染细胞(PI)出现进行选择的条件下筛选抗病毒克隆[4]。通过对与捕获载体毗邻的基因组DNA区域进行测序,鉴定了总共151种抗反转录病毒细胞中的被破坏的基因[6];其中,有111种在之前表征的基因和未知转录单位中含有突变。
抗反转录病毒的克隆从捕获文库中选出的频率较从未诱变细胞中选出的频率要高,表明抗反转录病毒表型是由基因捕获诱变引起的。但是在任何遗传筛选中,具有所选择表型的克隆都可能是由于自发突变产生的,因此需要其它实验来证明基因捕获所破坏的个体基因实际上对抗反转录病毒表型有贡献。例如,胰岛素生长因子II(IGF-II)的转录阻遏物Ctcf的突变是与影响IGF-II表达和/或信号传导的反转录病毒抗性相关的4种突变之一。随后的实验表明增强的IGF-II表达足以赋予高水平的反转录病毒抗性[4]。简而言之,在一系列抗反转录病毒克隆中通过标记序列诱变共同鉴定的基因为对参与病毒生命周期的细胞过程的机制研究提供了候选物。由于被破坏的基因并不会对细胞存活有不利影响,因此,抑制由这些基因编码的蛋白质的药物预计不会对细胞产生明显的毒性。因此,候选基因还可包括新的抗病毒治疗的靶标。
RIE-1、L-细胞和病毒:
1型反转录病毒毒株Lang最初获自Bernard N.Fields。病毒在L-细胞中传代,并在先前已有描述的CsC1梯度溶液中对第三代毒株进行纯化并将其用于这些实验[59]。为开发PI细胞系,用1型反转录病毒感染RIE-1细胞,感染复数(MOI)为5,存活细胞在达尔伯克(氏)改良伊格尔(氏)培养基(DMEM)(Irvine Scientific,Santa Ana,CA,USA)中培养。表达作为即刻早期基因的报告基因lacZ的单纯疱疹病毒(HSV)-1克隆HSV-1 KOStk12由Patricia Spear,Northwestern University,USA馈赠。对于RIE-1和L-细胞,培养基中添加了10%胎牛血清、2mM/mlL-谷氨酰胺、100单位/ml青霉素和100μg/ml链霉素(Irvine Scientific,Santa Ana,CA,USA)[完全培养基]。在某些实验中,培养基中没有血清。反转录病毒或HSV-1感染后的细胞单层的维持时间由甲紫染色测定。
标记序列诱变和反转录病毒抗性的筛选
在RIE-1细胞被U3neoSV1载体感染(MOI为0.1)后,在含有1mg/mlG418硫酸盐(Clontech,Palo Alto,CA,USA)的培养基中就新霉素抗性筛选诱变细胞[6]。使二十个文库的突变体RIE-1细胞以及一个文库的A549人腺癌细胞(每个文库由104基因捕获事件组成)增殖,直到约103同胞细胞代表每个突变克隆。以亚汇合密度将这些细胞铺板并在无血清培养基中培养3天,直至它们休眠,然后用血清型1型反转录病毒感染(MOI为每个细胞35个噬斑形成单位(pfu))。感染18小时后,用胰蛋白酶使细胞脱离,并在含有10%胎牛血清(FBS)(Hyclone Laboratories,Inc.,Logan,Utah,USA)的培养基铺板。6hr后,除去培养基,将细胞在无血清培养基中培养,直至仅有少数细胞还贴附在培养瓶中。平均而言,从含有107个突变细胞组成的文库中回收了一至十个克隆(所选择细胞的富集度为六个数量级)。将在筛选中存活的细胞转移至装有培养基(含有10%FBS)的细胞培养板,并将细胞分为用于DNA提取的和深低温保藏的。
HSV-1即刻早期基因报告基因的转录和翻译
HSV-1即刻早期基因报告基因lacZ的转录和翻译分别由标准Nor thern印迹技术和β-半乳糖苷酶分析测定。
诱变的RIE-1细胞文库的形成
将诱变细胞文库用血清型-1型反转录病毒毒株Lang感染来筛选抗溶解性感染的克隆。在无血清培养基中进行抗病毒克隆的筛选,以遏制持续性感染(PI)细胞的出现[4]。这是很重要的,因为在病毒和细胞基因组中由包括适应性突变的过程产生的PI细胞提供了一种使RIE-1细胞不进行细胞突变就可获得病毒抗性的手段。未感染RIE-1细胞发生生长抑制,而PI RIE-1细胞在无血清培养基中被杀死。
DNA序列分析:
130个细胞系中的每个细胞系中紧邻原病毒插入物的5’端的基因组DNA通过质粒拯救进行克隆[6]。对约300至600个碱基对的该侧翼DNA进行测序并与非冗余(nr)的、表达的序列标记(dbEST)核酸数据库进行比较[61]。数据库中具有正向同源序列的匹配概率根据种间变异、侧翼DNA中外显子的量(在侧翼DNA与cDNA序列匹配的情况下)、交替剪接和测序错误而有所不同。若概率得分<10-5并且序列为非重复的,则数据库中的序列的匹配被认为有潜在意义的。大部分情况下,匹配基因与原病毒位于相同的转录位置。并且,涉及cDNA序列的匹配在侧翼基因组DNA中的外显子上为共线性,而在剪接位点趋异。如所叙述那样,实际上鉴定的所有基因以p<10-10与鼠、大鼠或人基因序列匹配。
标记序列诱变和抗反转录病毒基因克隆的筛选
在二十个文库的诱变RIE-1细胞(每个文库代表约104独立基因捕获事件)被U3NeoSV1基因捕获反转录病毒感染后对其进行分离。U3NeoSV1在病毒长末端重复(LTR)的U3区域中含有新霉素抗性基因的编码序列。就新霉素抗性所进行的筛选产生具有原病毒插入活性转录基因内的克隆。从每个捕获文库中收集到的细胞分别以感染复数35用1型反转录病毒感染,并在无血清培养基中筛选抗反转录病毒克隆以遏制持续性感染(PI)细胞的出现(ref)。分离了总共151种抗反转录病毒克隆——约1个突变体/103个基因捕获克隆或1个突变/107反转录病毒感染细胞。为进行比较,从未进行基因捕获诱变的RIE-1细胞中回收抗性克隆的频率小于10-8。这表明抗反转录病毒表型由基因捕获诱变所致。
无血清培养基中筛选的抗反转录病毒细胞不表达病毒抗原(图1),也并不产生感染性病毒(由噬斑分析评估)。大部分克隆可抵抗高滴度反转录病毒的感染并被进一步分析(图2)。而反转录病毒抗性最初并不是由持续性感染的建立所致,很多克隆在随后的传代中被持续性感染,推测这是由于呈现出病毒抗性的突变细胞对筛选中所使用的残留病毒的PI状态[2]的建立敏感。
抗反转录病毒克隆中被破坏的基因的鉴定
U3NeoSV1基因捕获载体含有质粒复制起点和抗氨苄青霉素基因;因此,毗邻寻靶载体的基因组DNA的区域很容易通过质粒拯救进行克隆并测序[6]。将侧翼序列与核酸数据库相比较,以鉴定由于基因捕获而发生改变时赋予了对反转录病毒引起的溶解性感染的抗性的候选细胞基因。同时,这151个克隆得到的侧翼序列与公共DNA序列数据库[非冗余9(nr)、高通量基因组序列(htgs)]和人、小鼠和大鼠基因组序列中的111个已注释的基因和转录单位匹配[6]。40个侧翼序列没有信息,因为它们与基因组DNA的重复元件或区域相匹配,而这些基因组DNA与任何已注释的转录单位均不相关。
表1列出了抗反转录病毒克隆中被破坏的基因,从中可获知某些功能信息。该表还包括编码已知可以物理方式相互的蛋白质的基因。与具体代谢或信号传导途径相关的基因示于表2。这包括在病毒复制所有方面有可能起作用的基因产物,所述病毒复制的所有方面为:进入、分解、转录、翻译和重新组装(表1、2,图3)。编码钙周期蛋白、胰岛素生长因子结合蛋白5蛋白酶(prssll)、C型样凝集素蛋白(Clr)-f和-C、Dnafal-/Aprataxin+(Aprx)、GATA结合蛋白4(Gata4)、Bc12样-1(Bc1211),和染色体10可译框架3(Chrl0orf3)和肌原纤维、fer-1样蛋白3(Fer113)、S100a6(编码钙周期蛋白),和两种功能未知的cDNA的十一种基因在独立细胞文库中分别被突变(表1)。在这些独立的突变克隆内的原病毒位于彼此的7至1500多个核苷酸内。
HSV-1抗性
进行实验来确定基因对HSV-1感染是否有抗性。这些实验使用了HSV-1(KOS)tk12,这是一种表达作为即刻早期基因的1acZ报告基因的感染性病毒[46]。Eif3s10、AnxaI、Mgat1和Igf2r基因突变的四种克隆对HSV-I感染有抗性,并且表达即刻早期1acZ报告基因的能力降低。Eif3s10、Mgat1和Igf2r突变的克隆还可表现出病毒mRNA的转录和翻译以及细胞死亡有所降低。已知Igf2r的突变可影响HSV复制[15,54,58];然而,HSV复制与由Eif3s10、AnxaI和Mga t1编码的蛋白质的关系是新的。这些数据表明在反转录病毒感染中存活的克隆中发现的一些候选基因可影响被其它病毒利用的常见细胞过程。
表1
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白质GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| Loc310836(Abca4) | ATP-结合盒,亚家族A(ABC1),成员4 | 2q41 | 1p22.1-p21 | XP_241525 | NM_000350 | NP_000341 | 6BE65_T7 | AR228076 BD069426美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:69 | 310836 | 24 |
| Anxal | 膜联蛋白A1 | 1q51 | 9q12-q21.2 | U25159 | NM_000700 | NP_000691 | 6B37H_T7 | AR228072 BD069422美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:65 | 25380 | 301 |
| Anxa2 | 膜联蛋白A2 | 8q24 | 15q21-q22 | NM_019905 | NM_001002857 NM_0010028588 NM_004039 | NP_001002857 NP_001002858 NP_004030 | 7A7_rE | AR228047 BD069397美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:40 | 56611 | 302 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白质GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| BD078939美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:19 | ||||||||||
| Anx3 | 膜联蛋白A1 | 14p22 | 4q13-q22 | NM_012823 | NM_005139 | NP_005130 | 70A-rE | BD079025美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:105 | 25291 | 306 |
| Aptx-/dnajal[Hsj2] | 失用症蛋白(aprataxin)/DnaJ(HSP40)同系物,亚家族A,成员1 | 5q22 | 9p13.3 | NW_07454 | NM_017692 NM_175069 NM_175071 NM_175072/ NM_001539 | NP_060162 NP_778239 NP_778241 NP_778242/ NP_001530 | 12_3b#7-rE12_3B#8-rE9B27_2_rE | BD078944美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:24BD078943美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:23 | 259271 65028 | 54840 3301 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白质GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| BD078945美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:25 | ||||||||||
| Atp6vOc | ATP酶,H+转运,溶酶体16kDa,V0亚基c | 10q12 | 16p13.3 | NC_000016 | NM_001694 | NP_001685 | 6BE3_lac | AR228008 BD069358美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:1 | 170667 | 527 |
| Bcl2ll | BcI2样1 | 3q41.2 | 20q11.21 | NP_238186 | NM_001191 NM_138578 | NP_001182 NP_612815 | L197B3E-rEL245-3-rEL24-4-4-rE | BD079008美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:88,BD079032美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:112 | 24888 | 598 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| Brd2 | 含布罗莫结构域2(bromodomain-containing 2) | 20p12 | 6p21.3 | XP_238186 | NM_005104 | NP_005095 | 36_5_2_6-rE | BD078987美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:67 | 294276 | 6046 |
| Brd3/Wdr5 | 含布罗莫结构域3/WD重复域5 | 3p12 | 9q34 | XP_342398XP_342397 | NM_007371/ NM_017588 NM_052821 | NP_031397/ NP_060058 NP_438172 | 1A_rE | AR228036 BD069386美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:29 | 362093 | 8019/ 11091 |
| C9orf119/Golga2 | 功能未知的基因高尔基体自身抗原高尔基体蛋白(golgin)亚家族a,2 | 3p11 | 9q34.13 | NW_047652NM_022596 | XM_372143BC029911NM_004486 | XP_372143 AAH29911 NP_004477 | 6_3_6_2E-rE | BD078967美国专利NO.6177177的SEQ IDNO:47 | 375757 64528 | 375757 2801 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| C10orf3 | 染色体10可译框架3 | 1q54 | 10q23.33 | XP_220034 | NM_018131 | NP_060601 | 14_24#6-rEL245-3-rEL192A3E-rE6b52-rE | AR228054 BD069404美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:47BD078938美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:88BD078978美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:58AR228049 BD069399美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:42 | 55165 | 55165 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| Cald1 | 钙调素结合蛋白 | 14q22 | 7q33 | NM_013146 | NM004342 NM033138 NM033139 NM033140 NM033157 | NP004333 NP149129 NP149130 NP14t9131 NP149347 | 191E2E-rE | BD078958美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:38 | 25687 | 800 |
| Calm2 | 钙调蛋白2(磷酸化酶激酶,δ) | 6q11-q12 | 2p21 | NM_017326 | NM001743 | NP001734 | 32-3-2#1E/-rE | BD078921美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:1 | 50663 | 805 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| Celsr2 | 钙粘蛋白,EGFLAG七通道(pass)G型受体2 | 4q11 | 1p21 | NW_047687 | NM001408 | NP001399 | 12_4b_9-rE | AR228032.,美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:25AR228027美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:20BT069377;BD069382 | 83465 | 1952 |
| Clr-f | 杀伤细胞凝集素样受体F1 | 4q12 | N/A | XM_232399 | N/A | N/A | 36_7_1a-rESCA9#14_rE | BD078982美国专利NO.67771777的SEQ IDNO:62AR228038美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:31 | 312745 | N/A |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| Copg2/Tsga13 | 外被体(coatomer蛋白复合物亚基γ2睾丸特异基因A13-花斑单等位基因表达1 | 4q22 | 7q32 | NW_047355/XP_231582 | NM012133/ NM052933 | NP036265 NP4431655 | 36_5_2-19b_lac12cx#11-rE | AR228051美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:44BD078955美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:35BD078941 BD069401 BD078988美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:68 | 301742 312203 | 26958 114960 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| Cstf2t | 剪切刺激因子3前-RNA亚基2,64kDa | 1q52 | 10q11 | NW_047565 | NM015235 | NP056050 | 19_9BE_rE | BD078960美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:40BD078958美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:38 | 309338 | 23283 |
| Csmd2 | CUB和sushi多结构域2 | 5q36 | 1p35.1-p34.3 | XP_232753 | NM052896 | NP443128 | L24_9_1-rE | BD079033美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:113 | 313040 | 114784 |
| Ctcf | CCCTC结合因子(锌指蛋白) | 19q12 | 16q21-q22.3 | NP_114012 | NM006565 | NP006556 | 6BE72_rE | AR228009 BD069366美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:2 | 83726 | 10664 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| Cutll/Mylc2pl+ | Cut样1,CCAAT置换蛋白(果蝇)肌球蛋白轻链2,前体淋巴细胞特异 | 12q12 | 7q22.1 | XP_341054XP_344098 | NM001913 NM181500 NM181552/ NM138403 | NP001904 NP852477 NP853530/ NP612412 | 31_3_17_rE | BD079017 BD0/8994美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:74 | 116639/ 363900 | 1523 93408 |
| Dlx2 | 与TES-1同源框相似的distal-less同源框2 | 3q21 | 2q32 | XP_230986 | NM004405 | NP004396 | L24_4_2BE_rE | BD079037美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:117 | 296499 | 1746 |
| Dnajal | DnaJ(Hsp40)同系物,亚家族A,成员 | 5q221 | 9p13-p12 | NP_075223 | NM001539 | NP001530 | 10_46_4-Lac12_3B#8-rE | BD078944美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:24 | 65028 | 3301 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| Dre1也称为KLHL24 | Dre1蛋白 | 11q23 | 3q27.1 | NM_181473 | NM017644 | NP060114 | 10_4b_4-rE | AR228014,美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:7BD069364 BD078933美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:13 | 303803 | 54800 |
| E2ig2 | 雌激素诱导的基因2 | 1q32 | 11q13.3 | NP_57649 | NM016565 | NP057649 | L197B3E-rE for | BD078972美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:52 | 51287 | |
| Eif3s10 | 延伸起始因子3亚基10 | 1q55 | 10q26 | NW_047570 | NM003750 | NP003741 | 12PSA#6_rE | AR228011 BD069361美国专利NO.6448000的SEQ ID | 292148 | 8661 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| NO:4 | ||||||||||
| Erbb2ip | Erbb2相互作用蛋白 | 2q12 | 5q13.1 | XP_345149 | NM018695 | NP061165 | SCA9#14_rEScB2#19-rE | AR228015 BD069365美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:8 | 55914 | |
| Fer1l3 | fer-1-样蛋白3,myoferlin | 1q53 | 10q24 | NW_047565 | NM013451 NM133337 | NP038479 NP579899 | 14_24#6-rE6b52-re | AR228049 BD069399美国专利NO.6448000的SEQ IDNO.42 | 26509 | |
| Fkbp8 | FK506结合蛋白8,38kDa | 16p14 | 19p12 | XP_214316 | NM012181 | NP036313 | 31_3_15#1_Lac31_3_15#1rE31_3_6_2-rE. | BD079018 BD078996美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:76 | 23770 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| BD079016.,BD078993美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:96 | ||||||||||
| Fusip1 | FUS相互作用蛋白(富含丝氨酸-精氨酸)1 | 5q36 | 1p36.11 | XP_342949 | NM006625 NM054016 | NP006616 NP473357 | L28ap-rE | BD079009美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:89 | 362630 | 10772 |
| Gas5 | 生长抑制特异性5 | 13a21 | 1q23.3 | U77829 | AK025846 AL110141 BC038733 | N/A | 10_4A_8_rE | AR228010 BD069360美国专利NO.6448000的SEQ IDNO.3 | 81714 | 60674 |
| Gata4 | GATA结合蛋白4 | 15p12 | 8p23.1-p22 | NW_047454 | NM002052 | NP002043 | 10_2A_3_12-rE10_2A_3-rE | AR228023美国专利NO.6448000的SEQ IDNO.16 | 2626 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| BD069373 AR228024美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:17 | ||||||||||
| Grb2 | 生长因子受体结合蛋白2 | 10q32.2 | 17q24-q25 | NP_10473 | NM002086 NM203506.. | NP002077 NP987102. | 36_5_2_19a | 研究中 | 81504 | 2885 |
| Gtf2el/Rabl3 | 通用转录因子IIE多肽1,α56kDa;RAB,RAS癌基因家族样成员3 | 11q22 | 3q21-q24 | XP_221426XP_340993 | NM005513/ NM173825 | NP005504/ NP776186 | L195B1E | BD078975美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:55 | 360720 | 2960 285282 |
| HM13 | 组织相容(次要)13,来自A549细胞库的人基因 | 20q11.21 | NM030789. | NP110416 | RA3_A-rERA2#C_rE | 81502 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| HNRPL | 异源核核糖核蛋白L-来自A549细胞库的人基因 | 1q21 | 19q13.2 | NM001533 | NP001524 | RA2_A-rE | 3191 | |||
| Hoxc13 | 同源框C13 | 7q36 | 12q13.3 | XP_345881 | NM017410. | NP059106 | L191B2E#3+_rE | BD078923美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:3 | 366995 | 3229 |
| Hpl-bp74 | 异染色质蛋白1,结合蛋白74 | 5q36 | 1p36.13 | NM_99108 | NM016287 | NP057371 | 10_3bE | AR228022 BD069372美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:15 | 313647 | 50809 |
| Hspc13S+/Mox2r | HSPC135蛋白同系物/Cd200受体2 | 11q21 | 3q13.2 | XP_340986NP_076443 | NM014170/ NM138806 NM138939 | NP054889/ NP620161 NP620385 | l4D#8 | AR228059 BD069409美国专利NO.6448000的SEQ ID | 360714/ | 29083 131450 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| NM138940 NM170780 | NP620386 NP740750 | NO:52 | ||||||||
| Id3 | DNA结合3的抑制剂,显性负螺旋-环-螺旋蛋白 | 5q36 | 1p36.13-p36.12 | NP_037190 | NM002167 | NP002158 | 21_5_8E-rE21_5_7E-rE21_5_9E-rE | BD078974美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:54BD078924SEOID美国专利NO.677177的SEQ IDNO:4BD079042美国专利NO.677177的SEQ IDNO:122 | 25585 | 3399 |
| Igf2r | 胰岛素样 | 1q11 | 6q26 | NW047553 | NM000876 | NP000867 | L192B3E#13_rE | BD078980 | 25151 | 3482 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entre基因 |
| 生长因子2受体(IGF2R) | 美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:60 | |||||||||
| Jakl | 酪氨酸-蛋白激酶JAK1 | 5q33 | 1p32.3-p31.3 | XP_342873 | NM002227 | NP002218 | 18A_8_4F-rE | BD078969 BD079044美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:49 | 362552 | 3716 |
| Kif13b | 鸟苷酸激酶相关驱动蛋白 | 15p12 | 8p12 | XP_224288 | NM015254 | NP056069. | 194c4e-rE | BD078976美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:56 | 305967 | 23303 |
| Klhl6 | KeIch样6 | 11q23 | 3q27.3 | NW_047358 | NM130446 | NP569713 | 10_3b_2_rE10_4b_4-rE | AR228020 BD069370美国专利NO.6448000 | 89857 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrrez基因 |
| 的SEQ IDNO:13BD078933美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:13AR228014美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:7 | ||||||||||
| Ki-67 | 增殖相关抗原 | 2q26 | 10q25 | XP_227096 | NM002417 | NP002408 | 12_4b#11_rE | AR228033. BD069383美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:26 | 310382 | 4288 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因Entrez基因 |
| Lipc/LOC363090人Genbank编号和Entrez基因对应Lipc基因 | 脂酶,成员H甘油醛-3-磷酸脱氢酶(磷酸化) | 8q24 | 15q21-q23 | NM_012597XP_343422 | NM000236/ | NP000227/ | 6BSA12_rE | AR228018 BD069368美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:11AR228046 BD069396美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:39 | 24538/ 363090 | 3990 |
| Madh7 | MAD,针对果蝇同系物7的母本(果蝇属) | 8q12.3 | 18q21.1 | NW-047516 | NM005904 | NP005895 | 14A7re | BD078950美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:30 | 4092 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| IКBζ(MAIL) | 具有由脂多糖诱导的锚蛋白重复的分子 | 11q12 | 3p12-q12 | NW_047355 | NM031419 NM001005474 | NP113607 NP001005474 | 31_3_9_rE | BD079015 BD078992美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:95 | 64332 | |
| Map3k7ipl | 促分裂原激活蛋白激酶激酶激酶7相互作用蛋白1 | 7q34 | 22q13.1 | NW_047780 | NM006116 NM153497 | NP006107 NP705717 | 34X24_126-rE | BD078985美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:65 | 10454 | |
| Mapt | 微管相关蛋白TAU | 10q32.1 | 17q21.1 | NM_017212 | NM005910 NM016834 NM016835 NM016841 | NP005901 NP058518 NP058519 NP058525 | 12_3B#7 | AR228033, BD069383美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:26 | 360248 | 4137 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| Mgat1 | 甘露糖基(α-1,3-)-糖蛋白β-1,2-N-乙酰基-葡萄糖胺-转移酶 | 10q21 | 5q35 | NW_047334 | NM002406 | NP002397 | 14_7#2E_rE | AR228012.BD069362,美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:5BD079013美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:93BD078952美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:32 | 81519 | 4245 |
| Mical2 | 黄素蛋白氧化还原酶 | 1q33 | 11p15.3 | NP_872610 | NM014632. | NP055447 | 12C#A_rE | AR228031,BD069381美国专利 | 365352 | 9645 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| NO.6448000的SEQ IDNO:24BD078931美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:11 | ||||||||||
| Ocil | C型破骨细胞抑制性凝集素 | 4q32 | 12p13 | XP_342770 | NM001004419 NM001004420 NM013269 | NP001004419 NP001004420 NP037401 | 14XD#12E-rE191E9E-rE | AR228081.美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:74BD079024;BD069431.;BD078961美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:41 | 113937 | 29121 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| BD07895 1美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:31 | ||||||||||
| OL16 | 脂肪细胞特异蛋白5和剪接变体OI-16 | 8q22 | 11q24.1 | NM_173154 | NM024769 | NP079045 | X236E1_T7X236E1_T3 | 286939 | 79827 | |
| Numb | Notch信号传导的推定抑制剂 | 6q31 | 14q24.3 | XP_234394 | NM003744 | NP003735 | SCA7#5_rE | AR228078美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:71 | 29419 | 8650 |
| Pde4b-/ | 磷酸二酯酶4BcAMP-特异性(磷酸二酯酶E4愚人3同系物,果蝇) | 5q32 | 1p31 | NP_058727 | NM002600 | NP002591 | 34X25_23_Lac | BD078990美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:70 | 24626 | 5142 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| Pgyl-(Abcb1)/ | ATP结合盒,亚家族B(MDR/TAP)成员1 | 4q12 | 7q21.1 | NM_012623 | NM000927 | NP000918 | 34X23_3-rE | BD078989美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:69 | 24646 | 5243 |
| Prssll | 蛋白酶,丝氨酸,11(IGF结合) | 11q37 | 10q26.3 | NP_113909 | NM002775 | NP002766 | 12CXY#7_rE | BD069425 AR228075美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:68 | 65164 | 5654 |
| Psa | 氨肽酶嘌呤霉素敏感 | 10q31 | 17q21 | NW-047338 | NM006310 | NP006301 | 8C5_6_rE | BD069403;AR228053美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:46 | 50558 | 9520 |
| Psma7 | 蛋白酶体(前体,macropain)亚基,α型,7 | 3q43 | 20q13.33 | XP_342599 | NM002792 NM152255 | NP0027833 NP689468 | 12CX#11E_rE35514a-rEI | BD078983美国专利NO.6777177 | 29674 | 5688 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| 的SEQIDNO:62 | ||||||||||
| Pts | 6-丙酮酰-四氢蝶呤合成酶 | 8q23 | 11q22.3-q23.3 | NP_058916 | NM000317 | NP000308 | 19D5E_rE | BD078942美国专利NO.6777177的SEQIDNO:22 | 29498 | 5805 |
| Rfp2 | RET指蛋白2或Trim13 | 15p12 | 13q14 | NM_005798 | NM005798 NM052811 NM213590 | NP005789 NP434698 NP998755 | 1A_A549_6_rE | 10206 | ||
| Rpsl8 | S18核糖体蛋白,胞质内,Ca2+/钙调蛋白激活蛋白激酶II的底物 | 5q24 | 6p21.3 | XP_232915 | NM022551 | NP072045 | 12_4b#11_rE12_4b#7_rE | AR228028 BD069378美国专利NO.6448000的SEQIDNO:21 | 298014 | 6222 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| Rin2 | 含有ras相关(Ra16GDS/AF-6)结构域的蛋白JC265;RAB5相互作用蛋白2 | 3q41 | 20p11 | XP_230647 | NM018993 | NP061866 | 12_3B#10-rE | AR228026 BD069376美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:19 | 311494 | 54453 |
| Rorl | 受体酪氨酸激酶样孤儿受体1 | 5q33 | 1p32-p31 | XP_238402 | NM005012 | NP005003 | 12_6B#6_rE | AR228030 BD069380美国专利NO.644800的SEQ IDNO:23 | 117094 | 4919 |
| Rraga | Ras-相关GTP结合A | 5q32 | 9p21.3 | NP_446425 | NM006570 | NP006561 | L193A1E#A_rE | BD078977美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:57 | 117044 | 10670 |
| Ryk | 受体样酪氨酸激酶 | 8q32 | 3q22 | XP_343459 | NM002958 | NP002949 | 19-7ae_rE | BD078959美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:39 | 140585 | 6259 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| S100a6/Sl00al | S100钙结合蛋白(钙周期蛋白)/S100蛋白,α链 | A6q34 | 1q21 | NP_445937XP_215606 | NM014624/ NM006271 | NP055439/ NP006263 | L25_10-Lac18_3#3E-rE isSEQ ID NO:6and 3_2_4-rE is61 and 110 fromU.S.patent No.6,777,177SEQ ID NO:111is L25-10-rESEQ ID NO:114is17-L25-27#7-rESEQ ID NO:109is 3_2_13-rESEQ ID NO:115is L21C1E-rE | AR228013.,美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:6BD069363 BD079030美国专利NO.677717的SEQ IDNO:61和11BD078981,BD079031美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:111BD079034 | 85247 295214 | 6277 6271 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| 美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:114BD079029美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:109BD079035美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:115 | ||||||||||
| Scmhl | 中足同系物1上的性梳(果蝇) | 5q36 | 1p34 | XP_342901 | NM012236 | NP036368 | 38_17#2_rE | 研究中 | 22955 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| Serpl | 应激相关内质网蛋白1 | 15q11 | 3q251 | NM_030835 | NM014445 | NP055260 | 191E8E_rE | BD078962美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:42 | 80881 | 27230 |
| Srp19 | 信号识别颗粒,19kDa | 18p12 | 5q21-q22 | NW_047510 | NM003135. | NP003126 | 14C_2E_rE | BD078963美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:43 | 291685 | 6728 |
| Stmnl | Stathmin,微管解聚蛋白 | 8q31 | 1p36.1-p35 | XP_343442 | NM005563 NM203399 NM203401 | NP005554 NP981944 NP981946 | SCA6#1_rE | AR228025 BD069375美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:18 | 363108 | 3925 |
| Tpml | 原肌球蛋白1(α) | 8q24 | 15q22.1 | NW_047799 | NM000366 | NP000357 | 6BE60_rE | BD078934美国专利 | 24851 | 7168 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编号 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrez基因 |
| NO.677717的SEQ IDNO:14 | ||||||||||
| Trim52 | 含三联基元52 | 15q22 | 5q35.3 | XM_224468 | NM032765 | NP116154 | L24_26_2A-rEL24_3_2B-rEL24_26_1-BL | BD079011美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:91BD079005美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:85BD079002美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:82 | 290458 | 84851 |
| 基因 | 定义 | 大鼠CHR | 人CHR | 大鼠GenBank编号 | 人mRNAGenBank编号 | 人蛋白GenBank编 | 克隆命名 | 核酸插入物GenBank编号 | 大鼠基因的Entrez基因 | 人基因的Entrrez基因 |
| Tsec-2+/Mthfd1 | tsec-2+/CI-四氢叶酸合成酶 | 6q24 | 14q24 | NW_047761NM_022508 | NM005956 | NP005947 | 36_5_2_196-rE14D#18-rE | AR228055 BD069405美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:48 | 299152 64300 | 4522 |
| Ubelc | 泛蛋白-激活酶E1C | 4q34 | 3p24.3-p13 | NP_476553 | NM003968 NM198195 NM198197 | NP303959 NP937838 NP937840 | 12_3B#2_rE | AR228029 BD069379美国专利NO.6448000的SEQ IDNO:22 | 117553 | 9039 |
| Zfp207 | 锌指蛋白207 | 10q26 | 17q12 | XP_221231 | NM003457 | NP03448 | 3135-rE | BD078995美国专利NO.6777177的SEQ IDNO:75 | 303763 | 7756 |
| Znf7 | 锌指蛋白7 | 7q34 | 8q24 | XP_235457 | NM003416 | NP003407 | 1bw_lac | 315101 | 7553 |
表2基于功能对捕获到的基因的分类
捕获到的基因由官方HUGO基因命名委员会命名(若有的话)列出。基因或其产物的功能位置由文献描述确定。一些基因有一种以上的细胞功能,分类比较随意,而其它基因作用尚不确定。
| 转录Brd2Brd3CtcfE2f2Gtf2elHnrplHoxcl3Hpl-bp74Id3Znf207Zfp7 | 细胞骨架相关Anx3CaldlCalm2MaptPpmlaRpsl8StmnlTpmlKifl3b | 膜Abca4Csmd2Celsr2Erbb2ipOLl6PgyiRabl3Serpl | 信号传导E2ip2FusiplFkbp8Gata4Grb2JaklMadh7Map3k7iplPde4bRragaRyk | 囊泡/运输Anxa1Anxa2Atp6v0cCopg2Golga2Hml3Igf2rPsaRin2Rabl3S100a6 |
| 翻译Cstf2Eif3sl0Srp19 | 细胞凋亡Bcl2lCycsIkB□Mical2Rfp2 | 细胞代谢Gas5LipcMgatlPts | 伴侣分子Dnajal | |
| 遍在蛋白化/蛋白体UbelcPsma7 | ||||
| 未分配的Apts Hspc135 Ocil Wdr5Clr-f Klhl6 RorlDrel Mox2rScmhlDlx2 Numb Trim52 | ||||
表3
| 基因名称 | ABCA4 | GenBank编号 | NM 000350 | GI: | 4557875 |
| 生物 | 人 | 长度 | 7318 | ORF区域 | 82-6903 |
| 基因座 | 24 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 52.58 |
| 定义 | 人ATP-结合盒,亚家族A(ABC1),成员4(ABCA4),mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_000350_siRNA_458 | 458 | GGACAGAGCUACACAUCUU(SEQ ID NO:1) | AAGAUGUGUAGCUCUGUCC(SEQ ID NO:2) | ORF | 47.36842105 |
| NM_000350_siRNA_869 | 869 | GCCGUUCUCAAGGUAUCAA(SEQ ID NO:3) | UUGAUACCUUGAGAACGGC(SEQ ID NO:4) | ORF | 47.36842105 |
| NM_000350_siRNA_880 | 880 | GGUAUCAAUCUGAGAUCUU(SEQ ID NO:5) | AAGAUCUCAGAUUGAUACC(SEQ ID NO:6) | ORF | 36.84210526 |
| NM_000350_siRNA_1734 | 1734 | GGUAUUCCCUGACAUGUAU(SEQ ID NO:7) | AUACAUGUCAGGGAAUACC(SEQ ID NO:8) | ORF | 42.10526316 |
| NM_000350_siRNA_1864 | 1864 | GCUGAUCCCGUGGAAGAUU(SEO ID NO:9) | AAUCUUCCACGGGAUCAGC(SEQ ID NO:10) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | AN×A1 | GenBank编号 | NM 000700 | GI: | 4502100 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1399 | ORF区域 | 75-1115 |
| 基因座 | 301 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 44.48 |
| 定义 | 人膜联蛋白A1(ANXA1),mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_000700_siRNA_318 | 318 | GCAGCAUAUCUCCAGGAAA(SEQ ID NO:11) | UUUCCUGGAGAUAUGCUGC(SEQ ID NO:12) | ORF | 47.36842105 |
| NM_000700_siRNA_609 | 609 | GCUUUGCUUUCUCUUGCUA(SEQ ID NO:13) | UAGCAAGAGAAAGCAAAGC(SEQ ID NO:14) | ORF | 42.10526316 |
| NM_O00700_siRNA_775 | 775 | GCAGAGUGUUUCAGAAAUA(SEQ ID NO:15) | UAUUUCUGAAACACUCUGC(SEQ ID NO:16) | ORF | 36.84210526 |
| NM_000700_siRNA_942 | 942 | GGAACUCGCCAUAAGGCAU(SEQ ID NO:17) | AUGCCUUAUGGCGAGUUCC(SEQ ID NO:18) | ORF | 52.63157895 |
| NM_000700_siRNA_1058 | 1058 | GGAUGAAACCAAAGGAGAU(SEQ ID NO:19) | AUCUCCUUUGGUUUCAUCC((SEQ ID NO:20) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | ANXA2 | GenBank编号 | NM001002857 | GI: | 50845385 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1644 | ORF区域 | 137-1156 |
| 基因座 | 302 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 48.14 |
| 定义 | 人膜联蛋白A2(ANXA2),转录物变体2,mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_001002857_siRNA844 | 844 | CCCUUAUGACAUGUUGGAA(SEQ ID NO:21) | UUCCAACAUGUCAUAAGGG(SEQ ID NO:22) | ORF | 42.10526316 |
| NM_001002857_siRNA_845 | 845 | CCUUAUGACAUGUUGGAAA(SEQ ID NO:23) | UUUCCAACAUGUCAUAAGG(SEO ID NO:24) | ORF | 36.84210526 |
| NM_001002857_siRNA_1071 | 1071 | GCAAGUCCCUGUACUAUUA(SEQ ID NO:25) | UAAUAGUACAGGGACUUGC(SEQ ID NO:26) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | ANXA2 | GenBank编号 | NM001002858 | GI: | 50845387 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1635 | ORF区域 | 74-1147 |
| 基因座 | 302 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 48.89 |
| 定义 | 人膜联蛋白A2(ANXA2),转录物变体1,mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_01002858_siRNA_835 | 835 | CCCUUAUGACAUGUUGGAA(SEQ ID NO:27) | UUCCAACAUGUCAUAAGGG(SEQ ID NO:28) | ORF | 42.10526316 |
| NM_001002858_siRNA_836 | 836 | CCUUAUGACAUGUUGGAAA(SEQ ID NO:29) | UUUCCAACAUGUCAUAAGG(SEQ ID NO:30) | ORF | 36.84210526 |
| NM_001002858_siRNA_1062 | 1062 | GCAAGUCCCUGUACUAUUA(SEQ ID NO:31) | UAAUAGUACAGGGACUUGC(SEQ ID NO:32) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | ANXA2 | GenBank编号 | NM004039 | GI | 50845389 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1563 | ORF区域 | 561075 |
| 基因座 | 3D2 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 48.14 |
| 定义 | 人膜联蛋白A2(ANXA2),转录物变体3,mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_004039_siRNA_763 | 763 | CCCUUAUGACAUGUUGGAA(SEQ ID NO:33) | UUCCAACAUGUCAUAAGGG(SEQ ID NO:34) | ORF | 42.10526316 |
| NM_004039_siRNA_764 | 764 | CCUUAUGACAUGUUGGAAA(SEQ ID NO:35) | UUUCCAACAUGUCAUAAGG(SEQ ID NO:36) | ORF | 36.84210526 |
| NM_004039_siRNA_990 | 990 | GCAAGUCCCUGUACUAUUA(SEQ ID NO:37) | UAAUAGUACAGGGACUUGC(SEQ ID NO:38) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | ANXA3 | GenBank编号 | NM005139 | GI: | 4826642 | |||
| 生物 | 人 | 长度 | 1339 | ORF区域 | 47-1018 | |||
| 基因座 | 306 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 42.8 | |||
| 定义 | 人膜联蛋白A3(ANXA3),mRNA。 | |||||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |||
| NM_005139_siRNA_317 | 317 | CCAGCAGUCUUUGAUGCAA(SEQ ID NO:39) | UUGCAUCAAAGACUGCUGG(SEQ ID NO:40) | ORF | 47.36842105 | |||
| NM_005139_siRNA_332 | 332 | GCAAAGCAGCUAAAGAAAU(SEQ ID NO:41) | AUUUCUUUAGCUGCUUUGC(SEQ ID NO:42) | ORF | 36.84210526 | |||
| NM_005139_siRNA_405 | 405 | GGACAAGCAGGCAAAUGAA(SEQ ID NO:43) | UUCAUUUGCCUGCUUGUCC(SEQ ID NO:44) | ORF | 47.36842105 | |||
| NM_005139_siRNA_411 | 411 | GCAGGCAAAUGAAGGAUAU(SEQ ID NO:45) | AUAUCCUUCAUUUGCCUGC(SEQ ID NO:46) | ORF | 42.10526316 | |||
| NM_005139_siRNA_827 | 827 | GCCUUGAAGGGUAUUGGAA(SEQ ID NO:47) | UUCCAAUACCCUUCAAGGC(SEQ ID NO:48) | ORF | 47.36842105 | |||
| 基因名称 | APTX | GenBank编号 | NM 017692 | GI: | 28329424 | |||
| 生物 | 人 | 长度 | 2016 | ORF区域 | 605-1111 | |||
| 基因座 | 54840 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 47.93 | |||
| 定义 | 人失用症蛋白(APTX).转录物变体4.mRNA。 | |||||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |||
| NM_017692_siRNA_956 | 956 | GCUGUGAUCGAGAUGGUAC(SEQ ID NO:49) | GUACCAUCUCGAUCACAGC(SEQ ID NO:50) | ORF | 52.63157895 | |||
| NM_017692_siRNA_983 | 983 | GGUAGAGUAACUGUCCGAG(SEQ ID NO:51) | CUCGGACAGUUACUCUACC(SEQ ID NO:52) | ORF | 52.63157895 | |||
| NM_017692_siRNA-1005 | 1005 | GGAUGCCUGAGCUCUUGAA (SEQ ID NO:53) | UUCAAGAGCUCAGGCAUCC(SEQ ID NO:54) | ORF | 52.63157895 | |||
| 基因名称 | APTX | GenBank编号 | NM 175069 | Gl: | 28329429 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2036 | ORF区域 | 25-945 |
| 基因座 | 54840 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 48.0 |
| 定义 | 人失用症蛋白(APTX).转录物变体2.mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_175069_siRNA_105 | 105 | GCACCAGCGAAUCAGACUU(SEQ ID NO:55) | AAGUCUGAUUCGCUGGUGC(SEQ ID NO:56) | ORF | 52.63157895 |
| NM_175069_siRNA_266 | 266 | GCAUUGACUCAGUCGUAAU(SEQ ID NO:57) | AUUACGACUGAGUCAAUGC(SEQ ID NO:58) | ORF | 42.10526316 |
| NM_175069_siRNA_389 | 389 | GCCUGGAAACACACAGGAA(SEQ ID NO:59) | UUCCUGUGUGUUUCCAGGC(SEQ ID NO:60) | ORF | 52.63157895 |
| NM_175069_siRNA_652 | 652 | CCAAAGGCCCGUUACCAUU(SEQ ID NO:61) | AAUGGUAACGGGCCUUUGG(SEQ ID NO:62) | ORF | 52.63157895 |
| NM_175069_siRNA_720 | 720 | GGAACACCUUGAACUCCUU(SEQ ID NO:63) | AAGGAGUUCAAGGUGUUCC(SEQ ID NO:64) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | APTX | GenBank编号 | NM 175071 | GI: | 28329426 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1836 | ORF区域 | 425-931 |
| 基因座 | 54840 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 47.93 |
| 定义 | 人失用症蛋白(APTX),转录物变体5,mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_175071_siRNA_799 | 799 | GGCUGGUAGAGUAACUGUC(SEQ ID NO:65) | GACAGUUACUCUACCAGCC(SEQ ID NO:66) | ORF | 52.63157895 |
| NM_175071_siRNA_803 | 803 | GGUAGAGUAACUGUCCGAG(SEO ID NO:67) | CUCGGACAGUUACUCUACC(SEO ID NO:68) | ORF | 52.63157895 |
| NM_175071_siRNA_825 | 825 | GGAUGCCUGAGCUCUUGAA(SEQ ID NO:69) | UUCAAGAGCUCAGGCAUCC(SEQ ID NO:70) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | APTX | GenBanK编号 | NM 175072 | GI: | 28329432 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2041 | ORF区域 | 372-1136 |
| 基因座 | 54840 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 47.98 |
| 定义 | 人失用症蛋白(APTX),转录物变体3,mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_175072_siRNA_981 | 96l | GCUGUGAUCGAGAUGGUAC(SEQ ID NO:71) | GUACCAUCUCGAUCACAGC(SEQ ID NO:72) | ORF | 52.6315789 |
| NM_175072_siRNA_1030 | 1030 | GGAUGCCUGAGCUCUUGAA(SEO ID NO:73) | UUCAAGAGCUCAGGCAUCC(SEQ ID NO:74) | ORF | 52.6315789S |
| NM_175072_siRNA_1094 | 1094 | UCCUCAGCUGAAAGAACAU(SEQ ID NO:75) | AUGUUCUUUCAGCUGAGGA(SEQ ID NO:76) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | DNAJAl | GenBanK编号 | NM 001539 | GI: | 49472820 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1538 | ORF区域 | 184-1377 |
| 基因座 | 3301 | 引ast数据库 | 人 | ORF GC% | 43.22 |
| 定义 | 人DnaJ(HsD40)同系物。亚家族A,成员1(DNAJAl),mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RMA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_001539_siRNA_642 | 642 | CCGAGGUACUGGAAUGCAA(SEQ ID NO:77) | UUGCAUUCCAGUACCUCGG(SEO ID NO:78) | ORF | 52.63157895 |
| NM_001539_siRNA_646 | 646 | GGUACUGGAAUGCAAAUM(SEQ ID NO:79) | UUAUUUGCAUUCCAGUACC(SEQ ID NO:80) | ORF | 36.84210S26 |
| NM_001539_siRNA_682 | 682 | CCUGGAAUGGUUCAGCAAA(SEO ID NO:81) | UUGCUGAACCAUUCCAGG(SEQ ID NO:82) | ORF | 47.36842105 |
| NM_001539_siRNA-779 | 779 | GGAAGAUAGUUCGAGAGAA(SEQ ID NO:83) | UUCUCU06AACUAUCUUCC(SEQ ID NO:84) | ORF | 42.10526316 |
| NM_001539_siRNA_840 | 840 | CCAGMGAuMCAUUGCAU(SEO ID NO:85) | AUGGMUGUUAUCUUCUGG(SEO ID NO:86) | ORF | 36.84210526 |
| 基因名称 | ATP6VOC | GenBanK编号 | NM 001694 | G1: | 19913436 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1126 | ORF区域 | 153-620 |
| 基因座 | 527 | BIast数据库 | 人 | ORFGC% | 63.47 |
| 定义 | 人ATPase,H+转运,溶酶体 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |
| NM_001694_siRNA_388 | 388 | CCCUGAAUGACGACAUCAG(SEQ ID NO:87) | CUGAUGUCGUCAUUCAGGG(SEQ ID NO:88) | ORF | 52.63157895 |
| NM_001694_siRNA_529 | 529 | GACUAUUCGUGGGCAUGAU(SEQ ID NO:89) | AUCAUGCCCACGAAUAGUC(SEQ ID NO:90) | ORF | 47.36842105 |
| NM_001694_siRNA_535 | 535 | UCGUGGGCAUGAUCCUGAU(SEQ ID NO:91) | AUCAGGAUCAUGCCCACGA(SEQ ID NO:92) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | BCL2L1 | GenBank编号 | NM 001191 | GI: | 20336333 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2386 | ORFRegion: | 367-879 |
| 基因座 | 598 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 57.12 |
| 定义 | 人BCL2样1(BCL2L1),编码线粒体蛋白质的核基因,转录物变体2,mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_001191_siRNA_753 | 753 | GGAACUCUAUGGGAACAAU(SEQ ID NO:93) | AUUGUUCCCAUAGAGUUCC(SEQ ID NO:94) | ORF | 42.10526316 |
| NM_001191_siRNA_857 | 857 | GCUCACUCUUCAGUCGGAA(SEQ ID NO:95) | UUCCGACUGAAGAGUGAGC(SEQ ID NO:96) | ORF | 52.63157895 |
| NM_001191_siRNA_859 | 859 | UCACUCUUCAGUCGGAAAU(SEQ ID NO:97) | AUUUCCGACUGAAGAGUGA(SEQ ID NO:98) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | BCL2L1 | GenBank编号 | NM 138578 | GI: | 20336334 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 2575 | ORF区域 | 367-1068 | |
| 基因座 | 598 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 56.84 | |
| 定义 | 人BCL2样1(BCL2L1).编码线粒体蛋白质的核基因,转录物变体1,mRNA。 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |
| NM_138578_siRNA_514 | 514 | GCCAUCAAUGGCAACCCAU(5EQ ID NO:99) | AUGGGUUGCCAUUGAUGGC(SEQ ID NO:100) | ORF | 52.63157895 | |
| NM_138578_siRNA_676 | 676 | GCAUUCAGUGACCUGACAU(SEQ ID NO:101) | AUGUCAGGUCACUGAAUGC(SEQ ID NO:102) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_138578_siRNA_716 | 716 | GGACAGCAUAUCAGAGCUU(SEQ ID NO:103) | AAGCUCUGAUAUGCUGUCC(SEQ ID NO:104) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_138578_siRNA_818 | 818 | GCGUGGAAAGGGUAGACAA(SEQ ID NO:105) | UUGUCUACGCUUUCCACGC(SEQ ID NO:106) | ORF | 52.63157895 | |
| NM_138578_siRNA_872 | 872 | GGAUGGCCACUUACCUGAA(SEQ ID NO:107) | UUCAGGUAAGUGGCCAUCC(SEQ ID NO:108) | ORF | 52.63157895 | |
| 基因名称 | BRD2 | GenBank编号 | NM 005104 | GI: | 12408641 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 4693 | ORF区域 | 1702-4107 | |
| 基因座 | 6046 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 49.26 | |
| 定义 | 人含布罗莫结构域2(BRD2),mRNA。 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |
| NM_005104_siRNA_1851 | 1851 | GGUGCCUGCUUUGCAACUU(SEQ ID NO:109) | AAGUUGCAAAGCAGGCACC(SEQ ID NO:110) | ORF | 52.63157895 | |
| NM_005104_siRNA_2229 | 2229 | GGUUGCAUCAAUGCCACAA(SEQ ID NO:111) | UUGUGGCAUUGAUGCAACC(SEQ ID NO:112) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_005104_siRNA_2694 | 2694 | GCCUGACUCUCAGCAACAA(SEQ ID NO:113) | UUGUUGCUGAGAGUCAGGC(SEQ ID NO:114) | ORF | 52.63157895 | |
| NM_005104_siRNA_2944 | 2944 | GCUGCUGAUGUACGGCUUA(SEQ ID NO:115) | UAAGCCGUACAUCAGCAGC(SEQ ID NO:116) | ORF | 52.63157895 | |
| NM_005104_siRNA_2969 | 2969 | CCAACUGCUAUAAGUACAA(SEQ ID NO:117) | UUGUACUUAUAGCAGUUGG(SEQ ID NO118) | ORF | 36.84210526 | |
| 基因名称 | BRD3 | GenBank编号 | NM 007371 | GI: | 12408642 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3085 | ORF区域 | 140-2320 |
| 基因座 | 8019 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 55.03 |
| 定义 | 人含布罗莫结构域3(BRD3),mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_007371_siRNA_1098 | 1098 | GGGAGAUGCUAUCCAAGAA(SEO ID NO:119) | UUCUUGGAUAGCAUCUCCC(SEQ ID NO:120) | ORF | 47.36842105 |
| NM_007371_siRNA_1279 | 1279 | CCGGCUGAUGUUCUCGAAU(SEQ ID NO:121) | AUUCGAGAACAUCAGCCGG(SEQ ID NO:122) | ORF | 52.63157895 |
| NM_007371_siRNA_1921 | 1921 | GGUAGUGCACAUCAUCCAA(SEQ ID NO:123) | UUGGAUGAUGUGCACUACC(SEQ ID NO:124) | ORF | 47.36842105 |
| NM_007371_siRNA_2017 | 2017 | GCGGGAACUGGAGAGAUAU(SEQ ID NO:125) | AUAUCUCUCCAGUUCCCGC(SEQ ID NO:126) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | WDR5 | GenBank编号 | NM 017588 | GI: | 61744459 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 3163 | ORF区域 | 172-1176 | |
| 基因座 | 11091 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 48.96 | |
| 定义 | 人WD重复结构域5(WDR5),转录物变体1,mRNA。 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |
| NM_017588_siRNA_424 | 424 | GGUCACAAGCUGGGAAUAU(SEQ ID NO:127) | AUAUUCCCAGCUUGUGACC(SEQ ID NO:128) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_017588_siRNA_452 | 452 | CCUGGUCGUCAGAUUCUAA(SEQ ID NO:129) | UUAGAAUCUGACGACCAGG(SEQ ID NO:130) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_017588_siRNA_1032 | 1032 | CCUUCAGACGAAAGAGAUU(SEQ ID NO:131) | AAUCUCUUUCGUCUGAAGG(SEQ ID NO:132) | ORF | 42.10526316 | |
| 基因名称 | C90rf119 | GenBank编号 | XM 372143 | GI: | 51467631 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 884 | ORF区域 | 1-636 | |
| 基因座 | 375757 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 59.12 | |
| 定义 | 预测:人染色体9可译框架119(C9orf119),mRNA。 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |
| XM_372143_siRNA_501 | 501 | GGACCACAUUACCCAGCUU (SEQ ID NO:133) | AAGCUGGGUAAUGUGGUCC(SEQ ID NO:134) | ORF | 52.63157895 | |
| XM_372143_siRNA_512 | 512 | CCCAGCUUCACGAGUACAA(SEQ ID NO:135) | UUGUACUCGUGAAGCUGGG(SEQ ID NO:136) | ORF | 52.63157895 | |
| XM_372143_siRNA_513 | 513 | CCAGCUUCACGAGUACAAU(SEQ ID NO:137) | AUUGUACUCGUGAAGCUGG(SEQ ID NO:138) | ORF | 47.36842105 | |
| 基因名称 | GOUA2 | GenBank编号 | NM 004486 | GI: | 47078236 |
| 生物 | 人 | 长度 | 4304 | ORF区域 | 50-3022 |
| 基因座 | 2801 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 55.84 |
| 定义 | 人高尔基体自身抗原,高尔基体蛋白亚家族a,2(GOLGA2),mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_004486_siRNA_406 | 406 | CCAACAGCUCAAUGGUCUU(SEQ ID NO:139) | AAGACCAUUGAGCUGUUGG(SEQ ID NO:140) | ORF | 47.36842105 |
| NM_004486_siRNA_528 | 528 | CCAGCUAUGUAACAAACAA(SEQ ID NO:141) | UUGUUUGUUACAUAGCUGG(SEQ ID NO:142) | ORF | 36.84210526 |
| NM_004486_siRNA_655 | 655 | GCAGUUACAGGUUCACAUU(SEQ ID NO:143) | AAUGUGAACCUGUAACUGC(SEQ ID NO:144) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | C10orf3 | GenBank编号 | NM 018131 | GI: | 34147683 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2635 | ORF区域 | 285-1679 |
| 基因座 | 55165 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 40.72 |
| 定义 | 人染色体10可译框架3(C10orf3),mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_018131_siRNA_292 | 292 | CCAGAAGUACCAAAGAUUU(SEQ ID NO:145) | AAAUCUUUGGUACUUCUGG(SEQ ID NO:146) | ORF | 36.84210526 |
| NM_018131_siRNA_494 | 494 | GGAGAAGAAUGCUUAUCAA(SEQ ID NO:147) | UUGAUAAGCAUUCUUCUCC(SEQ ID NO:148) | ORF | 36.84210526 |
| NM_018131_siRNA_551 | 551 | CCAACUGAAGGCCAGAUAU(SEQ ID NO:149) | AUAUCUGGCCUUCAGUUGG(SEQ ID NO:150) | ORF | 47.36842105 |
| NM_D18131_siRNA_753 | 753 | CCAAACUGCUUCAACUCAU(SEO ID NO:1S1) | AUGAGUUGAAGCAGUUUGG(SEQ ID NO:152) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | CALD1 | GenBank编号 | NM 033138 | GI: | 44680104 |
| 生物 | 人 | 长度 | 5233 | ORF区域 | 460-2841 |
| 基因座 | 800 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 37.41 |
| 定义 | 人钙调素结合蛋白(CALD1),转录物变体1,mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM 033138_siRNA_695 | 695 | CCAAGACAACCACCACAAA | UUUGUGGUGGUUGUCUUGG | ORF | 47.36842105 |
| NM_033138_siRNA_826 | 826 | CCAACAAUAACAGAUGCAA(SEQ ID NO:153) | UUGCAUCUGUUAUUGUUGG(SEQ ID NO:154) | ORF | 36.84210526 |
| NM_033138_siRNA_926 | 926 | GCCAAGAAAGAUACGAGAU(SEQ ID NO:155) | AUCUCGUAUCUUUCUUGGC(SEQ ID NO:156) | ORF | 42.10526316 |
| NM_033138_siRNA_2638 | 2638 | GCAGCAGGCACACCAAAUA(SEQ ID NO:157) | UAUUUGGUGUGCCUGCUGC(SEQ ID NO:158) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | CALM2 | GenBank编号 | NM 001743 | GI: | 20428653 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 1128 | ORF区域 | 69-518 | |
| 基因座 | 805 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 39.12 | |
| 定义 | 人钙调蛋白2(磷酸酶激酶,δ)(CALM2)mRNA。 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |
| NM_001743_siRNA_138 | 138 | GGUGAUGGAACUAUAACAA(SEQ ID NO:159) | UUGUUAUAGUUCCAUCACC(SEQ ID NO:160) | ORF | 36.84210526 | |
| NM_001743_siRNA_328 | 328 | GAGAAGCAUUCCGUGUGUU(SEQ ID NO:161) | AACACACGGAAUGCUUCUC(SEQ ID NO:162) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_001743_siRNA_333 | 333 | GCAUUCCGUGUGUUUGAUA(SEQ ID NO:163) | UAUCAAACACACGGAAUGC(SEQ ID NO:164) | ORF | 42.10526316 | |
| 基因名称 | CELSR2 | GenBank编号 | NM 001408 | GI: | 13325063 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 10531 | ORF区域 | 63-8834 | |
| 基因座 | 1952 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 60.9 | |
| 定义 | 人钙粘蛋白,EGF LAG七通道G型受体2(红鹳同系物,果蝇)(CELSR2),mRNA。 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |
| NM_001408_siRNA_1997 | 1997 | CCAGAUCACCAGUGGCAAU(SEQ ID NO:165) | AUUGCCACUGGUGAUCUGG(SEQ ID NO:166) | ORF | 52.63157895 | |
| NM_001408_siRNA_2011 | 2011 | GCAAUACUCGAAACCGCUU(SEQ ID NO:167) | AAGCGGUUUCGAGUAUUGC(SEQ ID NO:168) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_001408_siRNA_2950 | 2950 | GCAACAUCCCUGAGGUCUU(SEQ ID NO:169) | AAGACCUCAGGGAUGUUGC(SEQ ID NO:170) | ORF | 52.63157895 | |
| NM_001408_siRNA_4427 | 4427 | GCAGCUGAAAUACUACAAU(SEQ ID NO:171) | AUUGUAGUAUUUCAGCUGC(SEQ ID NO:172) | ORF | 36.84210526 | |
| NM_001408_siRNA_5512 | 5512 | GCAGCUGUGAUCCAGGUUA(SEQ ID NO:173) | UAACCUGGAUCACAGCUGC(SEQ ID NO:174) | ORF | 52.63157895 | |
| 基因名称 | COPG2 | GenBank编号 | NM 012133 | GI: | 66348036 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 1703 | ORF区域 | 618-28 | |
| 基因座 | 26958 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 42.45 | |
| 定义 | 人外被体蛋白复合物,亚基v2(COPG2),mRNA。 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |
| NM_012133_siRNA_97 | 97 | GGUAGUGGCUCCAAUCCUU(SEQ ID NO:175) | AAGGAUUGGAGCCACUACC(SEQ ID NO:176) | ORF | 52.63157895 | |
| NM_012133_siRNA_147 | 147 | GGAGGCUCGUAUAUUCAAU(SEQ ID NO:177) | AUUGAAUAUACGAGCCUCC(SEQ ID NO:178) | ORF | 42.10526316 | |
| NM_012133_siRNA_232 | 232 | GGUGAACACUUUGGAACAA(SEQ ID NO:179) | UUGUUCCAAAGUGUUCACC(SEQ ID NO:180) | ORF | 42.10526316 | |
| NM_012133_siRNA_380 | 380 | GCAGUCUGACUAAAGACAU(SEQ ID NO:181) | AUGUCUUUAGUCAGACUGC(SEQ ID NO:182) | ORF | 42.10526316 | |
| NM_012133_siRNA_548 | 548 | CCCUGCACAUGAUGAAGAU(SEO ID NO:183) | AUCUUCAUCAUGUGCAGGG(SEQ ID NO:184) | ORF | 47.36842105 | |
| 基因名称 | TSGA13 | GenBank编号 | NM 052933 | GI: | 31377632 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 1700 | ORF区域 | 458-1285 | |
| 基因座 | 114960 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 46.02 | |
| 定义 | 人睾丸特异性,13(TSGA113),mRNA。 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |
| NM_052933_siRNA_1130 | 1130 | GCGAGUGAAAGGCCAAUUU(SEQ ID NO:185) | AAAUUGGCCUUUCACUCGC(SEQ ID NO:186) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_052933_siRNA_1140 | 1140 | GGCCAAUUUCCAAAGUGAU(SEQ ID NO:187) | AUCACUUUGGAAAUUGGCC(SEQ ID NO:188) | ORF | 42.10526316 | |
| NM_052933_siRNA_1141 | 1141 | GCCAAUUUCCAAAGUGAUU(SEQ ID NO:189) | AAUCACUUUGGAAAUUGGC(5EQ ID NO:190) | ORF | 36.84210526 | |
| 基因名称 | CSTF2T | GenBank编号 | NM 015235 | GI: | 46094083 |
| 生物 | 人 | 长度 | 4127 | ORF区域 | 47-1897 |
| 基因座 | 23283 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 54.14 |
| 定义 | 人剪切刺激因子.3′前-RNA,亚基2,64kDa,tau变体(CSTF2T), mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC |
| NM_015235_siRNA_219 | 219 | GCUAUGGCUUCUGCGAAUA(SEO ID NO:191) | UAUUCGCAGAAGCCAUAGC(SEQ ID NO:192) | ORF | 47.36842105 |
| NM_015235_siRNA_340 | 340 | GGAGGAGUUAAAGAGCCUU(SEQ ID NO:193) | AAGGCUCUUUAACUCCUCC(SEQ ID NO:194) | ORF | 47.36842105 |
| NM_015235_siRNA_641 | 641 | CCACUGAUCCCAGGCAAAU(SEQ ID NO:195) | AUUUGCCUGGGAUCAGUGG(SEQ ID NO:196) | ORF | 52.63157895 |
| NM_015235_siRNA_1138 | 1138 | GCAUCAUGCCUCUGGUCAU(SEQ ID NO:197) | AUGACCAGAGGCAUGAUGC(SEQ ID NO:198) | ORF | 52.63157895 |
| NM_015235_siRNA_1167 | 1167 | GCCCUUCCUCACAUGAGAU(SEQ ID NO:199) | AUCUCAUGUGAGGAAGGGC(SEQ ID NO:200) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | CSMD2 | GenBank编号 | NM 052896 | GI: | 38045884 |
| 生物 | 人 | 长度 | 13113 | ORF区域 | 30-10493 |
| 基因座 | 114784 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 57.15 |
| 定义 | 人CUB和Sushi多结构域2(CSMD2), mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_052896_siRNA_224 | 224 | GCUUGUGUUCCAGUCCUUU(SEQ ID NO:201) | AAAGGACUGGAACACAAGC(SEQ ID NO:202) | ORF | 47.36842105 |
| NM_052896_siRNA_520 | 520 | GCUGCAACCUUGGCUUCUU(SEQ ID NO:203) | AAGAAGCCAAGGUUGCAGC(SEQ ID NO:204) | ORF | 52.63157895 |
| NM_052896_siRNA_797 | 797 | GGAAGUCACUGGGACAGAA(SEQ ID NO:205) | UUCUGUCCCAGUGACUUCC(SEQ ID NO:206) | ORF | 52.63157895 |
| NM_052896_siRNA_931 | 931 | CCCAAUACCAAGUCAAGAA(SEQ ID NO:207) | UUCUUGACUUGGUAUUGGG(SEQ ID NO:208) | ORF | 42.10526316 |
| NM_052896_siRNA_938 | 938 | CCAAGUCAAGAAGCAAAUU(SEQ ID NO:209) | AAUUUGCUUCUUGACUUGG(SEQ ID NO:210) | ORF | 36.84210526 |
| 基因名称 | CTCF | GenBanK编号 | NM 006565 | GI: | 62952500 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 3797 | ORF区域 | 291-2474 | |
| 基因座 | 10664 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 48.81 | |
| 定义 | 人CCCTC结合因子(锌指蛋白)(CTCF).mRNA。 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3 | 区域 | GC% | |
| NM_006565_siRNA_812 | 812 | GGUGGAGACACUAGAACAA(SEQ ID NO:211) | UUGUUCUAGUGUCUCCACC(SEQ ID NO:212) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_006565_siRNA_1211 | 1211 | CCUCCUGAGGAAUCACCUU(SEQ ID NO:213) | AAGGUGAUUCCUCAGGAGG(SEQID NO:214) | ORF | 52.63157895 | |
| NM_006565_siRNA_1540 | 1540 | CCCAAAGUGGUACCAUGAA(SEO ID NO:215) | UUCAUGGUACCACUUUGGG(SEO ID NO:216) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_006565_siRNA_1667 | 1667 | GCAUUCCUAUAUUGAGCAA(SEQ ID NO:217) | UUGCUCAAUAUAGGAAUGC(SEQ ID NO:218) | ORF | 36.84210526 | |
| NM_006565_siRNA_2285 | 2285 | CCAGCCAACAGCUAUCAUU(SEQ ID NO:219) | AAUGAUAGCUGUUGGCUGG(SEQ ID NO:220) | ORF | 47.36842105 | |
| 基因名称 | CUTL1 | GenBank编号 | NM 001913 | GI: | 31652235 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 2942 | ORF区域 | 20-2056 | |
| 基因座 | 1523 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 55.38 | |
| 定义 | 人cut样1,CCAAT置换蛋白(果蝇)(CUTL1),转录物变体2,mRNA。 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |
| NM_001913_siRNA_418 | 418 | GGAAGAAUACAACAAGGAA(SEQ ID NO:221) | UUCCUUGUUGUAUUCUUCC(SEQ ID NO:222) | ORF | 36.84210526 | |
| NM_001913_siRNA_1357 | 1357 | GCAGGACCUGAGCAUCAUU(SEQ ID NO:223) | AAUGAUGCUCAGGUCCUGC(SEQ ID NO:224) | ORF | 52.63157895 | |
| NM_001913_siRNA_1507 | 1507 | CCAGGUGGAUUCACUGCUU(SEO ID NO:225) | AAGCAGUGAAUCCACCUGG(SEQ ID NO:226) | ORF | 52.63157895 | |
| NM_001913_siRNA_1644 | 1644 | CCGACAACAUCAAGCUCUU(SEQ ID NO:227) | AAGAGCUUGAUGUUGUCGG(SEQ ID NO:228) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_001913_siRNA_2002 | 2002 | GCACAAGUUCCACGAGAAU(SEQ ID NO:229) | AUUCUCGUGGAACUUGUGC(SEQ ID NO:230) | ORF | 47.36842105 | |
| 基因名称 | MYLC2PL | GenBank编号 | NM 138403 | GI: | 40286635 |
| 生物 | 人 | 长度 | 681 | ORF区域 | 1-681 |
| 基因座 | 93408 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 54.78 |
| 定义 | 人肌球蛋白轻链2,前体淋巴细胞特异(MYLC2PL),mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_138403_siRNA_321 | 321 | GGACUUGAGGGACACCUUU(SEQ ID NO:231) | AAAGGUGUCCCUCAAGUCC(SEQ ID NO:232) | ORF | 52.63157895 |
| NM_138403_siRNA_350 | 350 | GCCGCAUCAAUGUCAAGAA(SEQ ID NO:233) | UUCUUGACAUUGAUGCGGC(SEQ ID NO:234) | ORF | 47.36842105 |
| NM_138403_siRNA_473 | 473 | CCAUUCUCCACGCCUUCAA(SEQ ID NO:235) | UUGAAGGCGUGGAGAAUGG(SEQ ID NO:236) | ORF | 52.63157895 |
| NM_138403_siRNA_588 | 588 | GCAGAUGUUUGCAGCGUUU(SEQ ID NO:237) | AAACGCUGCAAACAUCUGC(SEQ ID NO:238) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | DLX2 | GenBank编号 | NM 004405 | GI: | 6996003 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2091 | ORF区域 | 1-987 |
| 基因座 | 1746 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 61.81 |
| 定义 | 人distal-less同源框2 DLX2),mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_004405_siRNA_676 | 676 | GCUUCUCCACCUUGUGCUU(SEQ ID NO:239) | AAGCACAAGGUGGAGAAGC(SEQ ID NO:240) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | KLHL24 | GenBank编号 | NM 017644 | GI: | 62865888 |
| 生物 | 人 | 长度 | 7331 | ORF区域 | 296-2098 |
| 基因座 | 54800 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 42.55 |
| 定义 | 人kelch样24(果蝇)(KLHL24),mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_017644_siRNA_558 | 558 | GCAGCUACUUCAGAGCUAU(SEQ ID NO:241) | AUAGCUCUGAAGUAGCUGC(SEQ ID NO:242) | ORF | 47.36842105 |
| NM_017644_siRNA_594 | 594 | GGGAAAGCCGAGAAAUGUU(SEQ ID NO:243) | AACAUUUCUCGGCUUUCCC(SEQ ID NO:244) | ORF | 47.36842105 |
| NM_017644_siRNA_778 | 778 | GCAACUUGAUCCUUGUAAU(SEQ ID NO:245) | AUUACAAGGAUCAAGUUGC(SEQ ID NO:246) | ORF | 36.84210526 |
| NM_017644_siRNA_811 | 811 | GCGCUUUGCUGAUACCCAU(SEQ ID NO:247) | AUGGGUAUCAGCAAAGCGC(SEQ ID NO:248) | ORF | 52.63157895 |
| NM_017644_siRNA_913 | 913 | GCUUGACAAAGAUGAACUU(SEQ ID NO:249) | AAGUUCAUCUUUGUCAAGC(SEQ ID NO:250) | ORF | 36.84210526 |
| NM_017644_siRNA_1679 | 1679 | GGAOCUGAUGAUAAUACUU(SEQ ID NO:251) | AAGUAUUAUCAUCAGGUCC(SEQ ID NO:252) | ORF | 36.84210526 |
| 基因名称 | CHCHD8 aka E2IG2 | GenBank编号 | NM 016565 | GI: | 46198303 |
| 生物 | 人 | 长度 | 833 | ORF区域 | 106-369 |
| 基因座 | 51287 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 60.99 |
| 定义 | 人含有coiIed-coil-helix-coiled-coil-helix结构域的8(CICHD8),mRNA. | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_016565_siRNA_115 | 115 | UCAGUCCCUCAAGGCCAUA(SEQ ID NO:256) | UAUGGCCUUGAGGGACUGA(SEQ ID NO:254) | ORF | 52.63157895 |
| NM_016565_siRNA_138 | 138 | GACCCAACGGGUGAAGAAA(SEQ ID NO:255) | UUUCUUCACCCGUUGGGUC(SEQ ID NO:256) | ORF | 52.63157895 |
| NM_016565_siRNA_140 | 140 | CCCAACGGGUGAAGAAAGA(SEQ ID NO:257) | UCUUUCUUCACCCGUUGGG(SEQ ID NO:258) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | EIF3S10 | GenBank编号 | NM 003750 | GI: | 4503508 |
| 生物 | 人 | 长度 | 5256 | ORF区域 | 114-4262 |
| 基因座 | 8661 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 46.81 |
| 定义 | 人真核细胞翻译启动因子3,亚基θ,150/170kDa(EIF3S10),mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_003750_siRNA_298 | 298 | GCAAGAGCCACUUGGCAAA(SEO ID NO:259) | UUUGCCAAGUGGCUCUUGC(SEQ ID NO:260) | ORF | 52.63157895 |
| NM_003750_siRNA_440 | 440 | GCAGAUGGUCUUAGAUAUA(SEQ ID NO:261) | UAUAUCUAAGACCAUCUGC(SEQ ID NO:262) | ORF | 36.84210526 |
| NM_003750_siRNA_626 | 626 | GCGCCUGUACCAUGAUAUU(SEQ ID NO:263) | AAUAUCAUGGUACAGGCGC(SEQ ID NO:264) | ORF | 47.36842105 |
| NM_003750_siRNA_635 | 635 | CCAUGAUAUUGCCCAGCAA(SEQ ID NO:265) | UUGCUGGGCAAUAUCAUGG(SEQ ID NO:266) | ORF | 47.36842105 |
| NM_003750_siRNA_1328 | 1328 | GCGAGUCACAAAGGUUCUA(SEQ ID NO:267) | UAGAACCUUUGUGACUCGC(SEO ID NO:268) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | ERBB2IP | GenBank编号 | NM 018695 | GI: | 56237019 |
| 生物 | 人 | 长度 | 6916 | ORF区域 | 309-4424 |
| 基因座 | 55914 | Blast数据库 | 人 | 0RFGC% | 38.63 |
| 定义 | 人erbb2相互作用蛋白(ERBB2IP),转录物变体2,mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_018695_siRNA_899 | 899 | GGAAGUGCCUGAAGUACUU(SEQ ID NO:269) | AAGUACUUCAGGCACUUCC(SEQ ID NO:270) | ORF | 47.36842105 |
| NM_018695_siRNA_920 | 920 | GCAACUAAGUGGAUUGAAA(SEQ ID NO:271) | UUUCAAUCCACUUAGUUGC(SEQ ID NO:272) | ORF | 36.84210526 |
| NM_018695_siRNA_1106 | 1106 | GCAGCUUCCUGAGACUAUU(SEQ ID NO:273) | AAUAGUCUCAGGAAGCUGC(5EQ ID NO:274) | ORF | 47.36842105 |
| NM_018695_siRNA_1598 | 1598 | GCCAAGGACUGAGGAUGUU(SEQ ID NO:275) | AACAUCCUCAGUCCUUGGC(SEQ ID NO:276) | ORF | 52.63157895 |
| NM_018695_siRNA_2568 | 2568 | GCUGAUGACACUCACAAAU(SEO ID NO:277) | AUUUGUGAGUGUCAUCAGC(SEQ ID NO:278) | ORF | 42.10526316 |
| NM_018695_siRNA_3434 | 3434 | CCAUUUACAUCAGAGACUU(SEQ ID NO:279) | AAGUCUCUGAUGUAAAUGG(SEQ ID NO:280) | ORF | 36.84210526 |
| 基因名称 | FER1L3 | GenBank编号 | NM 013451 | GI: | 19718757 |
| 生物 | 人 | 长度 | 6829 | ORF区域 | 89-6274 |
| 基因座 | 26509 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 47.63 |
| 定义 | 人fer-1样3,myofelin(线虫(C.elegans))(FER1L3),转录物变体1.mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_013451_siRNA_1529 | 1529 | GCUGCAUCAUAUACAGUAA(SEQ ID NO:281) | UUACUGUAUAUGAUGCAGC(SEQ ID NO:282) | ORF | 36.84210526 |
| NM_013451_siRNA_1589 | 1589 | CCUUGUUACCUGAAUCUUU(SEQ ID NO:283) | AAAGAUUCAGGUAACAAGG(SEQ ID NO:284) | ORF | 36.84210526 |
| NM_013451_siRNA_1747 | 1747 | GCUUGAGCCCAUUUCAAAU(SEQ ID NO:285) | AUUUGAAAUGGGCUCAAGC(SEQ ID NO:286) | ORF | 42.10526316 |
| NM_013451_siRNA_3081 | 3081 | CCAUUCCUCCUGAUCAUAA(SEQ ID NO:287) | UUAUGAUCAGGAGGAAUGG(SEQ ID NO:288) | ORF | 42.10526316 |
| NM013451_siRNA_5017 | 5017 | CCGAUUCCUUUCCCGCUUU(SEQ ID NO:289) | AAAGCGGGAAAGGAAUCGG(SEQ ID NO:290) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | FER1L3 | GenBank编号 | NM 013337 | GI: | 19718758 |
| 生物 | 人 | 长度 | 6790 | ORF区域 | 89-6235 |
| 基因座 | 26509 | blast数据库 | 人 | ORFGC% | 47.63 |
| 定义 | 人fer-1样3,mvoferlin(线虫)(FER1L3),转录物变体2,mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_133337_siRNA_1501 | 1501 | GGAAGUAAACACAGGAGAA(SEQ ID NO:291) | UUCUCCUGUGUUUACUUCC(SEQ ID NO:292) | ORF | 42.10526316 |
| NM_133337_siRNA_1550 | 1550 | CCUUGUUACCUGAAUCUUU(SEQ ID NO:293) | AAAGAUUCAG6UAACAAGG(SEQ ID NO:294) | ORF | 36.84210526 |
| NM_133337_siRNA_1708 | 1708 | GCUUGAGCCCAUUUCAAAU(SEO ID NO:295) | AUUUGAAAUGGGCUCAAGC(SEQ ID NO:296) | 0RF | 42.10526316 |
| NM_133337_siRNA_3042 | 3042 | CCAUUCCUCCUGAUCAUAA(SEQ ID N0:297) | UUAUGAUCAGGAGGAAUGG(SEQ ID NO:298) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | FKBP8 | GenBank编号 | NM 012181 | GI: | 52630439 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1787 | ORF区域 | 114-1355 |
| 基因座 | 23770 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 62.08 |
| 定义 | 人FK506结合蛋白8.3kDa(FKBP8),mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | ||
| NM_012181_siRNA_855 | 855 | GCCAUCAAGGCUAUCACCU(SEQ ID NO:299) | AGGUGAUAGCCUUGAUGGC(SEQ ID NO:300) | ORF | 52.63157895 |
| NM_012181_siRNA_916 | 916 | UGCUGCAGUUGAAGGUGAA(SEQ ID NO:301) | UUCACCUUCAAOUGCAGGA(SEQ ID NO:302) | ORF | 47.36842105 |
| NM_012181_siRNA_1019 | 1019 | CCAGCCAGACAACAUCAAG(SEQ ID NO:303) | CUUGAUGUUGUCUGGCUGG(SEQ ID NO:304) | ORF | 52.63157895 |
| NM_012181_siRNA_1022 | 1022 | GCCAGACAACAUCAAGGCU(SEQ ID NO:305) | AGCCUUGAUGUUGUCUGGC(SEQ ID NO:306) | ORF | 52.63157895 |
| NM_012181_siRNA_1141 | 1141 | UCCACGCAGAGCUCUCAAA(SEQ ID NO:307) | UUUGAGAGCUCUGCGUGGA(SEQ ID NO:308) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | FUSIP1 | GenBank编号 | NM 006625 | GI: | 16905515 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1842 | ORF区域 | 77-628 |
| 基因座 | 10772 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 45.66 |
| 定义 | 人FUS相互作用蛋白(富含丝氨酸,精氨酸)1(FUSIP1),转录物变体1,mRNA。 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_06625_siRNA_157 | 157 | GCGUGAAUUUGGUCGUUAU(SEQ ID NO:309) | AUAACGACCAAAUUCACGC(SEQ ID HO:310) | ORF | 42.10526310 |
| NM_006625_siRNA_567 | 567 | GACCAAACUGCAGCUGGAA(SEQ ID NO:311) | UUCCAGCUGCAGUUUGGUC(SEQ ID NO:312) | ORF | 52.63157895 |
| NH一00662S—slRNA一569 | 569 | CCAAACUGCAGCUGGAAUA(SEQ ID NO:313) | UAUUCCAGCUGCAGUUUGG(SEQ ID NO:314) | ORF | 47.36842105 |
| 其因名称 | FUSIPl | GenBank编号 | NM 054016 | GI: | 16905516 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2924 | ORF区域 | 77-865 |
| 基因座 | 10772 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 43.98 |
| 定义 | 人FUS相互作用蛋白(富含丝氨酸/精氨酸)1(FUSP1),转录物变体2,mRNA。 | ||||
| 序列 | NH_0S4016 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_054016_siRNA_157 | 157 | GOGUGAAUUUGGUCGUUAU(SEQ ID N0:315) | AUAACGACCAAAUUCACGC(SEQ ID NO:316) | ORF | 42.10526316 |
| NM_054016_siRNA_169 | 169 | UCGUUAUGGUCCUAUAGUU(SEO ID NO:317) | AACUAUAGGACCAUAACGA(SEQ ID NO:318) | ORF | 36.84210526 |
| NM_0S4016_siRNA_220 | 220 | CCGUCCAAGAGGAUUUGCU(SEQ ID NO:319) | AGCAAAUCCUCUUGGACGG(SEO ID NO:320) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | GenBank编号 | AK 025846 | GI: | 10438485 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 2388 | ORF区域 | |
| 基因座 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | ||
| 定义 | 人cDNA:FLJ22193fls,克降HRC01108.gas5 mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| AK025846_siRNA_246 | 246 | GCAGAUGUGCUUCAUGCAU(SEQ ID NO:321) | AUGCAUGAAGCACAUCUGC(SEQ ID NO:322) | 47.36842105 | |
| AK025846_siRNA_1968 | 1968 | GCUAUACCUUUGCUUCUUU(SEQ ID NO:323) | AAAGAAGCAAAGGUAUAGC(SEQ ID NO:324) | 36.84210526 | |
| AK025846_siRNA_2088 | 208B | CCCAACUACUGUUUCAGUU(SEQ ID NO:325) | AACUGAAACAGUAGUUGGG(SEQ ID NO:326) | 42.10526316 | |
| AKOZ5846_siRNA_2287 | 2287 | CCAGGAGCUGGAAUACAAA(SEQ ID NO:327) | UUUGUAUUCCAGCUCCUGG(SEQ ID NO:328) | 47.36842105 | |
| AK025846_siRNA_2296 | 2296 | GGAAUACAAAUGAGGACUU(SEQ ID NO:329) | AAGUCCUCAUUUGUAUUCC(SEQ ID NO:330) | 36.84210526 | |
| 基因名称 | GATA4 | GenBank编号 | NM 002052 | GI: | 33188460 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3372 | ORF区域 | 519.1847 |
| 基因座 | 2626 | Blast数椐库 | 人 | ORFGC% | 68.78 |
| 定义 | 人GATA结合蛋白4(GATA4),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | 区域 |
| NM_002052_siRNA_1158 | 1158 | GGCAGAGAGUGUGUCAACU(SEQ ID NO:331) | AGUUGACACACUCUCUGCC(SEQ ID NO:332) | ORF | 52.63157895 |
| NM_002052_siRNA_1243 | 1243 | GCCUCUACCACAAGAUGAA(SEQ ID NO:333) | UUCAUCUUGUGGUAGAGGC(SEQ ID NO:334) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002052_siRNA_1477 | 1477 | GGAAGCCCAAGAACCUGAA(SEQ ID NO:335) | UUCAGGUUCUUGGGCUUCC(SEQ ID NO:336) | ORF | 52.63157895 |
| NM_002052_siRNA_1482 | 1482 | C(CAAGAACCUGAAUAAAU(SEQ ID NO:337) | AUUUAUUCAGGUUCUUGGG(SEQ ID NO:338) | ORF | 36.84210526 |
| 基因名称 | GRB2 | GenBank编号 | NM 002086 | GI: | 45359857 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3317 | ORF区域 | 358-1011 |
| 基因座 | 2885 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 50.77 |
| 定义 | 人生长因子受体结合蛋白2(GRB2),转录物变体1,mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_002086_siRNA_365 | 365 | CCAUCGCCAAAUAUGACUU(SEQ ID NO:339) | AAGUCAUAUUUGGCGAUGG(SEQ ID NO:340) | ORF | 42.10526316 |
| NM_002086_siRNA_464 | 464 | GGUACAAGGCAGAGCUUAA(SEQ ID NO:341) | UUAAGCUCUGCCUUGUACC(SEQ ID NO:342) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002086_siRNA_494 | 494 | GCUUCAUUCCCAAGAACUA(SEQ ID NO:343) | UAGUUCUUGGGAAUGAAGC(SEQ ID NO:344) | ORF | 42.10526316 |
| NM_002086_siRNA_779 | 779 | CCAGAAACCAGCAGAUAUU(SEQ ID NO:345) | AAUAUCUGCUGGUUUCUGG(SEQ ID NO:346) | ORF | 42.10526316 |
| NM_002086_siRNA_840 | 840 | CCAGGCCCUCUUUGACUUU(SEQ ID NO:347) | AAAGUCAAAGAGGGCCUGG(SEQ ID NO:348) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | GTF2E1 | GenBank编号 | NM 005513 | GI: | 5031726 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2969 | ORF区域 | 55-1374 |
| 基因座 | 2960 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 47.88 |
| 定义 | 人通用转录因子IIE,多肽1(α亚基,56kD)(GTF2E1),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_005513_siRNA_198 | 198 | GCUGGAGCUGCUCAAGUUU(SEQ ID NO:349) | AAACUUGAGCAGCUCCAGC(SEQ ID NO:350) | ORF | 52.63157895 |
| NM_005513_siRNA_378 | 378 | CCACAUGAGAAGAAGAAUU(SEQ ID NO:351) | AAUUCUUCUUCUCAUGUGG(SEQ ID NO:352) | ORF | 36.84210526 |
| NM_005513_siRNA_885 | 885 | GCCUAUUUGGUUGAGAGAA(SEQ ID NO:353) | UUCUCUCAACCAAAUAGGC(SEQ ID NO:354) | ORF | 42.10526316 |
| NM_005513_siRNA_950 | 950 | GCAUAGAUAUGGACGCAUU(SEQ ID NO:355) | AAUGCGUCCAUAUCUAUGC(SEQ ID NO:356) | ORF | 42.10526316 |
| NM_005513_siRNA_1349 | 1349 | GCAUGUUUGAGGACCUCUU(SEQ ID NO:357) | AAGAGGUCCUCAAACAUGC(SEQ ID NO:358) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | RABL3 | GenBank编号 | NM 173825 | GI: | 62751416 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3449 | ORF区域 | 31-741 |
| 基因座 | 285282 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 43.75 |
| 定义 | 人RAB,RAS癌基因家族成员样3(RABL3),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_173825_siRNA_47 | 47 | GGGUGAAGGUACUGGUGUU(SEQ ID NO:359) | AACACCAGUACCUUCACCC(SEQ ID NO:360) | ORF | 52.63157895 |
| NM_173825_siRNA_266 | 266 | GCACAAGAGCAGUAUUCUA(SEQ ID NO:361) | UAGAAUACUGCUCUUGUGC(SEQ ID NO:362) | ORF | 42.10526316 |
| NM_173825_siRNA_467 | 467 | GGACUAAACUGGACCAGAU(SEQ ID NO:363) | AUCUGGUCCAGUUUAGUCC(SEQ ID NO:364) | ORF | 47.36842105 |
| NM_173825_siRNA_528 | 528 | CCUGGCUGAGGAUUUCAAU(SEQ ID NO:365) | AUUGAAAUCCUCAGCCAGG(SEQ ID NO:366) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | HM13 | GenBank编号 | NM 030789 | GI: | 30581114 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1604 | ORF区域 | 115-1248 |
| 基因座 | 81502 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 54.77 |
| 定义 | 人组织相容(次要)13(HM13),转录物变体1,mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_030789_siRNA_293 | 293 | GCAAGAAUGCUUCAGACAU(SEQ ID NO:367) | AUGUCUGAAGCAUUCUUGC(SEQ ID NO:368) | ORF | 42.10526316 |
| NM_030789_siRNA_420 | 420 | CCUCCUGCUGUCCAUGUAU(SEQ ID NO:369) | AUACAUGGACAGCAGGAGG(SEQ ID NO:370) | ORF | 52.63157895 |
| NM_030789_siRNA_645 | 645 | GCUGAGGAAGCACUGGAUU(SEQ ID NO:371) | AAUCCAGUGCUUCCUCAGC(SEQ ID NO:372) | ORF | 52.63157895 |
| NM_030789_siRNA_870 | 870 | CCUCGAAGCAAACAACUUU(SEQ ID NO:373) | AAAGUUGUUUGCUUCGAGG(SEQ ID NO:374) | ORF | 42.10526316 |
| NM_030789_siRNA_1155 | 1155 | GGAGUCAAAUCCUAAGGAU(SEQ ID NO:375) | AUCCUUAGGAUUUGACUCC(SEQ ID NO:376) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | HNRPL | GenBank编号 | NM 001533 | GI: | 52632382 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2129 | ORF区域 | 12-1781 |
| 基因座 | 3191 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 51.53 |
| 定义 | 人异源核核糖核蛋白L(HNRPL),转录物变体1,mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_001533_siRNA_480 | 480 | GCAGCCGACAACCAAAUAU(SEQ ID NO:377) | AUAUUUGGUUGUCGGCUGC(SEQ ID NO:378) | ORF | 47.36842105 |
| NM_001533_siRNA_716 | 716 | GGUGGAAUUUGACUCAGUU(SEQ ID NO:379) | AACUGAGUCAAAUUCCACC(SEQ ID NO:380) | ORF | 42.10526316 |
| NM_001533_siRNA_719 | 719 | GGAAUUUGACUCAGUUCAA(SEQ ID NO:381) | UUGAACUGAGUCAAAUUCC(SEQ ID NO:382) | ORF | 36.84210526 |
| NM_001533_siRNA_793 | 793 | GCACUCUGAAGAUCGAAUA(SEQ ID NO:383) | UAUUCGAUCUUCAGAGUGC(SEQ ID NO:384) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | HOXC13 | GenBank编号 | NM 017410 | GI: | 24497535 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2435 | ORF区域 | 116-1108 |
| 基因座 | 3229 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 62.34 |
| 定义 | 人同源框(HOXC13),转录物变体1,mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_017410_siRNA_154 | 154 | GAGGCUUAUGUACGUCUAU(SEQ ID NO:385) | AUAGACGUACAUAAGGCUC(SEQ ID NO:386) | ORF | 42.10526316 |
| NM_017410_siRNA_912 | 912 | CCUACACUAAGGUGCAGCU(SEQ ID NO:387) | AGCUGCACCUUAGUGUAGG(SEQ ID NO:388) | ORF | 52.63157895 |
| NM_017410_siRNA_1066 | 1066 | GGUGGUCAGCAAAUCGAAA(SEQ ID NO:389) | UUUCGAUUUGCUGACCACC(SEQ ID NO:390) | ORF | 47.36842105 |
| NM_017410_siRNA_1074 | 1074 | GCAAAUCGAAAGCGCCUCA(SEQ ID NO:391) | UGAGGCGCUUUCGAUUUGC(SEQ ID NO:392) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | HP1BP3 | GenBank编号 | NM 016287 | GI: | 56676329 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1855 | ORF区域 | 101-1762 |
| 基因座 | 50809 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 47.24 |
| 定义 | 人异染色质蛋白1,结合蛋白3(HP1BP3),mRNA,也称为HP1-BP74 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_016287_siRNA_576 | 576 | CCAAGAUGGAUGCAAUCUU(SEQ ID NO:393) | AAGAUUGCAUCCAUCUUGG(SEQ ID NO:394) | ORF | 42.10526316 |
| NM_016287_siRNA_990 | 990 | GGCCUCAGCUGUUGAAGAA(SEQ ID NO:395) | UUCUUCAACAGCUGAGGCC(SEQ ID NO:396) | ORF | 52.63157895 |
| NM_016287_siRNA_1112 | 1112 | GGUGGAAGCCUGAUGGAAU(SEQ ID NO:397) | AUUCCAUCAGGCUUCCACC(SEQ ID NO:398) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | HSPC135 | GenBank编号 | NM 014170 | GI: | 56549684 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1364 | ORF区域 | 48-902 |
| 基因座 | 29083 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 46.91 |
| 定义 | 人HSPC135蛋白(HSPC135),转录物变体1,mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_014170_siRNA_533 | 533 | GGUGGACAUGCCAGGUUAU(SEQ ID NO:399) | AUAACCUGGCAUGUCCACC(SEQ ID NO:400) | ORF | 52.63157895 |
| NM_014170_siRNA_638 | 638 | GGAUAGCGUUGUUGGAAUU(SEQ ID NO:401) | AAUUCCAACAACGCUAUCC(SEQ ID NO:402) | ORF | 42.10526316 |
| NM_014170_siRNA_849 | 849 | GGAAUCCACCUGUUGAGAU(SEQ ID NO:403) | AUCUCAACAGGUGGAUUCC(SEQ ID NO:404) | ORF | 47.36842105 |
| NM_014170_siRNA_854 | 854 | CCACCUGUUGAGAUGCUUU(SEQ ID NO:405) | AAAGCAUCUCAACAGGUGG(SEQ ID NO:406) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | CD200R1 | GenBank编号 | NM 138806 | GI: | 41327722 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2272 | ORF区域 | 234-1280 |
| 基因座 | 131450 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 43.18 |
| 定义 | 人CD200受体1(CD200R1),转录物变体1,mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_138806_siRNA_341 | 341 | GCAAACUAGCAAGGAGAAU(SEQ ID NO:407) | AUUCUCCUUGCUAGUUUGC(SEQ ID NO:408) | ORF | 42.10526316 |
| NM_138806_siRNA_429 | 429 | GCAGAAGUUAACACUUCAU(SEQ ID NO:409) | AUGAAGUGUUAACUUCUGC(SEQ ID NO:410) | ORF | 36.84210526 |
| NM_138806_siRNA_462 | 462 | GCUACAAAUGCUGUGCUUU(SEQ ID NO:411) | AAAGCACAGCAUUUGUAGC(SEQ ID NO:412) | ORF | 42.10526316 |
| NM_138806_siRNA_590 | 590 | GGAAACCAACUGUACUGAU(SEQ ID NO:413) | AUCAGUACAGUUGGUUUCC(SEQ ID NO:414) | ORF | 42.10526316 |
| NM_138806_siRNA_869 | 869 | GCAAGAAUACUGGAGCAAU(SEQ ID NO:415) | AUUGCUCCAGUAUUCUUGC(SEQ ID NO:416) | ORF | 42.10526316 |
| NM_138806_siRNA_1230 | 1230 | GCAUCUGAGGCAUUACAAA(SEQ ID NO:417) | UUUGUAAUGCCUCAGAUGC(SEQ ID NO:418) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | ID3 | GenBank编号 | NM 002167 | GI: | 32171181 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1203 | ORF区域 | 368-727 |
| 基因座 | 3399 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 64.17 |
| 定义 | 人DNA结合3的抑制剂,显性负螺旋-环-螺旋蛋白(ID3),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_002167_siRNA_561 | 561 | GCCAGGUGGAAAUCCUACA(SEQ ID NO:419) | UGUAGGAUUUCCACCUGGC(SEQ ID NO:420) | ORF | 52.63157895 |
| NM_002167_siRNA_580 | 580 | GCGCGUCAUCGACUACAUU(SEQ ID NO:421) | AAUGUAGUCGAUGACGCGC(SEQ ID NO:422) | ORF | 52.63157895 |
| NM_002167_siRNA_680 | 680 | GCUCCGGAACUUGUCAUCU(SEQ ID NO:423) | AGAUGACAAGUUCCGGAGC(SEQ ID NO:424) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | IGF2R | GenBank编号 | NM 000876 | GI: | 4504610 |
| 生物 | 人 | 长度 | 9090 | ORF区域 | 148-7623 |
| 基因座 | 3482 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 52.23 |
| 定义 | 人胰岛素样生长因子2受体(IGF2R),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_000876_siRNA_461 | 461 | CCAGAUCUCUCCUGGAAUU(SEQ ID NO:425) | AAUUCCAGGAGAGAUCUGG(SEQ ID NO:426) | ORF | 47.36842105 |
| NM_000876_siRNA_558 | 558 | CCUGGGAACUCCUGAAUUU(SEQ ID NO:427) | AAAUUCAGGAGUUCCCAGG(SEQ 1D NO:428) | ORF | 47.36842105 |
| NM_000876_siRNA_649 | 649 | GCAAAUAAGGAGGUGCCAU(SEQ ID NO:429) | AUGGCACCUCCUUAUUUGC(SEQ ID NO:430) | ORF | 47.36842105 |
| NM_000876_siRNA_1146 | 1146 | GCAGCAGGAUGUCUCCAUA(SEQ ID NO:431) | UAUGGAGACAUCCUGCUGC(SEQ ID NO:432) | ORF | 52.63157895 |
| NM_000876_siRNA_1927 | 1927 | GCACCAGUGUUGAGAACUU(SEQ ID NO:433) | AAGUUCUCAACACUGGUGC(SEQ ID NO:434) | ORF | 47.36842105 |
| NM_000876_siRNA_2092 | 2092 | GCCUAUAAAGUUGAGACAA(SEQ ID NO:435) | UUGUCUCAACUUUAUAGGC(SEQ ID NO:436) | ORF | 36.84210526 |
| NM_000876_siRNA_2735 | 2735 | GCAGCCUCCUUCUGGAAUA(SEQ ID NO:437) | UAUUCCAGAAGGAGGCUGC(SEQ ID NO:438) | ORF | 52.63157895 |
| NM_000876_siRNA_3901 | 3901 | GCUGGCGAAUACACUUAUU(SEQ ID NO:439) | AAUAAGUGUAUUCGCCAGC(SEQ ID NO:440) | ORF | 42.10526316 |
| NM_000876_siRNA_6587 | 6587 | GCUUCAGCCUCGGAGAUAU(SEQ ID NO:441) | AUAUCUCCGAGGCUGAAGC(SEQ ID NO:442) | ORF | 52.63157895 |
| NM_000876_siRNA_6849 | 6849 | GGAUAAGACCAAGUCUGUU(sEQ ID NO:443) | AACAGACUUGGUCUUAUCC(SEQ ID NO:444) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | JAK1 | GenBank编号 | NM 002227 | GI: | 4504802 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3541 | ORF区域 | 76-3504 |
| 基因座 | 3716 | BIast数据库 | 人 | ORFGC% | 47.54 |
| 定义 | 人Janus激酶1(蛋白酪氨酸激酶)(JAK1),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_002227_siRNA_297 | 297 | GCUCUGGUAUGCUCCAAAU(SEQ ID NO:445) | AUUUGGAGCAUACCAGAGC(SEQ ID NO:446) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002227_siRNA_320 | 320 | CCAUCACCGUUGAUGACAA(SEQ ID NO:447) | UUGUCAUCAACGGUGAUGG(SEQ ID NO:448) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002227_siRNA_380 | 380 | CCAAUUGGCAUGGAACCAA(SEQ ID NO:449) | UUGGUUCCAUGCCAAUUGG(SEQ ID NO:450) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002227_siRNA_387 | 387 | GCAUGGAACCAACGACAAU(SEQ ID NO:451) | AUUGUCGUUGGUUCCAUGC(sEQ ID NO:452) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002227_siRNA_621 | 621 | CCUGGCCAUCUCACACUAU(SEQ ID NO:453) | AUAGUGUGAGAUGGCCAGG(SEQ ID NO:454) | ORF | 52.63157895 |
| NM_002227_siRNA_626 | 626 | CCAUCUCACACUAUGCCAU(SEQ ID NO:455) | AUGGCAUAGUGUGAGAUGG(SEQ ID NO:456) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002227_siRNA_1511 | 1511 | CCCAGAAGCAGUUCAAGAA(SEQ ID NO:457) | UUCUUGAACUGCUUCUGGG(SEQ ID NO:458) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002227_siRNA_1701 | 1701 | GCUGGUGGCUACUAAGAAA(SEQ ID NO:459) | UUUCUUAGUAGCCACCAGC(SEQ ID NO:460) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002227_siRNA_1814 | 1814 | GCACGAGAACACACAUCUA(SEQ ID NO:461) | UAGAUGUGUGUUCUCGUGC(SEQ ID NO:462) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002227_siRNA_2022 | 2022 | GGAGAAUAUCAUGGUGGAA(SEQ ID NO:463) | UUCCACCAUGAUAUUCUCC(SEQ ID NO:464) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | KIF13B | GenBank编号 | NM 015254 | GI: | 46852171 |
| 生物 | 人 | 长度 | 8796 | ORF区域 | 91-5571 |
| 基因座 | 23303 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 52.64 |
| 定义 | 人驱动蛋白家族成员13B(KIF13B),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_015254_siRNA_141 | 141 | GCGAGAGACUGACUUGCAU(SEQ ID NO:465) | AUGCAAGUCAGUCUCUCGC(SEQ ID NO:466) | ORF | 52.63157895 |
| NM_015254_siRNA_631 | 631 | CCUUAUGUCGACGGACUUU(SEQ ID NO:467) | AAAGUCCGUCGACAUAAGG(SEQ ID NO:468) | ORF | 47.36842105 |
| NM_015254_siRNA_1374 | 1374 | GCUUGAGAGUCUUGGAAUA(SEQ ID NO:469) | UAUUCCAAGACUCUCAAGC(SEQ ID NO:470) | ORF | 42.10526316 |
| NM_015254_siRNA_1473 | 1473 | GCUUCUGGUGUACUAUUUA(SEQ ID NO:471) | UAAAUAGUACACCAGAAGC(SEQ ID NO:472) | ORF | 36.84210526 |
| NM_015254_siRNA_4479 | 4479 | GCUCCUCAAGUCUCUCUUU(SEQ ID NO:473) | AAAGAGAGACUUGAGGAGC(SEQ ID NO:474) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | MK167 | GenBank编号 | NM 002417 | GI: | 19923216 |
| 生物 | 人 | 长度 | 12515 | ORF区域 | 197-9967 |
| 基因座 | 4288 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 47.35 |
| 定义 | 由单克隆抗体KI-67识别的人抗原(MKI67),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RN序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_002417_siRNA_727 | 727 | GGGAACAACUAAUGUUCAU(SEQ ID NO:475) | AUGAACAUUAGUUGUUCCC(SEQ ID NO:476) | ORF | 36.84210526 |
| NM_002417_siRNA_1913 | 1913 | GCACAAAGCUUGGUUAUAA(SEQ ID NO:477) | UUAUAACCAAGCUUUGUGC(SEQ ID NO:478) | ORF | 36.84210526 |
| NM_002417_siRNA_3621 | 3621 | GCACAAAGCAAUGGCCUAA(SEQ ID NO:479) | UUAGGCCAUUGCUUUGUGC(SEQ ID NO:480) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002417_siRNA_6317 | 6317 | GCGUUUAAGGAAUCUGCAA(SEQ ID NO:481) | UUGCAGAUUCCUUAAACGC(SEQ ID NO:482) | ORF | 42.10526316 |
| NM_002417_siRNA_8846 | 8846 | GCAUUUAAGCAACCUGCAA(SEQ ID NO:483) | UUGCAGGUUGCUUAAAUGC(SEQ ID NO:484) | ORF | 42.10526316 |
| NM_002417_siRNA_9505 | 9505 | GCAAAUAACUGAGGUCUUU(SEQ ID NO:485) | AAAGACCUCAGUUAUUUGC(SEQ ID NO:486) | ORF | 36.84210526 |
| 基因名称 | LIPC | GenBank编号 | NM 000236 | GI: | 4557722 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1603 | ORF区域 | 58-1557 |
| 基因座 | 3990 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 52.34 |
| 定义 | 人脂酶,肝(LIPC),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_000236_siRNA_122 | 122 | CCCUUGGACAAAGCCUGAA(SEQ ID NO:487) | UUCAGGCUUUGUCCAAGGG(SEQ ID NO:488) | ORF | 52.63157895 |
| NM_000236_siRNA_646 | 646 | GGACCUUUGUUUGAGGGAA(SEQ ID NO:489) | UUCCCUCAAACAAAGGUCC(SEQ ID NO:490) | ORF | 47.36842105 |
| NM_000236_siRNA_767 | 767 | CCAUAGGACACUAUGACUU(SEQ ID NO:491) | AAGUCAUAGUGUCCUAUGG(SEQ ID NO:492) | ORF | 42.10526316 |
| NM_000236_siRNA_1058 | 1058 | GCAAGAGCAAGAGGCUCUU(SEQ ID NO:493) | AAGAGCCUCUUGCUCUUGC(SEQ ID NO:494) | ORF | 52.63157895 |
| NM_000236_siRNA_1229 | 1229 | GCAAAGGAAUUGCUAGUAA(SEQ ID NO:495) | UUACUAGCAAUUCCUUUGC(SEQ ID NO:496) | ORF | 36.84210526 |
| 基因名称 | NFKBIZ | GenBank编号 | NM 031419 | GI: | 53832022 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3938 | ORF区域 | 116-2272 |
| 基因座 | 64332 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 53.0 |
| 定义 | 人B细胞K轻链多肽基因增强子核因子抑制因子,ζ(NFKBIZ),转录物变体1,mRNA(MAL) | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_031419_siRNA_490 | 490 | GCACAUCCGAAGUCAUAAA(SEQ ID NO:497) | UUUAUGACUUCGGAUGUGC(SEQ ID NO:498) | ORF | 42.10526316 |
| NM_031419_siRNA_616 | 616 | GCCCGAUUCGUUGUCUGAU(SEQ ID NO:499) | AUCAGACAACGAAUCGGGC(SEQ ID NO:500) | ORF | 52.63157895 |
| NM_031419_siRNA_965 | 965 | GCUUCCCUGUACCAGUAUU(5EQ ID NO:501) | AAUACUGGUACAGGGAAGC(SEQ ID NO:502) | ORF | 47.36842105 |
| NM_0314l9_siRNA_1175 | 1175 | GCUAAUCCCAUGCAGACUU(SEQ ID NO:503) | AAGUCUGCAUGGGAUUAGC(SEQ ID NO:504) | ORF | 47.36842105 |
| NM_031419_siRNA_1494 | 1494 | CCUAUGUUCUUGCAAGAAA(SEQ ID NO:505) | UUUCUUGCAAGAACAUAGG(SEQ ID NO:506) | ORF | 36.84210526 |
| NM_031419_siRNA_1520 | 1520 | GCACUUCACAUGCUGGAUA(SEQ ID NO:507) | UAUCCAGCAUGUGAAGUGC(SEQ ID NO:508) | ORF | 47.36842105 |
| NM_031419_siRNA_1801 | 1801 | CCACAAUGCUGUGGUCCAU(SEQ ID NO:509) | AUGGACCACAGCAUUGUGG(SEQ ID NO:510) | ORF | 52.63157895 |
| NM_031419_siRNA_1816 | 1816 | CCAUGAACUCCAGAGAAAU(SEQ ID NO:511) | AUUUCUCUGGAGUUCAUGG(SEQ ID NO:512) | ORF | 42.10526316 |
| NM_031419_siRNA_1840 | 1840 | GCCUCAUUCACCUGAAGUU(SEQ ID NO:513) | AACUUCAGGUGAAUGAGGC(SEQ ID NO:514) | ORF | 47.36842105 |
| NM_031419_siRNA_2092 | 2092 | GCAGUAUCGGUUGACACAA(SEQ ID NO:515) | UUGUGUCAACCGAUACUGC(SEQ ID NO:516) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | NFKBIZ | GenBank编号 | NM 0015474 | GI: | 53832023 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3782 | ORF区域 | 260-2116 |
| 基因座 | 64332 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 49.49 |
| 定义 | 人B细胞K轻链多肽基因增强子核因子抑制因子,ζ(NFKBIZ),转录物变体2,mRNA. | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_001005474_siRNA_334 | 334 | GCACAUCCGAAGUCAUAM(SEQ ID NO:517) | UUUAUGACUUCGGAUGUGC(SEQ ID NO:518) | ORF | 42.10526316 |
| NM_001005474_siRNA_460 | 460 | GCCCGAUUCGUUGUCUGAU(SEQ ID NO:519) | AUCAGACAACGAAUCGGGC(SEQ ID NO:520) | ORF | 52.63157895 |
| NM_001001005474_siRNA_809 | 809 | GCUUOCCUGUACCAGUAUU(SEQ ID NO:521) | AAUACUGGUACAGGGAAGC(SEQ ID NO:522) | ORF | 47.36842105 |
| NM_001005474_siRNA_1019 | 1019 | GCUAAUCCCAUGCAGACUU(SEQ ID NO:523) | AAGUCUGCAUGGGAUUAGC(sEQ ID NO:524) | ORF | 47.36842105 |
| NM_001005474_siRNA_1338 | 1338 | CCUAUGUUCUUGCAAGAAA(SEQ ID NO:525) | UUUCUUGCAAGAACAUAGG(SEQ ID NO:526) | ORF | 36.84210526 |
| NM_001005474_SiRNA_1364 | 1364 | GCACUUCACAUGCUGGAUA(SEQ ID NO:527) | UAUOCAGCAUGUGAAGUGC(SEQ ID NO:528) | ORF | 47.36842105 |
| NM_001005474_siRNA_1645 | 1645 | CCACAAU6CUGUGGUCCAU(SEQ ID NO:529) | AUGGACCACAGCAUUGUGG(SEQ ID NO:530) | ORF | 52.63157895 |
| NM_001005474_siRNA_1660 | 1660 | CCAU6AACUCCAGAGAAAU(SEQ ID NO:531) | AUUUCUCUGGAGUUCAUGG(SEQ ID NO:532) | ORF | 42.10S26316 |
| NM_001005474_siRNA_1684 | 1684 | GCCUCAUUCACCUGAAGUU(SE0 ID NO:533) | AACUUCAGGUGAAUGAGGC(SEQ ID NO:534) | ORF | 47.36842105 |
| NM_001005474_siRNA_1936 | 1936 | GCAGUAUCGGUUGACACAA(SEQ ID NO:535) | UUGUGUCAACCGAUACUGC(SEQ ID NO:536) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | MAP3K7IPl | GenBank编号 | NM006116 | GI: | 47717114 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3240 | ORF区域 | 50-1564 |
| 基因座 | 10454 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 60.73 |
| 定义 | 人促分裂原激活蛋白激酶激酶激酶7相互作用蛋白1(MAP3K7中1),转录物变体d,mRNA | ||||
| 序列 | NM_006116 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_006116_siRNA_219 | 219 | GGAGUGAGAACAACUGCUU(SEQ ID NO:537) | AAGCAGUUGUUCUCACUCC(SEO ID NO:538) | ORF | 47.36842105 |
| NM_006116_siRNA_267 | 267 | GCMCCGAGUGACCAACUU(SEQ ID NO:539) | AAGUUGGUCACUCGGUUGC(SEQ ID NO:540) | ORF | 52.63157895 |
| NM_006116_siRNA_685 | 685 | GGAUGAGCUCUUCcGUCUU(SEQ ID NO:541) | AAGACGGAAGAGCUCAUOC(SEQ ID NO:542) | ORF | 52.631S7895 |
| NM_006116_siRNA_831 | 831 | CCAAGUCCMACCAAUCAU(SEQ ID NO:543) | AUGAUUGGUUUGGACUUGG(SEQ ID NO:544) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | MAP3K7IPl | GenBank编号 | NM153497 | GI: | 47717113 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1994 | ORF区域 | 50-1438 |
| 基因座 | 10454 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 60.12 |
| 定义 | 人促分裂原激活蛋白激酶激酶激酶7相互作用蛋白1,转录物变体B,mRNA. | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_153497_siRNA_219 | 219 | GGAGUGAGAACAACUGCUU(SEQ ID NO:545) | AAGCAGUUGUUCUCACUCC(SEQ ID NO:(SEQID NO:546) | ORF | 47.36842105 |
| NM_153497_siRNA_267 | 267 | GCAACCGAGUGACCAACUU(SEQ ID N0:547) | AAGUUGGUCACUCGGUUGC(SEQ ID N0:548) | 0RF | 52.63157895 |
| NN_153497_siRNA_685 | 685 | GGAUGAGCUCUUCCGUCUU(SEQ ID NO:549) | MGACGGAAGAGCUCAUCC(SEQ ID N0:550) | ORF | 52.63157895 |
| NH_153497_siRNA_831 | 831 | CCAAGUCCAAACCAAUCAU(SEQ ID NO:551) | AUGAUUGGUUUGGACUUGG(SEQ ID NO:5521 | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | MAPT | GenBank编号 | NM 005910 | GI: | 6754637 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2796 | ORF区域 | 237-1562 |
| 基因座 | 4137 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 58.68 |
| 定义 | 人微管相关蛋白T(MAPT),转录物变体2,n RNA. | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_005910_siRNA_1054 | 1054 | GGAAGGUGCAGAUAAUUAA(SEQ ID NO:553) | UUAAUUAUCUGCACCUUCC(SEQ ID NO:554) | ORF | 36.842105226 |
| NM_005910_siRNA_1147 | 1147 | GCAGUGUGCMAUAGUCUA(SEQ ID NO:555) | UAGACUAUUUGCACACUGC(SEQ ID NO:S56) | ORF | 42.10526316 |
| NM_005910_siRNA_1192 | 1192 | CCUCCAAGUGUGGCUCAUU(SEQ ID NO:557) | AAUGAGCCACACUUGGAGG(SEQ ID NO:558) | ORF | S2.63157895 |
| 基因名称 | MAPT | GenBank编号 | NM 016834 | GI: | 8400710 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2622 | ORF区域 | 237-1388 |
| 基因座 | 4137 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 58.43 |
| 定义 | 人微管相关蛋白T(MAPT),转录物变体3,mRNA. | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_016834_siRNA_877 | 877 | GCGGGAAGGUGCAGAUAAU(SEQ ID NO:559) | AUUAUCUGCACCUUCCCGC(SEQ ID NO:560) | ORF | 52.63157895 |
| NM_016834_siRNA_973 | 973 | GCAGUGUGCAAAUAGUCUA(SEQ ID NO:561) | UAGACUAUUUGCACACUGC(SEQ ID NO:562) | ORF | 42.10526316 |
| NM_016834_siRNA_1018 | 1018 | CCUCCAAGUGUGGCUCAUU(SEQ ID NO:563) | AAUGAGCCACACUUGGAGG(SEQ ID NO:564) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | MAPT | GenBank编号 | NM 016835 | GI: | 8400712 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3747 | ORF区域 | 237-2513 |
| 基因座 | 4137 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 60.52 |
| 定义 | 人微管相关蛋白T(MAPT),转录物变体1,mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义NA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_016835_siRNA_250 | 250 | GCCAGGAGUUCGAAGUGAU(SEQ ID NO:565) | AUCACUUCGAACUCCUGGC(SEQ ID NO:566) | ORF | 52.63157895 |
| NM_016835_siRNA_797 | 797 | GCUCAAGCACCAGCUUCUA(SEQ ID NO:567) | UAGAAGCUGGUGCUUGAGC(SEQ ID NO:568) | ORF | 52.63157895 |
| NM_016835_siRNA_1413 | 1413 | GCCAAGACAUCCACACGUU(SEQ ID NO:569) | AACGUGUGGAUGUCUUGGC(SEQ ID NO:570) | ORF | 52.63157895 |
| NM_016835_siRNA_2098 | 2098 | GCAGUGUGCAAAUAGUCUA(SEQ ID NO:571) | UAGACUAUUUGCACACUGC(SEQ ID NO:572) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | MGAT1 | GenBank编号 | NM 002406 | GI: | 6031182 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2937 | ORF区域 | 497-1834 |
| 基因座 | 4245 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 65.1 |
| 定义 | 人甘露糖(α1,3)糖蛋白β1,2-N 乙酰葡萄糖胺转移酶(MGAT1),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_002406_siRNA_541 | 541 | CCUCUUUGUGGCCUGGAAU(SEQ ID NO:573) | AUUCCAGGCCACAAAGAGG(SEQ ID NO:574) | ORF | 52.63157895 |
| NM_002406_siRNA_1026 | 1026 | GCAAGUUCCAGGGCUACUA(SEQ ID NO:575) | UAGUAGCCCUGGAACUUGC(SEQ ID NO:576) | ORF | 52.63157895 |
| NM_002406_siRNA_1668 | 1668 | GGGACAGCUUCAAGGCUUU(SEQ ID NO:577) | AAAGCCUUGAAGCUGUCCC(SEQ ID NO:578) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | MICAL2 | GenBank编号 | NM 014632 | GI: | 41281417 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3934 | ORF区域 | 289-3663 |
| 基因座 | 9645 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 53.75 |
| 定义 | 人微管相关一氧化物酶,含calponin和LIM结构域2(MICAL2),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_014632_siRNA_372 | 372 | CCUCCAGGCCUUCAACAUU(SEQ ID NO:579) | AAUGUUGAAGGCCUGGAGG(SEQ ID NO:580) | ORF | 52.63157895 |
| NM_014632_siRNA_473 | 473 | CCAAAGCOCUGUGGUACAA(SEQ ID NO:581) | UUGUACCACAGGGCUUUGG(SEQ ID NO:582) | ORF | 52.63157895 |
| NM-014632_siRNA_585 | 585 | GCGCACUGCCAUUGMCUU(SEQ ID NO:583) | AAGUUCAAUGGCAGUGCGC(SEQ ID NO:584) | ORF | 52.63157895 |
| NM_014632_siRNA_746 | 746 | CCAUCGACCAUAUCAGUAU(SEQ ID NO:585) | AUACUGAUAUGGUCGAUGG(SEQ ID NO:586) | ORF | 42.10526316 |
| NM_014632_siRNA_753 | 753 | CCAUAUCAGUAUUCGCCAA(SEO ID NO:587) | UUGGCGAAUACUGAUAUGG(SEQ ID NO:588) | ORF | 42.10526316 |
| NM_014632_siRNA_912 | 912 | CCAUUCUCUGUCGGAGUUU(SEQ ID NO:589) | AAACUCCGACAGAGAAUGG(SEQ ID N0:590) | ORF | 47.36842105 |
| NM_014632_siRNA_1136 | 1136 | GCAUAGAUCUUGAGAACAU(SEQ ID N0:591) | AUGUUCUCAAGAUCUAUGC(SEQ ID NO:592) | ORF | 36.84210526 |
| NM-014632_siRNA_1338 | 1338 | GCUGCCAUCCUUAGACUUU(SEQ ID NO:593) | AAAGUCUAAGGAUGGCAGC(SEQ ID NO:594) | ORF | 47.36842105 |
| NM_014632_siRNA_2402 | 2402 | GCAGUAAGGAAGGUGGAAA(SEQ ID NO:595) | UUUCCACCUUCCUUACUGC(SEQ ID NO:596) | ORF | 47.36842105 |
| NM_014632_siRNA_3111 | 3111 | CCAUUUGAGMCAGUGCAU(SEQ ID NO:597) | AUGCACUGUUCUCAAAUGG(SEQ ID NO:598) | ORF | 42.10526316 |
| 墓闵危敢 | CLEC2D | GenBank编号 | NM 001004419 | GI: | 52426781 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1821 | ORE区域 | 23-607 |
| 其l夭I睡 | 29121 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 41.71 |
| 定义 | 人C型凝集素结构域家族2.成员D,转录物变体2.mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_001004419_siRNA_506 | 506 | GCCAACUUGUAUGUUGCAA(SEQ ID N0:599) | UUGCAACAUACAAGUUGGC(SEQ ID N0:600) | ORF | 42.10526316 |
| NM_001004419_siRNA_507 | 507 | CCAACUUGUAUGUUGCAAA(SEQ ID N0:601) | UUUGCAACAUACAAGUUGG(SEQ ID NO:602) | ORF | 36.84210526 |
| NM_001004419_siRNA_551 | 551 | CCAAGACCUGUCAUGGUUU(SEQ ID N0:603) | AAACCAUGACAGGUCUUGG(SEQ ID NO:604) | ORF | 47.36842105 |
| NM_001004419_siRNA_582 | 582 | GCAGGAGAGUGUGCCUAUU(SEO ID N0:605) | AAUAGGCACACUCUCOUGC(SEQ ID NO:606) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | CLEC2D | GenBank编号 | NM 001004420 | GI: | 52425783 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1814 | ORF区域 | 23-391 |
| 基因座 | 29121 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 41.71 |
| 定义 | 人C型凝集素结构域家族2,成员D,转录物变体3,mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_001004420_siRNA_59 | 59 | CCAUCUGAAUUGCCUGCAA(SEQ ID NO:607) | UUGCAGGCAAUUCAGAUGG(SEQ ID NO:608) | ORF | 47.36842105 |
| NM_001004420_siRNA_182 | 182 | GCUGCUUUAAGCGCAAUAA(SEQ ID NO:609) | UUAUUGCGCUUAAAGCAGC(SEQ ID NO:610) | ORF | 42.10526316 |
| NM_001004420_siRNA_220 | 220 | GCCAUCAGUAUGUCUUCAA(SEQ ID NO:611) | UUGAAGACAUACUGAUGGC(SEQ ID NO:612) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | CLEC2D | GenBank编号 | NM 013269 | GI: | 52426785 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1739 | ORF区域 | 23-598 |
| 基因座 | 29121 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 42.19 |
| 定义 | 人C型凝集素结构域家族2,成员D,转录物变体1,mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_013269_siRNA_402 | 402 | GCCCAUCUGAUCACUGGAU(SEQ ID NO:613) | AUCCAGUGAUCAGAUGGGC(SEQ ID NO:614) | ORF | 52.63157895 |
| NM_013269_siRNA_441 | 441 | GCCAACCAUGGAAAUGGAU(SEQ ID NO:615) | AUCCAUUUCCAUGGUUGGC(SEQ ID NO:616) | ORF | 47.36842105 |
| NM_013269_siRNA_500 | 500 | GCAGGAGAGUGUGCCUAUU(SEQ ID NO:617) | AAUAGGCACACUCUCCUGC(SEQ ID NO:618) | ORF | 52.63157895 |
| NM_013269_siRNA_561 | 561 | GGAAGUGGAUUUGUUCCAA(SEQ ID NO:619) | UUGGAACAAAUCCACUUCC(SEQ ID NO:620) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | ASAM | GenBank编号 | NM 024769 | GI: | 41393588 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2645 | ORF区域 | 360-1481 |
| 基因座 | 79827 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 51.61 |
| 定义 | 人脂肪细胞特异黏附分子(ASAM),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_024769_siRNA_391 | 391 | CCUACUAUGUUGGAACCUU(SEQ ID NO:621) | AAGGUUCCAACAUAGUAGG(SEQ ID NO:622) | ORF | 42.10526316 |
| NM_024769_siRNA_682 | 682 | GGUACACCUGUAAGGUUAA(SEQ ID NO:623) | UUAACCUUACAGGUGUACC(SEQ ID NO:624) | ORF | 42.10526316 |
| NM_024769_siRNA_780 | 780 | GGAGAGCUGACAGAAGGAA(SEQ ID NO:625) | UUCCUUCUGUCAGCUCUCC(SEQ ID NO:626) | ORF | 52.63157895 |
| NM_024769_siRNA_1022 | 1022 | GCGAGUAACUGUACAGUAU(SEQ ID NO:627) | AUACUGUACAGUUACUCGC(SEQ ID NO:628) | ORF | 42.10526316 |
| NM_024769_siRNA_1406 | 1406 | CCAUGCUAAUCUGACCAAA(SEQ ID NO:629) | UUUGGUCAGAUUAGCAUGG(SEQ ID NO:630) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | NUMB | GenBank编号 | NM 003744 | GI: | 54144623 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3614 | ORF区域 | 321-2243 |
| 基因座 | 8650 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 52.06 |
| 定义 | 人麻木同系物(果蝇)(NUMB),转录物变体3,mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_003744_siRNA_700 | 700 | GCUGGAUCUGUCACUGCUU(SEQ ID NO:631) | AAGCAGUGACAGAUCCAGC(SEQ ID NO:632) | ORF | 52.63157895 |
| NM_003744_siRNA_864 | 864 | GGAUCAUUCCGUGUCACAA (SEQ ID NO:633 | UUGUGACACGGAAUGAUCC(SEQ ID NO:634) | ORF | 47.36842105 |
| NM_003744_siRNA_1139 | 1139 | CCAGAAGAUGUCACCCUUU(SEQ ID NO:635) | AAAGGGUGACAUCUUCUGG(SEQ ID NO:636) | ORF | 47.36842105 |
| NM_003744_siRNA_1402 | 1402 | CCUUCCAUGUGCUUGCUAA(SEQ ID NO:637) | UUAGCAAGCACAUGGAAGG(SEQ ID NO:638) | ORF | 47.36842105 |
| NM_003744_siRNA_1615 | 1615 | GGUUAGAAGAGGUGUCUAA(SEQ ID NO:639) | UUAGACACCUCUUCUAACC(SEQ ID NO:640) | ORF | 42.10526316 |
| NM_003744_siRNA_1999 | 1999 | CCACCAGUCCCUUCUUUAA(SEQ ID NO:641) | UUAAAGAAGGGACUGGUGG(SEQ ID NO:642) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | PDE4B | GenBank编号 | NM 002600 | GI: | 32171240 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3186 | ORF区域 | |
| 基因座 | 5142 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 46.32 |
| 定义 | 人磷酸二酯酶4B,cAMP特异(磷酸二酯酶E4愚人同系物,果蝇)(PDE4B),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_002600_siRNA_218 | 218 | CCUACAGUUCUUCCAGUAA(SEQ ID NO:643) | UUACUGGAAGAACUGUAGG(SEQ ID NO:644) | ORF | 41.39523496 |
| NM_002600_siRNA_527 | 527 | GCAGAGAGUCAUUUCUCUA(SEQ ID NO:645) | UAGAGAAAUGACUCUCUGC(SEQ ID NO:646) | ORF | 42.10526316 |
| NM_002600_siRNA_945 | 945 | CCAGGUGUCUGAAUACAUU(SEO ID NO:647) | AAUGUAUUCAGACACCUGG(SEQ ID NO:648) | ORF | 42.10526316 |
| NM_002600_siRNA_1499 | 1499 | CCAAUCAGUUUCUCAUCAA(SEQ ID NO:649) | UUGAUGAGAAACUGAUUGG(SEO ID NO:650) | ORF | 36.84210526 |
| NM_002600_siRNA_1763 | 1763 | GCGUUCUUCUCCUAGACAA(SEQ ID NO:651) | UUGUCUAGGAGAAGAACGC(SEQ ID NO:652) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002600_siRNA_2050 | 2050 | GCUCAGGACAUUCUCGAUA(SEQ ID NO:653) | UAUCGAGAAUGUCCUGAGC(SEQ ID NO:654) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | ABCB1 | GenBank编号 | NM 000927 | GI: | 42741658 |
| 生物 | 人 | 长度 | 4872 | ORF区域 | 419-4261 |
| 基因座 | 5243 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 43.69 |
| 定义 | 人ATP结合盒,亚家族B(MDR/TAP),成员1(ABCB1),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_000927_siRNA_761 | 761 | GCCUAUUAUUACAGUGGAA(SEQ ID NO:655) | UUCCACUGUAAUAAUAGGC(SEQ ID NO:656) | ORF | 36.84210526 |
| NM_000927_siRNA_1330 | 1330 | GCUGAUCUAUGCAUCUUAU(SEQ ID NO:657) | AUAAGAUGCAUAGAUCAGC(SEQ ID NO:658) | ORF | 36.84210526 |
| NM_000927_siRNA_1470 | 1470 | GCAUUGAAGCAUUUGCAAA(SEQ ID NO:659) | UUUGCAAAUGCUUCAAUGC(SEQ ID NO:660) | ORF | 36.84210526 |
| NM_000927_siRNA_1732 | 1732 | GCUGAUGCAGAGGCUCUAU(SEQ ID NO:661) | AUAGAGCCUCUGCAUCAGC(SEQ ID NO:662) | ORF | 52.63157895 |
| NM_000927_siRNA_2309 | 2309 | GCAGGAAAUGAAGUUGAAU(SEQ ID NO:663) | AUUCAACUUCAUUUCCUGC(SEQ ID NO:664) | ORF | 36.84210526 |
| NM_000927_siRNA_2815 | 2815 | GGAUGUGAGUUGGUUUGAU(SEQ ID NO:665) | AUCAAACCAACUCACAUCC(SEQ ID NO:666) | ORF | 42.10526316 |
| NM_000927_siRNA_3915 | 3915 | GCACUAAAGUAGGAGACAA(SEQ ID NO:667) | UUGUCUCCUACUUUAGUGC(SEQ ID NO:668) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | HTRA1 | GenBank编号 | NM 002775 | GI: | 73747816 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2133 | ORF区域 | 113-1555 |
| 基因座 | 5654 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 59.26 |
| 定义 | 人HtrA丝氨酸肽酶1(HTRA1),mRNA,(PRSS11) | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_002775_siRNA_597 | 597 | CCAACAGUUUGCGCCAUAA(SEQ ID NO:669) | UUAUGGCGCAAACUGUUGG(SEQ ID NO:670) | ORF | 47.36842105 |
| NM_002775_siRNA_716 | 716 | GCUAGUGGGUCUGGGUUUA(SEQ ID NO:671) | UAAACCCAGACCCACUAGC(SEQ ID NO:672) | ORF | 52.63157895 |
| NM_002775_siRNA_1073 | 1073 | GCCAUCAUCAACUAUGGAA(SEQ ID NO:673) | UUCCAUAGUUGAUGAUGGC(SEQ ID NO:674) | ORF | 42.10526316 |
| NM_002775_siRNA_1114 | 1114 | CCUGGACGGUGAAGUGAUU(SEQ ID NO:675) | AAUCACUUCACCGUCCAGG(SEQ ID NO:676) | ORF | 52.63157895 |
| NM_002775_siRNA_1535 | 1535 | CCCGAAGAAAUUGACCCAU(SEQ ID NO:677) | AUGGGUCAAUUUCUUCGGG(SEQ ID NO:678) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | NPEPPS | GenRank编号 | NM 006310 | GI: | 15451906 |
| 生物 | 人 | 长度 | 4177 | ORF区域 | 196-2823 |
| 基因座 | 9520 | BIast数据库 | 人 | ORF GC% | 44.79 |
| 定义 | 人氨肽酶嘌呤霉素敏感(NPEPPS).mRNA | ||||
| 序列 | NM_006310 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_006310_siRNA_1939 | 1939 | GCUCGAGCUGGAAUCAUUA(SEQ ID NO:679) | UAAUGAUUCCAGCUCGAGC(SEQ ID NO:680) | ORF | 47.36842105 |
| NM_006310_siRNA_2539 | 2539 | GCUGCUUGGAAAUUCAUAA(SEQ ID NO:681) | UUAUGAAUUUCCAAGCAGC(SEO ID NO:682) | ORF | 36.84210526 |
| NM_006310_siRNA_2622 | 2622 | GCUAUCAGUUGAGGGAUUU(SEQ ID NO:683) | AAAUCCCUCAACUGAUAGC(SEQ ID NO:684) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | PSMA7 | GenBanK编号 | NM 002792 | GI: | 23110945 |
| 生物 | 人 | 长度 | 984 | ORF区域 | 116-862 |
| 基因座 | 5688 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 50.47 |
| 定义 | 人蛋白酶体(蛋白酶体,巨蛋白因子)亚基,α型,7(DSA77),转录物变体1,mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_002792_siRNA_266 | 266 | GCCAAACUGCAGGAUGAAA(SEQ ID NO:685) | UUUCAUCCUGCAGUUUGGC(SEQ ID NO:686) | ORF | 47.36842105 |
| NM_D02792_siRNA_300 | 300 | UCUGUGCUUUGGAUGACAA(SEQ ID NO:687) | UUGUCAUCCAAAGCACAGA(SEO ID NO:688) | ORF | 42.10526316 |
| NM_002792_siRNA_348 | 348 | CCGAUGCAAGGAUAGUCAU(SEQ ID NO:689) | AUGACUAUCCUUGCAUCGG(SEQ ID NO:690) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | PIS | GenBanK编号 | NM 000317 | GI: | 4506330 |
| 生物 | 人 | 长度 | 921 | ORF区域 | 69-506 |
| 基因座 | 5805 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 43.16 |
| 定义 | 人6-丙酮酰四氢蝶呤合成酶(PTS),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_000317_siRNA_137 | 137 | CCACCGAUUGUACAGUAAA(SEQ ID NO:691) | UUUACUGUACAAUCGGUGG(SEQ ID NO:692) | ORF | 42.10526316 |
| NM_000317 siRNA_275 | 275 | GGUUAUGAAUCUGGCUGAU(SEQ ID NO:693) | AUCAGCCAGAUUCAUAACC(SEQ ID NO:694) | ORF | 42.10526316 |
| NM_000317_siRNA_413 | 413 | GGACAACCUCCAGAAAGUU(SEQ ID NO:695) | AACUUUCUGGAGGUUGUCC(SEQ ID NO:696) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | RIN2 | GenBank编号 | NM 018993 | GI: | 35493905 |
| 生物 | 人 | 长度 | 4259 | ORF区域 | 37-2724 |
| 基因座 | 54453 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 55.92 |
| 定义 | 人Ras和Rab结合因子2(RIN2),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_018993_siRNA_471 | 471 | GGAAUUUGCCAUAAAGGAA(SEQ ID NO:697) | UUCCUUUAUGGCAAAUUCC(SEQ ID NO:698) | ORF | 36.84210526 |
| NM_018993_SiRNA_569 | 569 | GCAGGGAUGUUCUACCAUU(SEQ ID NO:699) | AAUGGUAGAACAUCCCUGC(SEQ ID NO:700) | ORF | 47.36842105 |
| NM_018993_siRNA_1034 | 1034 | GCAUGCCAGAAACAGUCAA(SEQ ID NO:701) | UUGACUGUUUCUGGCAUGC(SEO ID NO:702) | ORF | 47.36842105 |
| NM_018993_siRNA_1376 | 1376 | GCAUGCCUCUGUUUGGCUA(SEQ ID NO:703) | UAGCCAAACAGAGGCAUGC(SEQ ID NO:704) | ORF | 52.63157895 |
| NM_018993_siRNA_2236 | 2236 | GGAGGCUAUUACUUGACAA(SEQ ID NO:705) | UUGUCAAGUAAUAGCCUCC(SEQ ID NO:706) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | ROR1 | GenBank编号 | NM 005012 | GI: | 4826867 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3358 | ORF区域 | 376-3189 |
| 基因座 | 4919 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 47.45 |
| 定义 | 人受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_005012_siRNA_932 | 932 | CCGUCUAUAUGGAGUCUUU(SEQ ID NO:707) | AAAGACUCCAUAUAGACGG(SEQ ID NO:708) | ORF | 42.10526316 |
| NM_005012_siRNA_1543 | 1543 | GCUUGCGAUUCAAAGGAUU(SEQ ID NO:709) | AAUCCUUUGAAUCGCAAGC(SEQ ID NO:710) | ORF | 42.10526316 |
| NM_005012_siRNA_1920 | 1920 | GCAAUGGAUGGAAUUUCAA(SEQ ID NO:711) | UUGAAAUUCCAUCCAUUGC(SEQ ID NO:712) | ORF | 36.84210526 |
| NM_005012_siRNA_2817 | 2817 | GCGAUUCAUUCCCAUCAAU(SEQ ID NO:713) | AUUGAUGGGAAUGAAUCGC(SEQ ID NO:714) | ORF | 42.10526316 |
| NM_005012_siRNA_3031 | 3031 | CCACACAUGUCAAUUCCAA(SEQ ID NO:715) | UUGGAAUUGACAUGUGUGG(SEQ ID NO:716) | ORF | 42.10526316 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1657 | ORF区域 | 287-1228 |
| 基因座 | 10670 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 51.39 |
| 定义 | 人Ras相关GTP结合A(RRAGA),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_006570_siRNA_351 | 351 | GCAUGAGGUCGAUAAUCUU(SEQ ID NO:717) | AAGAUUAUCGACCUCAUGC(SEQ ID NO:718) | ORF | 42.10526316 |
| NM_006570_siRNA_510 | 510 | CCAGCCAGGGAGACAAUAU(SEQ ID NO:719) | AUAUUGUCUCGCUGGCUGG(SEQ ID NO:720) | ORF | 52.63157895 |
| NM_006570_siRNA_673 | 673 | GGAUCUGGUUCAGGAGGAU(SEQ ID NO:721) | AUCCUCCUGAACCAGAUCC(SEQ ID NO:722) | ORF | 52.63157895 |
| NM_006570_siRNA_1056 | 1056 | CCAACUUCGCUGCUUUCAU(SEQ ID NO:723) | AUGAAAGCAGCGAAGUUGG(SEQ ID NO:724) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | RYK | GenBank编号 | NM 002958 | GI: | 54607017 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 2951 | ORF区域 | 97-1914 | |
| 基因座 | 6259 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 42.38 | |
| 定义 | 人RYK受体样酪氨酸激酶(RYK),转录物变体2,mRNA | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |
| NM_002958_siRNA_558 | 558 | GCUUUCCUGUACUGGCAAA(SEQ ID NO:725) | UUUGCCAGUACAGGAAAGC(SEQ ID NO:726) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_002958_siRNA_748 | 748 | GCAGCUCCAACCACUUCUA(SEQ ID NO:727) | UAGAAGUGGUUGGAGCUGC(SEQ ID NO:728) | ORF | 52.63157895 | |
| NM_002958_siRNA_1367 | 1367 | GCAAGUUAGUAGAGGCCAA(SEQ ID NO:729) | UUGGCCUCUACUAACUUGC(SEQ ID NO:730) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_002958_siRNA_1413 | 1413 | CCUGGUACACAUGGCUAUU(SEQ ID NO:731) | AAUAGCCAUGUGUACCAGG(SEQ ID NO:732) | ORF | 47.36842105 | |
| NM_002958_siRNA_1779 | 1779 | GCCAAUCAACUGUCCUGAU(SEQ ID NO:733) | AUCAGGACAGUUGAUUGGC(SEQ ID NO:734) | ORF | 47.36842105 | |
| 基因名称 | S100A6 | GenBank编号 | NM 014624 | GI: | 52352807 |
| 生物 | 人 | 长度 | 683 | ORF区域 | 315-587 |
| 基因座 | 6277 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 56.05 |
| 定义 | 人S100钙结合蛋白A6(钙周期蛋白)(S100A6),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_014624_siRNA_455 | 455 | GCUGCAGGAUGCUGAAAUU(SEQ ID NO:735) | AAUUUCAGCAUCCUGCAGC(SEO ID NO:736) | ORF | 47.36842105 |
| NM_014624_siRNA_474 | 474 | GCAAGGCUGAUGGAAGACU(SEQ ID NO:737) | AGUCUUCCAUCAGCCUUGC(SEQ ID NO:738) | ORF | 52.63157895 |
| NM_014624_siRNA_479 | 479 | GCUGAUGGAAGACUUGGAC(SEQ ID NO:739) | GUCCAAGUCUUCCAUCAGC(SEQ ID NO:740) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | S100A1 | GenBank编号 | NM 06271 | GI: | 5454031 |
| 生物 | 人 | 长度 | 607 | ORF区域 | 114-398 |
| 基因座 | 6271 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 55.44 |
| 定义 | 人S100钙结合蛋白A1(S100A1),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_006271_siRNA_136 | 136 | CGAUGGAGACCCUCAUCAA(SEQ ID NO:741) | UUGAUGAGGGUCUCCAUCG(SEQ ID NO:742) | ORF | 52.63157895 |
| NM_06271_siRNA_137 | 137 | GAUGGAGACCCUCAUCAAC(SEQ ID NO:743) | GUUGAUGAGGGUCUCCAUC(SEQ ID NO:744) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | SCMH1 | GenBank编号 | NM 012236 | GI: | 6912641 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3250 | ORF区域 | 485-2260 |
| 基因座 | 22955 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 54.79 |
| 定义 | 人scmh1中足性梳同源物1(果蝇)(SCMH1),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_012236_siRNA_876 | 876 | GGAAGAACCCUCAUUUCAU(SEQ ID NO:745) | AUGAAAUGAGGGUUCUUCC(SEQ ID NO:746) | ORF | 42.10526316 |
| NM_012236_siRNA_1632 | 1632 | GGGAACAGCAUACCCUCAA(SEQ ID NO:747) | UUGAGGGUAUGCUGUUCCC(SEQ ID NO:748) | ORF | 52.63157895 |
| NM_012236_siRNA_1743 | 1743 | CCUUUACACAGACUCACUU(SEQ ID NO:749) | AAGUGAGUCUGUGUAAAGG(SEQ ID NO:750) | ORF | 42.10526316 |
| NM_012236_siRNA_1804 | 1804 | CCUACCAGGUGAAACCUUU(SEQ ID NO:751) | AAAGGUUUCACCUGGUAGG(SEQ ID NO:752) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | SERP1 | GenBank编号 | NM 014445 | GI: | 19923408 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2488 | ORF区域 | 316-516 |
| 基因座 | 27230 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 50.25 |
| 定义 | 人应激相关内质网蛋白1(SERP1),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_014445_siRNA_323 | 323 | CCAGCAAAGGAUCCGUAU(SEQ ID NO:753) | AUACGGAUCCUUUGCUUGG(SEQ ID NO:754) | ORF | 47.36842105 |
| NM_014445_siRNA_434 | 434 | CCUGGUUAUUGGCUCUCUU(SEQ ID NO:755) | AAGAGAGCCAAUAACCAGG(SEQ ID NO:756) | ORF | 47.36842105 |
| NM_014445_siRNA_437 | 437 | GGUUAUUGGCUCUCUUCAU(SEQ ID NO:757) | AUGAAGAGAGCCAAUAACC(SEQ ID NO:758) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | SRP19 | GenBank编号 | NM 003135 | GI: | 4507212 |
| 生物 | 人 | 长度 | 894 | ORF区域 | 82-516 |
| 基因座 | 6728 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 41.38 |
| 定义 | 人信号识别颗粒19kDa(SRP19),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_003135_siRNA_110 | 110 | CCGACCAGGACAGGUUUAU(SEQ ID NO:759) | AUAAACCUGUCCUGGUCGG(SEQ ID NO:760) | ORF | 52.63157895 |
| NM_003135_siRNA_244 | 244 | GCAGUUGGACUUAACGUAU(SEQ ID NO:761) | AUACGUUAAGUCCAACUGC(SEQ ID NO:762) | ORF | 42.10526316 |
| NM_003135_siRNA_454 | 454 | GCUGACCAAAGUCUUCAAC(SEO ID NO:763) | GUUGAAGACUUUGGUCAGC(SEQ ID NO:764) | ORF | 47.36842105 |
| 基因名称 | TPM1 | GenBank编号 | NM 000366 | GI: | 63252894 |
| 生物 | 人 | 长度 | 1294 | ORF区域 | 192-1046 |
| 基因座 | 7168 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 50.77 |
| 定义 | 人原肌球蛋白1(TPM1),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_000366_siRNA_688 | 688 | CCCGUAAGCUGGUCAUCAU(SEQ ID NO:765) | AUGAUGACCAGCUUACGGG(SEQ ID NO:766) | ORF | 52.63157895 |
| NM_000366_siRNA_915 | 915 | GCGGAGAGGUCAGUAACUA(SEQ ID NO:767) | UAGUUACUGACCUCUCCGC(SEQ ID NO:768) | ORF | 52.63157895 |
| NM_000366_siRNA_1020 | 1020 | GCUCUCAACGAUAUGACUU(SEQ ID NO:769) | AAGUCAUAUCGUUGAGAGC(SEQ ID NO:770) | ORF | 42.10526316 |
| 基因名称 | TRIM52 | GenBank编号 | NM 032765 | GI: | 34147443 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2244 | ORF区域 | 306-1199 |
| 基因座 | 84851 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 48.77 |
| 定义 | 人含三联基元52(TRIM52),mRNA | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_032765_siRNA_1115 | 1115 | CCAGGAAAUAAAGUUGGAA(SEQ ID NO:771) | UUCCAACUUUAUUUCCUGG(SEQ ID NO:772) | ORF | 36.84210526 |
| NM_032765_siRNA_1142 | 1142 | GGUGGGAAUACUUCAGAUA(SEQ ID NO:773) | UAUCUGAAGUAUUCCCACC(SEQ ID NO:774) | ORF | 42.10526316 |
| NM_032765_siRNA_1145 | 1145 | GGGAAUACUUCAGAUAGAG(SEQ ID NO:775) | CUCUAUCUGAAGUAUUCCC(SEQ ID NO:776) | ORF | 42.10526316 |
| NM_032765_siRNA_1171 | 1171 | GCAUUCACAGCAAGGCCUA(SEQ ID NO:777) | UAGGCCUUGCUGUGAAUGC(SEQ ID NO:778) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | MTHFD1 | GenBank编号 | NM 005956 | GI: | 13699867 |
| 生物 | 人 | 长度 | 3110 | ORF区域 | 54-2861 |
| 基因座 | 4522 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 49.11 |
| 定义 | NM_005956 | ||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_005956_slRNA_184 | 184 | GCAACAGAGAUGAUUCCAA(SEQ ID NO:779) | UUGGAAUCAUCUCUGUUGC(SEQ ID NO:780) | ORF | 42.10526316 |
| NM_005956_siRNA_696 | 696 | GCAACUGGUCAGCCUGAAA(SEQ ID NO:781) | UUUCAGGCUGACCAGUUGC(SEQ ID NO:782) | ORF | 52.63157895 |
| NM_005956_siRNA_1429 | 1429 | CCAUUGAUGCUCGGAUAUU(SEQ ID NO:783) | AAUAUCCGAGCAUCAAUGG(SEQ ID NO:784) | ORF | 42.10526316 |
| NM_005956_siRNA_1780 | 1780 | CCACUUCUCUAGAAGACAU(SEQ ID NO:785) | AUGUCUUCUAGAGAAGUGG(SEQ ID NO:786) | ORF | 42.10526316 |
| NM_005956_siRNA_2482 | 2482 | GCAGCUUCCAGCUCCUUUA(SEQ ID NO:787) | UAAAGGAGCUGGAAGCUGC(SEQ ID NO:788) | ORF | 52.63157895 |
| 基因名称 | UBE1C | GenBank编号 | NM 003968 | GI: | 38045941 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2136 | ORF区域 | 21-1412 |
| 基因座 | 9039 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 42.25 |
| 定义 | |||||
| NM_003968 | ||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_003968_siRNA_133 | 133 | GGAACCAUGUAAAGAAGUU(SEQ ID NO:789) | AACUUCUUUACAUGGUUCC(SEQ ID NO:790) | ORF | 36.84210526 |
| NM_003968_siRNA_393 | 393 | GCUGAAGUUGCUGCAGAAU(SEQ ID NO:791) | AUUCUGCAGCAACUUCAGC(SEQ ID NO:792) | ORF | 47.36842105 |
| NM_003968_siRNA_594 | 594 | CCAAGCUCCAUUGUCCCUU(SEQ ID NO:793) | AAGGGACAAUGGAGCUUGG(SEQ ID NO:794) | ORF | 52.63157895 |
| NM_003968_siRNA_1023 | 1023 | GCAUACAUUOCCUUGAAUA(SEO ID NO:795) | UAUUCAAGGGAAUGUAUGC(SEQ ID NO:796) | ORF | 36.84210526 |
| NM_003968_siRNA_1197 | 1197 | GCUUCUCUGCAAAUGAAAU(SEQ ID NO:797) | AUUUCAUUUGCAGAGAAGC(SEQ ID NO:798) | ORF | 36.84210526 |
| 基因名称 | UBE1C | GenBank编号 | NM 198195 | GI: | 38045943 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2094 | ORF区域 | 21-1370 |
| 基因座 | 9039 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 42.08 |
| 定义 | NM_198195 | ||||
| 序列 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_198195_siRNA_35 | 35 | GGAGCCAAUGGCUGUUGAU(SEQ ID NO:799) | AUCAACAGCCAUUGGCUCC(SEQ ID NO:800) | ORF | 52.63157895 |
| NM_198195_siRNA_91 | 91 | GGAACCAUGUAAAGAAGUU(SEQ ID NO:801) | AACUUCUUUACAUGGUUCC(SEQ ID NO:802) | ORF | 36.84210526 |
| NM_198195_siRNA_351 | 351 | GCUGAAGUUGCUGCAGAAU(SEQ ID NO:803 | AUUCUGCAGCAACUUCAGC(SEQ ID NO:804) | ORF | 47.36842105 |
| NM_198195_siRNA_552 | 552 | CCAAGCUCCAUUGUCCCUU(SEO ID NO:805) | AAGGGACAAUGGAGCUUGG(SEQ ID NO:806) | ORF | 52.63157895 |
| NM_198195_siRNA_981 | 981 | GCAUACAUUCCCUUGAAUA(SEQ ID NO:807) | UAUUCAAGGGAAUGUAUGC(SEQ ID NO:808) | ORF | 36.84210526 |
| NM_198195_siRNA_1155 | 1155 | GCUUCUCUGCAAAUGAAAU | AUUUCAUUUGCAGAGAAGC | ORF | 36.84210526 |
| 基因名称 | UBE1C | GenBank编号 | NM 198197 | GI: | 38045945 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2015 | ORF区域 | 200-1291 |
| 基因座 | 9039 | Blast数据库 | 人 | ORF GC% | 40.39 |
| 定义 | NM_198197 | ||||
| 序列 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NN_198197_siRNA_272 | 272 | GCUGAAGUUGCUGCAGAAU(SEO ID NO:809) | AUUCUGCAGCAACUUCAGC(SEQ ID NO:810) | ORF | 47.36842105 |
| NM_198197_siRNA_473 | 473 | CCAAGCUCCAUUGUCCCUU(SEQ ID NO:811) | AAGGGACAAUGGAGCUUGG(SEQ ID NO:812) | oRF | 52.63157895 |
| NM_198197_siRNA_902 | 902 | GCAUACAUUCCCUUGAAUA(SEQ ID NO:813) | UAUUCAAGGGAAUGUAUGC(SEQ ID NO:814) | ORF | 36.84210526 |
| NM_198197_siRNA_1076 | 1076 | GCUUCUCUGCAAAUGAAAU(SEQ ID NO:815) | AUUUCAUUUGCAGAGAAGC(SEQ ID NO:816) | ORF | 36.84210526 |
| 基因名称 | ZNF207 | GenBank编号 | NM 003457 | GI: | 75750493 |
| 生物 | 人 | 长度 | 2348 | ORF区域 | 204-1640 |
| 基因座 | 7756 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 48.3 |
| 定义 | NM_003457 | ||||
| 序列 | |||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% |
| NM_003457_siRNA_888 | 888 | GCGCCAGGUAUUCUUAAUA(SEO ID NO:819) | UAUUAAGAAUACCUGGGGC(SEQ ID NO:820) | ORF | 42.10526316 |
| NM_003457_siRNA_1014 | 1014 | GCUUCAUCCAAUUCAGAAA(SEQ ID NO:821) | UUUCUGAAUUGGAUGAAGC(SEQ ID NO:822) | ORF | 36.84210526 |
| NM_003457_siRNA_1230 | 1230 | CCAGCGGCUUCAAUAACAA(SEQ ID NO:823) | UUGUUAUUGAAGCCGCUGG(SEO ID NO:824) | ORF | 47.36842105 |
| NM_003457_siRNA_1257 | 1257 | GCUACACUUACAACAACUA(SEQ ID NO:825) | UAGUUGUUGUAAGUGUAGC(sEQ ID NO:826) | ORF | 36.84210526 |
| 基因名称 | ZNF7 | GenBank编号 | NM 003416 | GI: | 4508034 | |
| 生物 | 人 | 长度 | 2351 | ORF区域 | 239-2299 | |
| 基因座 | 7553 | Blast数据库 | 人 | ORFGC% | 48.62 | |
| 定义 | NM_003416 | |||||
| 序列 | ||||||
| 名称 | 起点 | 有义RNA序列5′-3′ | 反义RNA序列5′-3′ | 区域 | GC% | |
| NM_003416_stealth_1839 | 1839 | UCAGUAUGAGCACACAGCUUACAAU(SEQ IDNO:827) | AUUGUAAGCUGUGUGCUCAUACUGA(SEQ ID NO:828) | ORF | 40 | |
| NM_003416_stealth_1843 | 1843 | UAUGAGCACACAGCUUACAAUACAU(SEQ IDNO:829) | AUGUAUUGUAAGCUGUGUGCUCAUA(SEQ ID NO:830) | ORF | 36 | |
| NM_003416_stealth_1848 | 1848 | GCACACAGCUUACAAUACAUCAAAG(SEQ ID | CUUUGAUGUAUUGUAAGCUGUGUGC(SEO ID NO: | ORF | 40 | |
| No:831) | 832) | ||||
| NM_003416_steaith_2089 | 2089 | AGGGUCCACCUUUGUGAGCCGUAAA(SEQ IDNO:833) | UUUACGGCUCACAAAGGUGGACCCU(SEQ ID NO:834) | ORF | 52 |
| NM_003416_steaith_2163 | 2163 | UAUUUAGGUGGCGUUCACACCUAAU(SEQ IDNO:835) | AUUAGGUGUGAACGCCACCUAAAUA(SEQ ID NO:836 | ORF | 40 |
参考文献
1.Op De Beeck A,CailletFauquet P:Viruses and the cell cycle.Prog Cell CycleRes 1997,3:1-19.
2.Dermody TS,Nibert ML,Wetzel JD,Tong X,Fields BN:Cells and viruseswith mutations affecting viral entry are selected during persistent infections of Lcells with mammalian reoviruses.J Virol 1993,67(4):2055-2063.
3.Taterka J,Sutcliffe M,Rubin DH:Selective reovirus infection of murinehepatocarcinoma cells during cell division.A model of viral liver infection.JClin Invest 1994,94(1):353-360.
4.Sheng J,Organ EL,Hao C,Wells KS,Ruley HE,Rubin DH:Mutations in theIGF-II pathway that confer resistance to lytic reovirus infection.BMC Cell Biol2004,5(1):32.
5.Hansen J,Floss T,Van Sloun P,Fuchtbauer EM,Vauti F,Arnold HH,Schnutgen F,Wurst W,yon Melchner H,Ruiz P:A large-scale,gene-drivennutagenesis approach for the functional analysis of the rnouse genome.ProcNatl A cad Sci USA 2003,100(17):9918-9922.
6.Hicks GG,Shi EG,Li XM,Li CH,Pawlak M,Ruley HE:Functional genomicsin mice by tagged sequence mutagenesis.Nat Genet 1997,16(4):338-344.
7.Salminen M,Meyer BI,Gruss P:Efficient poly A trap approach allows thecapture of genes specifically active in differentiated embryonic stem cells and inmouse embryos.Dev Dyn 1998,212(2):326-333.
8.Stryke D,Kawamoto M,Huang CC,Johns SJ,King LA,Harper CA,Meng EC,Lee RE,Yee A,L′Italien L et al: BayGenomic s:a resource of insertionalmutations in mouse embryoric stem cells.Nucleic Acids Res 2003,31(1):278-281.
9.Wiles MV,Vauti F,Otte J,Fuchtbauer EM,Ruiz P,Fuchtbauer A,Arnold HH,Lebrach H,Metz T,yon Melchner H et al:Establishment of a gene-trapsequence tag library to generate mutant mice from embryonic stem cells.NatGenet 2000,24(1):13-14.
10.Zambrowicz BP,Friedrich GA,Buxton EC,Lilleberg SI,Person C,Sands AT:Disruption and sequence identification of 2,000genes in mouse embryonic stemcells.Nature 1998,392(6676):608-611.
11.Osipovich AB,Whte-Grindley EK,Hicks GG,Roshon MJ,Shaffer C,MooreJH,H.E. R:Activation ofcryptic 3’splice sites within introns of cellular genesfollowing gene entrapment.Nucleic Acids Res 2004,in press.
12.De Ceuninck F,Poiraudeau S,Pagano M,Tsagris L,Blanchard O,Willeput J,Corvol M:Inhibition of chondrocyte cathepsin B and L activities by insulin-likegrowth factor-II(IGF-II)and its Ser29 variant in vitro:possible role of themannose 6-phosphate/IGF-II receptor.Mol Cell Endocrinol 1995,113(2):205-213.
13.Martinez CG,Guinea R,Benavente J,Carrasco L:The entry of reovirus into Lcells is dependent on vacuolar proton-ATPase acttvity.J Virol 1996,70(1):576-579.
14.Guinea R,Carrasco L:Requirement for vacuolar proton-ATPase activity duringentry of influenza virus into ceils.J Virol 1995,69(4):2306-2312.
15.Brunetti CR,Burke RL,Komfeld S,Gregory W,Masiarz FR,Dingwell KS,Johnson DC:Herpes simplex virus glycoprotein D acquires mannose 6-phosphate residues and binds to marnnose 6-phosphate receptors.J Biol Chem1994,269(25):17067-17074.
16.Zeng FY,Gerke V,Gabius HJ:Identification of annexin II,annexin VI andglyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase as calcyclin-bindingproteins inbovine heart.Int J Biochem 1993,25(7):1019-1027.
17.Lee KH,Na DS,Kim JW:Calcium-dependent interaction of annexin I withannexin II and mapping of the interaction sites.FEBS Lett 1999,442(2-3):143-146.
18.Filipek A,Wojda U,Lesniak W:Interaction of calcyclin and its cyanogenbromide fragments with annexin II and glyceraldehyde 3-phosphatedehydrogenase.Int J Biochem Cell Biol 1995,27(11):1123-1131.
19.Pietropaolo RI,Compton T:Direct interaction between humancytomegalovirus glycoprotein B and cellular annexin II.J Virol 1997,71(12):9803-9807.
20.Golitsina NL,Kordowska J,Wang CL,Lehrer SS:Ca2+-dependent bindinug ofcalcyclin to muscle tropomyosin.Biochem Biophys Res Commun 1996,220(2):360-365.
21.Hida K,Wada J,Zhang H,Hiragushi K,Tsuchiyarna Y,Shikata K,Makino H:Identification of genes specifically expressed in tie accumulated visceraladipose tissue of OLETF rais.J Lipid Res 2000,41(10):1615-1622.
22.Katoh M:IGSFll gene,frequently up-regulated in intestinal-type gastriccancer,encodes adhesion molecule homologous to CXADR,FLJ22415 andESAM.Int J Oncol2003,23(2):525-531.
23.Barton ES,Forrest JC,Connolly JL,Chappell JD,Liu Y,Schnell FJ,Nusrat A,Parkos CA,Dermody TS:Junction adhesion molecule is a receptor for reovirus.Cell 2001,104(3):441-451.
24.Weiner HL,Powers ML,Fields BN:Absolute linkage of virlence and centralnervous system cell tropism of reoviruses to viral hemagglutinin.J Infect Dis1980,141(5):609-616.
25.Rubin DH,Wetzel JD,Williams WV,Cohen JA,Dworkin C,Dermody TS:Binding of type 3 reovirus by a domain of the sigrna 1 protein important forhemagglutination leads to infection of murine erythroleukemia cells.J ClinInvest 1992,90(6):2536-2542.
26.Sizova DV,Kolupaeva VG,Pestova TV,Shatsky IN,Hellen CU:Specificinteraction of eukaryotic translation initiation factor 3 with the 5′nontranslatedregions of hepatitis C virus and classical swine fever virus RNAs.J Virol 1998,72(6):4775-4782.
27.McGregor F,Phelan A,Dunlop J,Clements JB:Regulation of herpes simplexvirus poly(A)sete usage and the action of immedtiate-early protein IE63 in theearly-late switch.J Viol 1996,70(3):1931-1940.
28.Pitha PM,Au WC,Lowther W,Juang YT,Schafer SL,Burysek L,Hiscott J,Moore PA:Role of the interferon regulatory factors(IRFs)in virus-mediatedsignaling and regulation of cell growth.Biochimie 1998,80(8-9):651-658.
29.Hawiger J:Innate immunity and inflammation:a transcriptional paradigm.Immunol Res 2001,23(2-3):99-109.
30.Lau JF,Horvath CM:Mechanisms of Type I interferon cell signaling andSTAT-mediated transcriptional responses.Mt Sin ai J Med 2002,69(3):156-168.
31.Werner-Felmayer G,Wemer ER,Fuchs D,Hausen A,Reibnegger G,SchmidtK,Weiss G,Wachter H:Pteridine biosynthesis in hman endothelial cells.Impact on nitric oxide-mediated formation of cyclic GMP.J Biol Chem 1993,268(3):1842-1846.
32.Reiss CS,Komatsu T:Does nitric oxide play a critical role in viral infecfions?JVirol 1998,72(6):4547-4551.
33.Pertile TL,Karaca K,Sharma JM,Walser MM:An antiviral effect of nitricoxide:inhibition of reovirus replication.Avian Dis 1996,40(2):342-348.
34.Takekawa M,Maeda T,Saito H:Protein phosphatase 2Calpha inhibits thehuman stress-responsive p38 and JNK MAPK pathways.Embo J 1998,17(16):4744-4752.
35.Rousse S,Lallemand F,Montarras D,Piinset C,Mazars A,Prunier C,Atfi A,Dubois C:Transforming growth factor-beta inhibition of insulin-like growthfactor-binding protein-5 synthesis in skeletal muscle cells involves a c-Jun N-tenninal kinle-dependent pathway.J Biol Chem 2001,276(50):46961-46967.
36.Uchida K,Suzuki H,Ohashi T,Nitta K,Yumnura W,Nihei H:Involvement ofMAP kinase cascades in Smad7 transcriptional regulation.Biochem BiophysRes Commun 2001,289(2):376-381.
37.Arsura M,Panta GR,Bilyeu JD,Cavin LG,Sovak MA,Oliver AA,Factor V,Heuchel R,Mercurio F,Thorgeirsson SS et al:Transient activation of NF-kappaB through a TAK1/IKK kinase pathway by TGF-betal inhibits AP-1/SMAD signaling and apoptosis:implications in liver tumor formation.Oncogene 2003,22(3):412425.
38.Amir RE,Iwai K,Ciechanover A:The NEDD8 pathway is essential forSCF(beta-TrCP)-mediated ubiquitination and processing of the NF-kappa Bprecursor p105.J Biol Chem 2002,277(26):23253-23259.
39.Tanaka K,Kawakami T,Tateishi K,Yashiroda H,Chiba T:Control ofIkappaBalpha proteolysis by the ubiquitin-proteasome pathway.Biochimie2001,83(3-4):351-356.
40.Sakurai H,Shigemori N,Hasegawa K,Sugita T:TGF-beta-activated kinase 1stimulates NF-kappa B activation by an NF-kappa B-inducing kinase-independent mechanism.Bioehem Biophys Res Commum 1998,243(2):545-549.
41.Shibuya H,Yamaguehi K,Shirakabe K,Tonegawa A,Gotoh Y,Ueno N,Irie K,Nishida E,Matsumoto K:TAB1:an activator of the TAK1 MAPKKK in TGF-beta signal transduction.Science 1996,272(5265):1179-1182.
42.Bhat NR,Shen Q,Fan F:TAK1-mediated induction of nitric oxide synthasegene expression in glial cells.J Neurochem 2003,87(1):238-247.
43.Yanagisawa M,Nakashima K,Takeda K,Ochiai W,Takizawa T,Uero M,Takizawa M,Shibuya H,Taga T:Inhibition of BMP2-induced,TAK1 kinase-mediated neurite outgrowth by Smad6 and Smad7.Genes Cells 2001,6(12):1091-1099.
44.Asano K,Vomlocher HP,Richter-Cook NJ,Merrick WC,Hinnebusch AG,Hershey JW:Structure of cDNAs encoding human eukaryotic initiation factor 3subunits.Possible roles in RNA binding and macromolecular assembly.J BiolChem 1997,272(43):27042-27052.
45.Higaki S,Gebhardt BM,Lukiw WJ,Thompson HW,Hill JM:Effect ofimmunosuppression on gene expression in the HSV-1 latently infected mouseuigeminal ganglion.Invest Ophthalmol Vis Sci 2002,43(6):1862-1869.
46.Spear BT,Longley T,Moulder S,Wang SL,Peterson ML:A sensitive lacZ-based expression vector for analyzing transcriptional control elements ineukaryotic cells.DNA Cell Biol 1995,14(7):635-642.
47.Pier GB,Grout M,Zaidi T,Meluleni G,Mueschenbom SS,Banting G,RatcliffR,Evans MJ,Colledge WH:Salmonella typhi uses CFTR to enter intestinalepithelial cells.Nature 1998,393(6680):79-82.
48.Perkins ME,Wu TW,Le Blancq SM:Cyclosporin analogs inhibit in vitrogrowth of Cryptosporidium parvmn.Antimicrob Agents Chemother 1998,42(4):843-848.
49.Clarke P,Tyler KL:Reovirus-induced apoptosis:A minireview.Apoptosis2003,8(2):141-150.
50.Richardson-Bums SM,Tyler KL:Regional differences in viral growth andcentral nervous system injury correlate with aloptosis.J Virol2004,78(10):5466-5475.
51.Clarke P,Meintzer SM,Widmann C,Johnson GL,Tyler KL:Reovirus infectionactivates JNK and the JNK-dependent transcription factor c-Jun.J Virol2001,75(23):11275-11283.
52.Clarke P,Meintzer SM,Moffitt LA,Tyler KL:Two distinct phases of virus-induced nuclear factor kappa B regulation enhance tumor necrosis factor-relatedapoptosis-inducing ligand-mediated apoptosis in virus-infected cells.J BiolChem 2003,278(20):18092-18100.
53.Bender FC,Whitbeck JC,Ponce de Leon M,Lou H,Eisenberg RJ,Cohen GH:Specific association of glycoprotein B with lipid rafts during herpes simplexvirus entry.J Virol2003,77(17):9542-9552.
54.Zhou G,Avitabile E,Campadelli-Fiume G,Roizman B:The domains ofglycoprotein D required to block apoptosis induced by herpes simplex virus 1are largely distinct from those involved in cell cell fusion and binding tonectinl.J Virol2003,77(6):3759-3767.
55.Schelling JR,Gentry DJ,Dubyak GR:Annexin II inhibition or G protein-regulated inositol trisphosphate formation in rat aortic smooth muscle.Am JPhysiol 1996,270(4 Pt 2):F682-690.
56.Babiychuk EB,Monastyrskaya K,Burkhard FC,Wray S,Draeger A:Modulating signaling events in smooth muscle:cleavage of anuexin 2 abolishesits binding to lipid rafts.Faseb J2002,16(10):1177-1184.
57.Pittis MG,Muzzolin L,Giulianini PG,Garcia RC:Mycobacteria-containingphagosomes associate less annexins I,VI,VII and XI,but not II,concomitantlywith a diminished phagolysosomal fusion.Eur J Cell Biol2003,82(1):9-17.
58.Bnmetti CR,Dingwell KS,Wale C,Graham FL,Johnson DC:Herpes simplexvirus gD and virions accmulate in endosomes by manose 6-phosphate-dependent and-independent mechanisms.J Virol 1998,72(4):3330-3339.
59.Rubin DH,Komstem MJ,Anderson AO:Reovirus serotype 1 intestinalinfection:a novel replicative cycle with ileal disease J Virol 1985,53(2):391-398.
60.Ahmed R,Canning WM,Kauffiman RS,Sharpe AH,Hallum JV,Fields BN:Role of the host cell in persistent viral infectiont:coevolution of L cells andreovoirus during persistent infection. Cell 1981,25(2):325-332.
61.Altschul SF,Madden TL,Schaffer AA,Zhang J,Zhang Z,Miller W,LipmanDJ:Gapped BLAST and PSI-BLAST:a new generation of protein databasesearch programs.Nucleic Acids Res 1997,25(17):3389-3402.
62.Raynor CM,Wright JF,Waisman DM,Pryzdial EL:Annexin II enhancescytomegalovirus binding and fusion to phospholipid membranes.Biochemistry1999,38(16):5089-5095.
63.Glomb-Reinmund S,Kielian M:The role of low pH and disulfide shuffling inthe entry and fusion of Semliki Forest virus and Sindbis virus.Virology 1998,248(2):372-381.
64.Roberts PC,Kipperman T,Compans RW:Vesicular stomatitis virus G proteinacquires pH-independent fusion activity during transport in a polarizedendometrial cell line.J Virol 1999,73(12):10447-10457.
65.Luo T,Douglas JL,Livingston RL,Garcia JV:In fectivity enhancement byHIV-1 Nef is dependent on the pathway of virus entry:implications for HIV-based gene transfer systems.Virology 1998,241(2):224-233.
66.Platt GM,Simpson GR,Mittnacht S,Schulz TF:Iatent nuclear antigen ofKaposi′s sarcoma-associated herpesvirus interacts with RING3,a homolog ofthe Drosophila female sterile homeotic(fsh)gene.J Virol 1999,73(12):9789-9795.
67.Koffa MD,Graham SV,Takagaki Y,Manley JL,Clements JB:The humanpapillomavirus type 16 negative regulatory RNA element interacts with threeproteins that act at different posttranscriptional levels.Proc Natl Acad Sci USA2000,97(9):4677-4682.
68.Hirose Y,Manley JL:Creatine phosphate,not ATP,is required for 3′endcleavage of mammalian pre-mRNA in vitro.J Biol Chem 1997,272(47):29636-29642.
69.Hansen J,Etchison D,Hershey JW,Ehrenfeld E:Association of cap-bindingprotein with eucaryotic initiation factor 3 in initiation factor preparations fromuninfected and poliovirus-infected HeLa cells.J Virol 1982,42(1):200-207.
70.Kieft JS,Zhou K,Jubin R,Muray MG,Lau JY,Doudna JA:The hepatitis Cvirus intearnal ribosome entry site adopts an ion-dependent tertiary fold.J MolBiol 1999,292(3):513-529.
71.Briggs CJ,Ott DE,Coren LV,Oroszlan S,Tozser J:Comparison of the effect ofFK506 and cyclosporin A on virus production in H9 cells chronically and newlyinfected by HIV-1.Arch Virol 1999,144(11):2151-2160.
72.Kanopka A,Muhlemann O,Petersen-Mahrt S,Estmer C,Ohrmalm C,Akusjarvi G:Regulation of adenovirus altemative RNA splicing bydephosphorylation of SR proteins.Nature 1998,393(6681):185-187.
73.Tan SL,Nakao H,He Y,Vijaysri S,Neddermann P,Jacobs BL,Mayer BJ,Katze MG:NSSA,a nonstructural protein of hepatitis C virus,binds growthfactor receptor-bound protein 2 adaptor protein in a Src homology 3domain/ligand-dependent manner and perturbs mitogenic signaling.Proc NatlAcad Sci USA 1999,96(10):5533-5538.
74.Korkaya H,Jameel S,Gupta D,Tyagi S,Kumar R,Zafrullah M,Mazumdar M,Lal SK,Xiaofang L,Sehgal D et al:The ORF3 protein of hepatitis E virusbinds to Src homology 3 domains and activates MAPK.J Biol Chem 2001,276(45):42389-42400.
75.Scaplehom N,Holmstrom A,Moreau V,Frisch knecht F,Reckmann I,Way M:Grb2 and Nck act cooperatively to promote actin-based motility of vaceiniavims.Curr Biol 2002,12(9):740-745.
76.Finkelstein LD,Ney PA,Liu QP,Paulson RF,Correll PH:Sf-Stk kmaseactivity and the Grb2 binding site are required for Epo-independent growth ofprinary erythroblasts infected with Friend virus.Oncogene 2002,21(22):3562-3570.
77.Huh JR,Park JM,Kim M,Carlson BA,Hatfield DL,Lee BJ:Recruitment ofTBP or TFIIB to a promoter proximal position leads to stimulation of RNApolymerase II transcription without activator proteins both in vivo and in vitro.Biochem Biophys Res Commun 1999, 256(1):45-51.
78.Zhou M,Kashanchi F,Jiang H,Ge H,Brady JN:Phosphorylation of the RAP74subunit of TFIIF correlates with Tat-activated transcription of the HIV-1 longterminal repeat.Virology 2000,268(2):452-460.
79.Kim H,Lee YH,Won J,Yun Y:Though induction of juxtaposition andtyrosine kinase activity of Jak1,X-gene product of hepatitis B virus stimulatesRas and the transcriptional activation through AP-1,NF-kappaB,and SREenhancers.Biochem Biophys Res Comunun 2001,286(5):886-894.
80.Breslin JJ,Mork I,Smith MK,Vogel LK,Hemmila EM,Bonavia A,Talbot PJ,Sjostrom H,Noreh O,Holmes KV:Human coronavirus 229E:receptor bindingdomain and neutralization by soluble receptor at 37 degrees C.J Virol2003,77(7):4435-4438.
81.Li Y,Kang J,Horwitz MS:Interaction of an adenovirus 14.7-kilodalton proteininlubitor of tumor necrosis factor alpha cytolysis with a new member of theGTPase supeffamily of signal transducers.J Virol 1997,71(2):1576-1582.
82.Hugle T,Fehrmann F,Bieck E,Kohara M,Krausslich HG,Rice CM,Blum HE,Moradpour D:The hepatitis C virus nonstructural protein 4B is an integralendoplasmic reticulum membrane protein.Virology 2001,284(1):70-81.
83.Bonatti S,Migliaccio G,Blobel G,Walter P:Role of signal recognition particlein the membrane assembly of Sindbis viral glycoproteins.Eur J Biochem 1984,140(3):499-502.
84.Melancon P,Garoff H:Reinitiation of translocation in the Semliki Forest vinsstructural polyprotein:identification of the signal for the El glycoprotein.Em boJ 1986,5(7):1551-1560.
85.Emans N,Gorvel JP,Walter C,Gerke V,Kellner R,Griffiths G,Gruenberg J:Annexin II is a major component of fusogenic endosomal vesicles.J Cell Biol1993,120(6):1357-1369.
86.Fiedler K,Kellner R,Simons K:Mapping the protein composition of trans-Golgi network(TGN)-derived carrier vesicles from polarized MDCK cells.Electrophoresis 1997,18(14):2613-2619.
87.Nezu J,Motojima K,Tamura H,Ohkuma S:Molecular cloning of a rat livercDNA encoding the 16kDa subunit of vacuolar H(+)-ATPases:organellar andtissue distribution of 16kDa proteolipids.J Biochem(Tokyo)1992,112(2):212-219.
88.Orci L,Perrelet A,Rothman JE:Vesicles on strings:morphological evidencefor processive transport within the Golgi stack.Proc Natl Acad Sci USA 1998,95(5):2279-2283.
89.Nakamura N,Lowe M,Levine TP,Rabouille C,Warren G:The vesicle dockingprotein p115 binds GM130,a cis-Golgi matrix protein,in a mitoticallyregulated manner.Cell 1997,89(3):445-455.
90.Okutsu T,Kuroiwa Y,Kagitani F,Kai M,Aisaka K,Tsutsumi O,Kaneko Y,Yokomori K,Surani MA,Kohda T et al:Expression and imprinting status ofhuman PEG8/IGF2AS,a paternally expressed antisense transcript from theIGF2 locus,in Wilms tumors.J Biochem(Tokyo)2000,127(3):475-483.
91.Kumar R,Yang J,Larsen RD,Stanley P:Cloning and expression of N-acetylglucosaminyltransferase I,the medial Golgi transferase that initiatescomplex N-linked carbohydrate formation.Proc Natl Acad Sci USA 1990,87(24):9948-9952.
92.Nilsson T,Rabouille C,Hui N,Watson R,Warren G:The role of themembrane-spanning domain and stalk region of N-acetylglucosaminyltransferase I in retention,kin recognition and structuralmaintenance of the Golgi apparatus in HeLa cells.J Cell Sci 1996,109(Pt7):1975-1989.
93.Nilsson T,Slusarewicz P,Hoe MH,Warren G:Kin recognition.A model forthe retention of Golgi enzymes.FEBS Lett 1993,330(1):1-4.
94.Yang W,Pepperkok R,Bender P,Kreis TE,Storrie B:Modification of thecytoplasmic domain affects the subcellular localization of Golgi glycosyl-transferases.Eur J Cell Biol 1996,71(1):53-61.
95.Hirst J,Futter CE,Hopkins CR:The kinetics of mannose 6-phosphate receptortrafficking in the endocytic pathway in HEp-2 cells:the receptor enters andrapidly leaves multivesicular endosomes without accumulating in aprelysosomal compartment.Mol Biol Cell 1998,9(4):809-816.
96.Sheng Q,Denis D,Ratnofsky M,Roberts TM,DeCaprio JA,Schaffhausen B:The DnaJ domain of polyomavirus large T antigen is required to regulate Rbfamily tumor suppressor function.J Virol 1997,71(12):9410-9416.
Claims (29)
1.一种鉴定抗病毒药剂的方法,包括:
a)将所述药剂给予含有表1所列细胞基因的细胞;并
b)检测由细胞基因产生的基因产物的水平和/或活性,该基因产物和/或基因产物活性的减少或消失表明该化合物具有抗病毒活性。
2.一种鉴定抗病毒药剂的方法,包括:
a)将所述药剂给予含有表1所列细胞基因的细胞;
b)使细胞和病毒接触;
c)检测病毒感染的水平;并
d)将病毒感染水平与表1中基因的表达水平或表1中基因编码的蛋白质的活性之间相关联,病毒感染的减轻或消失与基因表达和/或活性的减少或消失相关就表明所述药剂为抗病毒药剂。
3.一种鉴定抗病毒药剂的方法,包括:
a)将所述药剂给予含有表1所列细胞基因的细胞;
b)使细胞和病毒接触;
c)检测病毒感染的水平;并
d)将病毒感染水平与表1中基因的表达水平或表1中基因编码的蛋白质的活性之间相关联,病毒感染的减轻或消失与基因表达和/或活性的减少或消失相关就表明所述药剂为抗病毒药剂。
4.一种除人外的转基因哺乳动物,具有表1所列一种或多种基因的功能性缺失,其中所述哺乳动物对病原体感染敏感性降低。
5.权利要求4的转基因哺乳动物,其中所述病原体为病毒。
6.权利要求4的转基因哺乳动物,其中所述病原体为细菌。
7.权利要求4的转基因哺乳动物,其中所述病原体为真菌。
8.一种细胞,具有发生了改变或被破坏的表1所列的基因,所述细胞对病原体感染的敏感性降低。
9.权利要求8的细胞,其中所述病原体为病毒。
10.权利要求8的细胞,其中所述病原体为细菌。
11.权利要求8的细胞,其中所述病原体为真菌。
12.权利要求8的细胞,其中所述细胞为造血细胞。
13.一种具有发生了改变或被破坏的表1所列的基因的细胞群,所述细胞群对病原体感染的敏感性降低。
14.一种抑制细胞感染的方法,包括抑制表1所列基因或基因产物的表达或活性。
15.权利要求14的方法,其中所述感染为病毒感染。
16.权利要求14的方法,其中所述感染为细菌感染。
17.权利要求14的方法,其中所述感染为真菌感染。
18.一种降低或抑制受试者体内病毒感染的方法,包括给予受试者一定量的抑制表1中基因或基因产物的表达或活性的组合物。
19.权利要求18的方法,其中所述感染为病毒感染。
20.权利要求18的方法,其中所述感染为细菌感染。
21.权利要求18的方法,其中所述感染为真菌感染。
22.一种除人外的动物群,具有表1所列一种或多种基因的变体形式,其中所述群不易被感染。
23.权利要求22的群,其中除人外的动物来自禽类。
24.权利要求23的群,其中所述群为鸡群。
25.权利要求23的群,其中所述鸡群对禽流感不易感。
26.由权利要求1的方法鉴定得到的抗病毒药剂。
27.由权利要求1的方法鉴定得到的抗病毒药剂。
28.权利要求14的方法,其中表1所列基因或基因产物的表达或活性通过将细胞与化学品、小分子、药物、蛋白质、cDNA、抗体、morpholino、三链螺旋分子、siRNA、shRNA、反义RNA或核酶相接触来抑制。
29.权利要求18的方法,其中所述组合物为化学品、小分子、药物、蛋白质、cDNA、抗体、morpholino、三链螺旋分子、siRNA、shRNA、反义RNA或核酶。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US62248604P | 2004-10-27 | 2004-10-27 | |
| US60/622,486 | 2004-10-27 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN101115846A true CN101115846A (zh) | 2008-01-30 |
Family
ID=36228473
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CNA2005800449607A Pending CN101115846A (zh) | 2004-10-27 | 2005-10-27 | 与感染相关的哺乳动物基因 |
Country Status (8)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US7964346B2 (zh) |
| EP (2) | EP2311530A2 (zh) |
| JP (1) | JP2008520191A (zh) |
| CN (1) | CN101115846A (zh) |
| AU (1) | AU2005299296A1 (zh) |
| CA (1) | CA2585970A1 (zh) |
| SG (1) | SG156690A1 (zh) |
| WO (1) | WO2006047673A2 (zh) |
Cited By (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN105264091A (zh) * | 2013-03-14 | 2016-01-20 | Isis制药公司 | 用于调节tau表达的组合物和方法 |
| CN111450251A (zh) * | 2020-03-23 | 2020-07-28 | 清华大学 | Mthfd1抑制剂在抑制和杀灭病毒中的应用 |
| CN111849921A (zh) * | 2014-03-04 | 2020-10-30 | 西格马-奥尔德里奇有限责任公司 | 抗病毒细胞及其用途 |
| CN115298543A (zh) * | 2019-09-04 | 2022-11-04 | 范德比尔特大学 | 抗原抗体特异性结合识别方法 |
| US12091662B2 (en) | 2013-07-19 | 2024-09-17 | Biogen Ma Inc. | Compositions for modulating tau expression |
| CN118667987A (zh) * | 2024-06-20 | 2024-09-20 | 中国农业科学院上海兽医研究所(中国动物卫生与流行病学中心上海分中心) | 鸡球虫核糖体蛋白rpl27和rpp0在鸡球虫耐药性调控中的应用 |
| CN120591277A (zh) * | 2025-08-08 | 2025-09-05 | 山东省农业科学院家禽研究所(山东省无特定病原鸡研究中心) | 调控htra1基因表达的生物材料及在抗病毒中的应用 |
Families Citing this family (15)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| TW200911290A (en) * | 2007-07-02 | 2009-03-16 | Alcon Res Ltd | RNAI-mediated inhibition of HTRA1 for treatment of macular degeneration |
| WO2010144908A2 (en) * | 2009-06-12 | 2010-12-16 | Zirus, Inc. | Mammalian genes involved in tularemia and other infections |
| US20140220690A1 (en) * | 2009-11-11 | 2014-08-07 | Vanderbilt University | Mammalian genes involved in infection |
| WO2012045067A2 (en) * | 2010-10-01 | 2012-04-05 | Zirus, Inc. | Mammalian genes involved in infection |
| EP2831232A4 (en) | 2012-03-30 | 2015-11-04 | Univ Washington | METHOD FOR MODULATING TAU EXPRESSION TO REDUCE PROBLEMS AND MODIFY A NEURODEGENERATIVE SYNDROME |
| SG10201804960RA (en) * | 2013-12-12 | 2018-07-30 | Alnylam Pharmaceuticals Inc | Complement component irna compositions and methods of use thereof |
| GB201400309D0 (en) * | 2014-01-08 | 2014-02-26 | Aqua Gen As | Predicting Resistance to disease |
| HUE065170T2 (hu) | 2016-09-29 | 2024-05-28 | Biogen Ma Inc | Vegyületek és módszerek a TAU expresszió csökkentésére |
| SG11202002940QA (en) | 2017-11-01 | 2020-04-29 | Alnylam Pharmaceuticals Inc | Complement component c3 irna compositions and methods of use thereof |
| EP3543340A1 (en) | 2018-03-19 | 2019-09-25 | Fundació Centre de Regulació Genòmica | Antisense oligonucleotides and uses thereof |
| WO2021081026A1 (en) | 2019-10-22 | 2021-04-29 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Complement component c3 irna compositions and methods of use thereof |
| WO2021154705A1 (en) | 2020-01-27 | 2021-08-05 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Rab13 and net1 antisense oligonucleotides to treat metastatic cancer |
| US20210363523A1 (en) * | 2020-03-18 | 2021-11-25 | University Of Massachusetts | Oligonucleotides for mapt modulation |
| US20220288228A1 (en) * | 2021-03-14 | 2022-09-15 | Sirnaomics, Inc. | METHODS OF CANCER TREATMENT BY DELIVERY OF siRNAs AGAINST BCLXL AND MCL1 USING A POLYPEPTIDE NANOPARTICLE |
| CN118302525A (zh) | 2021-10-29 | 2024-07-05 | 阿尔尼拉姆医药品有限公司 | 补体因子B(CFB)iRNA组合物及其使用方法 |
Family Cites Families (30)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4816567A (en) | 1983-04-08 | 1989-03-28 | Genentech, Inc. | Recombinant immunoglobin preparations |
| US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
| US4965188A (en) | 1986-08-22 | 1990-10-23 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme |
| US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
| US4980286A (en) | 1985-07-05 | 1990-12-25 | Whitehead Institute For Biomedical Research | In vivo introduction and expression of foreign genetic material in epithelial cells |
| US4902505A (en) | 1986-07-30 | 1990-02-20 | Alkermes | Chimeric peptides for neuropeptide delivery through the blood-brain barrier |
| US4704692A (en) | 1986-09-02 | 1987-11-03 | Ladner Robert C | Computer based system and method for determining and displaying possible chemical structures for converting double- or multiple-chain polypeptides to single-chain polypeptides |
| US5116742A (en) | 1986-12-03 | 1992-05-26 | University Patents, Inc. | RNA ribozyme restriction endoribonucleases and methods |
| US4904582A (en) | 1987-06-11 | 1990-02-27 | Synthetic Genetics | Novel amphiphilic nucleic acid conjugates |
| US5858659A (en) | 1995-11-29 | 1999-01-12 | Affymetrix, Inc. | Polymorphism detection |
| WO1995006764A2 (en) | 1993-09-03 | 1995-03-09 | Vpi Holdings Ltd. | Oligonucleotides with rna cleavage activity |
| US5578832A (en) | 1994-09-02 | 1996-11-26 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for imaging a sample on a device |
| US5631734A (en) | 1994-02-10 | 1997-05-20 | Affymetrix, Inc. | Method and apparatus for detection of fluorescently labeled materials |
| US5571639A (en) | 1994-05-24 | 1996-11-05 | Affymax Technologies N.V. | Computer-aided engineering system for design of sequence arrays and lithographic masks |
| US6974666B1 (en) | 1994-10-21 | 2005-12-13 | Appymetric, Inc. | Methods of enzymatic discrimination enhancement and surface-bound double-stranded DNA |
| US5556752A (en) | 1994-10-24 | 1996-09-17 | Affymetrix, Inc. | Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA |
| WO1997027317A1 (en) | 1996-01-23 | 1997-07-31 | Affymetrix, Inc. | Nucleic acid analysis techniques |
| US5859308A (en) | 1994-12-29 | 1999-01-12 | University Of Medicine And Denistry Of New Jersey | Transgenic animals and related aspects |
| US5599695A (en) | 1995-02-27 | 1997-02-04 | Affymetrix, Inc. | Printing molecular library arrays using deprotection agents solely in the vapor phase |
| US5856174A (en) | 1995-06-29 | 1999-01-05 | Affymetrix, Inc. | Integrated nucleic acid diagnostic device |
| AU2189397A (en) | 1996-02-08 | 1997-08-28 | Affymetrix, Inc. | Chip-based speciation and phenotypic characterization of microorganisms |
| US6458530B1 (en) | 1996-04-04 | 2002-10-01 | Affymetrix Inc. | Selecting tag nucleic acids |
| AU742243B2 (en) | 1996-04-15 | 2001-12-20 | Vanderbilt University | Mammalian genes involved in viral infection and tumor suppression |
| US6777177B1 (en) | 1997-10-10 | 2004-08-17 | Vanderbilt University | Mammalian genes involved in viral infection and tumor suppression |
| US6281408B1 (en) | 1998-02-20 | 2001-08-28 | Thomas Jefferson University | Efficient method for production of compound transgenic animals |
| EP1105469B1 (en) | 1998-08-11 | 2010-09-29 | University Of Hawaii | Mammalian transgenesis by intracytoplasmic sperm injection |
| EP1241935A2 (en) | 1999-12-17 | 2002-09-25 | Gerald Schatten | Methods for producing transgenic animals |
| WO2002005634A2 (en) | 2000-07-13 | 2002-01-24 | University Of South Florida | Transgenic animal and methods |
| AU2001291558A1 (en) | 2000-09-06 | 2002-03-22 | Nexia Biotechnologies, Inc. | Generation of transgenic animals using nuclear transfer and oocytes at the germinal vesicle stage |
| CA2429814C (en) | 2000-12-01 | 2014-02-18 | Thomas Tuschl | Rna interference mediating small rna molecules |
-
2005
- 2005-10-27 WO PCT/US2005/038740 patent/WO2006047673A2/en not_active Ceased
- 2005-10-27 SG SG200907248-9A patent/SG156690A1/en unknown
- 2005-10-27 US US11/666,453 patent/US7964346B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2005-10-27 JP JP2007539100A patent/JP2008520191A/ja active Pending
- 2005-10-27 EP EP10011179A patent/EP2311530A2/en not_active Withdrawn
- 2005-10-27 EP EP05814043A patent/EP1812597A2/en not_active Ceased
- 2005-10-27 CA CA002585970A patent/CA2585970A1/en not_active Abandoned
- 2005-10-27 AU AU2005299296A patent/AU2005299296A1/en not_active Abandoned
- 2005-10-27 CN CNA2005800449607A patent/CN101115846A/zh active Pending
Cited By (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN105264091A (zh) * | 2013-03-14 | 2016-01-20 | Isis制药公司 | 用于调节tau表达的组合物和方法 |
| CN105264091B (zh) * | 2013-03-14 | 2020-02-28 | Ionis制药公司 | 用于调节tau表达的组合物和方法 |
| CN111254145A (zh) * | 2013-03-14 | 2020-06-09 | Ionis制药公司 | 用于调节tau表达的组合物和方法 |
| US12091662B2 (en) | 2013-07-19 | 2024-09-17 | Biogen Ma Inc. | Compositions for modulating tau expression |
| CN111849921A (zh) * | 2014-03-04 | 2020-10-30 | 西格马-奥尔德里奇有限责任公司 | 抗病毒细胞及其用途 |
| CN115298543A (zh) * | 2019-09-04 | 2022-11-04 | 范德比尔特大学 | 抗原抗体特异性结合识别方法 |
| CN111450251A (zh) * | 2020-03-23 | 2020-07-28 | 清华大学 | Mthfd1抑制剂在抑制和杀灭病毒中的应用 |
| WO2021189517A1 (zh) * | 2020-03-23 | 2021-09-30 | 清华大学 | Mthfd1抑制剂在抑制和杀灭病毒中的应用 |
| CN118667987A (zh) * | 2024-06-20 | 2024-09-20 | 中国农业科学院上海兽医研究所(中国动物卫生与流行病学中心上海分中心) | 鸡球虫核糖体蛋白rpl27和rpp0在鸡球虫耐药性调控中的应用 |
| CN120591277A (zh) * | 2025-08-08 | 2025-09-05 | 山东省农业科学院家禽研究所(山东省无特定病原鸡研究中心) | 调控htra1基因表达的生物材料及在抗病毒中的应用 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| SG156690A1 (en) | 2009-11-26 |
| WO2006047673A3 (en) | 2007-02-22 |
| EP2311530A2 (en) | 2011-04-20 |
| EP1812597A2 (en) | 2007-08-01 |
| WO2006047673A2 (en) | 2006-05-04 |
| CA2585970A1 (en) | 2006-05-04 |
| JP2008520191A (ja) | 2008-06-19 |
| US20080118495A1 (en) | 2008-05-22 |
| US7964346B2 (en) | 2011-06-21 |
| AU2005299296A1 (en) | 2006-05-04 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN101115846A (zh) | 与感染相关的哺乳动物基因 | |
| Troha et al. | Methods for the study of innate immunity in Drosophila melanogaster | |
| Ferreira et al. | The Toll-dorsal pathway is required for resistance to viral oral infection in Drosophila | |
| Chen et al. | Cryptococcus gattii infections | |
| US20130323835A1 (en) | Mammalian Genes Involved in Infection | |
| Chambers et al. | How the fly balances its ability to combat different pathogens | |
| Fung et al. | Unbiased screening of marine sponge extracts for anti-inflammatory agents combined with chemical genomics identifies girolline as an inhibitor of protein synthesis | |
| Gow et al. | Infection of chick chorioallantoic membrane (CAM) as a model for invasive hyphal growth and pathogenesis of Candida albicans | |
| Metters et al. | From cell culture to cynomolgus macaque: infection models show lineage-specific virulence potential of Coxiella burnetii | |
| Hosseinzadeh et al. | Proteomic polyphenism in color morphotypes of Diaphorina citri, insect vector of citrus greening disease | |
| CN108424951A (zh) | 利用线虫进行癌症早期检测的方法 | |
| Myers et al. | rtfA controls development, secondary metabolism, and virulence in Aspergillus fumigatus | |
| US20160250303A1 (en) | Perforin-2 activators and inhibitors as drug targets for infectious disease and gut inflammation | |
| HK1117570A (zh) | 與感染相關的哺乳動物基因 | |
| US20230121932A1 (en) | Hepatopancreatic necrosis disease signatures and uses thereof | |
| Woznica et al. | STING mediates immune responses in a unicellular choanoflagellate | |
| Arsenault Yee | Deciphering the Function of HAM1 in the Biology of Cryptococcus neoformans Item | |
| Elya et al. | A fungal pathogen that robustly manipulates the behavior of Drosophila melanogaster in the laboratory | |
| AU2011250874A1 (en) | Mammalian genes involved in infection | |
| Yee | Deciphering the Function of HAM1 in the Biology of Cryptococcus neoformans | |
| JP2003040801A (ja) | Cns障害の治療および治療薬の開発におけるニューロンカルシウムセンサー1(ncs−1)の新規使用 | |
| JP7391349B2 (ja) | 正常圧水頭症の発症リスクを試験する方法、及び該方法に用いるキット | |
| Jonsson | An in vitro model for studying gene expression in Parascaris univalens larvae | |
| Baltrusis | The genetic basis and monitoring of anthelmintic resistance in the pathogenic endoparasites of small ruminants | |
| Troha | How to Survive an Infection: Lessons from the Fly |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| REG | Reference to a national code |
Ref country code: HK Ref legal event code: DE Ref document number: 1117570 Country of ref document: HK |
|
| C02 | Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001) | ||
| WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |
Open date: 20080130 |
|
| REG | Reference to a national code |
Ref country code: HK Ref legal event code: WD Ref document number: 1117570 Country of ref document: HK |
