JPWO2009044899A1 - Nucleic acids that control cell growth - Google Patents
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Abstract
細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤、細胞の増殖異常に起因する疾患の診断薬または治療薬、アポトーシス誘導剤、マイクロRNAなどの核酸の標的遺伝子の発現抑制剤または発現促進剤、細胞の増殖抑制方法または増殖促進方法に関する。Cell growth inhibitors or growth promoters, diagnostic or therapeutic agents for diseases caused by cell growth abnormalities, apoptosis inducers, expression inhibitors or expression promoters for target genes of nucleic acids such as microRNA, cell growth inhibition The present invention relates to a method or a growth promotion method.
Description
本発明は、核酸を用いた細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤、細胞の増殖異常に起因する疾患の診断薬または治療薬、細胞の増殖抑制方法または増殖促進方法、核酸の標的遺伝子の発現抑制方法または発現促進方法、細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤のスクリーニング方法に関する。 The present invention relates to a cell growth inhibitor or growth promoter using a nucleic acid, a diagnostic or therapeutic agent for a disease caused by abnormal cell growth, a cell growth suppression method or growth promotion method, and a nucleic acid target gene expression suppression. The present invention relates to a method or a method for promoting expression, a method for screening a cell growth inhibitor or a growth promoter.
核酸の1種であるマイクロRNA(miRNA)は、蛋白質に翻訳されない約22ヌクレオチドからなる小さな非コード一本鎖RNAであり、ヒトを含む生物に多数存在することが知られている(非特許文献1、2)。マイクロRNAは、単一又はクラスター化されたマイクロRNA前駆体に転写される遺伝子から生成される。すなわち、まず遺伝子から一次転写産物であるprimary-microRNA (pri-miRNA)が転写され、次いでpri-miRNAから成熟型マイクロRNAへの段階的プロセシングにおいて、特徴的なヘアピン構造を有する約70塩基のprecursor-microRNA (pre-miRNA)がpri-miRNAから生成される。さらに、Dicer介在によるプロセシングによりpre-miRNAから成熟型マイクロRNAが生成される(非特許文献3)。 MicroRNA (miRNA), which is a kind of nucleic acid, is a small non-coding single-stranded RNA consisting of about 22 nucleotides that are not translated into protein, and is known to exist in many organisms including humans (Non-Patent Documents). 1, 2). MicroRNAs are generated from genes that are transcribed into single or clustered microRNA precursors. That is, a primary transcript, primary-microRNA (pri-miRNA), is first transcribed from a gene, and then in a stepwise process from pri-miRNA to mature microRNA, a precursor of about 70 bases with a characteristic hairpin structure -microRNA (pre-miRNA) is generated from pri-miRNA. Furthermore, mature microRNA is generated from pre-miRNA by Dicer-mediated processing (Non-patent Document 3).
成熟型マイクロRNAは、標的となるmRNAに相補的に結合してmRNAの翻訳を抑制するか、あるいはmRNAを分解することにより、遺伝子発現の転写後制御に関与していると考えられている。
マイクロRNAが標的mRNAの発現を抑制するメカニズムについては完全には明らかになっていないが、近年の研究により概要が解明されつつある。マイクロRNAは標的となるmRNAの3’-非翻訳領域(3’-UTR)中の部分的に相補的な配列に結合し、その翻訳を抑制し、または標的mRNAを分解することで発現を抑制する。上記の相補性は完全でなくても良いが、特にマイクロRNAの5’- 末端側から2番目から8番目までの塩基の相補性が重要であることが示されており、この領域をマイクロRNAの「シード配列(seed sequence)」と呼ぶこともある(非特許文献4)。シード配列が共通するマイクロRNAは他の配列が異なっていても、共通の標的mRNAの発現を抑制することが示されている。従って、任意のmRNAの3’-末端に存在する配列と相補的な配列をシード配列となるようにすることで、マイクロRNA様の活性を有するRNAを設計することができる。マイクロRNAはsiRNAとは異なり、通常「細胞内に天然に存在する」RNAのみを指すことが多いため、このようにして設計したマイクロRNA様配列を特に「人工マイクロRNA」と呼ぶ場合がある。Mature microRNAs are thought to be involved in post-transcriptional control of gene expression by binding complementarily to the target mRNA and suppressing translation of the mRNA, or by degrading the mRNA.
Although the mechanism by which microRNA suppresses the expression of target mRNA is not completely clarified, an outline has been elucidated by recent studies. MicroRNA binds to a partially complementary sequence in the 3'-untranslated region (3'-UTR) of the target mRNA, suppresses its translation, or suppresses expression by degrading the target mRNA To do. Although the above complementarity may not be perfect, it has been shown that complementarity of the 2nd to 8th bases from the 5′-terminal side of the microRNA is particularly important. Is sometimes referred to as a “seed sequence” (Non-patent Document 4). It has been shown that microRNAs with a common seed sequence suppress the expression of a common target mRNA even if other sequences are different. Therefore, RNA having microRNA-like activity can be designed by using a sequence complementary to the sequence present at the 3′-end of any mRNA as a seed sequence. Unlike siRNA, microRNA usually refers only to RNA that is “naturally present in cells”. Therefore, a microRNA-like sequence designed in this way may be particularly referred to as “artificial microRNA”.
2007年8月現在、マイクロRNAのデータベースmiRBase(http://microrna.sanger.ac.uk/)には、ヒトで533種、全生物種で5,071種のマイクロRNAが登録されている。ヒトを含む哺乳類で発現するマイクロRNAの中で、その生理的機能に関して知られているものは、血球系分化に関与するmiR-181(非特許文献5)やインシュリン分泌に関与するmiR-375(非特許文献6)などごく一部のみであり、多くはその生理的活性が未解明である。ただし、線虫やショウジョウバエを用いた研究からマイクロRNAが生物の発生、分化に様々な重要な役割を果たしていることが明らかとなってきており、ヒト疾患との関係においても、特に癌との深い関係を示唆する報告がされている(非特許文献7)。 As of August 2007, the microRNA database miRBase (http://microrna.sanger.ac.uk/) contains 533 human and 5,071 microRNAs in all living species. Among the microRNAs expressed in mammals including humans, those known for their physiological functions include miR-181 (Non-patent Document 5) involved in blood cell differentiation and miR-375 (involved in insulin secretion). Non-patent document 6) is only a small part, and many of them have unclear physiological activity. However, studies using nematodes and Drosophila have revealed that microRNAs play various important roles in the development and differentiation of living organisms. There has been a report suggesting a relationship (Non-patent Document 7).
マイクロRNAは様々な遺伝子の発現制御に関与することから、マイクロRNAの異常はヒトの種々の疾患に関与していることが予想される。特に癌においては研究が進展しており、多くの癌においてマイクロRNAの発現が正常組織と異なっていること、マイクロRNAの発現プロファイル解析により癌の分類が可能であることなどが報告されている(非特許文献8)。また、これまでに見出されたヒトのマイクロRNAの約半数が、ヒト癌で知られている染色体異常あるいは染色体の脆弱部位に存在することも知られている(非特許文献9)。 Since microRNAs are involved in the control of the expression of various genes, abnormalities in microRNAs are expected to be involved in various human diseases. Research is progressing especially in cancer, and it has been reported that the expression of microRNA is different from that in normal tissues in many cancers, and that cancer can be classified by analyzing the expression profile of microRNA ( Non-patent document 8). It is also known that about half of the human microRNAs found so far are present at chromosomal abnormalities or fragile sites of chromosomes known in human cancer (Non-patent Document 9).
これまでに報告されている癌とマイクロRNAの関係の例としては、B細胞慢性リンパ性白血病(B-CLL)で欠失が見られる染色体13q14にmiR-15a/miR-16クラスターが含まれ、その欠失がB-CLLの原因の一つになっていると予測されること(非特許文献10)、B-CLLにおいてはさらにmiR-29とmiR-181の発現が低下しており、その標的の一つが癌原遺伝子として知られるTcl1であること(非特許文献11)が知られている。肺癌ではマイクロRNAの一つであるLet-7の発現が低下しており、その標的の一つが癌原遺伝子として知られるRasであること(非特許文献12、13)が知られている。また、癌における遺伝子の高メチル化修飾によりmiR-127やmiR-124aといったマイクロRNAの発現が減少しており、その標的として癌原遺伝子として知られるBcl6やCdk6であること(非特許文献14、15)などがあげられる。多くのマイクロRNAは癌細胞で発現が低下しているが、逆に癌細胞で遺伝子増幅や過剰発現が見られるマイクロRNAも存在する。例えば、悪性リンパ腫で遺伝子増幅が見られる領域には6種のマイクロRNAからなるクラスター(miR-17-92)が存在し、このmiRNAクラスター遺伝子をヒトB細胞リンパ腫のモデルマウスに強制発現させるとリンパ腫の発生が促進されることが知られている(非特許文献16)。また、以前からホジキンリンパ腫で過剰発現する蛋白質をコードしない癌遺伝子候補とされていたBICと呼ばれる遺伝子は、miR-155をコードしていることも明らかとなっている(非特許文献17)。 Examples of cancer-microRNA relationships reported so far include the miR-15a / miR-16 cluster on chromosome 13q14, which is deleted in B-cell chronic lymphocytic leukemia (B-CLL), It is predicted that the deletion is one of the causes of B-CLL (Non-patent Document 10). In B-CLL, the expression of miR-29 and miR-181 is further reduced. One of the targets is known to be Tcl1 known as a proto-oncogene (Non-patent Document 11). In lung cancer, expression of Let-7, which is one of microRNAs, is decreased, and one of its targets is Ras known as a proto-oncogene (Non-patent Documents 12 and 13). Moreover, the expression of microRNAs such as miR-127 and miR-124a is reduced by hypermethylation modification of genes in cancer, and the target is Bcl6 or Cdk6 known as proto-oncogenes (Non-patent Document 14, 15). Many microRNAs have decreased expression in cancer cells, but there are also microRNAs in which gene amplification and overexpression are seen in cancer cells. For example, in a region where gene amplification is observed in malignant lymphoma, there are 6 types of microRNA clusters (miR-17-92). When this miRNA cluster gene is forcibly expressed in a model mouse of human B cell lymphoma, lymphoma It is known that the occurrence of the above is promoted (Non-patent Document 16). It has also been clarified that a gene called BIC, which has been regarded as a candidate oncogene that does not encode a protein overexpressed in Hodgkin lymphoma, encodes miR-155 (Non-patent Document 17).
このように癌とマイクロRNAの関係は近年多数報告されているが、その多くは癌細胞での発現異常を示すものであり、マイクロRNAの機能を示した報告は、Let-7、miR-143やmiR-145を癌細胞株に強制発現させることで癌細胞株の増殖を阻害したという報告(非特許文献18、19、20)、miR-16やmiR-34を強制発現させることにより癌細胞株の細胞周期を停止させたという報告(非特許文献21、22)、miR-372やmiR-373を強制発現させることにより細胞の形質転換を引き起こしたという報告(非特許文献23)など、数少ない。体外からマイクロRNAあるいはその前駆体を投与することにより該マイクロRNAの発現を増大させることで、あるいはそのアンチセンスオリゴヌクレオチドを投与してマイクロRNAの発現を減少させることで、動物モデルで癌の増殖を抑制させたという報告は、miR-34a投与により移植した大腸癌細胞株の腫瘍形成が抑制したという報告(非特許文献24)、miR-21のアンチセンス投与により移植した乳癌細胞株の腫瘍形成が抑制したという報告(非特許文献25)など、わずかしかない。
ヒトの種々の臓器で発現しているマイクロRNAを同定し、その機能を解析し、疾患との関係を解明することにより、新しい治療薬及び診断薬が開発されることが期待される。
特に、癌細胞の増殖または抑制を引き起こすマイクロRNAを見出すことは、発癌のメカニズムの理解に役立つのみならず、ヒトの癌の診断薬や治療薬の開発、さらにはそれらを利用した癌の新しい診断法や治療法につながることが期待される。さらに癌以外の疾患に関しても、動脈硬化、慢性関節リウマチ、前立腺肥大症、経皮的経血管的冠動脈形成術後の血管再狭窄、肺線維症、糸球体腎炎、自己免疫疾患など細胞の増殖異常、組織の過形成等が原因となっている疾患の診断薬・治療薬やそれらを利用した診断法・治療法の開発に貢献することが期待される。It is expected that new therapeutic agents and diagnostic agents will be developed by identifying microRNAs expressed in various human organs, analyzing their functions, and elucidating the relationship with diseases.
In particular, the discovery of microRNAs that cause cancer cell proliferation or suppression not only helps to understand the mechanisms of carcinogenesis, but also develops diagnostics and therapeutic agents for human cancer, as well as new diagnosis of cancer using them. It is expected to lead to methods and treatments. In addition to diseases other than cancer, cell proliferation abnormalities such as arteriosclerosis, rheumatoid arthritis, prostatic hypertrophy, vascular restenosis after percutaneous transvascular coronary angioplasty, pulmonary fibrosis, glomerulonephritis, autoimmune diseases, etc. It is expected to contribute to the development of diagnostic and therapeutic agents for diseases caused by tissue hyperplasia and the like, and diagnostic and therapeutic methods using them.
目的は、細胞の増殖の制御に有用な核酸及び、それらの利用法を提供することにある。 The object is to provide nucleic acids useful for the control of cell growth and methods for using them.
本発明は以下の(1)〜(32)に関する。
(1)以下の(a)〜(h)のいずれかの核酸を有効成分として含有する、細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤:
(a)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸
(b)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸を含有する、17〜28塩基の核酸
(c)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列と90%以上の同一性を有する塩基配列からなる核酸
(d)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸の相補鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸
(e)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列の2〜8番目の塩基配列を含む核酸
(f)配列番号940〜2056、2133〜2211、2262〜2314および2322〜2328のいずれかで表される塩基配列からなる核酸
(g)配列番号940〜2056、2133〜2211、2262〜2314および2322〜2328のいずれかで表される塩基配列と90%以上の同一性を有する塩基配列からなる核酸
(h)配列番号940〜2056、2133〜2211、2262〜2314および2322〜2328のいずれかで表される塩基配列からなる核酸の相補鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸
(2)核酸がマイクロRNAまたはマイクロRNA前駆体である、(1)に記載の細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤。
(3)(1)に記載の核酸の塩基配列に対して相補的な塩基配列からなる核酸を有効成分として含有する、細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤。
(4)(1)または(3)に記載の核酸を発現するベクターを有効成分として含有する、細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤。
(5)(1)に記載の核酸の標的塩基配列を有する遺伝子の発現を抑制する物質を有効成分として含有する、細胞の増抑制剤または増殖促進剤。
(6)(1)に記載の核酸の標的塩基配列を有する遺伝子の発現を促進する物質を有効成分として含有する、細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤。
(7)発現を抑制または促進する物質が核酸である、(5)または(6)に記載の細胞の増殖促進剤または増殖抑制剤。
(8)核酸がsiRNAである、(7)に記載の細胞の増殖促進剤または増殖抑制剤。
(9)(7)に記載の核酸を発現するベクターを有効成分として含有する、細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤。
(10)(1)〜(9)のいずれか1項に記載の細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤を有効成分として含有する、細胞の増殖異常に起因する疾患の治療薬。
(11)(1)、(3)および(7)のいずれか1項に記載の核酸を有効成分として含有する、細胞の増殖異常に起因する疾患の治療薬。
(12)(1)に記載の核酸の発現量、該核酸の変異、該核酸をコードするゲノムの変異を検出する試薬を有効成分として含有する、細胞の増殖異常に起因する疾患の診断薬。
(13)細胞の増殖異常に起因する疾患が癌である、(10)〜(12)のいずれか1項に記載の治療薬または診断薬。
(14)(1)、(3)および(7)のいずれか1項に記載の核酸を有効量投与することを特徴とする、細胞の増殖異常に起因する疾患の治療方法。
(15)(1)に記載の核酸の発現量、該核酸の変異、該核酸をコードするゲノムの変異を検出することを特徴とする、細胞の増殖異常に起因する疾患の診断方法。
(16)細胞の増殖異常に起因する疾患が癌である、(14)または(15)に記載の治療または診断方法。
(17)細胞の増殖異常に起因する疾患の治療薬の製造のための、(1)、(3)および(7)のいずれか1項に記載の核酸の使用。
(18)細胞の増殖異常に起因する疾患が癌である、(17)に記載の使用。
(19)(1)に記載の核酸を有効成分として含有する、該核酸の標的遺伝子の発現抑制剤。
(20)(3)に記載の核酸を有効成分として含有する、(1)に記載の核酸の標的遺伝子の発現促進剤。
(21)(4)に記載のベクターを有効成分として含有する、(1)に記載の核酸の標的遺伝子の発現抑制剤または発現促進剤。
(22)(1)または(3)に記載の核酸を用いることを特徴とする、細胞の増殖促進方法または増殖抑制方法。
(23)(4)に記載のベクターを用いることを特徴とする、細胞の増殖促進方法または増殖抑制方法。
(24)(1)に記載の核酸の標的遺伝子の発現を抑制する物質を用いることを特徴とする、細胞の増殖促進方法または増殖抑制方法。
(25)(1)に記載の核酸の標的遺伝子の発現を促進する物質を用いることを特徴とする、細胞の増殖促進方法または増殖抑制方法。
(26)発現を抑制または促進する物質が核酸である、(24)または(25)に記載の細胞の増殖促進方法または増殖抑制方法。
(27)核酸がsiRNAである、(26)に記載の細胞の増殖促進方法または増殖抑制方法。
(28)(26)に記載の核酸を発現するベクターを用いる、細胞の増殖促進方法または増殖抑制方法。
(29)(1)に記載の核酸を用いることを特徴とする、該核酸の標的遺伝子の発現抑制方法。
(30)(3)に記載の核酸を用いることを特徴とする、(1)に記載の核酸の標的遺伝子の発現促進方法。
(31)(4)に記載のベクターを用いることを特徴とする、(1)に記載の核酸の標的遺伝子の発現抑制方法または発現促進方法。
(32)(1)に記載の核酸の発現または機能を促進または抑制させることを指標とする、細胞の増殖促進剤または増殖抑制剤のスクリーニング方法。The present invention relates to the following (1) to (32).
(1) Cell growth inhibitor or growth promoter containing as an active ingredient any of the following nucleic acids (a) to (h):
(A) Nucleic acid consisting of a base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1-939, 2057-2132, 2212-2261 and 2315-2321 (b) SEQ ID NOs: 1-939, 2057-2132, 2212-2261 and 2315 A nucleic acid consisting of a base sequence represented by any one of ˜2321, and a nucleic acid of 17 to 28 bases (c) represented by any one of SEQ ID NOs: 1-939, 2057-2132, 2212-2261, and 2315-2321 (D) a nucleic acid comprising a nucleotide sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 939, 2057 to 2132, 2212 to 2261, and 2315 to 2321 Nucleic acids that hybridize with stringent conditions under complementary conditions (e) SEQ ID NOs: 1-939, 2057- 132, 2212 to 2261 and 2315 to 2321. Nucleic acids comprising the second to eighth base sequences of the base sequence represented by any of (2) SEQ ID NOs: 940 to 2056, 2133 to 2211, 2262 to 2314, and 2322 to 2328 Nucleic acid consisting of a base sequence represented by any of the above (g) a base having 90% or more identity with the base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 940 to 2056, 2133 to 2211, 2262 to 2314, and 2322 to 2328 Nucleic acid consisting of sequence (h) Nucleic acid that hybridizes under stringent conditions with a complementary strand of nucleic acid consisting of the base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 940 to 2056, 2133 to 2211, 2262 to 2314 and 2322 to 2328 ( 2) the nucleic acid is a microRNA or a microRNA precursor, (1) Cytostatic or growth promoting agent of cells described.
(3) A cell growth inhibitor or growth promoter comprising, as an active ingredient, a nucleic acid having a base sequence complementary to the base sequence of the nucleic acid according to (1).
(4) A cell growth inhibitor or growth promoter comprising as an active ingredient the vector that expresses the nucleic acid according to (1) or (3).
(5) A cell growth inhibitor or growth promoter comprising as an active ingredient a substance that suppresses the expression of the gene having the target base sequence of the nucleic acid according to (1).
(6) A cell growth inhibitor or growth promoter comprising as an active ingredient a substance that promotes the expression of the gene having the target base sequence of the nucleic acid according to (1).
(7) The cell growth promoter or growth inhibitor according to (5) or (6), wherein the substance that suppresses or promotes expression is a nucleic acid.
(8) The cell growth promoter or growth inhibitor according to (7), wherein the nucleic acid is siRNA.
(9) A cell growth inhibitor or growth promoter containing the vector expressing the nucleic acid according to (7) as an active ingredient.
(10) A therapeutic agent for diseases caused by abnormal cell proliferation, comprising as an active ingredient the cell growth inhibitor or growth promoter according to any one of (1) to (9).
(11) A therapeutic agent for a disease caused by abnormal cell growth, comprising the nucleic acid according to any one of (1), (3) and (7) as an active ingredient.
(12) A diagnostic agent for a disease caused by abnormal cell proliferation, comprising as an active ingredient a reagent for detecting the expression level of the nucleic acid according to (1), a mutation of the nucleic acid, and a mutation of a genome encoding the nucleic acid.
(13) The therapeutic or diagnostic agent according to any one of (10) to (12), wherein the disease caused by abnormal cell proliferation is cancer.
(14) A method for treating a disease caused by abnormal cell proliferation, comprising administering an effective amount of the nucleic acid according to any one of (1), (3) and (7).
(15) A method for diagnosing a disease caused by abnormal cell proliferation, comprising detecting the expression level of the nucleic acid according to (1), a mutation of the nucleic acid, and a mutation of a genome encoding the nucleic acid.
(16) The treatment or diagnosis method according to (14) or (15), wherein the disease caused by abnormal cell proliferation is cancer.
(17) Use of the nucleic acid according to any one of (1), (3) and (7) for the manufacture of a therapeutic agent for a disease caused by abnormal cell proliferation.
(18) The use according to (17), wherein the disease caused by abnormal cell proliferation is cancer.
(19) An expression inhibitor for a target gene of the nucleic acid, comprising the nucleic acid according to (1) as an active ingredient.
(20) The nucleic acid target gene expression promoter according to (1), containing the nucleic acid according to (3) as an active ingredient.
(21) The nucleic acid target gene expression inhibitor or expression promoter according to (1), which contains the vector according to (4) as an active ingredient.
(22) A method for promoting cell growth or inhibiting cell growth, comprising using the nucleic acid according to (1) or (3).
(23) A method for promoting cell growth or inhibiting cell growth, comprising using the vector according to (4).
(24) A method for promoting cell growth or inhibiting cell growth, comprising using a substance that suppresses the expression of a target gene of the nucleic acid according to (1).
(25) A method for promoting cell growth or inhibiting cell growth, comprising using a substance that promotes the expression of a target gene of the nucleic acid according to (1).
(26) The method for promoting cell proliferation or inhibiting cell proliferation according to (24) or (25), wherein the substance that suppresses or promotes expression is a nucleic acid.
(27) The cell growth promotion method or growth suppression method according to (26), wherein the nucleic acid is siRNA.
(28) A method for promoting cell growth or a method for suppressing growth, which uses the vector expressing the nucleic acid according to (26).
(29) A method for suppressing the expression of a target gene of the nucleic acid, wherein the nucleic acid according to (1) is used.
(30) The method for promoting expression of a target gene of a nucleic acid according to (1), wherein the nucleic acid according to (3) is used.
(31) The method for suppressing expression or promoting expression of a target gene of nucleic acid according to (1), wherein the vector according to (4) is used.
(32) A method for screening a cell growth promoter or growth inhibitor, wherein the expression or function of the nucleic acid according to (1) is promoted or inhibited.
本発明により、細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤、細胞の増殖異常に起因する疾患の診断薬または治療薬、アポトーシス誘導剤、マイクロRNAなどの核酸の標的遺伝子の発現抑制剤または発現促進剤、細胞の増殖抑制方法または増殖促進方法を提供することができる。 According to the present invention, a cell growth inhibitor or growth promoter, a diagnostic or therapeutic agent for a disease caused by abnormal cell growth, an apoptosis inducer, an expression suppressor or expression promoter for a target gene of a nucleic acid such as microRNA, A method for inhibiting cell growth or a method for promoting growth can be provided.
本発明で用いる核酸としては、ヌクレオチドおよび該ヌクレオチドと同等の機能を有する分子が重合した分子であればいかなるものでもよく、例えば、リボヌクレオチドの重合体であるRNA、デオキシリボヌクレオチドの重合体であるDNA、RNAおよびDNAが混合した重合体、および、ヌクレオチド類似体を含むヌクレオチド重合体をあげることができ、さらに、核酸誘導体を含むヌクレオチド重合体であってもよい。また本発明における核酸は、一本鎖核酸または二本鎖核酸であってもよい。また二本鎖核酸には、一方の鎖に対し、他方の鎖がストリンジェントな条件でハイブリダイズする二本鎖核酸も含まれる。 The nucleic acid used in the present invention may be any molecule as long as nucleotides and molecules having functions equivalent to the nucleotides are polymerized, such as RNA that is a ribonucleotide polymer, DNA that is a deoxyribonucleotide polymer. , A polymer in which RNA and DNA are mixed, and a nucleotide polymer containing a nucleotide analog, and may be a nucleotide polymer containing a nucleic acid derivative. The nucleic acid in the present invention may be a single-stranded nucleic acid or a double-stranded nucleic acid. The double-stranded nucleic acid also includes a double-stranded nucleic acid in which one strand is hybridized under stringent conditions to the other strand.
本発明においてヌクレオチド類似体としては、RNAまたはDNAと比較して、ヌクレアーゼ耐性の向上または、安定化させるため、相補鎖核酸とのアフィニティーをあげるため、あるいは細胞透過性をあげるため、あるいは可視化させるために、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、RNAまたはDNAに修飾を施した分子であればいかなる分子であってもよい。例えば、糖部修飾ヌクレオチド類似体やリン酸ジエステル結合修飾ヌクレオチド類似体等があげられる。 In the present invention, nucleotide analogues are used to improve or stabilize nuclease resistance, to increase affinity with complementary strand nucleic acids, to increase cell permeability, or to be visualized as compared to RNA or DNA. In addition, any molecule may be used as long as it is a molecule obtained by modifying ribonucleotides, deoxyribonucleotides, RNA, or DNA. Examples thereof include sugar moiety-modified nucleotide analogs and phosphodiester bond-modified nucleotide analogs.
糖部修飾ヌクレオチド類似体としては、ヌクレオチドの糖の化学構造の一部あるいは全てに対し、任意の化学構造物質を付加あるいは置換したものであればいかなるものでもよく、例えば、2’−O−メチルリボースで置換されたヌクレオチド類似体、2’−O−プロピルリボースで置換されたヌクレオチド類似体、2’−メトキシエトキシリボースで置換されたヌクレオチド類似体、2’−O−メトキシエチルリボースで置換されたヌクレオチド類似体、2’−O−[2−(グアニジウム)エチル]リボースで置換されたヌクレオチド類似体、2’−O−フルオロリボースで置換されたヌクレオチド類似体、糖部に架橋構造を導入することにより2つの環状構造を有する架橋構造型人工核酸(Bridged Nucleic Acid)(BNA)、より具体的には、2’位の酸素原子と4’位の炭素原子がメチレンを介して架橋したロックト人工核酸(Locked Nucleic Acid)(LNA)、およびエチレン架橋構造型人工核酸(Ethylene bridged nucleic acid)(ENA)[Nucleic Acid Research, 32, e175(2004)]があげられ、さらにペプチド核酸(PNA)[Acc. Chem. Res., 32, 624 (1999)]、オキシペプチド核酸(OPNA)[J. Am. Chem. Soc., 123, 4653 (2001)]、およびペプチドリボ核酸(PRNA)[J. Am. Chem. Soc., 122, 6900 (2000)]等をあげることができる。The sugar moiety-modified nucleotide analog may be any one obtained by adding or substituting any chemical structural substance to a part or all of the chemical structure of the nucleotide sugar. For example, 2'-O-methyl Nucleotide analogues substituted with ribose, nucleotide analogues substituted with 2'-O-propylribose, nucleotide analogues substituted with 2'-methoxyethoxyribose, substituted with 2'-O-methoxyethylribose Nucleotide analogues, nucleotide analogues substituted with 2'-O- [2- (guanidinium) ethyl] ribose, nucleotide analogues substituted with 2'-O-fluororibose, introducing a bridging structure into the sugar moiety Bridged Nucleic Acid (BNA) having two circular structures, more specifically, 2′-position oxygen atom and 4′-position charcoal Locked artificial nucleic acid in which atoms are bridged via methylene (Locked Nucleic Acid) (LNA) , and ethylene bridged structure type artificial nucleic acid (Ethylene bridged nucleic acid) (ENA ) [Nucleic Acid Research, 32, e175 (2004)] is mentioned Furthermore, peptide nucleic acids (PNA) [Acc. Chem. Res., 32 , 624 (1999)], oxypeptide nucleic acids (OPNA) [J. Am. Chem. Soc., 123 , 4653 (2001)], and peptides Ribonucleic acid (PRNA) [J. Am. Chem. Soc., 122 , 6900 (2000)] and the like can be mentioned.
リン酸ジエステル結合修飾ヌクレオチド類似体としては、ヌクレオチドのリン酸ジエステル結合の化学構造の一部あるいは全てに対し、任意の化学物質を付加あるいは置換したものであればいかなるものでもよく、例えば、ホスフォロチオエート結合に置換されたヌクレオチド類似体、N3'-P5'ホスフォアミデート結合に置換されたヌクレオチド類似体等をあげることができる[細胞工学, 16, 1463-1473 (1997)][RNAi法とアンチセンス法、講談社(2005)]。The phosphodiester bond-modified nucleotide analog may be any one obtained by adding or substituting an arbitrary chemical substance to a part or all of the chemical structure of a phosphodiester bond of a nucleotide. Examples include nucleotide analogues substituted with thioate linkages, nucleotide analogues substituted with N3'-P5 'phosphoramidate linkages [Cell engineering, 16 , 1463-1473 (1997)] [RNAi method And Antisense, Kodansha (2005)].
核酸誘導体としては、核酸に比べ、ヌクレアーゼ耐性を向上させるため、安定化させるため、相補鎖核酸とのアフィニティーをあげるため、細胞透過性をあげるため、あるいは可視化させるために、該核酸に別の化学物質を付加した分子であればいかなる分子でもよく、例えば、5’−ポリアミン付加誘導体、コレステロール付加誘導体、ステロイド付加誘導体、胆汁酸付加誘導体、ビタミン付加誘導体、Cy5付加誘導体、Cy3付加誘導体、6−FAM付加誘導体、およびビオチン付加誘導体等をあげることができる。 As a nucleic acid derivative, in order to improve nuclease resistance, to stabilize, to increase affinity with a complementary strand nucleic acid, to increase cell permeability or to be visualized as compared with a nucleic acid, a different chemical is used. Any molecule may be used as long as it is a molecule to which a substance is added, for example, 5′-polyamine addition derivative, cholesterol addition derivative, steroid addition derivative, bile acid addition derivative, vitamin addition derivative, Cy5 addition derivative, Cy3 addition derivative, 6-FAM Examples include addition derivatives, biotin addition derivatives, and the like.
核酸としては、例えば以下の(a)〜(k)で示される核酸をあげることができる。
(a)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸
(b)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸を含有する、17〜28塩基の核酸
(c)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列と90%以上の同一性を有する塩基配列からなる核酸
(d)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸の相補鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸
(e)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列の2〜8番目の塩基配列を含む核酸
(f)(a)〜(e)の核酸と、該核酸の塩基配列に対して相補的な塩基配列を含む核酸とからなる二本鎖核酸、または該二本鎖核酸を含有する核酸
(g)(a)〜(e)の核酸と、該核酸とストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸とからなる二本鎖核酸、または該二本鎖核酸を含有する核酸
(h)(f)または(g)の二本鎖核酸が8〜28塩基からなるスペーサーオリゴヌクレオチドで連結されたヘアピン構造を有する一本鎖核酸、または該一本鎖核酸を含有する核酸
(i)配列番号940〜2056、2133〜2211、2262〜2314および2322〜2328のいずれかで表される塩基配列からなる核酸
(j)配列番号940〜2056、2133〜2211、2262〜2314および2322〜2328のいずれかで表される塩基配列と90%以上の同一性を有する塩基配列からなる核酸
(k)配列番号940〜2056、2133〜2211、2262〜2314および2322〜2328のいずれかで表される塩基配列からなる核酸の相補鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸。Examples of the nucleic acid include nucleic acids represented by the following (a) to (k).
(A) Nucleic acid consisting of a base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1-939, 2057-2132, 2212-2261 and 2315-2321 (b) SEQ ID NOs: 1-939, 2057-2132, 2212-2261 and 2315 A nucleic acid consisting of a base sequence represented by any one of ˜2321, and a nucleic acid of 17 to 28 bases (c) represented by any one of SEQ ID NOs: 1-939, 2057-2132, 2212-2261, and 2315-2321 (D) a nucleic acid comprising a nucleotide sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 939, 2057 to 2132, 2212 to 2261, and 2315 to 2321 Nucleic acids that hybridize with stringent conditions under complementary conditions (e) SEQ ID NOs: 1-939, 2057- 132, 2212 to 2261 and 2315 to 2321, the nucleic acid (f) containing the second to eighth base sequences (f) (a) to (e), and the base sequence of the nucleic acid A nucleic acid comprising a nucleic acid containing a complementary base sequence, or a nucleic acid (g) (a) to (e) containing the double-stranded nucleic acid, and hybridizing with the nucleic acid under stringent conditions A double-stranded nucleic acid consisting of a nucleic acid to be soybean, or a double-stranded nucleic acid (h), (f) or (g) containing the double-stranded nucleic acid was linked with a spacer oligonucleotide consisting of 8 to 28 bases. A single-stranded nucleic acid having a hairpin structure, or a nucleic acid containing the single-stranded nucleic acid (i) consisting of a base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 940 to 2056, 2133 to 2211, 2262 to 2314, and 2322 to 2328 Nucleic acid j) Nucleic acid consisting of a base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 940 to 2056, 2133-2211, 2262 to 2314 and 2322 to 2328 and having a nucleotide sequence of 90% or more (k) SEQ ID NOs: 940 to 2056 A nucleic acid that hybridizes under stringent conditions with a complementary strand of a nucleic acid comprising the base sequence represented by any of 2133-2211, 2262-2314, and 2322-2328.
上記の核酸としては、マイクロRNAが好ましく用いられる。マイクロRNAとは、17〜28塩基長からなる一本鎖RNAをいう。マイクロRNAの該配列を含む周辺ゲノム配列はヘアピン構造を形成し得る配列を有しており、マイクロRNAは該ヘアピンのいずれか片鎖から切り出され得る。マイクロRNAは、その標的となるmRNAに相補的に結合してmRNAの翻訳を抑制し、あるいはmRNAの分解を促進することで遺伝子発現の転写後制御を行う。 As the nucleic acid, microRNA is preferably used. Micro RNA refers to single-stranded RNA having a length of 17 to 28 bases. The surrounding genomic sequence containing the microRNA sequence has a sequence that can form a hairpin structure, and the microRNA can be excised from either strand of the hairpin. MicroRNAs complementarily bind to their target mRNA and suppress mRNA translation, or promote post-transcriptional control of gene expression by promoting mRNA degradation.
マイクロRNAとしては、例えば、配列番号1〜129、803、819、916、917、925および2057〜2114のいずれかで表される塩基配列からなるヒトマイクロRNAをあげることができる。さらに配列番号1〜129、803、819、916、917、925および2057〜2114のいずれかで表される塩基配列からなるヒトマイクロRNAと同一の機能を有するマイクロRNAとして、該ヒトマイクロRNAのオーソログである、配列番号130〜802、822、823、826、827、829〜840、842、843、846〜848、850、851、2115〜2122、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸をあげることができる。具体的な例として、配列番号1のヒトマイクロRNAのオーソログは配列番号130〜139、2212で示される塩基配列からなるものがあげられる。配列番号1〜129、803、819、916、917、925および2057〜2114で表される塩基配列からなるマイクロRNAとそのオーソログの対応表を表1(表1−1から表1−4)に示す。なお、表1の最上段において示されている生物種はそれぞれ以下の通りである。has、Homo sapiens、ヒト;mmu、Mus musculus、マウス;rno、Rattus norvegicus、ラット;xla、Xenopus laevis、アフリカツメガエル;xtr、Xenopus tropicalis、ニシツメガエル;gga、Gallus gallus、ニワトリ;cfa、Canis familiaris、イヌ;mdo、Monodelphis domestica、ハイイロジネズミオポッサム;age、Ateles geoffroyi、アカクモザル;lla、Lagothrix lagotricha、フンボルトウーリーモンキー;sla、Saguinus labiatus、ムネアカタマリン;mml、Macaca mulatta、アカゲザル;mne、Macaca nemestrina、ブタオザル;ggo、Gorilla gorilla、ゴリラ;ppa、Pan paniscus、ボノボ;ptr、Pan troglodytes、チンパンジー;ppy、Pongo pygmaeus、オランウータン;lca、Lemur catta、ワオキツネザル;cgr、Cricetulus griseus、チャイニーズハムスター;bta、Bos taurus、ウシ;oar、Ovis aries、ヒツジ;ssc、Sus scrofa、ブタ;dre、Danio rerio、ゼブラフィッシュ;fru、Fugu rubripes、トラフグ;tni、Tetraodon nigroviridis、ミドリフグ。ヒト由来マイクロRNAとそのオーソログは、その配列同一性が高いことから、同様の機能を有していると考えられる。また、マイクロRNA名末尾に付加されたアルファベットによりサブグループ化されているマイクロRNA同士もまた、その配列同一性が高いことから、同様の機能を有していると考えられる。 Examples of the microRNA include human microRNA having a base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 1 to 129, 803, 819, 916, 917, 925 and 2057 to 2114. Furthermore, as a microRNA having the same function as the human microRNA comprising the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 1 to 129, 803, 819, 916, 917, 925 and 2057 to 2114, an ortholog of the human microRNA It is represented by any one of SEQ ID NOs: 130 to 802, 822, 823, 826, 827, 829 to 840, 842, 843, 846 to 848, 850, 851, 2115 to 2122, 2212 to 2261, and 2315 to 2321. A nucleic acid having a base sequence can be mentioned. As a specific example, the ortholog of the human microRNA of SEQ ID NO: 1 is composed of the base sequence represented by SEQ ID NOs: 130 to 139 and 2212. Table 1 (Table 1-1 to Table 1-4) shows a correspondence table of microRNAs consisting of base sequences represented by SEQ ID NOs: 1 to 129, 803, 819, 916, 917, 925 and 2057 to 2114 and their orthologs. Show. The biological species shown at the top of Table 1 are as follows. has, Homo sapiens, human; mmu, Mus musculus, mouse; rno, Rattus norvegicus, rat; xla, Xenopus laevis, Xenopus laevis; xtr, Xenopus tropicalis; Mdo, Monodelphis domestica, gray porpoise, possum; age, Ateles geoffroyi, red spider monkey; lla, Lagothrix lagotricha, Humbold Woolley monkey; Gorilla gorilla, gorilla; ppa, Pan paniscus, bonobo; ptr, Pan troglodytes, chimpanzee; ppy, Pongo pygmaeus, orangutan; lca, Lemur catta, ring-tailed lemur; cgr, Cricetulus griseus, Chinese hamster; Ovis aries, sheep; ssc, Sus scrofa, pigs; dre, Danio rerio, zebrafish Fru, Fugu rubripes, tiger puffer; tni, Tetraodon nigroviridis, green puffer. Since human-derived microRNA and its ortholog have high sequence identity, they are considered to have similar functions. In addition, microRNAs that are subgrouped by the alphabet added to the end of the microRNA name also have similar functions because of their high sequence identity.
マイクロRNA前駆体として、例えば、配列番号1のヒトマイクロRNAに対しては配列番号940または941で表される塩基配列からなる核酸をあげることができる。また、配列番号2〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなるマイクロRNAに対しては配列番号942〜2056、2133〜2211、2262〜2314および2322〜2328のいずれかで表される塩基配列からなる核酸をあげることができる。本発明におけるマイクロRNAとマイクロRNA前駆体の対応表を表3(表3−1から表3−17)に示す。また本発明において、マイクロRNA前駆体には人工マイクロRNA前駆体が含まれる。 Examples of the microRNA precursor include a nucleic acid having the base sequence represented by SEQ ID NO: 940 or 941 for the human microRNA of SEQ ID NO: 1. For microRNAs consisting of the nucleotide sequences represented by any of SEQ ID NOs: 2-939, 2057-2132, 2212-2261 and 2315-2321, SEQ ID NOs: 942-2056, 2133-2211, 2262-2314 and A nucleic acid having a base sequence represented by any of 2322 to 2328 can be mentioned. Table 3 (Tables 3-1 to 3-17) shows a correspondence table between microRNAs and microRNA precursors in the present invention. In the present invention, the microRNA precursor includes an artificial microRNA precursor.
また上記においてストリンジェントな条件とは、一方の鎖をブロットしたメンブレンに対し、7.5 mL、1M Na2HPO4(pH7.2) 0.6 mL、10% SDS 21 mL、50xDenhardt's solution 0.6 mL、10 mg/mL sonicated salmon sperm DNA 0.3 mLから成るHybridization bufferに、32P-ATPで標識した他方の鎖を加え、50℃で一晩反応させた後、50 ℃で10分間、5xSSC/5%SDS液で洗浄し、更に50℃で10分間、1xSSC/1%SDS液で洗浄し、その後メンブレンを取り出し、X線フィルムに感光させることによりシグナルを検出できる条件である。The stringent conditions in the above are 7.5 mL, 1M Na 2 HPO 4 (pH 7.2) 0.6 mL, 10% SDS 21 mL, 50x Denhardt's solution 0.6 mL, 10 mg / Add the other strand labeled with 32 P-ATP to Hybridization buffer consisting of 0.3 mL of mL sonicated salmon sperm DNA, react at 50 ° C overnight, and then wash with 5xSSC / 5% SDS solution at 50 ° C for 10 minutes. Further, the condition is such that the signal can be detected by washing with 1 × SSC / 1% SDS solution at 50 ° C. for 10 minutes, and then removing the membrane and exposing it to an X-ray film.
核酸を用いてマイクロRNAなどの核酸の発現を検出する方法としては、検体中のマイクロRNAまたはマイクロRNA前駆体などの核酸の存在が検出できる方法であれば、いかなる方法でもよく、例えば、(1)ノーザンハイブリダイゼーション、(2)ドットブロットハイブリダイゼーション、(3)in situハイブリダイゼーション、(4)定量的PCR、(5)デファレンシャル・ハイブリダイゼーション、(6)マイクロアレイ、(7)リボヌクレアーゼ保護アッセイ等があげられる。 As a method for detecting the expression of a nucleic acid such as microRNA using a nucleic acid, any method can be used as long as it can detect the presence of a nucleic acid such as microRNA or a microRNA precursor in a sample. For example, (1 ) Northern hybridization, (2) dot blot hybridization, (3) in situ hybridization, (4) quantitative PCR, (5) differential hybridization, (6) microarray, (7) ribonuclease protection assay It is done.
核酸を用いてマイクロRNAなどの核酸の変異を検出する方法としては、検体中のマイクロRNAまたはマイクロRNA前駆体などの核酸の塩基配列の変異が検出できる方法であればいかなる方法でもよく、例えば、非変異型塩基配列を有する核酸と変異型塩基配列を有する核酸とのハイブリダイズにより形成されるヘテロ二本鎖を検出する方法や、あるいは、検体由来の塩基配列を直接配列決定して、変異の有無を検出する方法等をあげることができる。 As a method for detecting a mutation in a nucleic acid such as microRNA using a nucleic acid, any method can be used as long as it can detect a mutation in the base sequence of a nucleic acid such as microRNA or a microRNA precursor in a sample. A method for detecting a heteroduplex formed by hybridization of a nucleic acid having a non-mutated base sequence and a nucleic acid having a mutant base sequence, or by directly sequencing a base sequence derived from a specimen, A method for detecting the presence or absence can be given.
核酸を発現するベクターとしては、細胞内に導入して転写されることによりマイクロRNAなどの核酸が生合成されるように設計されたベクターであればいかなるものであってもよい。細胞内でマイクロRNAなどの核酸を発現することができるベクターとしては、具体的には、pCDNA6.2-GW/miR(Invitrogen社製)、pSilencer4.1-CMV(Ambion社製)、pSINsi-hH1 DNA(タカラバイオ社製)、pSINsi-hU6 DNA(タカラバイオ社製)、pENTR/U6(Invitrogen社製)等をあげることができる。 The vector for expressing nucleic acid may be any vector as long as it is designed to biosynthesize nucleic acid such as microRNA by being introduced into a cell and transcribed. Specific examples of vectors capable of expressing nucleic acids such as microRNA in cells include pCDNA6.2-GW / miR (Invitrogen), pSilencer4.1-CMV (Ambion), pSINsi-hH1 Examples thereof include DNA (manufactured by Takara Bio Inc.), pSINsi-hU6 DNA (manufactured by Takara Bio Inc.), pENTR / U6 (manufactured by Invitrogen), and the like.
マイクロRNAなどの核酸の標的塩基配列を有する遺伝子(以下、標的遺伝子という)の発現を抑制する方法としては、マイクロRNAなどの核酸の標的塩基配列を有するmRNAの発現を抑制する活性を利用して、該標的塩基配列を有する遺伝子の発現を抑制する方法であれば、いかなる方法でもよい。なお、ここで発現を抑制するとは、mRNAの翻訳を抑制させる場合、およびmRNAを切断あるいは分解することによって、結果としてmRNAから翻訳される蛋白質の量を減少させる場合も含まれる。該標的塩基配列を有するmRNAの発現を抑制する物質としては、具体的にはsiRNAやアンチセンスオリゴヌクレオチドなどの核酸があげられる。該siRNAは、該mRNAの連続した配列情報を基に作製することができる[Genes Dev., 13, 3191 (1999)]。siRNAの一方の鎖を構成する塩基の残基数は、好ましくは17〜30残基、より好ましくは18〜25残基、さらに好ましくは19〜23残基である。As a method for suppressing the expression of a gene having a target base sequence of a nucleic acid such as microRNA (hereinafter referred to as a target gene), the activity of suppressing the expression of mRNA having a target base sequence of a nucleic acid such as microRNA is utilized. Any method may be used as long as it suppresses the expression of a gene having the target base sequence. In addition, suppression of expression here includes a case where the translation of mRNA is suppressed, and a case where the amount of protein translated from mRNA is reduced by cleaving or decomposing mRNA. Specific examples of substances that suppress the expression of mRNA having the target base sequence include nucleic acids such as siRNA and antisense oligonucleotides. The siRNA can be prepared based on the continuous sequence information of the mRNA [Genes Dev., 13 , 3191 (1999)]. The number of residues of the base constituting one strand of siRNA is preferably 17 to 30 residues, more preferably 18 to 25 residues, still more preferably 19 to 23 residues.
マイクロRNAとしては、標的遺伝子のmRNAの3’非翻訳領域に存在する連続する7塩基の配列と相補する配列を2〜8番目の塩基配列として含む17〜28塩基長からなる一本鎖RNAである人工マイクロRNAも含まれる。配列を含みそれを前後に延長させた配列がヘアピン構造を形成し、該マイクロRNA配列が細胞内でそのヘアピン構造のいずれか片鎖からマイクロRNAの生合成経路によって切り出され得るRNAである場合、その延長された配列を人工マイクロRNA前駆体と呼ぶ。発現抑制したい遺伝子を標的遺伝子として、上記のような方法を用いて人工マイクロRNAおよび人工マイクロRNA前駆体を設計することができる。 The microRNA is a single-stranded RNA having a length of 17 to 28 bases comprising a sequence complementary to a continuous 7 base sequence present in the 3 ′ untranslated region of the mRNA of the target gene as the second to eighth base sequences. Some artificial microRNAs are also included. When the sequence including the sequence and extending it back and forth forms a hairpin structure, and the microRNA sequence is RNA that can be excised from any one strand of the hairpin structure in the cell by the microRNA biosynthetic pathway, The extended sequence is called an artificial microRNA precursor. Artificial microRNAs and artificial microRNA precursors can be designed using the method as described above using a gene whose expression is to be suppressed as a target gene.
マイクロRNAなどの核酸の標的塩基配列とは、本発明におけるマイクロRNAなどの核酸によって認識される数塩基からなる塩基配列で、かつ、該塩基配列を有するmRNAの発現が本発明におけるマイクロRNAなどの核酸により抑制される塩基配列をいう。マイクロRNAの5’末端側2〜8番目の塩基配列に対して相補的な塩基配列は、該塩基配列を有するmRNAが該マイクロRNAによって翻訳が抑制されるので[Current Biology, 15, R458-R460 (2005)]、本発明におけるマイクロRNAなどの核酸の5’末端側2〜8番目の塩基配列に対して相補的な塩基配列を標的塩基配列としてあげることができる。例えば、マイクロRNAの5’末端側2〜8番目の塩基配列に対して相補的な標的配列を用意し、ヒトmRNAの3'UTR塩基配列群に対して、完全に一致する配列を含有するmRNAを、文字列探索などの方法で選抜することで決定することができる。ヒトmRNAの3'UTR塩基配列群は、「UCSC Human Genome Browser Gateway(http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway)」より取得できるゲノム配列および遺伝子位置情報を用いて作製することができる。配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなるマイクロRNAの標的塩基配列を有した遺伝子の具体的な例としては、米国国立バイオテクノロジー情報センターNational Center for Biotechnology Information(NCBI)のEntreGeneデータベース(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/)で使われている名前(Official SymbolとGene ID)で表記された表4(表4−1から表4−157)に記載の遺伝子をあげることができる。The target base sequence of nucleic acid such as microRNA is a base sequence consisting of several bases recognized by nucleic acid such as microRNA in the present invention, and the expression of mRNA having the base sequence is such as microRNA in the present invention. A base sequence that is suppressed by a nucleic acid. The base sequence complementary to the second to eighth base sequences on the 5 ′ end side of the microRNA is that translation of mRNA having the base sequence is suppressed by the microRNA [Current Biology, 15 , R458-R460]. (2005)], a base sequence complementary to the 2-8th base sequence on the 5 ′ end side of a nucleic acid such as microRNA in the present invention can be mentioned as a target base sequence. For example, an mRNA containing a sequence that perfectly matches the 3 'UTR base sequence group of human mRNA by preparing a target sequence complementary to the 2-8th base sequence on the 5' end side of the microRNA Can be determined by selecting by a method such as a character string search. The 3'UTR base sequence group of human mRNA should be prepared using the genome sequence and gene position information that can be obtained from "UCSC Human Genome Browser Gateway (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway)". Can do. Specific examples of genes having a target base sequence of microRNA consisting of the base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1-939, 2057-2132, 2212-2261 and 2315-2321 include US National Biotechnology Table 4 with the names (Official Symbol and Gene ID) used in the EntreGene database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/) of the National Center for Biotechnology Information (NCBI) The genes described in (Table 4-1 to Table 4-157) can be mentioned.
本発明で用いる核酸を合成する方法としては、特に限定されず、公知の化学合成を用いる方法、あるいは、酵素的転写法等にて製造することができる。公知の化学合成を用いる方法として、ホスホロアミダイト法、ホスフォロチオエート法、ホスホトリエステル法等をあげることができ、例えば、ABI3900ハイスループット核酸合成機(アプライドバイオシステムズ社製)により合成することができる。酵素的転写法としては、目的の塩基配列を有したプラスミドまたはDNAを鋳型として典型的なファージRNAポリメラーゼ、例えば、T7、T3、またはSP6 RNAポリメラーゼを用いた転写をあげることができる。 The method for synthesizing the nucleic acid used in the present invention is not particularly limited, and the nucleic acid can be produced by a known method using chemical synthesis or an enzymatic transcription method. Examples of methods using known chemical synthesis include phosphoramidite method, phosphorothioate method, phosphotriester method, etc. For example, synthesis with ABI3900 high-throughput nucleic acid synthesizer (Applied Biosystems) Can do. Examples of the enzymatic transcription method include transcription using a typical phage RNA polymerase, for example, T7, T3, or SP6 RNA polymerase, using a plasmid or DNA having the target base sequence as a template.
本発明で用いる核酸により、該核酸の発現または機能を促進あるいは抑制させる物質をスクリーニングする方法としては、例えば、該核酸を発現するベクターを細胞に導入し、それらの標的塩基配列を有するmRNAの発現または機能を促進または抑制する物質をスクリーニングする方法があげられる。
本発明で用いる核酸を有効成分とする医薬は、細胞の増殖などの異常や、組織の過形成等が原因となっている疾患の診断または治療に用いることができる。また核酸は、細胞の増殖抑制剤もしくは増殖促進剤として用いることもできる。ここで細胞の増殖の異常とは、生体内における通常の増殖速度ではない速度で細胞が増殖している状態をいう。Examples of a method for screening for a substance that promotes or suppresses the expression or function of the nucleic acid using the nucleic acid used in the present invention include, for example, introducing a vector that expresses the nucleic acid into a cell, and expressing an mRNA having the target base sequence. Alternatively, a method of screening for a substance that promotes or suppresses the function can be mentioned.
The medicament containing the nucleic acid used in the present invention as an active ingredient can be used for diagnosis or treatment of diseases caused by abnormalities such as cell proliferation or tissue hyperplasia. The nucleic acid can also be used as a cell growth inhibitor or growth promoter. Here, abnormal cell growth refers to a state in which cells are growing at a rate other than the normal growth rate in a living body.
細胞の増殖異常や組織の過形成等が原因となっている疾患としては、具体的には、癌、動脈硬化、慢性関節リウマチ、前立腺肥大症、経皮的経血管的冠動脈形成術後の血管再狭窄、肺線維症、糸球体腎炎、自己免疫疾患等、好ましくは癌をあげることができる。
以下、本発明を詳細に説明する。
1.癌細胞で発現する、マイクロRNAおよびマイクロRNA前駆体などの核酸の発現を検出する方法
(1−1)マイクロRNAの同定
低分子RNA配列がマイクロRNAであるかは、アール エヌ エイ(RNA), 9, 277-279 (2003)に記載の基準に従うか否かで判定できる。例えば、新たに取得して塩基配列を決定した低分子RNAの場合、以下のようにして行うことができる。Examples of diseases caused by abnormal cell proliferation or tissue hyperplasia include cancer, arteriosclerosis, rheumatoid arthritis, benign prostatic hyperplasia, and blood vessels after percutaneous transvascular coronary angioplasty. Restenosis, pulmonary fibrosis, glomerulonephritis, autoimmune disease and the like, preferably cancer can be mentioned.
Hereinafter, the present invention will be described in detail.
1. Method for detecting expression of nucleic acid expressed in cancer cell such as microRNA and microRNA precursor (1-1) Identification of microRNA Whether a small RNA sequence is a microRNA is determined by RNA (RNA), 9 , 277-279 (2003). For example, in the case of a low molecular weight RNA that has been newly acquired and whose base sequence has been determined, it can be performed as follows.
取得した低分子RNA塩基配列に対応するDNA配列を5’末端側および3’末端側にそれぞれ50 nt程度伸ばした周辺ゲノム配列を取得し、そのゲノム配列から転写されることが予測されるRNAの2次構造を予測する。その結果、ヘアピン構造を有し、かつ該低分子RNAの塩基配列がヘアピンの片鎖に位置する場合、該低分子RNAはマイクロRNAであると判定できる。ゲノム配列は一般に公開されており、例えば、UCSC Genome Bioinformatics (http://genome.ucsc.edu/) から入手可能である。また、2次構造予測も様々なプログラムが公開されており、例えば、RNAfold [Nucleic Acids Research, 31, 3429-3431 (2003)]やMfold [Nucleic Acids Research, 31, 3406-3415 (2003)] 等を用いることができる。また、既存のマイクロRNA配列は英国サンガーセンターのmiRBaseというデータベースに登録されており、ここに記載の配列と同一か否かで、既存のマイクロRNAと同一か否かを判定することができる。
(1−2)低分子RNAの配列情報の取得
ヒト癌細胞株、または癌患者由来検体から全RNAを抽出し、該RNAを用い癌細胞または癌組織で発現するマイクロRNAを含有する低分子RNAを以下のようにして取得することができる。A peripheral genomic sequence obtained by extending the DNA sequence corresponding to the obtained low molecular RNA base sequence by about 50 nt to the 5 'end side and 3' end side, respectively, is obtained, and RNA predicted to be transcribed from the genomic sequence Predict secondary structure. As a result, when it has a hairpin structure and the base sequence of the small RNA is located in one strand of the hairpin, it can be determined that the small RNA is a microRNA. Genomic sequences are publicly available and are available, for example, from UCSC Genome Bioinformatics (http://genome.ucsc.edu/). In addition, various programs for secondary structure prediction have been published, such as RNAfold [Nucleic Acids Research, 31 , 3429-3431 (2003)], Mfold [Nucleic Acids Research, 31 , 3406-3415 (2003)], etc. Can be used. Further, existing microRNA sequences are registered in a database called miRBase at Sanger Center in the UK, and it can be determined whether or not they are identical to existing microRNAs based on whether or not they are identical to the sequences described here.
(1-2) Acquisition of sequence information of low molecular RNA Extracting total RNA from a human cancer cell line or a sample derived from a cancer patient, and using this RNA, low molecular RNA containing microRNA expressed in cancer cells or cancer tissues Can be obtained as follows.
低分子RNAの取得法としては、具体的には、ジーンズ アンド デベロップメント(Genes & Development), 15, 188-200 (2000)に記載の方法に準じて、15%ポリアクリルアミドゲル電気泳動により低分子RNAを分離する方法があげられる。これより5’末端脱リン酸化、3’−アダプターライゲーション、リン酸化、5’−アダプターライゲーション、逆転写、PCR増幅、コンカテマー化、ベクターへのライゲーションを順次経て、低分子RNAをクローニングし、そのクローンの塩基配列を決定することができる。あるいは、例えばサイエンス(Science), 294, 858-862 (2001)に記載の方法に準じて、5’−アデニル化、3’−アダプターライゲーション、5’−アダプターライゲーション、逆転写、PCR増幅、コンカテマー化、ベクターへのライゲーションを順次経て、低分子RNAをクローニングし、そのクローンの塩基配列を決定することもできる。As a method for obtaining low molecular weight RNA, specifically, low molecular weight RNA can be obtained by 15% polyacrylamide gel electrophoresis in accordance with the method described in Jeans & Development (Genes & Development), 15 , 188-200 (2000). The method of separating is mentioned. From this, 5'-terminal dephosphorylation, 3'-adapter ligation, phosphorylation, 5'-adapter ligation, reverse transcription, PCR amplification, concatamerization, and ligation to vector are sequentially cloned, and the clone is cloned. Can be determined. Alternatively, for example, according to the method described in Science, 294 , 858-862 (2001), 5′-adenylation, 3′-adapter ligation, 5′-adapter ligation, reverse transcription, PCR amplification, concatamerization In addition, after sequentially ligating to a vector, low molecular RNA can be cloned and the base sequence of the clone can be determined.
また、Nucleic Acids Research, 34, 1765-1771 (2006)に記載の方法により、5’末端脱リン酸化、3’−アダプターライゲーション、リン酸化、5’−アダプターライゲーション、逆転写、PCR増幅、マイクロビーズベクターへのライゲーションを順次経て、低分子RNAをクローニングし、そのマイクロビーズの塩基配列を読み取ることで塩基配列を決定することにより低分子RNAの塩基配列情報を取得することができる。Further, according to the method described in Nucleic Acids Research, 34 , 1765-1771 (2006), 5′-end dephosphorylation, 3′-adapter ligation, phosphorylation, 5′-adapter ligation, reverse transcription, PCR amplification, microbeads By sequentially ligating to a vector, low molecular RNA is cloned, and the base sequence information of the low molecular RNA can be obtained by determining the base sequence by reading the base sequence of the microbead.
低分子RNAを取得するための他の方法として、small RNA Cloning Kit(タカラバイオ社製)を用いた方法があげられる。
(1−3)マイクロRNAなどの核酸の発現量の検出法
マイクロRNAおよびその前駆体などの核酸の発現量を検出する方法としては、例えば、(1)ノーザンハイブリダイゼーション、(2)ドットブロットハイブリダイゼーション、(3)in situハイブリダイゼーション、(4)定量的PCR、(5)デファレンシャル・ハイブリダイゼーション、(6)マイクロアレイ、(7)リボヌクレアーゼ保護アッセイなどがあげられる。As another method for obtaining low molecular weight RNA, there is a method using a small RNA Cloning Kit (manufactured by Takara Bio Inc.).
(1-3) Method for detecting expression level of nucleic acid such as microRNA Examples of methods for detecting the expression level of nucleic acid such as microRNA and its precursor include (1) Northern hybridization and (2) dot blot high. Hybridization, (3) in situ hybridization, (4) quantitative PCR, (5) differential hybridization, (6) microarray, (7) ribonuclease protection assay and the like.
ノーザンブロット法とは、検体由来RNAをゲル電気泳動で分離後、ナイロンフィルター等の支持体に転写し、核酸の塩基配列をもとに適宜標識をしたプローブを作製し、ハイブリダイゼーションおよび洗浄をおこなうことで、核酸に特異的に結合したバンドを検出する方法であり、具体的には、例えば、Science, 294, 853-858 (2001)に記載の方法等に従って行うことができる。Northern blotting is a method in which sample-derived RNA is separated by gel electrophoresis, then transferred to a support such as a nylon filter, a probe labeled appropriately based on the base sequence of the nucleic acid is prepared, and hybridization and washing are performed. Thus, this is a method for detecting a band specifically bound to a nucleic acid. Specifically, for example, it can be performed according to the method described in Science, 294 , 853-858 (2001).
標識プローブは、例えば、ニック・トランスレーション、ランダム・プライミングまたは5'末端のリン酸化等の方法により放射性同位体、ビオチン、ジゴキシゲニン、蛍光基、化学発光基等を、本発明で用いる核酸の塩基配列と相補的な配列を有するDNAやRNA、あるいはLNAに取り込ませることで調製できる。標識プローブの結合量は該核酸の発現量を反映することから、結合した標識プローブの量を定量することで該核酸の発現量を定量することができる。電気泳動、メンブレンの移行、プローブの調製、ハイブリダイゼーション、核酸の検出については、モレキュラー・クローニング第3版[Cold Spring Harbor Press, (2001) Cold Spring Harbor, NY]に記載の方法により行うことができる。 The labeled probe is a base sequence of a nucleic acid used in the present invention, for example, a radioisotope, biotin, digoxigenin, a fluorescent group, a chemiluminescent group, etc. by a method such as nick translation, random priming or phosphorylation at the 5 ′ end. It can be prepared by incorporating it into DNA or RNA having a complementary sequence to LNA or LNA. Since the binding amount of the labeled probe reflects the expression level of the nucleic acid, the expression level of the nucleic acid can be quantified by quantifying the amount of bound labeled probe. Electrophoresis, membrane transfer, probe preparation, hybridization, and nucleic acid detection can be performed by the methods described in Molecular Cloning 3rd Edition [Cold Spring Harbor Press, (2001) Cold Spring Harbor, NY]. .
ドットブロットハイブリダイゼーションは、組織や細胞から抽出したRNAを膜上に点状にスポットして固定し、プローブとなる標識したポリヌクレオチドとハイブリダイゼーションを行い、プローブと特異的にハイブリダイズするRNAを検出する方法である。プローブとしてはノーザンハイブリダイゼーションと同様のものを用いることができる。RNAの調製、RNAのスポット、ハイブリダイゼーション、RNAの検出については、モレキュラー・クローニング第3版に記載の方法により行なうことができる。 In dot blot hybridization, RNA extracted from tissues and cells is spot-fixed on a membrane in a dotted manner, and then hybridized with a labeled polynucleotide that serves as a probe to detect RNA that specifically hybridizes with the probe. It is a method to do. As the probe, the same probe as in Northern hybridization can be used. Preparation of RNA, RNA spot, hybridization, and detection of RNA can be performed by the methods described in Molecular Cloning 3rd edition.
in situハイブリダイゼーションは、生体から取得した組織のパラフィンまたはクリオスタット切片、あるいは固定化した細胞を検体として用い、標識したプローブとハイブリダイゼーションならびに洗浄の工程を行い、顕微鏡観察により、核酸の組織や細胞内での分布や局在を調べる方法である[Methods in Enzymology, 254, 419 (1995)]。プローブとしてはノーザンハイブリダイゼーションと同様のものを用いることができる。具体的には、Nature Method, 3, 27 (2006)に記載の方法に従って、マイクロRNAを検出することができる。 In situ hybridization uses paraffin or cryostat sections of tissues obtained from living organisms or immobilized cells as specimens, performs hybridization and washing steps with labeled probes, and observes the tissues and cells of nucleic acids by microscopic observation. This is a method for examining the distribution and localization in a cell [Methods in Enzymology, 254 , 419 (1995)]. As the probe, the same probe as in Northern hybridization can be used. Specifically, microRNA can be detected according to the method described in Nature Method, 3 , 27 (2006).
定量的PCRでは、検体由来RNAから、逆転写用プライマーと逆転写酵素を用いて合成したcDNA(以後、該cDNAを検体由来cDNAと称する)を測定に用いる。cDNA合成に供する逆転写用プライマーとして、ランダムプライマーあるいは特異的RTプライマー等を用いることができる。特異的RTプライマーとは、核酸およびその周辺ゲノム配列に対応する塩基配列に相補する配列を有するプライマーをいう。 In quantitative PCR, cDNA synthesized from a sample-derived RNA using a reverse transcription primer and a reverse transcriptase (hereinafter, the cDNA is referred to as a sample-derived cDNA) is used for measurement. As a reverse transcription primer used for cDNA synthesis, a random primer or a specific RT primer can be used. The specific RT primer refers to a primer having a sequence complementary to a nucleic acid and a base sequence corresponding to the surrounding genomic sequence.
例えば、検体由来cDNAを合成後、これを鋳型とし、マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸およびその周辺ゲノム配列に対応する塩基配列、あるいは逆転写用プライマーに対応する塩基配列から設計した鋳型特異的なプライマーを用いてPCRを行い、該核酸を含むcDNAの断片を増幅させ、ある一定量に達するまでのサイクル数から検体由来RNAに含まれる該核酸の量を検出する。鋳型特異的なプライマーとしては、核酸およびその周辺ゲノム配列に対応する適当な領域を選択し、その領域の塩基配列の5'端15〜40残基、好ましくは20〜30残基の配列からなるDNAまたはLNA、および3'端15〜40残基、好ましくは20〜30残基と相補的な配列からなるDNAまたはLNAの組を用いることができる。具体的には、Nucleic Acids Research, 32, e43 (2004)に記載の方法等に準じて行うことができる。For example, after synthesizing a specimen-derived cDNA, using this as a template, a template-specific design designed from a nucleotide sequence corresponding to a nucleic acid such as microRNA or a microRNA precursor and its surrounding genomic sequence, or a nucleotide sequence corresponding to a reverse transcription primer PCR is performed using a typical primer, a cDNA fragment containing the nucleic acid is amplified, and the amount of the nucleic acid contained in the sample-derived RNA is detected from the number of cycles until a certain amount is reached. As a template-specific primer, an appropriate region corresponding to the nucleic acid and the surrounding genomic sequence is selected, and consists of a sequence of 15 to 40 residues, preferably 20 to 30 residues at the 5 ′ end of the base sequence of the region. A set of DNA or LNA consisting of DNA or LNA and a sequence complementary to 15 to 40 residues, preferably 20 to 30 residues at the 3 ′ end can be used. Specifically, it can be performed according to the method described in Nucleic Acids Research, 32 , e43 (2004).
また、cDNA合成に供する逆転写用プライマーとして、ステム・ループ構造を有した特異的RTプライマーを用いることもできる。具体的には、Nucleic Acid Research, 33, e179 (2005)に記載の方法、あるいは、TaqMan MicroRNA Assays(アプライドバイオシステムズ社製)を用いて行うことができる。
更に別の検体由来cDNA合成法として、検体由来RNAに対してpolyAポリメラーゼによりpolyA配列を付加し、オリゴdT配列を含む塩基配列を逆転写用プライマーとして用いることにより、逆転写反応を行うこともできる。具体的には、miScript System(キアゲン社製)やQuantiMir RT Kit(System Biosciences社製)を用いて行うことができる。更に、核酸を少なくとも1つ以上含む塩基配列に対応するDNAあるいはLNAを固定化させたフィルターあるいはスライドガラスやシリコンなどの基板に対して、検体由来RNAあるいはcDNAをハイブリダイゼーションし、洗浄を行うことにより、核酸の量の変動を検出することができる。A specific RT primer having a stem-loop structure can also be used as a reverse transcription primer for cDNA synthesis. Specifically, the method described in Nucleic Acid Research, 33, e179 ( 2005) or can be performed using the TaqMan MicroRNA Assays (Applied Biosystems).
As yet another sample-derived cDNA synthesis method, a reverse transcription reaction can also be performed by adding a polyA sequence to a sample-derived RNA with polyA polymerase and using a base sequence containing an oligo dT sequence as a primer for reverse transcription. . Specifically, it can be performed using miScript System (Qiagen) or QuantiMir RT Kit (System Biosciences). Furthermore, by subjecting the sample-derived RNA or cDNA to hybridization to a filter or slide glass or silicon substrate or the like to which DNA or LNA corresponding to a base sequence containing at least one nucleic acid is immobilized, and washing. The variation in the amount of nucleic acid can be detected.
このようなハイブリダイゼーションに基づく方法には、ディファレンシャルハイブリダイゼーション[Trends Genet., 7, 314 (1991)]やマイクロアレイ[Genome Res., 6, 639 (1996)]を用いる方法があげられる。いずれの方法もフィルターあるいは基板上にU6 RNAに対応する塩基配列などの内部コントロールを固定化することで、対照検体と標的検体の間での核酸の量の違いを正確に検出することができる。また対照検体と標的検体由来のRNAをもとにそれぞれ異なる標識のdNTP(dATP、dGTP、dCTP、dTTPの混合物)を用いて標識cDNA合成を行い、1枚のフィルターあるいは1枚の基盤に2つの標識cDNAを同時にハイブリダイズさせることで正確な核酸の定量を行うことができる。更には、対照検体および/または標的検体由来のRNAを直接標識してハイブリダイズさせることで核酸の定量をおこなうこともできる。例えば、Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 9740-9744 (2004)やNucleic Acid Research, 32, e188 (2004)、RNA, 13, 151-159 (2007)等に記載のマイクロアレイを用いてマイクロRNAを検出することができる。具体的には、mirVana miRNA Bioarray(Ambion社製)、miRNA microarray kit(アジレント・テクノロジー社製)と同様にして検出または定量することができる。Examples of the method based on such hybridization include a method using differential hybridization [Trends Genet., 7 , 314 (1991)] and a microarray [Genome Res., 6 , 639 (1996)]. In either method, the difference in the amount of nucleic acid between the control sample and the target sample can be accurately detected by immobilizing an internal control such as a base sequence corresponding to U6 RNA on a filter or substrate. In addition, labeled cDNA synthesis using differently labeled dNTPs (mixtures of dATP, dGTP, dCTP, and dTTP) based on RNA derived from the control sample and the target sample, and two filters on one filter or one substrate. Accurate nucleic acid quantification can be performed by simultaneously hybridizing labeled cDNA. Furthermore, the nucleic acid can be quantified by directly labeling and hybridizing RNA derived from the control sample and / or the target sample. For example, using a microarray described in Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101 , 9740-9744 (2004), Nucleic Acid Research, 32 , e188 (2004), RNA, 13 , 151-159 (2007), etc. MicroRNA can be detected. Specifically, it can be detected or quantified in the same manner as mirVana miRNA Bioarray (Ambion) and miRNA microarray kit (Agilent Technology).
リボヌクレアーゼ保護アッセイでは、まず核酸あるいはその周辺ゲノム配列に対応する塩基配列の3'端にT7プロモーター、SP6プロモーターなどのプロモーター配列を結合し、標識したNTP(ATP、GTP、CTP、UTPの混合物)およびRNAポリメラーゼを用いたイン・ビトロの転写系により、標識したアンチセンスRNAを合成する。該標識アンチセンスRNAを、検体由来RNAと結合させて、RNA-RNAハイブリッドを形成させた後、1本鎖RNAのみを分解するリボヌクレアーゼAで消化する。該消化物をゲル電気泳動し、RNA-RNAハイブリッドを形成することにより消化から保護されたRNA断片を、核酸として、検出または定量する。具体的には、mirVana miRNA Detection Kit(Ambion社製)を用いて検出または定量することができる。
2.核酸の合成
上記1のようにして、癌細胞または癌組織で発現している、あるいは正常組織と比較して発現が増大または減少しているマイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸が同定された後は、塩基配列に基づいてリボヌクレオチドの重合体であるRNAだけでなく、デオキシリボヌクレオチドの重合体であるDNAを合成することができる。例えば、上記1で同定したマイクロRNAの塩基配列をもとに、DNAの塩基配列を決定することができる。RNAの塩基配列に対応するDNAの塩基配列は、RNAの配列に含まれるU(ウラシル)をT(チミン)に読み替えることで一義的に決定できる。また、リボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドが混合した重合体や、ヌクレオチド類似体を含む重合体や核酸の誘導体も同様にして合成することができる。In the ribonuclease protection assay, first, a promoter sequence such as T7 promoter and SP6 promoter is bound to the 3 ′ end of the nucleotide sequence corresponding to the nucleic acid or its surrounding genomic sequence, and labeled NTP (mixture of ATP, GTP, CTP, UTP) and Labeled antisense RNA is synthesized by an in vitro transcription system using RNA polymerase. The labeled antisense RNA is bound to the sample-derived RNA to form an RNA-RNA hybrid, and then digested with ribonuclease A that degrades only single-stranded RNA. The digest is subjected to gel electrophoresis, and RNA fragments protected from digestion by forming RNA-RNA hybrids are detected or quantified as nucleic acids. Specifically, it can be detected or quantified using mirVana miRNA Detection Kit (Ambion).
2. Synthesis of Nucleic Acids As described in 1 above, nucleic acids such as microRNAs and microRNA precursors that are expressed in cancer cells or cancer tissues, or whose expression is increased or decreased compared to normal tissues, were identified. Thereafter, not only RNA which is a polymer of ribonucleotides but also DNA which is a polymer of deoxyribonucleotides can be synthesized based on the base sequence. For example, the base sequence of DNA can be determined based on the base sequence of microRNA identified in 1 above. The base sequence of DNA corresponding to the base sequence of RNA can be uniquely determined by replacing U (uracil) contained in the RNA sequence with T (thymine). In addition, a polymer in which ribonucleotides and deoxyribonucleotides are mixed, a polymer containing nucleotide analogues, and a nucleic acid derivative can be synthesized in the same manner.
核酸を合成する方法としては、特に限定されず、公知の化学合成を用いる方法、あるいは、酵素的転写法等にて製造することができる。公知の化学合成を用いる方法として、ホスホロアミダイト法、ホスフォロチオエート法、ホスホトリエステル法等をあげることができ、例えば、ABI3900ハイスループット核酸合成機(アプライドバイオシステムズ社製)により合成することができる。酵素的転写法としては、目的の塩基配列を有したプラスミドまたはDNAを鋳型として典型的なファージRNAポリメラーゼ、例えば、T7、T3、またはSP6 RNAポリメラーゼを用いた転写による方法をあげることができる。
3.マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸の機能を検出する方法
マイクロRNAなどの核酸の機能を検出する方法としては、標的塩基配列を有するmRNAの翻訳を抑制するか否かで検出する方法をあげることができる。The method for synthesizing the nucleic acid is not particularly limited, and the nucleic acid can be produced by a known method using chemical synthesis or an enzymatic transcription method. Examples of methods using known chemical synthesis include phosphoramidite method, phosphorothioate method, phosphotriester method, etc. For example, synthesis with ABI3900 high-throughput nucleic acid synthesizer (Applied Biosystems) Can do. Examples of the enzymatic transcription method include a transcription method using a typical phage RNA polymerase, for example, T7, T3, or SP6 RNA polymerase, using a plasmid or DNA having the target base sequence as a template.
3. Method for detecting the function of a nucleic acid such as microRNA or microRNA precursor As a method for detecting the function of a nucleic acid such as microRNA, there is a method for detecting whether or not the translation of mRNA having a target base sequence is suppressed. be able to.
マイクロRNAは、その標的塩基配列を3’末端側untranslated region (3’UTR)に含むmRNAの翻訳を抑制することが知られている[Current Biology, 15, R458-R460 (2005)]。そこで測定しようとする一本鎖RNAに対する標的塩基配列を、適当なレポーター遺伝子発現ベクターの3’UTRに挿入したDNAを作製し、発現ベクターに適合した宿主細胞に導入し、その細胞に一本鎖RNAを発現させた時にレポーター遺伝子の発現を測定することで、マイクロRNAの機能を有しているか否かを検出することができる。It is known that microRNA suppresses translation of mRNA containing the target base sequence in the 3 ′ terminal untranslated region (3′UTR) [Current Biology, 15 , R458-R460 (2005)]. Therefore, a DNA in which the target base sequence for the single-stranded RNA to be measured is inserted into the 3′UTR of an appropriate reporter gene expression vector is prepared, introduced into a host cell suitable for the expression vector, and single-stranded into the cell. By measuring the expression of a reporter gene when RNA is expressed, it can be detected whether or not it has a function of microRNA.
レポーター遺伝子発現ベクターは、レポーター遺伝子の上流にプロモーターを有しており、宿主細胞においてレポーター遺伝子を発現できるものであればいかなるものでもよい。レポーター遺伝子としては、あらゆるレポーター遺伝子を使用することが可能であるが、例えば、ホタル・ルシフェラーゼ遺伝子、ウミシイタケ・ルシフェラーゼ遺伝子、クロラムフェニコール・アセチルトランスフェラーゼ遺伝子、β−グルクロニダーゼ遺伝子、β−ガラクトシダーゼ遺伝子、β-ラクタマーゼ遺伝子、エクオリン遺伝子、グリーン・フルオレッセント・プロテイン遺伝子およびDsRed蛍光遺伝子などが利用できる。こうした性質を有するレポーター遺伝子発現ベクターとして、例えば、psiCHECK-1(Promega社製)、psiCHECK-2(Promega社製)、pGL3-Control(Promega社製)、pGL4(Promega社製)、pRNAi-GL(タカラバイオ社製)、pCMV-DsRed-Express(CLONTECH社製)などがあげられる。また、一本鎖RNAは、後述の6に記載した方法で発現させることができる。 The reporter gene expression vector may be any vector as long as it has a promoter upstream of the reporter gene and can express the reporter gene in the host cell. Any reporter gene can be used as the reporter gene.For example, firefly luciferase gene, Renilla luciferase gene, chloramphenicol acetyltransferase gene, β-glucuronidase gene, β-galactosidase gene, β -Lactamase gene, aequorin gene, green fluorescent protein gene and DsRed fluorescent gene can be used. Reporter gene expression vectors having such properties include, for example, psiCHECK-1 (Promega), psiCHECK-2 (Promega), pGL3-Control (Promega), pGL4 (Promega), pRNAi-GL ( Takara Bio), pCMV-DsRed-Express (CLONTECH) and the like. Single-stranded RNA can be expressed by the method described in 6 below.
一本鎖RNAのマイクロRNAとしての機能は、具体的には以下のようにして検出することができる。まず宿主細胞をマルチウェルプレート等に培養し、標的配列を有したレポーター遺伝子発現ベクターと一本鎖RNAを発現させる。その後、レポーター活性を測定し、一本鎖RNAを発現させない場合に比べて、一本鎖RNAを発現させた場合のレポーター活性を測定することで、一本鎖RNAのマイクロRNAとしての機能を検出することができる。
4.マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸の変異を検出する方法
マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸の変異を検出する方法として、正常型と変異型の核酸のハイブリダイズにより形成されるヘテロ二本鎖を検出する方法を用いることができる。Specifically, the function of single-stranded RNA as a microRNA can be detected as follows. First, host cells are cultured in a multi-well plate or the like to express a reporter gene expression vector having a target sequence and single-stranded RNA. Then, the reporter activity is measured, and the function of the single-stranded RNA as a microRNA is detected by measuring the reporter activity when the single-stranded RNA is expressed compared to the case where the single-stranded RNA is not expressed. can do.
4). Method for detecting mutations in nucleic acids such as microRNA and microRNA precursors As a method for detecting mutations in nucleic acids such as microRNAs and microRNA precursors, heterogeneous nucleic acids formed by hybridization of normal and mutant nucleic acids A method for detecting this strand can be used.
ヘテロ二本鎖を検出する方法としては、(1)ポリアクリルアミドゲル電気泳動によるヘテロ二本鎖検出法 [Trends genet., 7, 5 (1991)]、(2)一本鎖コンフォメーション多型解析法 [Genomics, 16, 325-332 (1993)]、(3)ミスマッチの化学的切断法 (CCM, chemical cleavage of mismatches) [Human Genetics (1996), Tom Strachan and Andrew P. Read, BIOS Scientific Publishers Limited]、(4)ミスマッチの酵素的切断法 [Nature Genetics, 9, 103-104 (1996)]、(5)変性ゲル電気泳動法[Mutat. Res., 288, 103-112 (1993)]等の方法があげられる。Methods for detecting heteroduplex include: (1) heteroduplex detection by polyacrylamide gel electrophoresis [Trends genet., 7 , 5 (1991)], (2) single strand conformation polymorphism analysis [Genomics, 16 , 325-332 (1993)], (3) Chemical cleavage of mismatches (CCM) [Human Genetics (1996), Tom Strachan and Andrew P. Read, BIOS Scientific Publishers Limited ], (4) Enzymatic cleavage method of mismatch [Nature Genetics, 9 , 103-104 (1996)], (5) Denaturing gel electrophoresis [Mutat. Res., 288 , 103-112 (1993)], etc. There are methods.
ポリアクリルアミドゲル電気泳動法によるヘテロ二本鎖検出法は、例えば、以下のようにして行う。まず、検体由来DNAあるいは検体由来cDNAをテンプレートとして、核酸の塩基配列を含むゲノムの塩基配列を基に設計したプライマーにより、200 bpよりも小さい断片として増幅する。ヘテロ二本鎖が形成された場合は、変異を持たないホモ二本鎖よりも移動度が遅く、それらは余分なバンドとして検出することができる。200 bpよりも小さい断片であれば、1塩基以上のほとんどの挿入、欠失、置換を検出することができる。ヘテロ二本鎖解析は、次に述べる一本鎖コンフォメーション解析と組み合わせた1枚のゲルで行うことが望ましい。 The heteroduplex detection method by polyacrylamide gel electrophoresis is performed as follows, for example. First, using a specimen-derived DNA or a specimen-derived cDNA as a template, a primer smaller than 200 bp is amplified with a primer designed based on the genomic base sequence including the nucleic acid base sequence. When heteroduplexes are formed, the mobility is slower than homoduplexes without mutations, and they can be detected as extra bands. If the fragment is smaller than 200 bp, most insertions, deletions and substitutions of 1 base or more can be detected. Heteroduplex analysis is preferably performed on a single gel combined with single-strand conformation analysis described below.
一本鎖コンフォメーション多型解析(SSCP解析;single strand conformation polymorphism analysis)では、検体由来DNAあるいは検体由来cDNAをテンプレートにして、核酸の塩基配列を含むゲノムの塩基配列に基づき設計したプライマーを用いて、200bpよりも小さい断片として増幅したDNAを変性後に、未変性ポリアクリルアミドゲル中で泳動する。DNA増幅を行う際にプライマーを同位体あるいは蛍光色素で標識するか、または未標識の増幅産物を銀染色することにより、増幅したDNAをバンドとして検出することができる。野生型のパターンとの相違を明らかにするために、コントロールの検体も同時に泳動すると、移動度の違いから変異を持った断片を検出することができる。 In single-strand conformation polymorphism analysis (SSCP analysis), using primers derived from the base sequence of the genome including the base sequence of the nucleic acid using the sample-derived DNA or the sample-derived cDNA as a template. The DNA amplified as a fragment smaller than 200 bp is denatured and electrophoresed in a native polyacrylamide gel. When DNA amplification is performed, the amplified DNA can be detected as a band by labeling the primer with an isotope or a fluorescent dye, or silver-staining the unlabeled amplification product. In order to clarify the difference from the wild type pattern, when a control sample is also run at the same time, a fragment having a mutation can be detected from the difference in mobility.
ミスマッチ化学的切断法(CCM法)では、検体由来DNAあるいは検体由来cDNAをテンプレートとして、核酸の塩基配列を含むゲノムの塩基配列に基づき設計したプライマーで増幅したDNA断片を、核酸に同位体あるいは蛍光標識をとり込ませた標識核酸とハイブリダイズさせ、四酸化オスミウムで処理することでミスマッチの存在する箇所のDNAの一方の鎖を切断させ、変異を検出することができる。CCMは最も感度の高い検出法の1つであり、キロベースの長さの検体にも適応できる。 In the mismatch chemical cleavage method (CCM method), DNA fragments amplified with primers designed based on the base sequence of the genome including the base sequence of the nucleic acid using the sample-derived DNA or the sample-derived cDNA as a template are used as isotopes or fluorescence in the nucleic acid. By hybridizing with a labeled nucleic acid incorporating a label and treating with osmium tetroxide, one strand of DNA at a position where a mismatch exists can be cleaved to detect a mutation. CCM is one of the most sensitive detection methods and can be applied to specimens of kilobase length.
上記の四酸化オスミウムの代わりに、T4ファージリゾルベースとエンドヌクレアーゼVIIのような細胞内でミスマッチの修復に関与する酵素とRNaseAと組み合わせることで、酵素的にミスマッチを切断することもできる。
変性ゲル電気泳動法(denaturing gradient gel electrophoresis:DGGE法)では、検体由来DNAあるいは検体由来cDNAをテンプレートに、核酸の塩基配列を含むゲノムの塩基配列に基づき設計したプライマーで増幅したDNA断片を化学的変性剤の濃度勾配や温度勾配を有するゲルを用いて電気泳動する。増幅したDNA断片はゲル内を一本鎖に変性する位置まで移動し、変性後は移動しなくなる。変異がある場合とない場合では増幅したDNAのゲル内での移動が異なることから、変異の存在を検出することができる。検出感度を上げるにはそれぞれのプライマーにポリ(G:C)端末を付けるとよい。Instead of the above osmium tetroxide, the mismatch can be cleaved enzymatically by combining RNase A with an enzyme involved in mismatch repair in cells such as T4 phage resol base and endonuclease VII.
In denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), DNA fragments amplified with primers designed based on the base sequence of the genome including the base sequence of the nucleic acid using the sample-derived DNA or the sample-derived cDNA as a template are chemically Electrophoresis is performed using a gel having a denaturant concentration gradient and a temperature gradient. The amplified DNA fragment moves in the gel to a position where it is denatured into a single strand and does not move after denaturation. Since there is a difference in the movement of the amplified DNA in the gel with and without the mutation, the presence of the mutation can be detected. In order to increase the detection sensitivity, a poly (G: C) terminal is preferably attached to each primer.
また、検体由来DNAあるいは検体由来cDNAの塩基配列を直接的に決定し、解析することにより、核酸の変異を検出することもできる。
5.マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸を発現させる方法
既知のマイクロRNA配列、及びその前駆体の配列は英国サンガーセンターのmiRBaseというデータベースに登録されており、その配列を利用してマイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸を作製することができる。また、1で記載した方法により取得したマイクロRNAの配列を用いて作製することもできる。In addition, nucleic acid mutations can also be detected by directly determining and analyzing the base sequence of the sample-derived DNA or the sample-derived cDNA.
5. Methods for expressing nucleic acids such as microRNA and microRNA precursors Known microRNA sequences and their precursor sequences are registered in a database called miRBase at the Sanger Center in the UK. Nucleic acids such as RNA precursors can be made. It can also be prepared using the microRNA sequence obtained by the method described in 1.
核酸は、細胞内に導入して転写されることにより生合成されるようなベクターを用いることにより発現させることができる。具体的には、核酸の塩基配列あるいは、その塩基配列を含むゲノムの塩基配列をもとに、ヘアピン部分を含むDNA断片を調製し、発現ベクターのプロモーター下流に挿入して発現プラスミドを造成し、次に該発現プラスミドを、該発現ベクターに適合した宿主細胞に導入することにより、該核酸を発現させることができる。 The nucleic acid can be expressed by using a vector that is biosynthesized by introduction into a cell and transcription. Specifically, based on the base sequence of the nucleic acid or the genomic base sequence containing the base sequence, a DNA fragment containing the hairpin portion is prepared and inserted downstream of the promoter of the expression vector to construct an expression plasmid. Next, the nucleic acid can be expressed by introducing the expression plasmid into a host cell suitable for the expression vector.
発現ベクターとしては、宿主細胞において自立複製可能または染色体中への組込みが可能で、核酸の塩基配列を含む遺伝子を転写できる位置にプロモーターを含有しているものが用いられる。プロモーターとしては、宿主細胞中で発現できるものであれば、いかなるものでもよく、例えば、RNA polymerase II(pol II)系プロモーターやU6 RNAやH1 RNAの転写系であるRNA polymerase III(pol III)系プロモーター等をあげることができる。pol II系プロモーターとしては例えば、サイトメガロウィルス(ヒトCMV)のIE(immediate early)遺伝子のプロモーター、SV40の初期プロモーター等をあげることができる。それらを用いた発現ベクターとして、例えば、pCDNA6.2-GW/miR(Invitrogen社製)、pSilencer 4.1-CMV(Ambion社製)等をあげることができる。pol III系プロモーターとしてはU6 RNAやH1 RNAあるいはtRNA遺伝子のプロモーターをあげることができる。それらを用いた発現ベクターとして、例えば、pSINsi-hH1 DNA(タカラバイオ社製)、pSINsi-hU6 DNA(タカラバイオ社製)、pENTR/U6(Invitrogen社製)などをあげることができる。 As the expression vector, a vector that can replicate autonomously in a host cell or can be integrated into a chromosome and contains a promoter at a position where a gene containing a nucleic acid base sequence can be transcribed is used. Any promoter can be used as long as it can be expressed in the host cell. For example, the RNA polymerase II (pol II) promoter and the RNA polymerase III (pol III) system which is a transcription system of U6 RNA and H1 RNA. A promoter etc. can be mentioned. Examples of the pol II promoter include the IE (immediate early) gene promoter of cytomegalovirus (human CMV), the early promoter of SV40, and the like. Examples of expression vectors using them include pCDNA6.2-GW / miR (Invitrogen), pSilencer 4.1-CMV (Ambion) and the like. Examples of pol III promoters include U6 RNA, H1 RNA, and tRNA gene promoters. Examples of expression vectors using them include pSINsi-hH1 DNA (Takara Bio), pSINsi-hU6 DNA (Takara Bio), and pENTR / U6 (Invitrogen).
または、核酸の塩基配列を含む遺伝子をウィルスベクター内のプロモーター下流に挿入して組換えウィルスベクターを造成し、該ベクターをパッケージング細胞に導入して組換えウィルスを生産して、該核酸の塩基配列を含む遺伝子を発現させることもできる。
パッケージング細胞はウィルスのパッケジ−ングに必要な蛋白質をコードする遺伝子のいずれかを欠損している組換えウィルスベクターの該欠損する蛋白質を補給できる細胞であればいずれの細胞もよく、例えばヒト腎臓由来のHEK293細胞、マウス繊維芽細胞NIH3T3由来の細胞などを用いることができる。パッケージング細胞で補給する蛋白質としては、レトロウィルスベクターの場合はマウスレトロウイルス由来のgag, pol, envなどの蛋白質が、レンチウィルスベクターの場合はHIVウィルス由来のgag, pol, env, vpr, vpu, vif, tat, rev, nefなどの蛋白質、アデノウィルスベクターの場合はアデノウィルス由来のE1A,E1Bなどの蛋白質、また、アデノ随伴ウィルスベクターの場合はRep(p5, p19, p40), Vp(Cap)などの蛋白質を用いることができる。Alternatively, a gene containing a nucleic acid base sequence is inserted downstream of a promoter in a viral vector to construct a recombinant viral vector, the vector is introduced into a packaging cell to produce a recombinant virus, and the nucleic acid base A gene containing the sequence can also be expressed.
The packaging cell may be any cell as long as it can replenish the deficient protein of the recombinant viral vector deficient in any of the genes encoding the proteins required for viral packaging, such as human kidney. Derived HEK293 cells, cells derived from mouse fibroblasts NIH3T3, and the like can be used. Proteins supplied by packaging cells include mouse retrovirus-derived gag, pol, env, etc. for retrovirus vectors, and HIV virus-derived gag, pol, env, vpr, vpu for lentiviral vectors. , vif, tat, rev, nef, etc., adenovirus vectors such as E1A and E1B derived from adenovirus, and adeno-associated virus vectors such as Rep (p5, p19, p40), Vp (Cap), etc. Can be used.
発現ベクターを用いる以外にも、本発明で用いる核酸をベクターを用いずに直接細胞に導入することもできる。本手法に用いる核酸としては、DNAやRNA、あるいはヌクレオチド類似体の他、これらのキメラ分子、あるいは該核酸の誘導体を用いることができる。具体的には、Pre-miRTM miRNA Precursor Molecules(Ambion社製)やmiRIDIAN microRNA Mimics(GEヘルスケア社製)と同様にして、マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸を発現させることができる。マイクロRNAを発現させる場合は、細胞内で最終的にマイクロRNAができる状態になればいかなる方法でもよく、例えば、(1)マイクロRNA前駆体である一本鎖RNAを導入する他、(2)マイクロRNAそのもの、およびマイクロRNAの相補鎖からなり、100%マッチの二本鎖からなるRNA、(3)マイクロRNAがDicerに切断された後の状態を想定した二本鎖RNAを導入させる方法があげられる。こうした方法を使用した製品としては、miCENTURY OX Precursor(B-Bridge社製)、miCENTURY OX siMature(B-Bridge社製)、miCENTURY OX miNatural(B-Bridge社製)をあげることができる。
6.マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸の活性を抑制する方法
マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸は、アンチセンス技術[バイオサイエンスとインダストリー, 50, 322 (1992)、化学, 46, 681 (1991)、Biotechnology, 9, 358 (1992)、Trends in Biotechnology, 10, 87 (1992) 、Trends in Biotechnology, 10, 152 (1992)、細胞工学, 16, 1463 (1997)]、トリプル・ヘリックス技術[Trends in Biotechnology, 10, 132 (1992)]、リボザイム技術[Current Opinion in Chemical Biology, 3, 274 (1999)、FEMS Microbiology Reviews, 23, 257 (1999)、Frontiers in Bioscience, 4, D497 (1999)、Chemistry & Biology, 6, R33 (1999)、Nucleic Acids Research, 26, 5237 (1998)、Trends In Biotechnology, 16, 438 (1998)]、デコイDNA法[Nippon Rinsho - Japanese Journal of Clinical Medicine, 56, 563 (1998)、Circulation Research, 82, 1023 (1998)、Experimental Nephrology, 5, 429 (1997)、Nippon Rinsho - Japanese Journal of Clinical Medicine, 54, 2583 (1996)]、あるいはsiRNA(short interfering RNA)を用いて、その活性を抑制することができる。In addition to using an expression vector, the nucleic acid used in the present invention can be directly introduced into a cell without using a vector. As a nucleic acid used in this method, in addition to DNA, RNA, or nucleotide analogues, these chimeric molecules or derivatives of the nucleic acids can be used. Specifically, nucleic acids such as microRNA and microRNA precursors can be expressed in the same manner as Pre-miR ™ miRNA Precursor Molecules (Ambion) and miRIDIAN microRNA Mimics (GE Healthcare). When microRNA is expressed, any method can be used as long as microRNA can finally be produced in the cell. For example, (1) In addition to introducing single-stranded RNA as a microRNA precursor, (2) There is a method of introducing microRNA itself and RNA consisting of a complementary strand of microRNA and 100% -matched double-stranded RNA, and (3) double-stranded RNA assuming a state after microRNA is cleaved into Dicer. can give. Products using these methods include miCENTURY OX Precursor (B-Bridge), miCENTURY OX siMature (B-Bridge), and miCENTURY OX miNatural (B-Bridge).
6). Methods for suppressing the activity of nucleic acids such as microRNAs and microRNA precursors Nucleic acids such as microRNAs and microRNA precursors are antisense technologies [Bioscience and Industry, 50 , 322 (1992), Chemistry, 46, 681 ( 1991), Biotechnology, 9 , 358 (1992), Trends in Biotechnology, 10 , 87 (1992), Trends in Biotechnology, 10 , 152 (1992), Cell Engineering, 16 , 1463 (1997)], Triple Helix Technology [ Trends in Biotechnology, 10 , 132 (1992)], ribozyme technology [Current Opinion in Chemical Biology, 3 , 274 (1999), FEMS Microbiology Reviews, 23 , 257 (1999), Frontiers in Bioscience, 4 , D497 (1999), Chemistry & Biology, 6 , R33 (1999), Nucleic Acids Research, 26 , 5237 (1998), Trends In Biotechnology, 16 , 438 (1998)], Decoy DNA method [Nippon Rinsho-Japanese Journal of Clinical Medicine, 56 , 563 (1998), Circulation Research, 82 , 1023 (1998), Experimental Nephrology, 5 , 429 (1997), Nippon Rinsho-Japanese Journal of Clinical Medicine, 54 , 2583 (1996)], or siRNA (short interfering RNA) can be used to suppress the activity.
アンチセンスとは、ある標的核酸の塩基配列に相補的な塩基配列を有する核酸を塩基配列特異的にハイブリダイゼーションさせ、該標的核酸の発現を抑制できるものをいう。アンチセンスに用いる核酸はDNAやRNAまたはヌクレオチド類似体の他、これらのキメラ分子、あるいは該核酸の誘導体も用いることができる。具体的には、Nature, 432, 226 (2004)等に記載の方法に従うことでアンチセンスを作製し、発現を抑制することができる。また、Anti-miRTM miRNA Inhibitors(Ambion社製)やmiRIDIAN microRNA Inhibitors(GEヘルスケア社製)と同様にしてマイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸の発現を抑制することができる。Antisense refers to a nucleic acid that can specifically hybridize a nucleic acid having a base sequence complementary to the base sequence of a certain target nucleic acid to suppress the expression of the target nucleic acid. As the nucleic acid used for antisense, in addition to DNA, RNA or nucleotide analogs, these chimeric molecules or derivatives of the nucleic acids can also be used. Specifically, antisense can be produced and expression can be suppressed by following the method described in Nature, 432 , 226 (2004) and the like. Moreover, expression of nucleic acids such as microRNA and microRNA precursors can be suppressed in the same manner as Anti-miR ™ miRNA Inhibitors (Ambion) and miRIDIAN microRNA Inhibitors (GE Healthcare).
siRNAとは、ある標的核酸の塩基配列を含む短い二本鎖RNAであり、RNA干渉(RNAi)により、該標的核酸の発現を抑制できるものをいう。siRNAの配列は、標的とする塩基配列から文献[Genes Dev., 13, 3191 (1999)]の条件に基づいて適宜設計することができる。例えば選択した19塩基の配列および相補的な配列それぞれの3'端にTTを付加した配列を有する2本のRNAを核酸合成機により合成し、アニーリングすることによりsiRNAを作製できる。また、pSilencer 1.0-U6 (Ambion社製)、pSUPER(OligoEngine社製)等のsiRNA発現用ベクターに上記の選択した19塩基の配列に相当するDNAを挿入することにより、該遺伝子の発現を抑制できるsiRNAを発現するベクターを作製することができる。本発明で用いるマイクロRNAなどの核酸を抑制するsiRNAとしては、該核酸の活性を抑制できるものであればいかなるものでもよいが、配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列の、それぞれ9番目の塩基以降の連続した配列情報から設計されたsiRNAが好ましい。siRNAの一方の鎖を構成する塩基の残基数は、好ましくは17〜30残基、より好ましくは18〜25残基、さらに好ましくは19〜23残基である。The siRNA is a short double-stranded RNA containing a base sequence of a certain target nucleic acid and can suppress the expression of the target nucleic acid by RNA interference (RNAi). sequence of the siRNA, the literature of the nucleotide sequence [Genes Dev., 13, 3191 (1999)] targeting can be appropriately designed based on the conditions. For example, siRNA can be prepared by synthesizing and annealing two RNAs having a sequence of 19 bases selected and a sequence obtained by adding TT to the 3 ′ end of each complementary sequence and annealing. Further, by inserting a DNA corresponding to the selected 19-base sequence into a siRNA expression vector such as pSilencer 1.0-U6 (Ambion) or pSUPER (OligoEngine), the expression of the gene can be suppressed. A vector expressing siRNA can be prepared. The siRNA that suppresses nucleic acid such as microRNA used in the present invention may be any siRNA that can suppress the activity of the nucleic acid, but SEQ ID NOs: 1-939, 2057-2132, 2212-2261, and 2315-2321. SiRNA designed from the continuous sequence information after the 9th base in each of the base sequences represented by any of the above is preferred. The number of residues of the base constituting one strand of siRNA is preferably 17 to 30 residues, more preferably 18 to 25 residues, still more preferably 19 to 23 residues.
癌細胞で発現するマイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸に特異的なアンチセンスまたはsiRNAを用いて、癌細胞で発現するマイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの発現の抑制を行うことができる。例えば、該マイクロRNAまたは該マイクロRNA前駆体に特異的なアンチセンスDNAまたはsiRNAを投与することにより、該マイクロRNAの活性を抑制し、癌細胞におけるマイクロRNAまたはマイクロRNA前駆体の作用を制御することができる。 Expression of microRNAs or microRNA precursors expressed in cancer cells can be suppressed using antisense or siRNA specific to nucleic acids such as microRNAs or microRNA precursors expressed in cancer cells. For example, by administering antisense DNA or siRNA specific to the microRNA or the microRNA precursor, the activity of the microRNA is suppressed and the action of the microRNA or microRNA precursor in cancer cells is controlled. be able to.
また、癌細胞で発現するマイクロRNAまたはその前駆体の発現異常による患者の場合、該マイクロRNAまたはその前駆体に特異的なアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはsiRNAを患者に投与することにより、癌細胞の機能を制御し、上記発現異常により発症する疾患の治療をすることができる。すなわち、該マイクロRNAまたはその前駆体に特異的なアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはsiRNAは、癌細胞の異常増殖に起因する疾患の治療剤として有用である。 In addition, in the case of patients with abnormal expression of microRNAs or precursors thereof expressed in cancer cells, the function of cancer cells can be achieved by administering to the patient an antisense oligonucleotide or siRNA specific for the microRNAs or precursors thereof. Can be controlled to treat diseases that develop due to the above abnormal expression. That is, the antisense oligonucleotide or siRNA specific to the microRNA or a precursor thereof is useful as a therapeutic agent for diseases caused by abnormal growth of cancer cells.
マイクロRNAまたはその前駆体などの核酸に特異的なアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはsiRNAを上記の治療剤として使用する場合は、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはsiRNAを単独、あるいはこれらをコードする核酸をレトロウィルスベクター、アデノウィルスベクター、アデノ随伴ウィルスベクターなどの適当なベクターに挿入した後、下記9に記載した常法に従って医薬製剤とし、投与することができる。
7.マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸を用いて遺伝子の機能を抑制する方法
核酸の標的遺伝子の機能または発現を抑制する方法としては、標的塩基配列を有するmRNAの発現をマイクロRNAなどの核酸が抑制する活性を利用する方法であればいかなる方法を用いてもよい。例えば、マイクロRNAなどの核酸を発現させ、細胞内のマイクロRNAなどの核酸の量を増加させることにより、標的配列を有するmRNAの翻訳を抑制し、遺伝子の発現を抑制する方法をあげることができる。なお、核酸を発現させるには、上記5で記載した方法により行なうことができる。配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸の標的塩基配列を有するmRNAとしては、例えば、それぞれ前述の表4で示される遺伝子群を例示することができる。When an antisense oligonucleotide or siRNA specific to a nucleic acid such as microRNA or a precursor thereof is used as the above therapeutic agent, the antisense oligonucleotide or siRNA alone or the nucleic acid encoding them is a retroviral vector, After being inserted into an appropriate vector such as an adenovirus vector or an adeno-associated virus vector, it can be administered as a pharmaceutical preparation according to the conventional method described in 9 below.
7). Method of suppressing gene function using nucleic acid such as microRNA or microRNA precursor As a method of suppressing function or expression of target gene of nucleic acid, nucleic acid such as microRNA is used for expression of mRNA having target base sequence. Any method may be used as long as it uses the inhibitory activity. For example, by expressing a nucleic acid such as microRNA and increasing the amount of nucleic acid such as microRNA in the cell, it is possible to suppress the translation of mRNA having the target sequence and to suppress the expression of the gene. . The nucleic acid can be expressed by the method described in 5 above. Examples of mRNA having a target base sequence of a nucleic acid consisting of a base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 939, 2057 to 2132, 2212 to 2261, and 2315 to 2321 include, for example, the genes shown in Table 4 above, respectively. Groups can be exemplified.
また、表4で示される標的遺伝子に対するsiRNAを用いて、該標的遺伝子の機能を抑制することができる。
8.マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸を用いて該核酸の発現または機能を促進または抑制させる物質をスクリーニングする方法
核酸を用いて、マイクロRNAまたはその前駆体などの核酸の発現または機能を促進または抑制させる物質をスクリーニングすることができる。例えば、核酸の塩基配列から、スクリーニングの標的とする塩基配列を選択して、該塩基配列を有する核酸を発現する細胞を利用して、選択したマイクロRNAまたはその前駆体の発現または機能を促進または抑制させる物質をスクリーニングすることができる。Moreover, the function of this target gene can be suppressed using siRNA with respect to the target gene shown in Table 4.
8). Method for screening a substance that promotes or suppresses expression or function of nucleic acid using nucleic acid such as microRNA or microRNA precursor Using nucleic acid to promote expression or function of nucleic acid such as microRNA or its precursor Substances to be suppressed can be screened. For example, by selecting a base sequence to be screened from the base sequence of a nucleic acid and utilizing a cell that expresses a nucleic acid having the base sequence, the expression or function of the selected microRNA or its precursor is promoted or Substances to be suppressed can be screened.
スクリーニングに用いる、マイクロRNAおよびマイクロRNA前駆体などを発現する細胞としては、癌細胞のほか、上記5で記載したように、該塩基配列を有する核酸を発現するベクターを動物細胞や酵母などの宿主細胞に導入して得られる形質転換細胞や、該塩基配列を有する核酸をベクターを用いずに直接導入した細胞等を用いることもできる。
具体的なスクリーニング方法としては、スクリーニングの標的とするマイクロRNAまたはその前駆体などの核酸の発現量の変化を指標にする方法の他、マイクロRNAなどの核酸の標的配列を有するmRNAやそれにコードされる遺伝子産物の発現量の変化を指標にする方法があげることができる。
(a)スクリーニングの標的とするマイクロRNAまたはその前駆体などの核酸の発現量の変化を指標にするスクリーニング方法
該核酸を発現する細胞に対し、試験物質を接触させ、選択した核酸の発現量の変化を指標に、マイクロRNAおよびその前駆体の発現などの核酸を促進または抑制させる物質を得る。核酸の発現量は、上記3で記載した方法により検出することができる。
(b)スクリーニングの標的とするマイクロRNAなどの核酸の標的配列を有するmRNAやそれにコードされる遺伝子産物の発現量の変化を指標にするスクリーニング方法
該mRNAを発現する細胞に対し、試験物質を接触させ、選択した核酸の標的配列を有するmRNAやそれにコードされる遺伝子産物の発現量の変化を指標に、マイクロRNAおよびその前駆体などの核酸の発現または機能を促進または抑制させる物質を得る。または、マイクロRNAなどの核酸の標的配列を適当なレポーター遺伝子発現ベクターの3’UTRに挿入したDNAを作製して、発現ベクターに適合した宿主細胞に導入し、その細胞に試験物質を接触させ、レポーター遺伝子の発現量の変化を指標に、マイクロRNAおよびその前駆体などの核酸の発現または機能を促進または抑制させる物質を得る。As a cell expressing microRNA and a microRNA precursor used for screening, in addition to cancer cells, a vector expressing a nucleic acid having the base sequence is used as a host such as an animal cell or yeast as described in 5 above. A transformed cell obtained by introduction into a cell, a cell in which a nucleic acid having the base sequence is directly introduced without using a vector, and the like can also be used.
Specific screening methods include methods that use changes in the expression level of nucleic acids such as microRNAs or their precursors to be screened as indicators, as well as mRNAs that have nucleic acid target sequences such as microRNAs, and encoded by them. A method using the change in the expression level of the gene product as an index can be mentioned.
(A) Screening method using as an index a change in the expression level of a nucleic acid such as a microRNA or a precursor thereof as a target for screening The test substance is contacted with a cell expressing the nucleic acid, and the expression level of the selected nucleic acid is determined. Using the change as an indicator, a substance that promotes or suppresses nucleic acids such as expression of microRNA and its precursor is obtained. The expression level of the nucleic acid can be detected by the method described in 3 above.
(B) Screening method using as an index the change in the expression level of mRNA having a nucleic acid target sequence such as microRNA to be screened and the gene product encoded by it Contact test cells with cells expressing the mRNA Thus, a substance that promotes or suppresses the expression or function of nucleic acids such as microRNA and its precursor is obtained using changes in the expression level of mRNA having the target sequence of the selected nucleic acid and the gene product encoded thereby as an index. Alternatively, a DNA in which the target sequence of a nucleic acid such as microRNA is inserted into the 3′UTR of an appropriate reporter gene expression vector is prepared, introduced into a host cell suitable for the expression vector, and a test substance is contacted with the cell, Using a change in the expression level of the reporter gene as an indicator, a substance that promotes or suppresses the expression or function of nucleic acids such as microRNA and its precursor is obtained.
標的配列の選択は、上記7で記載した方法により行なうことができ、配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなるマイクロRNAなどの核酸の標的配列を有するmRNAとしては、例えば、それぞれ前述の表4で示される遺伝子群を例示することができる。
9.マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸を用いた細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤
マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸、およびその塩基配列と相補的な塩基配列を有する核酸は、標的配列を有する遺伝子の発現を制御することにより、細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤として利用することができる。Selection of the target sequence can be performed by the method described in 7 above, such as a microRNA comprising a base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1-939, 2057-2132, 2212-2261 and 2315-2321 Examples of mRNA having a nucleic acid target sequence include the gene groups shown in Table 4 above.
9. Cell growth inhibitors or growth promoters using nucleic acids such as microRNAs and microRNA precursors Nucleic acids such as microRNAs and microRNA precursors, and nucleic acids having a complementary base sequence to the target sequence By controlling the expression of a gene having, it can be used as a cell growth inhibitor or growth promoter.
細胞の増殖抑制剤としては、以下の(a)〜(h)であげられる核酸があげられる。
(a)配列番号1〜3、5〜7、11、14、15、17、24、25、29〜33、35、37、39〜54、56〜58、61〜63、66〜68、70、72〜82、84、85、87〜112、114〜121、125、128〜167、193〜219、263〜278、306〜324、357〜368、476〜492、522〜557、561〜564、572〜576、578〜683、693〜714、735〜743、746〜751、754〜762、765〜803、853〜855、888〜891、899〜912、914〜926、930〜939、2058、2060、2061、2063〜2065、2067〜2071、2073〜2078、2080、2082、2084〜2092、2096〜2108、2110、2111、2113、2117、2120〜2122、2125〜2128、2132、2212、2213、2216、2219、2220、2227〜2229、2231〜2237、2240〜2243、2248〜2253、2255〜2261、2317および2318のいずれかで表される塩基配列からなる核酸
(b)配列番号1〜3、5〜7、11、14、15、17、24、25、29〜33、35、37、39〜54、56〜58、61〜63、66〜68、70、72〜82、84、85、87〜112、114〜121、125、128〜167、193〜219、263〜278、306〜324、357〜368、476〜492、522〜557、561〜564、572〜576、578〜683、693〜714、735〜743、746〜751、754〜762、765〜803、853〜855、888〜891、899〜912、914〜926、930〜939、2058、2060、2061、2063〜2065、2067〜2071、2073〜2078、2080、2082、2084〜2092、2096〜2108、2110、2111、2113、2117、2120〜2122、2125〜2128、2132、2212、2213、2216、2219、2220、2227〜2229、2231〜2237、2240〜2243、2248〜2253、2255〜2261、2317および2318のいずれかで表される塩基配列からなる核酸を含有する、17〜28塩基の核酸
(c)配列番号1〜3、5〜7、11、14、15、17、24、25、29〜33、35、37、39〜54、56〜58、61〜63、66〜68、70、72〜82、84、85、87〜112、114〜121、125、128〜167、193〜219、263〜278、306〜324、357〜368、476〜492、522〜557、561〜564、572〜576、578〜683、693〜714、735〜743、746〜751、754〜762、765〜803、853〜855、888〜891、899〜912、914〜926、930〜939、2058、2060、2061、2063〜2065、2067〜2071、2073〜2078、2080、2082、2084〜2092、2096〜2108、2110、2111、2113、2117、2120〜2122、2125〜2128、2132、2212、2213、2216、2219、2220、2227〜2229、2231〜2237、2240〜2243、2248〜2253、2255〜2261、2317および2318のいずれかで表される塩基配列と90%以上の同一性を有する塩基配列からなる核酸
(d)配列番号1〜3、5〜7、11、14、15、17、24、25、29〜33、35、37、39〜54、56〜58、61〜63、66〜68、70、72〜82、84、85、87〜112、114〜121、125、128〜167、193〜219、263〜278、306〜324、357〜368、476〜492、522〜557、561〜564、572〜576、578〜683、693〜714、735〜743、746〜751、754〜762、765〜803、853〜855、888〜891、899〜912、914〜926、930〜939、2058、2060、2061、2063〜2065、2067〜2071、2073〜2078、2080、2082、2084〜2092、2096〜2108、2110、2111、2113、2117、2120〜2122、2125〜2128、2132、2212、2213、2216、2219、2220、2227〜2229、2231〜2237、2240〜2243、2248〜2253、2255〜2261、2317および2318のいずれかで表される塩基配列からなる核酸の相補鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸
(e)配列番号1〜3、5〜7、11、14、15、17、24、25、29〜33、35、37、39〜54、56〜58、61〜63、66〜68、70、72〜82、84、85、87〜112、114〜121、125、128〜167、193〜219、263〜278、306〜324、357〜368、476〜492、522〜557、561〜564、572〜576、578〜683、693〜714、735〜743、746〜751、754〜762、765〜803、853〜855、888〜891、899〜912、914〜926、930〜939、2058、2060、2061、2063〜2065、2067〜2071、2073〜2078、2080、2082、2084〜2092、2096〜2108、2110、2111、2113、2117、2120〜2122、2125〜2128、2132、2212、2213、2216、2219、2220、2227〜2229、2231〜2237、2240〜2243、2248〜2253、2255〜2261、2317および2318のいずれかで表される塩基配列の2〜8番目の塩基配列を含む核酸
(f)配列番号940〜945、947、948、952、953、956〜958、960、968、969、973〜978、980、982、984〜1001、1003〜1005、1008〜1009、1012〜1014、1016、1018〜1029、1031、1033〜1059、1064〜1069、1073、1076〜1133、1163〜1188、1232〜1259、1288〜1309、1343〜1354、1479〜1495、1529〜1566、1572〜1576、1585〜1589、1591〜1709、1719〜1744、1765〜1777、1780〜1788、1791〜1829、1898〜1900、1998〜2001、2009〜2050、2052〜2056、2134、2136、2137、2139〜2143、2145〜2151、2153〜2158、2160、2162、2164〜2172、2176〜2188、2190、2191、2193、2197、2200〜2202、2205〜2207、2211、2262〜2265、2268、2271〜2273、2281〜2283、2285〜2292、2295〜2297、2302〜2306、2308〜2314、2324および2325のいずれかで表される塩基配列からなる核酸
(g)配列番号940〜945、947、948、952、953、956〜958、960、968、969、973〜978、980、982、984〜1001、1003〜1005、1008〜1009、1012〜1014、1016、1018〜1029、1031、1033〜1059、1064〜1069、1073、1076〜1133、1163〜1188、1232〜1259、1288〜1309、1343〜1354、1479〜1495、1529〜1566、1572〜1576、1585〜1589、1591〜1709、1719〜1744、1765〜1777、1780〜1788、1791〜1829、1898〜1900、1998〜2001、2009〜2050、2052〜2056、2134、2136、2137、2139〜2143、2145〜2151、2153〜2158、2160、2162、2164〜2172、2176〜2188、2190、2191、2193、2197、2200〜2202、2205〜2207、2211、2262〜2265、2268、2271〜2273、2281〜2283、2285〜2292、2295〜2297、2302〜2306、2308〜2314、2324および2325のいずれかで表される塩基配列と90%以上の同一性を有する塩基配列からなる核酸
(h)配列番号940〜945、947、948、952、953、956〜958、960、968、969、973〜978、980、982、984〜1001、1003〜1005、1008〜1009、1012〜1014、1016、1018〜1029、1031、1033〜1059、1064〜1069、1073、1076〜1133、1163〜1188、1232〜1259、1288〜1309、1343〜1354、1479〜1495、1529〜1566、1572〜1576、1585〜1589、1591〜1709、1719〜1744、1765〜1777、1780〜1788、1791〜1829、1898〜1900、1998〜2001、2009〜2050、2052〜2056、2134、2136、2137、2139〜2143、2145〜2151、2153〜2158、2160、2162、2164〜2172、2176〜2188、2190、2191、2193、2197、2200〜2202、2205〜2207、2211、2262〜2265、2268、2271〜2273、2281〜2283、2285〜2292、2295〜2297、2302〜2306、2308〜2314、2324および2325のいずれかで表される塩基配列からなる核酸の相補鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸。Examples of the cell growth inhibitor include the following nucleic acids (a) to (h).
(A) SEQ ID NOs: 1-3, 5-7, 11, 14, 15, 17, 24, 25, 29-33, 35, 37, 39-54, 56-58, 61-63, 66-68, 70 72-82, 84, 85, 87-112, 114-121, 125, 128-167, 193-219, 263-278, 306-324, 357-368, 476-492, 522-557, 561-564 572-576, 578-683, 693-714, 735-743, 746-751, 754-762, 765-803, 853-855, 888-891, 899-912, 914-926, 930-939, 2058 2060, 2061, 2063-2065, 2067-2071, 2073-2078, 2080, 2082, 2084-2092, 2096-2 108, 2110, 2111, 2113, 2117, 2120-2122, 2125-2128, 2132, 2212, 2213, 2216, 2219, 2220, 2227-2229, 2231-2237, 2240-2243, 2248-2253, 2255-2261, Nucleic acid consisting of the base sequence represented by any of 2317 and 2318 (b) SEQ ID NOs: 1-3, 5-7, 11, 14, 15, 17, 24, 25, 29-33, 35, 37, 39- 54, 56-58, 61-63, 66-68, 70, 72-82, 84, 85, 87-112, 114-121, 125, 128-167, 193-219, 263-278, 306-324, 357-368, 476-492, 522-557, 561-564, 572-576, 578- 683, 693-714, 735-743, 746-751, 754-762, 765-803, 853-855, 888-891, 899-912, 914-926, 930-939, 2058, 2060, 2061, 2063 2065, 2067-2071, 2073-2078, 2080, 2082, 2084-2092, 2096-2108, 2110, 2111, 2113, 2117, 2120-2122, 2125-2128, 2132, 2212, 2213, 2216, 2219, 2220, Nucleic acid of 17 to 28 bases containing a nucleic acid consisting of the base sequence represented by any of 2227 to 2229, 2231 to 2237, 2240 to 2243, 2248 to 2253, 2255 to 2261, 2317 and 2318 (c) SEQ ID NO: 1 -3, 5-7, 11, 14, 15, 17, 24, 25, 29-33, 35, 37, 39-54, 56-58, 61-63, 66-68, 70, 72-82, 84 85, 87-112, 114-121, 125, 128-167, 193-219, 263-278, 306-324, 357-368, 476-492, 522-557, 561-564, 572-576, 578 ~ 683, 693-714, 735-743, 746-751, 754-762, 765-803, 853-855, 888-891, 899-912, 914-926, 930-939, 2058, 2060, 2061, 2063 -2065, 2067-2071, 2073-2078, 2080, 2082, 2084-2092, 2096-2108, 211 2111, 2113, 2117, 2120-2122, 2125-2128, 2132, 2212, 2213, 2216, 2219, 2220, 2227-2229, 2231-2237, 2240-2243, 2248-2253, 2255-2261, 2317 and 2318 (D) SEQ ID NOs: 1-3, 5-7, 11, 14, 15, 17, 24, 25, 29- 33, 35, 37, 39-54, 56-58, 61-63, 66-68, 70, 72-82, 84, 85, 87-112, 114-121, 125, 128-167, 193-219, 263-278, 306-324, 357-368, 476-492, 522-557, 561-564, 5 2 to 576, 578 to 683, 693 to 714, 735 to 743, 746 to 751, 754 to 762, 765 to 803, 853 to 855, 888 to 891, 899 to 912, 914 to 926, 930 to 939, 2058, 2060, 2061, 2063-2065, 2067-2071, 2073-2078, 2080, 2082, 2084-2092, 2096-2108, 2110, 2111, 2113, 2117, 2120-2122, 2125-2128, 2132, 2212, 2213, 2216, 2219, 2220, 2227 to 2229, 2231 to 2237, 2240 to 2243, 2248 to 2253, 2255 to 2261, 2317, and 2318 Nucleic acids that hybridize under various conditions (e) SEQ ID NOs: 1-3, 5-7, 11, 14, 15, 17, 24, 25, 29-33, 35, 37, 39-54, 56-58, 61- 63, 66-68, 70, 72-82, 84, 85, 87-112, 114-121, 125, 128-167, 193-219, 263-278, 306-324, 357-368, 476-492, 522-557, 561-564, 572-576, 578-683, 693-714, 735-743, 746-751, 754-762, 765-803, 853-855, 888-891, 899-912, 914- 926, 930-939, 2058, 2060, 2061, 2063-2065, 2067-2071, 2073-2078, 2080, 2082, 084 to 2092, 2096 to 2108, 2110, 2111, 2113, 2117, 2120 to 2122, 2125 to 2128, 2132, 2212, 2213, 2216, 2219, 2220, 2227 to 2229, 2231 to 2237, 2240 to 2243, 2248 Nucleic acids comprising the 2nd to 8th base sequences of the base sequences represented by any of 2253, 2255 to 2261, 2317 and 2318 (f) SEQ ID NOs: 940 to 945, 947, 948, 952, 953, 956 to 958, 960, 968, 969, 973-978, 980, 982, 984-1001, 1003-1005, 1008-1009, 1012-1014, 1016, 1018-1029, 1031, 1033-1059, 1064-1069, 1073, 10 6-1133, 1163 to 1188, 1232 to 1259, 1288 to 1309, 1343 to 1354, 1479 to 1495, 1529 to 1566, 1572 to 1576, 1585 to 1589, 1591 to 1709, 1719 to 1744, 1765 to 1777, 1780 to 1788, 1791-1829, 1898-1900, 1998-2001, 2009-2050, 2052-2056, 2134, 2136, 2137, 2139-2143, 2145-2151, 2153-2158, 2160, 2162, 2164-2172, 2176- 2188, 2190, 2191, 2193, 2197, 2200 to 2202, 2205 to 2207, 2221, 2262 to 2265, 2268, 2271 to 2273, 2281 to 2283, 2 285 to 2292, 2295 to 2297, 2302 to 2306, 2308 to 2314, 2324 and 2325. Nucleic acid (g) SEQ ID NOs: 940 to 945, 947, 948, 952, 953, 956 to 958, 960, 968, 969, 973-978, 980, 982, 984-1001, 1003-1005, 1008-1009, 1012-1014, 1016, 1018-1029, 1031, 1033-1059, 1064-1069, 1073, 1076 to 1133, 1163 to 1188, 1232 to 1259, 1288 to 1309, 1343 to 1354, 1479 to 1495, 1529 to 1566, 1572 to 1576, 1585 to 1589, 1591 to 1709, 1719 to 1744, 176 5-1777, 1780-1788, 1791-1829, 1898-1900, 1998-2001, 2009-2050, 2052-2056, 2134, 2136, 2137, 2139-2143, 2145-2151, 2153-2158, 2160, 2162, 2164 to 2172, 2176 to 2188, 2190, 2191, 2193, 2197, 2200 to 2202, 2205 to 2207, 2221, 2262 to 2265, 2268, 2271 to 2273, 2281 to 2283, 2285 to 2292, 2295 to 2297, 2302 2306, nucleic acid consisting of a nucleotide sequence having 90% or more identity to the nucleotide sequence represented by any one of 2306, 2308 to 2314, 2324 and 2325 (h) SEQ ID NOs: 940 to 945, 947, 948, 952, 953, 956-958, 960, 968, 969, 973-978, 980, 982, 984-1001, 1003-1005, 1008-1009, 1012-1014, 1016, 1018-1029, 1031, 1033-1059, 1064 to 1069, 1073, 1076 to 1133, 1163 to 1188, 1232 to 1259, 1288 to 1309, 1343 to 1354, 1479 to 1495, 1529 to 1566, 1572 to 1576, 1585 to 1589, 1591 to 1709, 1719 to 1744, 1765 to 1777, 1780 to 1788, 1791 to 1829, 1898 to 1900, 1998 to 2001, 2009 to 2050, 2052 to 2056, 2134, 2136, 2137, 2139 to 2143, 145 to 2151, 2153 to 2158, 2160, 2162, 2164 to 2172, 2176 to 2188, 2190, 2191, 2193, 2197, 2200 to 2202, 2205 to 2207, 2221, 2262 to 2265, 2268, 2271 to 2273, 2281 A nucleic acid that hybridizes under stringent conditions with a complementary strand of a nucleic acid consisting of the nucleotide sequence represented by any one of 2283, 2285-2292, 2295-2297, 2302-2306, 2308-2314, 2324 and 2325.
また細胞の増殖促進剤としては、以下の(i)〜(p)であげられる核酸があげられる。
(i)配列番号4、8〜10、12、13、16、18〜23、26〜28、34、36、38、55、59、60、64、65、69、71、83、86、113、122〜124、126、127、168〜192、220〜262、279〜305、325〜356、369〜475、493〜521、558〜560、565〜571、577、684〜692、715〜734、744、745、752、753、763、764、804〜852、856〜887、892〜898、913、927〜929、2057、2059、2062、2066、2072、2079、2081、2083、2093〜2095、2109、2112、2114〜2116、2118、2119、2123、2124、2129〜2131、2214、2215、2218、2221〜2226、2230、2238、2239、2244〜2247、2254、2315、2316および2319〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸
(j)配列番号4、8〜10、12、13、16、18〜23、26〜28、34、36、38、55、59、60、64、65、69、71、83、86、113、122〜124、126、127、168〜192、220〜262、279〜305、325〜356、369〜475、493〜521、558〜560、565〜571、577、684〜692、715〜734、744、745、752、753、763、764、804〜852、856〜887、892〜898、913、927〜929、2057、2059、2062、2066、2072、2079、2081、2083、2093〜2095、2109、2112、2114〜2116、2118、2119、2123、2124、2129〜2131、2214、2215、2218、2221〜2226、2230、2238、2239、2244〜2247、2254、2315、2316および2319〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸を含有する、17〜28塩基の核酸
(k)配列番号4、8〜10、12、13、16、18〜23、26〜28、34、36、38、55、59、60、64、65、69、71、83、86、113、122〜124、126、127、168〜192、220〜262、279〜305、325〜356、369〜475、493〜521、558〜560、565〜571、577、684〜692、715〜734、744、745、752、753、763、764、804〜852、856〜887、892〜898、913、927〜929、2057、2059、2062、2066、2072、2079、2081、2083、2093〜2095、2109、2112、2114〜2116、2118、2119、2123、2124、2129〜2131、2214、2215、2218、2221〜2226、2230、2238、2239、2244〜2247、2254、2315、2316および2319〜2321のいずれかで表される塩基配列と90%以上の同一性を有する塩基配列からなる核酸
(l)配列番号4、8〜10、12、13、16、18〜23、26〜28、34、36、38、55、59、60、64、65、69、71、83、86、113、122〜124、126、127、168〜192、220〜262、279〜305、325〜356、369〜475、493〜521、558〜560、565〜571、577、684〜692、715〜734、744、745、752、753、763、764、804〜852、856〜887、892〜898、913、927〜929、2057、2059、2062、2066、2072、2079、2081、2083、2093〜2095、2109、2112、2114〜2116、2118、2119、2123、2124、2129〜2131、2214、2215、2218、2221〜2226、2230、2238、2239、2244〜2247、2254、2315、2316および2319〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸の相補鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸
(m)配列番号4、8〜10、12、13、16、18〜23、26〜28、34、36、38、55、59、60、64、65、69、71、83、86、113、122〜124、126、127、168〜192、220〜262、279〜305、325〜356、369〜475、493〜521、558〜560、565〜571、577、684〜692、715〜734、744、745、752、753、763、764、804〜852、856〜887、892〜898、913、927〜929、2057、2059、2062、2066、2072、2079、2081、2083、2093〜2095、2109、2112、2114〜2116、2118、2119、2123、2124、2129〜2131、2214、2215、2218、2221〜2226、2230、2238、2239、2244〜2247、2254、2315、2316および2319〜2321のいずれかで表される塩基配列の2〜8番目の塩基配列を含む核酸
(n)配列番号946、949〜951、954、955、959、961〜967、970〜972、979、981、983、1002、1006、1007、1010、1011、1015、1017、1030、1032、1060〜1063、1070〜1072、1074、1075、1134〜1162、1189〜1231、1260〜1287、1310〜1342、1355〜1478、1496〜1528、1567〜1571、1577〜1584、1590、1710〜1718、1745〜1764、1778、1779、1789、1790、1830〜1897、1901〜1997、2002〜2008、2051、2133、2135、2138、2144、2152、2159、2161、2163、2173〜2175、2189、2192、2194〜2196、2198、2199、2203、2204、2208〜2210、2266、2267、2270、2274〜2280、2284、2293、2294、2298〜2301、2307、2322、2323および2326〜2328のいずれかで表される塩基配列からなる核酸
(o)配列番号946、949〜951、954、955、959、961〜967、970〜972、979、981、983、1002、1006、1007、1010、1011、1015、1017、1030、1032、1060〜1063、1070〜1072、1074、1075、1134〜1162、1189〜1231、1260〜1287、1310〜1342、1355〜1478、1496〜1528、1567〜1571、1577〜1584、1590、1710〜1718、1745〜1764、1778、1779、1789、1790、1830〜1897、1901〜1997、2002〜2008、2051、2133、2135、2138、2144、2152、2159、2161、2163、2173〜2175、2189、2192、2194〜2196、2198、2199、2203、2204、2208〜2210、2266、2267、2270、2274〜2280、2284、2293、2294、2298〜2301、2307、2322、2323および2326〜2328のいずれかで表される塩基配列と90%以上の同一性を有する塩基配列からなる核酸
(p)配列番号946、949〜951、954、955、959、961〜967、970〜972、979、981、983、1002、1006、1007、1010、1011、1015、1017、1030、1032、1060〜1063、1070〜1072、1074、1075、1134〜1162、1189〜1231、1260〜1287、1310〜1342、1355〜1478、1496〜1528、1567〜1571、1577〜1584、1590、1710〜1718、1745〜1764、1778、1779、1789、1790、1830〜1897、1901〜1997、2002〜2008、2051、2133、2135、2138、2144、2152、2159、2161、2163、2173〜2175、2189、2192、2194〜2196、2198、2199、2203、2204、2208〜2210、2266、2267、2270、2274〜2280、2284、2293、2294、2298〜2301、2307、2322、2323および2326〜2328のいずれかで表される塩基配列からなる核酸の相補鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸。Examples of the cell growth promoter include the nucleic acids listed in (i) to (p) below.
(I) SEQ ID NOs: 4, 8 to 10, 12, 13, 16, 18 to 23, 26 to 28, 34, 36, 38, 55, 59, 60, 64, 65, 69, 71, 83, 86, 113 122-124, 126, 127, 168-192, 220-262, 279-305, 325-356, 369-475, 493-521, 558-560, 565-571, 577, 684-692, 715-734 , 744, 745, 752, 753, 763, 764, 804-852, 856-887, 892-898, 913, 927-929, 2057, 2059, 2062, 2066, 2072, 2079, 2081, 2083, 2093-2095 2109, 2112, 2114 to 2116, 2118, 2119, 2123, 2124, 2129 to 2131 , 2214, 2215, 2218, 2221 to 2226, 2230, 2238, 2239, 2244 to 2247, 2254, 2315, 2316 and 2319 to 2321 nucleic acid (j) SEQ ID NOs: 4 and 8 -10, 12, 13, 16, 18-23, 26-28, 34, 36, 38, 55, 59, 60, 64, 65, 69, 71, 83, 86, 113, 122-124, 126, 127 168-192, 220-262, 279-305, 325-356, 369-475, 493-521, 558-560, 565-571, 577, 684-692, 715-734, 744, 745, 752, 753 763, 764, 804-852, 856-887, 892-898, 913, 927-929, 20 57, 2059, 2062, 2066, 2072, 2079, 2081, 2083, 2093-2095, 2109, 2112, 2114-2116, 2118, 2119, 2123, 2124, 2129-2131, 2214, 2215, 2218, 2221-2226, Nucleic acid having 17 to 28 bases (k) SEQ ID NOs: 4 and 8 to 8 containing a nucleic acid consisting of the base sequence represented by any of 2230, 2238, 2239, 2244 to 2247, 2254, 2315, 2316 and 2319 to 2321 10, 12, 13, 16, 18-23, 26-28, 34, 36, 38, 55, 59, 60, 64, 65, 69, 71, 83, 86, 113, 122-124, 126, 127, 168-192, 220-262, 279-305, 325-356, 3 69-475, 493-521, 558-560, 565-571, 777, 684-692, 715-734, 744, 745, 752, 753, 763, 764, 804-852, 856-887, 892-898, 913, 927-929, 2057, 2059, 2062, 2066, 2072, 2079, 2081, 2083, 2093-2095, 2109, 2112, 2114-2116, 2118, 2119, 2123, 2124, 2129-2131, 2214, 2215, 2218, 2221 to 2226, 2230, 2238, 2239, 2244 to 2247, 2254, 2315, 2316 and a nucleic acid comprising a nucleotide sequence having 90% or more identity with the nucleotide sequence (1 ) SEQ ID NO: 4, 8-10, 12, 13, 16, 18-23, 26-28, 34, 36, 38, 55, 59, 60, 64, 65, 69, 71, 83, 86, 113, 122-124, 126, 127, 168-192, 220-262, 279-305, 325-356, 369-475, 493-521, 558-560, 565-571, 577, 684-692, 715-734, 744, 745, 752, 753, 763, 764, 804-852, 856-887, 892-898, 913, 927-929, 2057, 2059, 2062, 2066, 2072, 2079, 2081, 2083, 2093-2095, 2109, 2112, 2114- 2116, 2118, 2119, 2123, 2124, 2129-2131, 2214, 22 5, 2218, 2221 to 2226, 2230, 2238, 2239, 2244 to 2247, 2254, 2315, 2316 and 2319 to 2321 and hybridize under stringent conditions with the complementary strand of the nucleic acid consisting of the nucleotide sequence Nucleic acid (m) SEQ ID NOs: 4, 8 to 10, 12, 13, 16, 18 to 23, 26 to 28, 34, 36, 38, 55, 59, 60, 64, 65, 69, 71, 83, 86 113, 122-124, 126, 127, 168-192, 220-262, 279-305, 325-356, 369-475, 493-521, 558-560, 565-571, 577, 684-692, 715 -734, 744, 745, 752, 753, 763, 764, 804-852, 856-887, 89 -898, 913, 927-929, 2057, 2059, 2062, 2066, 2072, 2079, 2081, 2083, 2093-2095, 2109, 2112, 2114-2116, 2118, 2119, 2123, 2124, 2129-2131, 2214 , 2215, 2218, 2221 to 2226, 2230, 2238, 2239, 2244 to 2247, 2254, 2315, 2316 and 2319 to 2321, a nucleic acid comprising the second to eighth base sequences (n ) SEQ ID NOs: 946, 949-951, 954, 955, 959, 961-967, 970-972, 979, 981, 983, 1002, 1006, 1007, 1010, 1011, 1015, 1017, 1030, 1032, 1060-1 63, 1070-1072, 1074, 1075, 1134-1162, 1189-1231, 1260-1287, 1310-1342, 1355-1478, 1496-1528, 1567-1571, 1577-1584, 1590, 1710-1718, 1745 1764, 1778, 1779, 1789, 1790, 1830-1897, 1901-1997, 2002-2008, 2051, 2133, 2135, 2138, 2144, 2152, 2159, 2161, 2163, 2173-2175, 2189, 2192, 2194- 2196, 2198, 2199, 2203, 2204, 2208 to 2210, 2266, 2267, 2270, 2274 to 2280, 2284, 2293, 2294, 2298 to 2301 2307, 2322, 2323 and nucleic acid consisting of the base sequence represented by any of 2326 to 2328 (o) SEQ ID NOs: 946, 949 to 951, 954, 955, 959, 961 to 967, 970 to 972, 979, 981, 983, 1002, 1006, 1007, 1010, 1011, 1015, 1017, 1030, 1032, 1060-1063, 1070-1072, 1074, 1075, 1134-1162, 1189-1231, 1260-1287, 1310-1342, 1355 1478, 1496-1528, 1567-1571, 1577-1584, 1590, 1710-1718, 1745-1764, 1778, 1779, 1789, 1790, 1830-1897, 1901-1997, 2002-200 2051, 2133, 2135, 2138, 2144, 2152, 2159, 2161, 2163, 2173-2175, 2189, 2192, 2194-2196, 2198, 2199, 2203, 2204, 2208-2210, 2266, 2267, 2270, 2274 Nucleic acid (p) SEQ ID NO: consisting of a nucleotide sequence having 90% or more identity with the nucleotide sequence represented by any of ˜2280, 2284, 2293, 2294, 2298-2301, 2307, 2322, 2323 and 2326-2328 946, 949-951, 954, 955, 959, 961-967, 970-972, 979, 981, 983, 1002, 1006, 1007, 1010, 1011, 1015, 1017, 1030, 1032, 1060-1063 1070 to 1072, 1074, 1075, 1134 to 1162, 1189 to 1231, 1260 to 1287, 1310 to 1342, 1355 to 1478, 1496 to 1528, 1567 to 1571, 1577 to 1584, 1590, 1710 to 1718, 1745 to 1764, 1778, 1779, 1789, 1790, 1830-1897, 1901-1997, 2002-2008, 2051, 2133, 2135, 2138, 2144, 2152, 2159, 2161, 2163, 2173-2175, 2189, 2192, 2194-2196, 2198, 2199, 2203, 2204, 2208 to 2210, 2266, 2267, 2270, 2274 to 2280, 2284, 2293, 2294, 2298 to 2301, 230 A nucleic acid that hybridizes under stringent conditions with a complementary strand of a nucleic acid comprising the nucleotide sequence represented by any of 7, 2322, 2323, and 2326 to 2328.
上記核酸は、マイクロRNAまたはマイクロRNA前駆体が好適に用いられる。
細胞の増殖促進剤としては上記(a)〜(h)に記載の核酸の塩基配列に対して相補的な塩基配列からなる核酸があげられ、細胞の増殖抑制剤としては上記(i)〜(p)に記載の核酸の塩基配列に対して相補的な塩基配列からなる核酸があげられる。また上記の核酸や、これらと相補的な核酸を発現するベクターを細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤として用いることもできる。As the nucleic acid, a microRNA or a microRNA precursor is preferably used.
Examples of cell growth promoters include nucleic acids having a base sequence complementary to the base sequences of the nucleic acids described in (a) to (h) above, and examples of cell growth inhibitors include the above (i) to ( and a nucleic acid having a base sequence complementary to the base sequence of the nucleic acid described in p). In addition, the above-mentioned nucleic acids and vectors expressing nucleic acids complementary thereto can also be used as cell growth inhibitors or growth promoters.
一方、上記マイクロRNAなどの核酸の標的遺伝子の発現を抑制する物質や、該標的遺伝子の発現を促進する物質を細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤として用いることもできる。この物質として核酸やこれを発現するベクターを用いることもできる。また標的遺伝子の発現を抑制する物質としては、該標的遺伝子のmRNAに対するsiRNAや該標的遺伝子に対するアンチセンスがあげられ、標的遺伝子の発現を促進する物質としては、該標的遺伝子特異的なマイクロRNAに対するsiRNAや、該標的遺伝子に対するアンチセンスがあげられる。 On the other hand, a substance that suppresses the expression of a target gene of a nucleic acid such as the above microRNA, or a substance that promotes the expression of the target gene can also be used as a cell growth inhibitor or a growth promoter. As this substance, a nucleic acid or a vector expressing it can also be used. Examples of substances that suppress the expression of the target gene include siRNA against the mRNA of the target gene and antisense to the target gene. Substances that promote the expression of the target gene include those against the target gene-specific microRNA. Examples include siRNA and antisense to the target gene.
細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤の製剤形態や、投与方法などについては、10で後述するマイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸を含有する診断薬および治療薬と同様である。
10.マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸を含有する診断薬および治療薬
マイクロRNAやマイクロRNA前駆体などの核酸は、標的配列を有する遺伝子の発現を制御したり、マイクロRNAなどの核酸の発現を制御することにより、癌等の細胞の増殖異常等に起因する疾患の治療薬として利用することができる。さらに、該核酸の標的遺伝子に対するsiRNAは、当該遺伝子の発現を制御することにより、細胞の増殖または分化の異常等に起因する疾患の治療薬として利用することができる。細胞の増殖異常等に起因する疾患としては、癌、動脈硬化、慢性関節リウマチ、前立腺肥大症、経皮的経血管的冠動脈形成術後の血管再狭窄、肺線維症、糸球体腎炎および自己免疫疾患等をあげることができる。The formulation form and administration method of the cell growth inhibitor or growth promoter are the same as those for diagnostic agents and therapeutic agents containing nucleic acids such as microRNA and microRNA precursors described later in 10.
10. Diagnostic and therapeutic agents that contain nucleic acids such as microRNA and microRNA precursors Nucleic acids such as microRNA and microRNA precursors control the expression of genes that have target sequences or control the expression of nucleic acids such as microRNAs By controlling, it can be used as a therapeutic agent for diseases caused by abnormal growth of cells such as cancer. Furthermore, siRNA against the target gene of the nucleic acid can be used as a therapeutic agent for diseases caused by abnormal cell proliferation or differentiation by controlling the expression of the gene. Diseases caused by abnormal cell proliferation include cancer, arteriosclerosis, rheumatoid arthritis, prostatic hypertrophy, vascular restenosis after percutaneous transvascular coronary angioplasty, pulmonary fibrosis, glomerulonephritis and autoimmunity Diseases can be raised.
また、核酸の定量または変異の検出により、癌等の細胞の増殖または分化の異常等に起因する疾患の診断をすることができる。
核酸を含有する診断薬は、目的の診断法に応じて、核酸の定量あるいは変異の検出を行うために必要な試薬、例えば緩衝剤、塩、反応用酵素、核酸と結合する標識された蛋白、および検出用発色剤等を含んでもよい。In addition, by quantifying nucleic acids or detecting mutations, it is possible to diagnose diseases caused by abnormal proliferation or differentiation of cells such as cancer.
A diagnostic agent containing a nucleic acid is a reagent necessary for quantifying a nucleic acid or detecting a mutation, such as a buffer, a salt, a reaction enzyme, a labeled protein that binds to the nucleic acid, depending on the target diagnostic method, And a coloring agent for detection.
核酸を有効成分として含有する治療薬は、単独で投与することもできるが、通常は薬理学的に許容される1つあるいはそれ以上の担体と一緒に混合し、製剤学の技術分野においてよく知られる任意の方法により製造した医薬製剤として投与するのが望ましい。
投与経路は、治療に際し最も効果的なものを使用するのが望ましく、経口投与、または口腔内、気道内、直腸内、皮下、筋肉内および静脈内などの非経口投与をあげることができ、望ましくは静脈内投与をあげることができる。A therapeutic agent containing a nucleic acid as an active ingredient can be administered alone, but usually mixed with one or more pharmacologically acceptable carriers and well known in the pharmaceutical arts. It is desirable to administer it as a pharmaceutical preparation produced by any method.
It is desirable to use the most effective route for treatment, and oral administration or parenteral administration such as buccal, respiratory tract, rectal, subcutaneous, intramuscular and intravenous is desirable. Can be given intravenously.
投与形態としては、噴霧剤、カプセル剤、錠剤、顆粒剤、シロップ剤、乳剤、座剤、注射剤、軟膏、テープ剤などがあげられる。
経口投与に適当な製剤としては、乳剤、シロップ剤、カプセル剤、錠剤、散剤、顆粒剤などがあげられる。
乳剤およびシロップ剤のような液体調製物は、水、ショ糖、ソルビトール、果糖などの糖類、ポリエチレングリコール、プロピレングリコールなどのグリコール類、ごま油、オリーブ油、大豆油などの油類、p-ヒドロキシ安息香酸エステル類などの防腐剤、ストロベリーフレーバー、ペパーミントなどのフレーバー類などを添加剤として用いて製造できる。Examples of the dosage form include sprays, capsules, tablets, granules, syrups, emulsions, suppositories, injections, ointments, tapes and the like.
Suitable formulations for oral administration include emulsions, syrups, capsules, tablets, powders, granules and the like.
Liquid preparations such as emulsions and syrups include sugars such as water, sucrose, sorbitol and fructose, glycols such as polyethylene glycol and propylene glycol, oils such as sesame oil, olive oil and soybean oil, p-hydroxybenzoic acid Preservatives such as esters, and flavors such as strawberry flavor and peppermint can be used as additives.
カプセル剤、錠剤、散剤、顆粒剤などは、乳糖、ブドウ糖、ショ糖、マンニトールなどの賦形剤、デンプン、アルギン酸ナトリウムなどの崩壊剤、ステアリン酸マグネシウム、タルクなどの滑沢剤、ポリビニルアルコール、ヒドロキシプロピルセルロース、ゼラチンなどの結合剤、脂肪酸エステルなどの界面活性剤、グリセリンなどの可塑剤などを添加剤として用いて製造できる。 For capsules, tablets, powders, granules, etc., excipients such as lactose, glucose, sucrose, mannitol, disintegrants such as starch and sodium alginate, lubricants such as magnesium stearate and talc, polyvinyl alcohol, hydroxy A binder such as propylcellulose and gelatin, a surfactant such as fatty acid ester, and a plasticizer such as glycerin can be used as additives.
非経口投与に適当な製剤としては、注射剤、座剤、噴霧剤などがあげられる。
注射剤は、塩溶液、ブドウ糖溶液あるいは両者の混合物からなる担体などを用いて調製される。座剤はカカオ脂、水素化脂肪またはカルボン酸などの担体を用いて調製される。また、噴霧剤は受容者の口腔および気道粘膜を刺激せず、かつ有効成分を微細な粒子として分散させ吸収を容易にさせる担体などを用いて調製される。Formulations suitable for parenteral administration include injections, suppositories, sprays and the like.
The injection is prepared using a carrier made of a salt solution, a glucose solution, or a mixture of both. Suppositories are prepared using a carrier such as cocoa butter, hydrogenated fat or carboxylic acid. The spray is prepared using a carrier that does not irritate the recipient's oral cavity and airway mucosa, and that facilitates absorption by dispersing the active ingredient as fine particles.
担体として具体的には乳糖、グリセリンなどが例示される。核酸またはマイクロRNA前駆体、さらには用いる担体の性質により、エアロゾル、ドライパウダーなどの製剤が可能である。また、これらの非経口剤においても経口剤で添加剤として例示した成分を添加することもできる。
投与量または投与回数は、目的とする治療効果、投与方法、治療期間、年齢、体重などにより異なるが、通常成人1日当たり10 μg/kg〜20 mg/kgである。Specific examples of the carrier include lactose and glycerin. Depending on the nature of the nucleic acid or microRNA precursor, as well as the carrier used, a formulation such as an aerosol or dry powder is possible. In these parenteral preparations, the components exemplified as additives for oral preparations can also be added.
The dose or frequency of administration varies depending on the intended therapeutic effect, administration method, treatment period, age, body weight, etc., but is usually 10 μg / kg to 20 mg / kg per day for an adult.
また、核酸を有効成分として含有する治療薬は、核酸を発現するベクターと核酸治療薬に用いる基剤とを調合することにより製造することもできる[Nature Genet., 8, 42(1994)]。
治療薬剤に用いる基剤としては、通常注射剤に用いる基剤であればどのようなものでもよく、蒸留水、塩化ナトリウム又は塩化ナトリウムと無機塩との混合物等の塩溶液、マンニトール、ラクトース、デキストラン、グルコース等の溶液、グリシン、アルギニン等のアミノ酸溶液、有機酸溶液又は塩溶液とグルコース溶液との混合溶液等があげられる。また常法に従い、これらの基剤に浸透圧調整剤、pH調整剤、ゴマ油、ダイズ油等の植物油又はレシチンもしくは非イオン界面活性剤等の界面活性剤等の助剤を用いて、溶液、懸濁液、分散液として注射剤を調製してもよい。これらの注射剤を、粉末化、凍結乾燥等の操作により用時溶解用製剤として調製することもできる。治療剤は、治療の直前に液体の場合はそのままで、個体の場合は必要により滅菌処理をした上記の基剤に溶解して治療に使用することができる。A therapeutic agent containing a nucleic acid as an active ingredient can also be produced by preparing a vector that expresses a nucleic acid and a base used for the nucleic acid therapeutic agent [Nature Genet., 8 , 42 (1994)].
The base used for the therapeutic agent may be any base as long as it is usually used for injections, such as distilled water, sodium chloride or a salt solution such as a mixture of sodium chloride and an inorganic salt, mannitol, lactose, dextran. And a solution such as glucose, an amino acid solution such as glycine and arginine, an organic acid solution or a mixed solution of a salt solution and a glucose solution, and the like. In addition, according to a conventional method, these bases are mixed with an osmotic pressure adjusting agent, a pH adjusting agent, a vegetable oil such as sesame oil and soybean oil, or an auxiliary such as a surfactant such as lecithin or a nonionic surfactant. An injection may be prepared as a suspension or dispersion. These injections can be prepared as preparations for dissolution at the time of use by operations such as pulverization and freeze-drying. The therapeutic agent can be used for treatment as it is in the case of a liquid just before the treatment, and in the case of an individual, it can be dissolved in the above sterilized base if necessary.
核酸を発現するベクターは、上記5の方法で作製した組換えウィルスベクターウィルスベクターをあげることができ、より具体的には、レトロウィルスベクター及びレンチウィルスベクター等をあげることができる。
例えば、核酸を、アデノウィルス・ヘキソン蛋白質に特異的なポリリジン−コンジュゲート抗体と組み合わせてコンプレックスを作製し、得られたコンプレックスをアデノウィルスベクターに結合させることにより、ウィルスベクターを調製することができる。該ウィルスベクターは安定に目的の細胞に到達し、エンドソームによる細胞内に取り込まれ、細胞内で分解され核酸を効率的に発現させることができる。Examples of the vector for expressing the nucleic acid include the recombinant virus vector virus vector prepared by the
For example, a virus vector can be prepared by preparing a complex by combining a nucleic acid with a polylysine-conjugated antibody specific for an adenovirus hexon protein, and binding the resulting complex to an adenovirus vector. The virus vector stably reaches the target cell, is taken up into the cell by endosomes, is degraded in the cell, and the nucleic acid can be efficiently expressed.
また、(-)鎖RNAウィルスであるセンダイウィルスをベースにしたウィルスベクターも開発されており(WO97/16538、WO97/16539)、当該センダイウィルスを用いて、核酸を組み込んだセンダイウィルスを作製することができる。
核酸は、非ウィルス核酸移入法によっても移入することができる。例えば、リン酸カルシウム共沈法[Virology, 52, 456-467 (1973);Science, 209, 1414-1422 (1980)]、マイクロインジェクション法[Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77, 5399-5403 (1980);Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77, 7380-7384 (1980);Cell, 27, 223-231 (1981);Nature, 294, 92-94 (1981)]、リポソームを介した膜融合-介在移入法[Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84, 7413-7417 (1987);Biochemistry, 28, 9508-9514 (1989);J. Biol. Chem., 264, 12126-12129 (1989);Hum. Gene Ther., 3, 267-275 (1992);Science, 249, 1285-1288 (1990);Circulation, 83, 2007-2011 (1992)]あるいは直接DNA取り込みおよび受容体-媒介DNA移入法[Science, 247, 1465-1468 (1990);J. Biol. Chem., 266, 14338-14342 (1991);Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87, 3655-3659 (1991);J. Biol. Chem., 264,
16985-16987 (1989);BioTechniques, 11, 474-485 (1991);Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87, 3410-3414 (1990);Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, 4255-4259 (1991);Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87, 4033-4037 (1990);Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88, 8850-8854 (1991);Hum. Gene Ther., 3, 147-154 (1991)]等により移入することができる。In addition, viral vectors based on Sendai virus (-) strand RNA virus have also been developed (WO97 / 16538, WO97 / 16539), and using the Sendai virus, a Sendai virus incorporating a nucleic acid can be produced. Can do.
Nucleic acids can also be transferred by non-viral nucleic acid transfer methods. For example, calcium phosphate coprecipitation method [Virology, 52 , 456-467 (1973); Science, 209 , 1414-1422 (1980)], microinjection method [Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77 , 5399-5403 ( Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77 , 7380-7384 (1980); Cell, 27 , 223-231 (1981); Nature, 294 , 92-94 (1981)], liposome-mediated membrane Fusion-mediated transfer [Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84 , 7413-7417 (1987); Biochemistry, 28 , 9508-9514 (1989); J. Biol. Chem., 264 , 12126-12129 (1989) Hum. Gene Ther., 3 , 267-275 (1992); Science, 249 , 1285-1288 (1990); Circulation, 83 , 2007-2011 (1992)] or direct DNA uptake and receptor-mediated DNA transfer [Science, 247 , 1465-1468 (1990); J. Biol. Chem., 266 , 14338-14342 (1991); Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87 , 3655-3659 (1991); Biol. Chem., 264,
16985-16987 (1989); BioTechniques, 11 , 474-485 (1991); Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87 , 3410-3414 (1990); Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88 , 4255 Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87 , 4033-4037 (1990); Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88 , 8850-8854 (1991); Hum. Gene Ther., 3 , 147-154 (1991)].
リポソームを介した膜融合−介在移入法は、リポソーム調製物を目的とする組織に直接投与することにより、核酸を当該組織の局所に取り込み、および発現させることができる[Hum. Gene Ther., 3, 399 (1992)]。DNAを病巣に直接ターゲッティングするには、直接DNA取り込み技術が好ましい。
受容体−媒介DNA移入は、例えば、ポリリジンを介して、蛋白質リガンドにDNA(通常、共有的に閉環したスーパーコイル化プラスミドの形態をとる)を結合することによって行う方法をあげることができる。リガンドは、目的細胞または組織の細胞表面上の対応するリガンド受容体の存在に基づいて選択する。当該リガンド−DNAコンジュゲートは、所望により、血管に直接注射することができ、受容体結合およびDNA−蛋白質コンプレックスの内在化が起こる標的組織に指向し得る。DNAの細胞内破壊を防止するために、アデノウィルスを同時感染させて、エンドソーム機能を崩壊させることもできる。
11.癌細胞や他の細胞の増殖を測定する方法
細胞増殖の測定法としては、細胞数や細胞増殖速度を反映する指標を測定できる方法であれば特に限定されない。生細胞数測定、DNA合成速度測定、総蛋白質量測定などを用いることができる。生細胞数を評価する方法としては、細胞中のATP量を測定する方法があげられる。細胞中のATP量は培養下の細胞数と比例関係にあることが知られている(J. Immunol. Meth., 160, 81-88 (1993))。細胞中のATP量測定のより具体的な方法は、MTT法、XTT法などがあげられる(J. Immunol. Meth., 65, 55-63 (1983))。また、ATP依存性酵素ルシフェラーゼによるルシフェリン基質の発光にてATPを測定する方法もあげられる。細胞中のATP量の測定キットとして、例えばCellTite-GloR Luminescent Cell viability Assay(Promega社製)等を用いてもよい。
12.癌細胞の細胞死の程度を測定する方法
細胞死の程度を測定する方法としては、死細胞をPropium Iodide等の色素で染色する方法や、細胞死に伴い細胞外に漏出した酵素の活性を測定する方法等を用いることができる。後者については、例えば細胞外に漏出したアデニル酸キナーゼの酵素活性を測定する方法が利用できる。より具体的には、ToxiLight Non-Destructive Cytotoxicity BioAssay Kit (Lonza社製)等を用いてもよい。Liposome-mediated membrane fusion-mediated transfer allows the nucleic acid to be taken up and expressed locally by administering the liposome preparation directly to the target tissue [Hum. Gene Ther., 3 , 399 (1992)]. Direct DNA uptake techniques are preferred for targeting DNA directly to a lesion.
For example, receptor-mediated DNA transfer can be performed by binding DNA (usually in the form of a covalently closed supercoiled plasmid) to a protein ligand via polylysine. The ligand is selected based on the presence of the corresponding ligand receptor on the cell surface of the target cell or tissue. The ligand-DNA conjugate can be injected directly into the blood vessel, if desired, and can be directed to a target tissue where receptor binding and internalization of the DNA-protein complex occurs. In order to prevent intracellular destruction of DNA, adenovirus can be co-infected to disrupt endosomal function.
11. Method for Measuring Growth of Cancer Cells and Other Cells The method for measuring cell growth is not particularly limited as long as it is a method capable of measuring an index reflecting the number of cells and the cell growth rate. Viable cell count measurement, DNA synthesis rate measurement, total protein mass measurement, and the like can be used. An example of a method for evaluating the number of living cells is a method of measuring the amount of ATP in the cells. It is known that the amount of ATP in cells is proportional to the number of cells in culture (J. Immunol. Meth., 160 , 81-88 (1993)). More specific methods for measuring the amount of ATP in cells include the MTT method and the XTT method (J. Immunol. Meth., 65 , 55-63 (1983)). Another example is a method of measuring ATP by luminescence of a luciferin substrate by an ATP-dependent enzyme luciferase. As a kit for measuring the amount of ATP in cells, for example, CellTite-Glo R Luminescent Cell Viability Assay (manufactured by Promega) may be used.
12 Methods for measuring the degree of cell death of cancer cells Methods for measuring the degree of cell death include staining dead cells with dyes such as Propium Iodide, and measuring the activity of enzymes that have leaked outside the cell due to cell death. A method or the like can be used. For the latter, for example, a method for measuring the enzyme activity of adenylate kinase leaked out of the cell can be used. More specifically, ToxiLight Non-Destructive Cytotoxicity BioAssay Kit (manufactured by Lonza) may be used.
また、細胞死の中でも特に癌との関係で重要なアポトーシス(programmed cell death)に限定してその程度を測定することもできる。細胞のアポトーシスを評価する方法としては、DNAの断片化の程度を測定する方法や、細胞膜の構成脂質の変化を測定する方法、アポトーシスに伴って誘導される細胞中のプロテアーゼであるカスパーゼ3/7活性を測定する方法があげられる。細胞中のカスパーゼ3/7活性測定のより具体的な方法は、カスパーゼ3/7活性により遊離されたルシフェリン基質を、ルシフェラーゼ酵素反応によるルシフェリン発光にて測定する方法があげられる。細胞中のカスパーゼ3/7活性の測定キットとして、例えばCaspase-GloR3/7 Assay(Promega社製)等を用いてもよい。The degree of apoptosis can also be measured by limiting to apoptosis (programmed cell death) which is particularly important in relation to cancer. Methods for assessing cell apoptosis include measuring the degree of DNA fragmentation, measuring changes in cell membrane lipids, and
以下に実施例により、本発明を具体的に説明する。ただし、本発明はこれらの実施例に限定されるものではない。 The present invention will be specifically described below with reference to examples. However, the present invention is not limited to these examples.
マイクロRNAを強制発現させた大腸癌由来細胞株における生細胞率、アポトーシス活性
Pre-miRTMmiRNA Precursor Molecules(Ambion社製)を大腸癌由来細胞株に導入し、該分子から生成されるマイクロRNAが生細胞率、アポトーシス活性に及ぼす影響を調べた。
DLD-1ヒト大腸癌由来細胞株(以下、DLD-1と称す)はAmerican Type Culture Collection(以下、ATCCと称す)より入手し、10%ウシ胎児血清(FBS、JRH Biosciences社製)を含むRPMI1640培地(Invitrogen社製)で37℃の5%CO2濃度のインキュベーター中で培養した。Viable cell rate and apoptotic activity in colon cancer cell lines in which microRNAs are forcibly expressed
Pre-miR ™ miRNA Precursor Molecules (manufactured by Ambion) was introduced into a colon cancer-derived cell line, and the influence of microRNAs produced from the molecule on the viable cell rate and apoptotic activity was examined.
The DLD-1 human colorectal cancer-derived cell line (hereinafter referred to as DLD-1) was obtained from the American Type Culture Collection (hereinafter referred to as ATCC) and contains 10% fetal bovine serum (FBS, manufactured by JRH Biosciences) RPMI1640 The cells were cultured in a medium (manufactured by Invitrogen) in an incubator at 37 ° C. with 5% CO 2 concentration.
DLD-1を96穴プレートに1穴あたり2500個になるように播種し、10% FBSを含むRPMI培地で一晩培養した。1日後、hsa-miR-7(配列番号3), 15a, 15b, 16, 18a(配列番号5), 18a*(配列番号7), 28(配列番号17), 95(配列番号24), 124a, 132(配列番号29), 133a(配列番号31), 133b(配列番号32), 147(配列番号37), 181b, 181c(配列番号39), 181d(配列番号40), 184(配列番号43), 192(配列番号44), 193a(配列番号46), 193b(配列番号47), 195(配列番号48), 196a(配列番号51), 196b(配列番号52), 197(配列番号53), 202(配列番号56), 204(配列番号57), 211(配列番号58), 212(配列番号30), 215(配列番号45), 299-3p(配列番号62), 299-5p(配列番号63), 324-3p(配列番号66), 337(配列番号70), 342(配列番号72), 362(配列番号74), 368(配列番号75), 376a(配列番号77), 376b(配列番号78), 380-5p(配列番号81), 422a(配列番号84), 422b(配列番号85), 424(配列番号49), 432*(配列番号88), 452(配列番号92), 452*(配列番号93), 455(配列番号94), 483(配列番号95), 489(配列番号98), 491(配列番号99), 493-5p(配列番号100), 494(配列番号101), 497(配列番号50), 501(配列番号102), 504(配列番号103), 506(配列番号105), 512-3p(配列番号110), 512-5p(配列番号111), 517*(配列番号114), 517b(配列番号117), 517c(配列番号116), 518b(配列番号118), 518c*(配列番号121), 518d(配列番号120), 523(配列番号125), 527(配列番号129), let-7g, let-7iを生成するPre-miRTMmiRNA Precursor Moleculesを、リポフェクション法、具体的には、Lipofectamine2000(Invitrogen社製)を用いた方法により、終濃度が5nMあるいは25nMとなるようにDLD-1に導入した。また、Pre-miR・miRNA Precursor Molecules-Negative Control #2(以下、miR-negacon#2と称す)(Ambion社製)もDLD-1に導入し、陰性コントロールとした。リポフェクションは、製品に添付された説明書に記載された方法に従った。DLD-1 was seeded in a 96-well plate at 2500 per well, and cultured overnight in RPMI medium containing 10% FBS. One day later, hsa-miR-7 (SEQ ID NO: 3), 15a, 15b, 16, 18a (SEQ ID NO: 5), 18a * (SEQ ID NO: 7), 28 (SEQ ID NO: 17), 95 (SEQ ID NO: 24), 124a , 132 (SEQ ID NO: 29), 133a (SEQ ID NO: 31), 133b (SEQ ID NO: 32), 147 (SEQ ID NO: 37), 181b, 181c (SEQ ID NO: 39), 181d (SEQ ID NO: 40), 184 (SEQ ID NO: 43) ), 192 (SEQ ID NO: 44), 193a (SEQ ID NO: 46), 193b (SEQ ID NO: 47), 195 (SEQ ID NO: 48), 196a (SEQ ID NO: 51), 196b (SEQ ID NO: 52), 197 (SEQ ID NO: 53) , 202 (SEQ ID NO: 56), 204 (SEQ ID NO: 57), 211 (SEQ ID NO: 58), 212 (SEQ ID NO: 30), 215 (SEQ ID NO: 45), 299-3p (SEQ ID NO: 62), 299-5p (sequence) No. 63), 324-3p (SEQ ID NO: 66), 337 (SEQ ID NO: 70), 342 (SEQ ID NO: 72), 362 (SEQ ID NO: 74), 368 (SEQ ID NO: 75), 376a (SEQ ID NO: 77), 376b ( SEQ ID NO: 78), 380-5p (SEQ ID NO: 81), 422a (SEQ ID NO: 84), 422b (SEQ ID NO: 85), 424 (SEQ ID NO: 49), 432 * (SEQ ID NO: 88), 452 (SEQ ID NO: 92), 452 * (SEQ ID NO: 93), 455 (SEQ ID NO: 94), 483 (SEQ ID NO: 95), 489 (SEQ ID NO: 98), 491 (SEQ ID NO: 99), 493-5p (arrangement) (Column number 100), 494 (sequence number 101), 497 (sequence number 50), 501 (sequence number 102), 504 (sequence number 103), 506 (sequence number 105), 512-3p (sequence number 110), 512 -5p (SEQ ID NO: 111), 517 * (SEQ ID NO: 114), 517b (SEQ ID NO: 117), 517c (SEQ ID NO: 116), 518b (SEQ ID NO: 118), 518c * (SEQ ID NO: 121), 518d (SEQ ID NO: 120) ), 523 (SEQ ID NO: 125), 527 (SEQ ID NO: 129), let-7g, let-7i Pre-miR TM miRNA Precursor Molecules, lipofection method, specifically Lipofectamine2000 (Invitrogen) Depending on the method used, DLD-1 was introduced to a final concentration of 5 nM or 25 nM. Pre-miR / miRNA Precursor Molecules-Negative Control # 2 (hereinafter referred to as miR-negacon # 2) (manufactured by Ambion) was also introduced into DLD-1 as a negative control. Lipofection followed the method described in the instructions attached to the product.
リポフェクション法により該分子を導入した3日後、CellTiter-GloTM Luminescent Cell Viability Assay(Promega社製)を用いて、製品に添付された説明書に記載された方法に従い生細胞率を測定した。対照区(Lipofectamine2000のみ)のDLD-1の生細胞率を1.0として、それぞれの相対生細胞率を計算した。その結果、表5に示したように、hsa-miR-7, 28, 95, 147, 181d, 192, 193a, 193b, 195, 196a, 197, 211, 215, 299-3p, 299-5p, 337, 342, 362, 368, 376a, 376b, 380-5p, 422b, 432*, 452, 483, 489, 491, 493-5p, 494, 501, 506, 517c, 518b, 518dを生成する分子を導入することにより、40%以上の生細胞率の減少が認められた。癌との関連が知られているhsa-miR-15b, 124aを生成する分子を導入することにより、40%以上の生細胞率の減少が認められた。Three days after the introduction of the molecule by the lipofection method, the cell rate was measured using CellTiter-Glo ™ Luminescent Cell Viability Assay (manufactured by Promega) according to the method described in the instructions attached to the product. The relative viable cell ratio of each control group (Lipofectamine 2000 only) was calculated assuming that the viable cell ratio of DLD-1 was 1.0. As a result, as shown in Table 5, hsa-miR-7, 28, 95, 147, 181d, 192, 193a, 193b, 195, 196a, 197, 211, 215, 299-3p, 299-5p, 337 , 342, 362, 368, 376a, 376b, 380-5p, 422b, 432 *, 452, 483, 489, 491, 493-5p, 494, 501, 506, 517c, 518b, 518d As a result, a decrease in the viable cell rate of 40% or more was observed. By introducing a molecule that produces hsa-miR-15b, 124a, which is known to be associated with cancer, a decrease in the viable cell rate of 40% or more was observed.
リポフェクション法により該分子を導入した3日あるいは5日後、CellTiter-GloTM Luminescent Cell Viability Assay(Promega社製)を用いて、製品に添付された説明書に記載された方法に従い生細胞率を測定した。miR-negacon#2導入区のDLD-1の生細胞率を1.0として、それぞれの相対生細胞率を計算した。その結果、表7に示したように、hsa-miR-7, 24, 28, 95, 132, 134, 142-3p, 147, 182*, 183, 192, 197, 211, 222, 299-3p, 329, 337, 342, 362, 368, 376a, 376b, 377, 380-5p, 422b, 424, 431, 432*, 452, 452*, 455, 483, 485-5p, 489, 491, 493-5p, 494, 505, 506, 509, 510, 517a, 517cを生成する分子を導入することにより、50%以上の生細胞活性の減少が認められた。また、癌との関連が知られているhsa-miR-34c, 181a, 124aを生成する分子を導入することにより、50%以上の生細胞率の減少が認められた。Three or five days after the introduction of the molecule by the lipofection method, the cell rate was measured using the CellTiter-Glo ™ Luminescent Cell Viability Assay (Promega) according to the method described in the instructions attached to the product. . The relative viable cell ratio was calculated assuming that the viable cell ratio of DLD-1 in the miR-negacon # 2-introduced section was 1.0. As a result, as shown in Table 7, hsa-miR-7, 24, 28, 95, 132, 134, 142-3p, 147, 182 *, 183, 192, 197, 211, 222, 299-3p, 329, 337, 342, 362, 368, 376a, 376b, 377, 380-5p, 422b, 424, 431, 432 *, 452, 452 *, 455, 483, 485-5p, 489, 491, 493-5p, By introducing molecules that generate 494, 505, 506, 509, 510, 517a, and 517c, a decrease in live cell activity of 50% or more was observed. In addition, the introduction of a molecule that produces hsa-miR-34c, 181a, 124a, which is known to be associated with cancer, showed a decrease in the viable cell rate of 50% or more.
リポフェクション法により該アンチセンスオリゴヌクレオチドを導入した3日後、CellTiter-GloTMLuminescent Cell Viability Assay(Promega社製)を用いて、製品に添付された説明書に記載された方法に従い生細胞率を測定した。anti-miR-negacon#1導入区のDLD-1の生細胞率を1.0として、それぞれの相対生細胞率を計算した。その結果、表8に示したように、hsa-miR-197, 483を相補するアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入することにより、50%以上の生細胞率の減少が認められた。Three days after introduction of the antisense oligonucleotide by the lipofection method, the viable cell ratio was measured using CellTiter-Glo ™ Luminescent Cell Viability Assay (manufactured by Promega) according to the method described in the instructions attached to the product. . The relative viable cell ratio was calculated by setting the viable cell ratio of DLD-1 in the anti-miR-
マイクロRNAを強制発現させた卵巣癌由来細胞株における生細胞率、アポトーシス活性
Pre-miRTMmiRNA Precursor Molecules(Ambion社製)を卵巣癌由来細胞株に導入し、該分子から生成されるマイクロRNAが生細胞率、アポトーシス活性に及ぼす影響を調べた。
A2780ヒト卵巣癌由来細胞株(Nature, 295, 116-119, (1982); Science, 224, 994-996, (1984); Semin. Oncol., 11, 285-298 (1984); 以下,A2780と称す)は5%FBS(JRH Biosciences社製)を含むRPMI1640培地(Invitrogen社製)で37℃の5%CO2濃度のインキュベーター中で培養した。Viable cell rate and apoptotic activity in ovarian cancer cell lines in which microRNAs are forcibly expressed
Pre-miR ™ miRNA Precursor Molecules (manufactured by Ambion) was introduced into an ovarian cancer-derived cell line, and the influence of microRNA generated from the molecule on the viable cell rate and apoptotic activity was examined.
A2780 human ovarian carcinoma-derived cell line (Nature, 295, 116-119, ( 1982); Science, 224, 994-996, (1984);.. Semin Oncol, 11, 285-298 (1984); hereinafter, the A2780 Was cultured in RPMI1640 medium (Invitrogen) containing 5% FBS (manufactured by JRH Biosciences) in an incubator at 37 ° C. and 5% CO 2 concentration.
A2780を96穴プレートに1穴あたり2500個になるように播種し、10%FBSを含むRPMI培地で一晩培養した。1日後、hsa-miR-1(配列番号1), 7(配列番号3), 15a, 15b, 16, 18a(配列番号5), 18a*(配列番号7), 18b(配列番号6), 28(配列番号17), 34b, 95(配列番号24), 98(配列番号25), 124a, 133a(配列番号31), 133b(配列番号32), 143, 145, 147(配列番号37), 181c(配列番号39), 192(配列番号44), 193a(配列番号46), 193b(配列番号47), 195(配列番号48), 196a(配列番号51), 196b(配列番号52), 197(配列番号53), 199a*(配列番号54), 202(配列番号56), 204(配列番号57), 211(配列番号58), 212(配列番号30), 215(配列番号45), 299-3p(配列番号62), 324-3p(配列番号66), 324-5p(配列番号67), 337(配列番号70), 342(配列番号72), 346(配列番号73), 362(配列番号74), 368(配列番号75), 376a(配列番号77), 376b(配列番号78), 378(配列番号80), 380-5p(配列番号81), 382(配列番号82), 422a(配列番号84), 422b(配列番号85), 424(配列番号49), 432*(配列番号88), 451(配列番号91), 452(配列番号92), 452*(配列番号93), 455(配列番号94), 483(配列番号95), 489(配列番号98), 491(配列番号99), 493-5p(配列番号100), 494(配列番号101), 497(配列番号50), 501(配列番号102), 504(配列番号103), 506(配列番号105), 511(配列番号109), 512-5p(配列番号111), 517a(配列番号115), 517c(配列番号116), 518b(配列番号118), 518c(配列番号119), 518c*(配列番号121), 518d(配列番号120), 527(配列番号129), let-7a, let-7b, let-7d, let-7d, let-7e, let-7f, let-7g, let-7iを生成するPre-miRTM miRNA Precursor Moleculesを、リポフェクション法、具体的には、Lipofectamine2000(Invitrogen社製)を用いて、終濃度が5nMあるいは25nMとなるようA2780に導入した。また、miR-negacon#2(Ambion社製)もA2780に導入し、陰性コントロールとした。リポフェクションは、製品に添付された説明書に記載された方法に従った。A2780 was seeded in a 96-well plate at 2500 per well and cultured overnight in RPMI medium containing 10% FBS. One day later, hsa-miR-1 (SEQ ID NO: 1), 7 (SEQ ID NO: 3), 15a, 15b, 16, 18a (SEQ ID NO: 5), 18a * (SEQ ID NO: 7), 18b (SEQ ID NO: 6), 28 (SEQ ID NO: 17), 34b, 95 (SEQ ID NO: 24), 98 (SEQ ID NO: 25), 124a, 133a (SEQ ID NO: 31), 133b (SEQ ID NO: 32), 143, 145, 147 (SEQ ID NO: 37), 181c (SEQ ID NO: 39), 192 (SEQ ID NO: 44), 193a (SEQ ID NO: 46), 193b (SEQ ID NO: 47), 195 (SEQ ID NO: 48), 196a (SEQ ID NO: 51), 196b (SEQ ID NO: 52), 197 ( (SEQ ID NO: 53), 199a * (SEQ ID NO: 54), 202 (SEQ ID NO: 56), 204 (SEQ ID NO: 57), 211 (SEQ ID NO: 58), 212 (SEQ ID NO: 30), 215 (SEQ ID NO: 45), 299- 3p (SEQ ID NO: 62), 324-3p (SEQ ID NO: 66), 324-5p (SEQ ID NO: 67), 337 (SEQ ID NO: 70), 342 (SEQ ID NO: 72), 346 (SEQ ID NO: 73), 362 (SEQ ID NO: 74), 368 (SEQ ID NO: 75), 376a (SEQ ID NO: 77), 376b (SEQ ID NO: 78), 378 (SEQ ID NO: 80), 380-5p (SEQ ID NO: 81), 382 (SEQ ID NO: 82), 422a (sequence) No. 84), 422b (SEQ ID NO: 85), 424 (SEQ ID NO: 49), 432 * (SEQ ID NO: 88), 451 (SEQ ID NO: 91), 452 (SEQ ID NO: 92), 452 * ( (Column number 93), 455 (SEQ ID NO: 94), 483 (SEQ ID NO: 95), 489 (SEQ ID NO: 98), 491 (SEQ ID NO: 99), 493-5p (SEQ ID NO: 100), 494 (SEQ ID NO: 101), 497 (SEQ ID NO: 50), 501 (SEQ ID NO: 102), 504 (SEQ ID NO: 103), 506 (SEQ ID NO: 105), 511 (SEQ ID NO: 109), 512-5p (SEQ ID NO: 111), 517a (SEQ ID NO: 115), 517c (SEQ ID NO: 116), 518b (SEQ ID NO: 118), 518c (SEQ ID NO: 119), 518c * (SEQ ID NO: 121), 518d (SEQ ID NO: 120), 527 (SEQ ID NO: 129), let-7a, let-7b , let-7d, let-7d, let-7e, let-7f, let-7g, let-7i, Pre-miR TM miRNA Precursor Molecules, Lipofectamine 2000 (manufactured by Invitrogen) Was introduced into A2780 so that the final concentration was 5 nM or 25 nM. MiR-negacon # 2 (Ambion) was also introduced into A2780 and used as a negative control. Lipofection followed the method described in the instructions attached to the product.
リポフェクション法により該分子を導入した3日後、CellTiter-GloTM Luminescent Cell Viability Assay(Promega社製)を用いて製品に添付された説明書に記載された方法に従い生細胞率を測定した。対照区(Lipofectamine2000のみ)のA2780の生細胞率を1.0として、それぞれの相対生細胞率を計算した。その結果、表9(表9−1および表9−2)に示したように、hsa-miR-1, 7, 18a, 18a*, 18b, 28, 95, 98, 133a, 133b, 147, 181c, 192, 193a, 193b, 195, 196a, 196b, 197, 199a*, 202, 204, 211, 212, 215, 299-3p, 324-3p, 324-5p, 342, 346, 362, 368, 376a, 376b, 378, 380-5p, 382, 422a, 422b, 424, 432*, 451, 452, 452*, 455, 483, 489, 491, 493-5p, 494, 497, 501, 504, 506, 511, 512-5p, 517a, 517c, 518b, 518c, 518c*, 518d, 527を生成する分子を導入することにより、40%以上の生細胞活性の減少が認められた。また、癌との関連が知られているhsa-miR-15a, 15b, 16, 34b, 124a, 143, 145, let-7a, let-7b, let-7d, let-7e, let-7f, let-7g, let-7iを生成する分子を導入することにり、40%以上の生細胞率の減少が認められた。Three days after the introduction of the molecule by the lipofection method, the viable cell ratio was measured using CellTiter-Glo ™ Luminescent Cell Viability Assay (manufactured by Promega) according to the method described in the instructions attached to the product. The relative viable cell ratio was calculated assuming that the viable cell ratio of A2780 in the control group (Lipofectamine 2000 only) was 1.0. As a result, as shown in Table 9 (Table 9-1 and Table 9-2), hsa-miR-1, 7, 18a, 18a *, 18b, 28, 95, 98, 133a, 133b, 147, 181c , 192, 193a, 193b, 195, 196a, 196b, 197, 199a *, 202, 204, 211, 212, 215, 299-3p, 324-3p, 324-5p, 342, 346, 362, 368, 376a, 376b, 378, 380-5p, 382, 422a, 422b, 424, 432 *, 451, 452, 452 *, 455, 483, 489, 491, 493-5p, 494, 497, 501, 504, 506, 511, By introducing a molecule that produces 512-5p, 517a, 517c, 518b, 518c, 518c *, 518d, 527, a decrease in live cell activity of 40% or more was observed. In addition, hsa-miR-15a, 15b, 16, 34b, 124a, 143, 145, let-7a, let-7b, let-7d, let-7e, let-7f, let By introducing molecules that produce -7g and let-7i, a decrease in the percentage of viable cells of 40% or more was observed.
リポフェクション法により該分子を導入した3日あるいは5日後、CellTiter-GloTMLuminescent Cell Viability Assay(Promega社製)を用いて製品に添付された説明書に記載された方法に従い生細胞率を測定した。miR-negacon#2導入区のA2780の生細胞率を1.0として、それぞれの相対生細胞率を計算した。その結果、表11(表11−1および表11−2)に示したように、hsa-miR-7, 18a*, 24, 26a, 26b, 134, 147, 192, 193a, 193b, 196a, 196b, 197, 199a*, 204, 206, 211, 212, 215, 346, 368, 371, 376b, 378, 422a, 424, 431, 432*, 433, 449, 452, 483, 485-5p, 488, 489, 491, 493-5p, 497, 504, 505, 506, 507, 510, 511, 512-5p, 513, 517a, 517c, 518b, 518c, 518d, 526a, 527を生成する分子を導入することにより、50%以上の生細胞率の減少が認められた。また、癌との関連が知られているhsa-miR-15a, 15b, 34a, 34b, 34c, 124a, let-7b, let-7c, let-7iのマイクロRNA前駆体を導入することにより、50%以上の生細胞率の減少が認められた。逆に、hsa-miR-130a, 130b, 301を生成する分子を導入することにより、生細胞率の増加が認められた。Three or five days after the introduction of the molecule by the lipofection method, the cell viability was measured using CellTiter-Glo ™ Luminescent Cell Viability Assay (Promega) according to the method described in the instructions attached to the product. The relative viable cell ratio was calculated assuming that the viable cell ratio of A2780 in the miR-negacon # 2-introduced zone was 1.0. As a result, as shown in Table 11 (Table 11-1 and Table 11-2), hsa-miR-7, 18a *, 24, 26a, 26b, 134, 147, 192, 193a, 193b, 196a, 196b , 197, 199a *, 204, 206, 211, 212, 215, 346, 368, 371, 376b, 378, 422a, 424, 431, 432 *, 433, 449, 452, 483, 485-5p, 488, 489 , 491, 493-5p, 497, 504, 505, 506, 507, 510, 511, 512-5p, 513, 517a, 517c, 518b, 518c, 518d, 526a, 527 A decrease in the viable cell rate of 50% or more was observed. In addition, by introducing microRNA precursors of hsa-miR-15a, 15b, 34a, 34b, 34c, 124a, let-7b, let-7c, let-7i, which are known to be associated with cancer, 50 A decrease in the viable cell rate of more than 1% was observed. On the contrary, by introducing a molecule that generates hsa-miR-130a, 130b, 301, an increase in the viable cell rate was observed.
リポフェクション法により該アンチセンスオリゴヌクレオチドを導入した3日後、CellTiter-GloTMLuminescent Cell Viability Assay(Promega社製)を用いて、製品に添付された説明書に記載された方法に従い生細胞率を測定した。anti-miR-negacon#1導入区のA2780の生細胞率を1.0として、それぞれの相対生細胞率を計算した。その結果、表12に示したように、hsa-miR-10a, 20b, 25, 27b, 29a, 29c, 30b, 30c, 32, 93, 106a, 106b, 137, 146a, 149, 191, 195, 200a, 204, 205, 208, 212, 215, 301, 302a*, 302b*, 302d, 324-3p, 331, 340, 362, 412, 423, 451, 452, 483, 516-5p, 518e, 518f, 520h, 524*, 525を相補するアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入することにより、40%以上の生細胞率の減少が認められた。Three days after introduction of the antisense oligonucleotide by the lipofection method, the viable cell ratio was measured using CellTiter-Glo ™ Luminescent Cell Viability Assay (manufactured by Promega) according to the method described in the instructions attached to the product. . The relative viable cell ratio was calculated assuming that the viable cell ratio of A2780 in the anti-miR-
マイクロRNAを強制発現させた前立腺癌由来細胞株における生細胞率、アポトーシス活性
Pre-miRTM miRNA Precursor Molecules(Ambion社製)を前立腺癌由来細胞株に導入し、該分子から生成されるマイクロRNAが生細胞率、アポトーシス活性に及ぼす影響を調べた。Live cell rate and apoptotic activity in prostate cancer-derived cell lines in which microRNAs are forcibly expressed
Pre-miR ™ miRNA Precursor Molecules (manufactured by Ambion) was introduced into a prostate cancer-derived cell line, and the influence of microRNA generated from the molecule on the viable cell rate and apoptotic activity was examined.
PC-3ヒト前立腺癌由来細胞株(以下、PC-3と称す)はATCCより入手し、10%ウシ胎児血清(FBS)(JRH Biosciences社製)を含むF-12 Kaighn’s培地(Invitrogen社製)で37℃の5%CO2濃度のインキュベーター中で培養した。
PC-3を96穴プレートに1穴あたり3000個になるように播種し、10% FBSを含むF-12 Kaighn’s培地で一晩培養した。1日後、hsa-miR-15a, 15b, 16, 18a*(配列番号7), 34b, 124a, 133b(配列番号32), 181b, 192(配列番号44), 195(配列番号48), 196b(配列番号52), 324-3p(配列番号66), 337(配列番号70), 362(配列番号74), 368(配列番号75), 376b(配列番号78), 380-5p(配列番号81), 432*(配列番号88), 452(配列番号92), 452*(配列番号93), 489(配列番号98), 491(配列番号99), 493-5p(配列番号100), 494(配列番号101) を生成するPre-miRTM miRNA Precursor Moleculesを、リポフェクション法、具体的には、Lipofectamine2000(Invitrogen社製)を用いて、終濃度が25nMとなるようPC-3に導入した。また、miR-negacon#2(Ambion社製)もPC-3に導入し、陰性コントロールとした。リポフェクションは、製品に添付された説明書に記載された方法に従った。PC-3 human prostate cancer-derived cell line (hereinafter referred to as PC-3) was obtained from ATCC and F-12 Kaighn's medium (Invitrogen) containing 10% fetal bovine serum (FBS) (JRH Biosciences) and cultured in 5% CO 2 concentration of the incubator in 37 ° C..
PC-3 was seeded in a 96-well plate at 3000 cells per well, and cultured overnight in F-12 Kaighn's medium containing 10% FBS. One day later, hsa-miR-15a, 15b, 16, 18a * (SEQ ID NO: 7), 34b, 124a, 133b (SEQ ID NO: 32), 181b, 192 (SEQ ID NO: 44), 195 (SEQ ID NO: 48), 196b ( SEQ ID NO: 52), 324-3p (SEQ ID NO: 66), 337 (SEQ ID NO: 70), 362 (SEQ ID NO: 74), 368 (SEQ ID NO: 75), 376b (SEQ ID NO: 78), 380-5p (SEQ ID NO: 81) , 432 * (SEQ ID NO: 88), 452 (SEQ ID NO: 92), 452 * (SEQ ID NO: 93), 489 (SEQ ID NO: 98), 491 (SEQ ID NO: 99), 493-5p (SEQ ID NO: 100), 494 (sequence) Pre-miR ™ miRNA Precursor Molecules producing No. 101) was introduced into PC-3 using a lipofection method, specifically, Lipofectamine 2000 (manufactured by Invitrogen) to a final concentration of 25 nM. MiR-negacon # 2 (Ambion) was also introduced into PC-3 as a negative control. Lipofection followed the method described in the instructions attached to the product.
リポフェクション法により該分子を導入した3日後、CellTiter-GloTM Luminescent Cell Viability Assay(Promega社製)を用いて、製品に添付された説明書に記載された方法に従い生細胞率を測定した。対照区(Lipofectamine2000のみ)のPC-3の生細胞率を1.0として、それぞれの相対生細胞率を計算した。その結果、表13に示したように、hsa-miR-18a*, 133b, 192, 195, 196b, 324-3p, 337, 362, 368, 376b, 380-5p, 432*, 452, 452*, 489, 491, 493-5p, 494を生成する分子を導入することにより、40%以上の生細胞率の減少が認められた。また、癌との関連が知られているhsa-miR-15a, 15b, 16, 34b, 124a, 181bを生成する分子を導入することにより、40%以上の生細胞率の減少が認められた。Three days after the introduction of the molecule by the lipofection method, the cell rate was measured using CellTiter-Glo ™ Luminescent Cell Viability Assay (manufactured by Promega) according to the method described in the instructions attached to the product. The relative viable cell ratio of each control group (Lipofectamine 2000 only) was calculated assuming that the viable cell ratio of PC-3 was 1.0. As a result, as shown in Table 13, hsa-miR-18a *, 133b, 192, 195, 196b, 324-3p, 337, 362, 368, 376b, 380-5p, 432 *, 452, 452 *, By introducing molecules that generate 489, 491, 493-5p, 494, a decrease in the viable cell rate of 40% or more was observed. In addition, the introduction of a molecule that produces hsa-miR-15a, 15b, 16, 34b, 124a, 181b, which is known to be associated with cancer, showed a decrease in the viable cell rate of 40% or more.
マイクロRNAを強制発現させた大腸癌由来細胞株(DLD-1)におけるBrdU取り込み活性
Pre-miRTMmiRNA Precursor Molecules(Ambion社製)をDLD-1に導入し、該分子から生成されるマイクロRNAがBrdU取り込み活性に及ぼす影響を調べた。
DLD-1を96穴プレートに1穴あたり2500個になるように播種し、10% FBSを含むRPMI培地で一晩培養した。1日後、hsa-miR-147(配列番号37), 342(配列番号72), 362(配列番号74), 376b(配列番号78), 483(配列番号95), 494(配列番号101)を生成するPre-miRTM miRNA Precursor Moleculesを、リポフェクション法、具体的には、Lipofectamine2000(Invitrogen社製)を用いて、終濃度が25nMとなるようDLD-1に導入した。また、miR-negacon#2(Ambion社製)もDLD-1に導入し、陰性コントロールとした。リポフェクションは、製品に添付された説明書に記載された方法に従った。BrdU uptake activity in colon cancer-derived cell line (DLD-1) forcibly expressing microRNA
Pre-miR ™ miRNA Precursor Molecules (Ambion) was introduced into DLD-1, and the influence of microRNA generated from the molecule on BrdU incorporation activity was examined.
DLD-1 was seeded in a 96-well plate at 2500 per well, and cultured overnight in RPMI medium containing 10% FBS. One day later, hsa-miR-147 (SEQ ID NO: 37), 342 (SEQ ID NO: 72), 362 (SEQ ID NO: 74), 376b (SEQ ID NO: 78), 483 (SEQ ID NO: 95), 494 (SEQ ID NO: 101) are generated. Pre-miR ™ miRNA Precursor Molecules were introduced into DLD-1 using a lipofection method, specifically, Lipofectamine 2000 (manufactured by Invitrogen) to a final concentration of 25 nM. MiR-negacon # 2 (Ambion) was also introduced into DLD-1 as a negative control. Lipofection followed the method described in the instructions attached to the product.
リポフェクション法により該分子を導入した1日後、BrdUラベリング&ディテクションキットIII(Roche社製)を用いて、製品に添付された説明書に記載された方法に従いBrdU取り込み活性を測定した。miR-negacon#2導入区のDLD-1のBrdU取り込み活性を1.0として、それぞれの相対BrdU取り込み活性を計算した。その結果、表15に示したように、hsa-miR-147, 342, 362, 376b, 483, 494を生成する分子を導入することにより、40%以上のBrdU取り込み活性の減少が認められた。 One day after the introduction of the molecule by the lipofection method, BrdU uptake activity was measured using BrdU labeling & detection kit III (Roche) according to the method described in the instructions attached to the product. The relative BrdU incorporation activity of DLD-1 in the miR-negacon # 2-introduced section was calculated as 1.0, and the relative BrdU incorporation activity was calculated. As a result, as shown in Table 15, by introducing a molecule that generates hsa-miR-147, 342, 362, 376b, 483, 494, a decrease in BrdU incorporation activity of 40% or more was observed.
Pre-miRTMmiRNA Precursor Molecules(Ambion社製)をA2780に導入し、該分子から生成されるマイクロRNAがBrdU取り込み活性に及ぼす影響を調べた。
A2780を96穴プレートに1穴あたり4000個になるように播種し、10% FBSを含むRPMI培地で一晩培養した。1日後、hsa-miR-15a, 16, 124a, 147(配列番号37), 192(配列番号44), 193a(配列番号46), 193b(配列番号47), 215(配列番号45), 378(配列番号80), 432*(配列番号88), 506(配列番号105), 518c(配列番号119)のPre-miRTM miRNA Precursor Moleculesを、リポフェクション法、具体的には、Lipofectamine2000(Invitrogen社製)を用いて、終濃度が25nMとなるようA2780に導入した。また、miR-negacon#2(Ambion社製)もA2780に導入し、陰性コントロールとした。リポフェクションは、製品に添付された説明書に記載された方法に従った。
Pre-miR ™ miRNA Precursor Molecules (Ambion) was introduced into A2780, and the effect of microRNA generated from the molecule on BrdU uptake activity was examined.
A2780 was seeded in a 96-well plate at 4000 cells per well, and cultured overnight in RPMI medium containing 10% FBS. One day later, hsa-miR-15a, 16, 124a, 147 (SEQ ID NO: 37), 192 (SEQ ID NO: 44), 193a (SEQ ID NO: 46), 193b (SEQ ID NO: 47), 215 (SEQ ID NO: 45), 378 ( Pre-miR ™ miRNA Precursor Molecules of SEQ ID NO: 80), 432 * (SEQ ID NO: 88), 506 (SEQ ID NO: 105), and 518c (SEQ ID NO: 119) are lipofection methods, specifically, Lipofectamine 2000 (manufactured by Invitrogen) Was introduced into A2780 so that the final concentration was 25 nM. MiR-negacon # 2 (Ambion) was also introduced into A2780 and used as a negative control. Lipofection followed the method described in the instructions attached to the product.
リポフェクション法により該分子を導入した1日後、BrdUラベリング&ディテクションキットIII(Roche社製)を用いて、製品に添付された説明書に記載された方法に従いBrdU取り込み活性を測定した。miR-negacon#2導入区のA2780のBrdU取り込み活性を1.0として、それぞれの相対BrdU取り込み活性を計算した。その結果、表16に示したように、hsa-miR-hsa-miR-147, 192, 193a, 193b, 215, 378, 432*, 506, 518cを生成する分子を導入することにより、40%以上のBrdU取り込み活性の減少が認められた。また、癌との関連が知られているhsa-miR-15a, 16, 124aを生成する分子を導入することにより、40%以上のBrdU取り込み活性の減少が認められた。 One day after the introduction of the molecule by the lipofection method, BrdU uptake activity was measured using BrdU labeling & detection kit III (Roche) according to the method described in the instructions attached to the product. The relative BrdU incorporation activity of A2780 in the miR-negacon # 2-introduced section was calculated as 1.0, and the relative BrdU incorporation activity was calculated. As a result, as shown in Table 16, by introducing molecules that generate hsa-miR-hsa-miR-147, 192, 193a, 193b, 215, 378, 432 *, 506, 518c, more than 40% Decreased BrdU uptake activity. In addition, by introducing a molecule that produces hsa-miR-15a, 16, 124a, which is known to be associated with cancer, a decrease in BrdU incorporation activity of 40% or more was observed.
hsa-miR-337, 342, 432*, 491, 518bの標的遺伝子がコードする蛋白質の発現量解析
実施例1でDLD-1の増殖抑制やカスパーゼ活性を示したhsa-miR-337, 342, 432*, 491, 518bを生成する分子をDLD-1へ導入し、該標的遺伝子がコードする蛋白質量の変化を調べた。
hsa-miR-16, 147, 337, 342, 432*, 491, 518bを生成する Pre-miRTMmiRNA Precursor Molecules(Ambion社製)を、終濃度25nMとなるようにLipofectamine2000を用いて予め播種していた1x105個のDLD-1に導入した。miR-negacon#2も導入し、陰性コントロールとした。また、si-Bcl2l1, si-Birc5, si-Bcl9l(QIAGEN社製)を終濃度25nMにて導入し、陽性コントロールとした。導入2日後に、細胞をRIPA buffer[50mM Tris-HCL(pH8.0)、150mM NaCl、1% Nonident P-40、0.5% sodium deoxycholate, 0.1% sodium dodecyl sulfate, 1% Protease Inhibitor Cocktail SetIII(Calbiochem社製)]に溶解して回収した。定法によりSDS-PAGE法で分離した後、ウェスタンブロッティング法で、Bcl2l1, Birc5およびBcl9lの蛋白質量を検出した。Bcl2l1の検出には、抗Bcl2l1抗体(BD Biosciences社製)を、Birc5の検出には、抗Birc5抗体(R&D Systems社製)を、Bcl9lの検出には抗Bcl9l抗体(Abnova社製)を用いた。また、alpha-tubulinの蛋白量を検出し、供試サンプル量のコントロールとした。alpha-tubulinの検出には抗alpha-tubulin抗体(Sigma社製)を用いた。Analysis of the expression level of the protein encoded by the target genes of hsa-miR-337, 342, 432 *, 491, 518b hsa-miR-337, 342, 432 which showed DLD-1 growth inhibition and caspase activity in Example 1 Molecules producing *, 491, 518b were introduced into DLD-1, and changes in the amount of protein encoded by the target gene were examined.
Pre-miR TM miRNA Precursor Molecules (manufactured by Ambion) that produces hsa-miR-16, 147, 337, 342, 432 *, 491, 518b has been pre-seeded using Lipofectamine 2000 to a final concentration of 25 nM. 1x10 5 DLD-1 were introduced. miR-
その結果、図1に示す通り、hsa-miR-337, 342, 491を強制発現したDLD-1は、陰性コントロールのDLD-1と比較してBcl2l1の蛋白量が減少したので、Bcl2l1遺伝子は、hsa-miR-337, 342, 491の標的遺伝子であり、発現が調節されていることが示された。また、図2に示す通り、hsa-miR-337を強制発現したDLD-1は、陰性コントロールのDLD-1と比較してBirc5の蛋白量が減少したので、Birc5遺伝子は、hsa-miR-337の標的遺伝子であり、発現が調節されていることが示された。さらに図3に示す通り、hsa-miR-432*, 518bを強制発現したDLD-1は、陰性コントロールのDLD-1と比較してBcl9lの蛋白量が減少したので、Bcl9l遺伝子は、hsa-miR-432*, 518bの標的遺伝子であり、発現が調節されていることが示された。 As a result, as shown in FIG. 1, DLD-1 forcibly expressing hsa-miR-337, 342, 491 had a decreased amount of Bcl2l1 protein compared to negative control DLD-1, so the Bcl2l1 gene was It was a target gene of hsa-miR-337, 342, 491 and its expression was shown to be regulated. In addition, as shown in FIG. 2, DLD-1 forcibly expressing hsa-miR-337 had a reduced amount of Birc5 protein compared to negative control DLD-1, so that the Birc5 gene was hsa-miR-337. It was shown that its expression is regulated. Further, as shown in FIG. 3, Dcl-1 that forcibly expressed hsa-miR-432 *, 518b had a decreased amount of Bcl9l protein compared to negative control DLD-1, so the Bcl9l gene was -432 *, a target gene of 518b, and its expression was shown to be regulated.
マイクロRNAを強制発現させた大腸癌由来細胞株における生細胞率、アポトーシス活性
DLD-1を96穴プレートに1穴あたり2500個になるように播種し、10% FBSを含むRPMI培地で一晩培養した。1日後、hsa-miR-493-3p(配列番号2061), 542-3p(配列番号2063), 571(配列番号2076), 579(配列番号2077), 625(配列番号2099), 630(配列番号2101), 634(配列番号2103), 650(配列番号2108), 653(配列番号2110) を生成するPre-miRTMmiRNA Precursor Moleculesを、リポフェクション法、具体的には、Lipofectamine2000(Invitrogen社製)を用いて、終濃度が50nMとなるようDLD-1に導入した。また、miR-negacon#2(Ambion社製)もDLD-1に導入し、陰性コントロールとした。リポフェクションは、製品に添付された説明書に記載された方法に従った。Viable cell rate and apoptotic activity in colon cancer cell lines in which microRNAs are forcibly expressed
DLD-1 was seeded in a 96-well plate at 2500 per well, and cultured overnight in RPMI medium containing 10% FBS. One day later, hsa-miR-493-3p (SEQ ID NO: 2061), 542-3p (SEQ ID NO: 2063), 571 (SEQ ID NO: 2076), 579 (SEQ ID NO: 2077), 625 (SEQ ID NO: 2099), 630 (SEQ ID NO: 2101), 634 (SEQ ID NO: 2103), 650 (SEQ ID NO: 2108), 653 the Pre-miR TM miRNA Precursor Molecules of generating (SEQ ID NO: 2110), lipofection method, specifically, Lipofectamine2000 the (Invitrogen Corp.) And introduced into DLD-1 to a final concentration of 50 nM. MiR-negacon # 2 (Ambion) was also introduced into DLD-1 as a negative control. Lipofection followed the method described in the instructions attached to the product.
リポフェクション法により該マイクロRNA前駆体を導入した3日後、CellTiter-GloTMLuminescent Cell Viability Assay(Promega社製)を用いて、製品に添付された説明書に記載された方法に従い生細胞率を測定した。miR-negacon#2導入区のDLD-1の生細胞率を1.0として、それぞれの相対生細胞率を計算した。その結果、表17に示したように、hsa-miR-493-3p, 542-3p, 571, 579, 625, 630, 634, 650, 653を生成する分子を導入することにより、50%以上の生細胞率の減少が認められた。Three days after the introduction of the microRNA precursor by the lipofection method, the cell rate was measured using the CellTiter-Glo ™ Luminescent Cell Viability Assay (Promega) according to the method described in the instructions attached to the product. . The relative viable cell ratio was calculated assuming that the viable cell ratio of DLD-1 in the miR-negacon # 2-introduced section was 1.0. As a result, as shown in Table 17, by introducing molecules that generate hsa-miR-493-3p, 542-3p, 571, 579, 625, 630, 634, 650, 653, more than 50% A decrease in the viable cell rate was observed.
別の試験として、リポフェクション法によりhsa-miR-634を生成するPre-miRTM miRNA Precursor Moleculesを導入した2日後に、Caspase-GloR 3/7 assay(Promega社製)を用いて製品に添付された説明書に記載された方法に従いカスパーゼ3/7活性を測定した。miR-negacon#2導入区のDLD-1のカスパーゼ活性を1.0として、相対カスパーゼ活性を計算した。その結果、hsa-miR-634を生成する分子を導入することにより、50%以上のカスパーゼ活性の増加が認められた。As another test, two days after the introduction of Pre-miR ™ miRNA Precursor Molecules that produces hsa-miR-634 by the lipofection method, it was attached to the product using the Caspase-
リポフェクション法により該アンチセンスオリゴヌクレオチドを導入した3日後、CellTiter-GloTMLuminescent Cell Viability Assay(Promega社製)を用いて、製品に添付された説明書に記載された方法に従い生細胞率を測定した。anti-miR-negacon#1導入区のDLD-1の生細胞率を1.0として、それぞれの相対生細胞率を計算した。その結果、表18に示したように、hsa-miR-411, 425-5p, 449b, 532, 548b, 558, 589, 593, 599, 615, 637, 657, 769-5p, 92bを相補するアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入することにより、40%以上の生細胞率の減少が認められた。Three days after introduction of the antisense oligonucleotide by the lipofection method, the viable cell ratio was measured using CellTiter-Glo ™ Luminescent Cell Viability Assay (manufactured by Promega) according to the method described in the instructions attached to the product. . The relative viable cell ratio was calculated by setting the viable cell ratio of DLD-1 in the anti-miR-
マイクロRNAを強制発現させた卵巣癌由来細胞株における生細胞率
A2780を96穴プレートに1穴あたり2500個になるように播種し、10%FBSを含むRPMI培地で一晩培養した。1日後、hsa-miR-421(配列番号2058), 454-5p(配列番号2060), 542-3p(配列番号2063), 545(配列番号2064), 548a(配列番号2065), 548d(配列番号2067), 550(配列番号2068), 551b(配列番号2069), 552(配列番号2070), 553(配列番号2071), 557(配列番号925), 561(配列番号2073), 563(配列番号916), 565(配列番号2074), 570(配列番号2075), 571(配列番号2076), 584(配列番号2078), 591(配列番号2080), 595(配列番号2082), 600(配列番号2084), 601(配列番号2085), 604(配列番号2086), 605(配列番号2087), 606(配列番号2088), 609(配列番号2089), 610(配列番号2090), 611(配列番号2091), 613(配列番号803), 614(配列番号2092), 618(配列番号2096), 621(配列番号2097), 624(配列番号2098), 625(配列番号2099), 627(配列番号2100), 630(配列番号2101), 631(配列番号2102), 634(配列番号2103), 637(配列番号2104), 646(配列番号2105), 647(配列番号2106), 648(配列番号2107), 653(配列番号2110), 654(配列番号2111), 661(配列番号2113)を生成するPre-miRTM miRNA Precursor Moleculesを、リポフェクション法、具体的には、Lipofectamine2000(Invitrogen社製)を用いて、終濃度が50nMとなるようA2780の中に導入した。また、miR-negacon#2(Ambion社製)もA2780に導入し、陰性コントロールとした。リポフェクションは、製品に添付された説明書に記載された方法に従った。Viable cell rate in ovarian cancer-derived cell lines in which microRNAs are forced
A2780 was seeded in a 96-well plate at 2500 per well and cultured overnight in RPMI medium containing 10% FBS. One day later, hsa-miR-421 (SEQ ID NO: 2058), 454-5p (SEQ ID NO: 2060), 542-3p (SEQ ID NO: 2063), 545 (SEQ ID NO: 2064), 548a (SEQ ID NO: 2065), 548d (SEQ ID NO: 2067), 550 (SEQ ID NO: 2068), 551b (SEQ ID NO: 2069), 552 (SEQ ID NO: 2070), 553 (SEQ ID NO: 2071), 557 (SEQ ID NO: 925), 561 (SEQ ID NO: 2073), 563 (SEQ ID NO: 916) ), 565 (SEQ ID NO: 2074), 570 (SEQ ID NO: 2075), 571 (SEQ ID NO: 2076), 584 (SEQ ID NO: 2078), 591 (SEQ ID NO: 2080), 595 (SEQ ID NO: 2082), 600 (SEQ ID NO: 2084) , 601 (SEQ ID NO: 2085), 604 (SEQ ID NO: 2086), 605 (SEQ ID NO: 2087), 606 (SEQ ID NO: 2088), 609 (SEQ ID NO: 2089), 610 (SEQ ID NO: 2090), 611 (SEQ ID NO: 2091), 613 (SEQ ID NO: 803), 614 (SEQ ID NO: 2092), 618 (SEQ ID NO: 2096), 621 (SEQ ID NO: 2097), 624 (SEQ ID NO: 2098), 625 (SEQ ID NO: 2099), 627 (SEQ ID NO: 2100), 630 (SEQ ID NO: 2101), 631 (SEQ ID NO: 2102), 634 (SEQ ID NO: 2103), 637 (SEQ ID NO: 2104), 646 (SEQ ID NO: 2105), 647 (SEQ ID NO: 2106), 648 (SEQ ID NO: 2107), 653 ( (SEQ ID NO: 2110), 654 (arrangement No. 2111), 661 and Pre-miR TM miRNA Precursor Molecules of generating (SEQ ID NO: 2113), lipofection method, specifically, using Lipofectamine2000 (Invitrogen Corporation), in the A2780 to final concentration of 50nM Introduced. MiR-negacon # 2 (Ambion) was also introduced into A2780 and used as a negative control. Lipofection followed the method described in the instructions attached to the product.
リポフェクション法により該分子を導入した3日後、CellTiter-GloTM Luminescent Cell Viability Assay(Promega社製)を用いて製品に添付された説明書に記載された方法に従い生細胞率を測定した。miR-negacon#2導入区のA2780の生細胞率を1.0として、それぞれの相対生細胞率を計算した。その結果、表19に示したように、hsa-miR-421, 454-5p, 542-3p, 545, 548a, 548d, 550, 551b, 552, 553, 557, 561, 563, 565, 570, 571, 584, 591, 595, 600, 601, 604, 605, 606, 609, 610, 611, 613, 614, 618, 621, 624, 625, 627, 630, 631, 634, 637, 646, 647, 648, 653, 654, 661を生成する分子を導入することにより、50%以上の生細胞率の減少が認められた。Three days after the introduction of the molecule by the lipofection method, the viable cell ratio was measured using CellTiter-Glo ™ Luminescent Cell Viability Assay (manufactured by Promega) according to the method described in the instructions attached to the product. The relative viable cell ratio was calculated assuming that the viable cell ratio of A2780 in the miR-negacon # 2-introduced zone was 1.0. As a result, as shown in Table 19, hsa-miR-421, 454-5p, 542-3p, 545, 548a, 548d, 550, 551b, 552, 553, 557, 561, 563, 565, 570, 571 , 584, 591, 595, 600, 601, 604, 605, 606, 609, 610, 611, 613, 614, 618, 621, 624, 625, 627, 630, 631, 634, 637, 646, 647, 648 , 653, 654, and 661, the viable cell rate was reduced by 50% or more.
リポフェクション法により該アンチセンスオリゴヌクレオチドを導入した3日後、CellTiter-GloTMLuminescent Cell Viability Assay(Promega社製)を用いて、製品に添付された説明書に記載された方法に従い生細胞率を測定した。anti-miR-negacon#1導入区のA2780の生細胞率を1.0として、それぞれの相対生細胞率を計算した。その結果、表20に示したように、hsa-miR-611, 616, 617, 651, 657を相補するアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入することにより、40%以上の生細胞率の減少が認められた。Three days after introduction of the antisense oligonucleotide by the lipofection method, the viable cell ratio was measured using CellTiter-Glo ™ Luminescent Cell Viability Assay (manufactured by Promega) according to the method described in the instructions attached to the product. . The relative viable cell ratio was calculated assuming that the viable cell ratio of A2780 in the anti-miR-
マイクロRNAを強制発現させた大腸癌来細胞株のヌードマウス移植による腫瘍形成
実施例1でDLD-1の増殖抑制やカスパーゼ活性を示したhsa-miR-147, 342, 491を生成する分子を導入したDLD-1をヌードマウスに移植し、腫瘍形成におけるマイクロRNAの影響を調べた。
hsa-miR-147, 342, 491を生成するPre-miRTM miRNA Precursor Molecules(Ambion社製)を、終濃度50nMとなるようにLipofectoamine2000を用いて予め播種していた1×106個のDLD-1に導入した。miR-negacon#2も導入し、陰性コントロールとした。導入1日後に、0.05%トリプシン溶液(Gibco社製)にて細胞を剥離した。剥離した細胞とマトリゲル(BD Bioscience社製)を混合し、2.5×105個の細胞を6週令のヌードマウス側方の皮下に移植した。移植7、10、13、16日後に形成された腫瘍の長径と短径を測定した。腫瘍のサイズを長径×(短径)2×0.5により計算した。図4に示すようにhsa-miR-147, 342を強制発現したDLD-1の移植では、陰性コントロールに比べて腫瘍形成が抑制することが示された。Tumor formation by transplanting nude mice of colon cancer cell lines that forcedly expressed microRNAs Introduced molecules producing hsa-miR-147, 342, 491 that showed DLD-1 growth inhibition and caspase activity in Example 1 DLD-1 was transplanted into nude mice, and the influence of microRNA on tumor formation was examined.
The hsa-miR-147, 342, 491 generates a Pre-miR TM miRNA Precursor Molecules ( Ambion , Inc.), were seeded in advance using the Lipofectoamine2000 to a final concentration of 50
また、図5に示すようにhsa-miR-491を強制発現したDLD-1の移植では、陰性コントロールに比べて腫瘍形成が抑制することが示された。
Moreover, as shown in FIG. 5, it was shown that the transplantation of DLD-1 in which hsa-miR-491 was forcibly expressed inhibited tumor formation compared to the negative control.
細胞の増殖抑制剤または増殖促進剤、細胞の増殖異常に起因する疾患の診断薬または治療薬、アポトーシス誘導剤、マイクロRNAなどの核酸の標的遺伝子の発現抑制剤または発現促進剤、細胞の増殖抑制方法または増殖促進方法を提供することができる。
配列表フリーテキスト
配列番号1399−nは、a、c、gまたはuCell growth inhibitors or growth promoters, diagnostic or therapeutic agents for diseases caused by cell growth abnormalities, apoptosis inducers, expression inhibitors or expression promoters for target genes of nucleic acids such as microRNA, cell growth inhibition A method or a growth promoting method can be provided.
Sequence Listing Free Text SEQ ID NO: 1399-n is a, c, g or u
Claims (32)
(a)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸
(b)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸を含有する、17〜28塩基の核酸
(c)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列と90%以上の同一性を有する塩基配列からなる核酸
(d)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列からなる核酸の相補鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸
(e)配列番号1〜939、2057〜2132、2212〜2261および2315〜2321のいずれかで表される塩基配列の2〜8番目の塩基配列を含む核酸
(f)配列番号940〜2056、2133〜2211、2262〜2314および2322〜2328のいずれかで表される塩基配列からなる核酸
(g)配列番号940〜2056、2133〜2211、2262〜2314および2322〜2328のいずれかで表される塩基配列と90%以上の同一性を有する塩基配列からなる核酸
(h)配列番号940〜2056、2133〜2211、2262〜2314および2322〜2328のいずれかで表される塩基配列からなる核酸の相補鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸Cell growth inhibitor or growth promoter containing any of the following nucleic acids (a) to (h) as an active ingredient:
(A) Nucleic acid consisting of a base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1-939, 2057-2132, 2212-2261 and 2315-2321 (b) SEQ ID NOs: 1-939, 2057-2132, 2212-2261 and 2315 A nucleic acid consisting of a base sequence represented by any one of ˜2321, and a nucleic acid of 17 to 28 bases (c) represented by any one of SEQ ID NOs: 1-939, 2057-2132, 2212-2261, and 2315-2321 (D) a nucleic acid comprising a nucleotide sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 939, 2057 to 2132, 2212 to 2261, and 2315 to 2321 Nucleic acids that hybridize with stringent conditions under complementary conditions (e) SEQ ID NOs: 1-939, 2057- 132, 2212 to 2261 and 2315 to 2321. Nucleic acids comprising the second to eighth base sequences of the base sequence represented by any of (2) SEQ ID NOs: 940 to 2056, 2133 to 2211, 2262 to 2314, and 2322 to 2328 Nucleic acid consisting of a base sequence represented by any of the above (g) a base having 90% or more identity with the base sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 940 to 2056, 2133 to 2211, 2262 to 2314, and 2322 to 2328 Nucleic acid consisting of sequence (h) Nucleic acid that hybridizes under stringent conditions with a complementary strand of nucleic acid consisting of the base sequence represented by any of SEQ ID NOs: 940 to 2056, 2133 to 2211, 2262 to 2314, and 2322 to 2328
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