EP1301789A1 - Method and device for identifying a polymer sequence - Google Patents

Method and device for identifying a polymer sequence

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Publication number
EP1301789A1
EP1301789A1 EP01956305A EP01956305A EP1301789A1 EP 1301789 A1 EP1301789 A1 EP 1301789A1 EP 01956305 A EP01956305 A EP 01956305A EP 01956305 A EP01956305 A EP 01956305A EP 1301789 A1 EP1301789 A1 EP 1301789A1
Authority
EP
European Patent Office
Prior art keywords
polymer sequence
phase
sequence
polymer
electromagnetic waves
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
EP01956305A
Other languages
German (de)
French (fr)
Inventor
Wolf Bertling
Jörg HASSMANN
Harald Walter
Thomas Schalkhammer
Georg Bauer
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
November AG Novus Medicatus Bertling Gesellschaft fuer Molekular Medizin
Original Assignee
November AG Novus Medicatus Bertling Gesellschaft fuer Molekular Medizin
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by November AG Novus Medicatus Bertling Gesellschaft fuer Molekular Medizin filed Critical November AG Novus Medicatus Bertling Gesellschaft fuer Molekular Medizin
Publication of EP1301789A1 publication Critical patent/EP1301789A1/en
Withdrawn legal-status Critical Current

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Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
    • G01N33/54366—Apparatus specially adapted for solid-phase testing
    • G01N33/54373—Apparatus specially adapted for solid-phase testing involving physiochemical end-point determination, e.g. wave-guides, FETS, gratings
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means

Definitions

  • the invention relates to a method and a device for identifying a first polymer sequence bound to a first phase reflecting electromagnetic waves.
  • An optical sensor is known from WO 98/48275 with which nucleic acids, proteins and their ligands can be detected.
  • An optical sensor is known from US Pat. No. 5,611,998 with which nanometric changes in distance of thin films can be converted into macroscopic optical signals.
  • the optical sensor e.g. immersed in a solution containing nucleic acid. After rinsing and drying the sensor, its optical properties can be determined. -
  • the method using the known sensor requires several steps; it is time consuming.
  • the object of the invention is to eliminate the disadvantages of the prior art.
  • a method and a device are to be specified with which biochemical molecules can be detected quickly and easily.
  • a method for identifying a first polymer sequence bound to a first phase reflecting electromagnetic waves is provided with the following steps: a) bringing the first polymer sequence into contact with an affine second polymer sequence which is bound directly or indirectly via metallic clusters to a solid second phase permeable to electromagnetic waves,
  • the biochemical molecule to be detected does not necessarily have to be in solution.
  • a solid such as a banknote, for marking purposes.
  • Light preferably generated by a fluorescent lamp, light-emitting diode (LED), a xenon or fluorescent tube or a LASER, is advantageously used as electromagnetic waves.
  • the properties of directly reflected or scattered light can be determined particularly easily.
  • the absorption in a predetermined spectrum can be measured before and / or after the first and the second polymer sequence have been brought into contact.
  • the spectral shift can also be measured when using monochromatic light as a change in the property.
  • the change in absorption and / or reflection over time during or after contacting and / or separating the first and second polymer sequences can be measured.
  • the change in property can be measured from several different angles of incidence. It is also conceivable to measure other changes in the properties of the reflected light. In particular, the choice of which change is recorded depends on the particular circumstances of the area of application.
  • the contacting of the first with the second polymer sequence is expediently carried out by pressing the first and second phases dry together.
  • the change in property is expediently detected as a function of the contact pressure.
  • a can also be brought into contact with the first polymer sequence at least one further polymer sequence bound directly or indirectly via the metallic clusters to the second phase. This makes it possible to carry out a plurality of identification reactions at the same time.
  • the first phase or the first substrate can be a metal foil, on which a, preferably inert, spacer layer is expediently applied.
  • the thickness of the spacer layer allows the absorption of certain wavelengths of light that can be observed when the phases are pressed together to be varied. Certain colors can be preset as a signal.
  • the spacer layer can be applied in the form of a pattern, preferably a bar code, to the first but also to the second phase.
  • the first and / or the second polymer sequence can also be applied to the first or second phase in the form of a pattern, preferably a bar code.
  • the provision of the proposed bar codes is suitable excellent for counterfeit-proof marking of banknotes, for example.
  • either the first phase can be firmly connected to the object to be marked and for detection the second polymer sequence applied to the second phase can be brought into contact with the first polymer sequence located on the first phase.
  • the first and / or second polymer sequence is advantageously DNA, RNA, protein, peptide, peptide nucleic acid (PNA), a structurally related oligomer or polymer formed from one or from different monomers coupled in a defined sequence, or a ligand thereof.
  • PNA peptide nucleic acid
  • a second phase permeable to electromagnetic waves has on one surface a second polymer sequence bound directly or indirectly via metallic clusters, so that the second polymer sequence matches the first polymer sequence can be brought into contact.
  • the device according to the invention is particularly suitable for use in security and detection technology; it allows quick and easy identification of the first polymer sequence. Rinsing and drying the device is not necessary to measure the optical properties of the electromagnetic waves used.
  • metallic clusters of noble metals such as Form silver, gold or platinum. Even metals with good conductivity and corrosion resistance such as Copper, aluminum, tin or indium are suitable. Chemically modified polymer sequences in particular bind particularly well to such metals.
  • Light preferably generated by a fluorescent lamp, light-emitting diode or a LASER, can be used as electromagnetic waves.
  • the second phase is made of a material with high surface smoothness e.g. Glass or made of a flexible, smooth plastic film.
  • a device for determining the optical properties of the reflected light can be provided as a further component of the device.
  • the absorption can be measurable in a predetermined spectrum before and / or after the first and the second polymer sequence have been brought into contact.
  • the spectral shift of the reflected light can be measured by means of the device.
  • the optical property is expedient by means of the device. measurable from several different angles of incidence.
  • the first and / or second polymer sequence can be DNA, RNA,
  • ss-DNA, ss-RNA or synthetic analogues thereof can also be used as the polymer sequence.
  • polymer sequences from the same monomers, so-called homopolymers can be used.
  • Fig. 2 shows the device of FIG. 1 in the non-affine interacting case
  • Fig. 3 shows the device of FIG. 1 in the affine interacting case.
  • a single-stranded DNA 4 is bound to a metal foil 5 as the first polymer sequence.
  • the metal foil 5 can in turn be attached to banknotes or chip cards for marking purposes (not shown here).
  • the second solid phase can be made, for example, from a glass carrier 1. On a surface of the glass carrier 1 there are metallic clusters 2, e.g. Gold cluster. Another single-stranded DNA 3 is bound to the cluster 2 as the second polymer sequence.
  • the DNA 4 is not complementary to the further DNA 3. There is no affine interaction (called in the case of DNA hybridization). A first distance di is established between the layer formed by the clusters 2 and the metal foil 5.
  • the DNA 4 is complementary to the further DNA 3.
  • the DNA 4 and the further DNA 3 hybridize.
  • a laser beam (not shown here) incident through the glass carrier 1 is reflected on the layer formed by the clusters 2.
  • the properties of the reflected light depend on the distance di, d 2 of the layer formed by the clusters 2 from the metal foil 5. For example, the absorption changes. By measuring the absorption, it can easily be determined whether there is a specific interaction (in particular hybridization) or not. This enables the identification of the first polymer sequence.
  • a glass substrate is, for example, vapor-deposited with gold.
  • the DNA e.g. Oligonucleotides are provided with a thiol group at their 5-end.
  • the gold-coated glass surface is immersed in a solution containing the aforementioned oligonucleotides.
  • the oligonucleotides attach to the gold clusters via a stable thiol bond.
  • the sample designated by reference numerals 4 and 5 is produced in an analogous manner.
  • the spacer layers can be applied in the form of a line pattern or another pattern.

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Abstract

The invention relates to a method for identifying a first polymer sequence (4) bound to a first phase (5) that reflects electromagnetic waves. The inventive method includes the following steps: a) bringing the first polymer sequence (4) into contact with an affine second polymer sequence (3), which is directly or indirectly bound, via metallic clusters (2), to a solid second phase (1) that is permeable to electromagnetic waves; b) radiating electromagnetic waves through the second phase (1), and; c) detecting the alteration of the properties of the reflected electromagnetic waves.

Description

Verfahren und Vorrichtung zur Identifizierung einer PolymersequenzMethod and device for identifying a polymer sequence
Die Erfindung betrifft ein Verfahren und eine Vorrichtung zur Identifizierung einer an einer elektromagnetische Wellen reflektierenden ersten Phase gebundenen ersten Polymersequenz .The invention relates to a method and a device for identifying a first polymer sequence bound to a first phase reflecting electromagnetic waves.
Aus der WO 98/48275 ist ein optischer Sensor bekannt, mit dem Nukleinsäuren, Proteine und deren Liganden erfaßt werden können. Aus der US 5,611,998 ist ein optischer Sensor bekannt, mit dem nanometrische Abstandsänderungen von Dünnfilmen in makroskopische optische Signale umgewandelt werden können.An optical sensor is known from WO 98/48275 with which nucleic acids, proteins and their ligands can be detected. An optical sensor is known from US Pat. No. 5,611,998 with which nanometric changes in distance of thin films can be converted into macroscopic optical signals.
Zum Nachweis wird der optische Sensor z.B. in eine nukleinsäureenthaltende Lösung getaucht. Nach Spülen und Trocknen des Sensors kann dessen optische Eigenschaft ermittelt werden. - Das Verfahren unter Verwendung des bekannten- Sensors erfordert mehrere Schritte; es ist zeitaufwendig.For verification, the optical sensor e.g. immersed in a solution containing nucleic acid. After rinsing and drying the sensor, its optical properties can be determined. - The method using the known sensor requires several steps; it is time consuming.
Aufgabe der Erfindung ist es, die Nachteile des Stands der Technik zu beseitigen. Es sollen insbesondere ein Verfahren und- eine Vorrichtung angegeben werden, mit denen biochemische Moleküle schnell und einfach nachgewiesen werden können.The object of the invention is to eliminate the disadvantages of the prior art. In particular, a method and a device are to be specified with which biochemical molecules can be detected quickly and easily.
Diese Aufgabe wird durch die Merkmale der Ansprüche 1 und 17 gelöst. Zweckmäßige Weiterbildungen der Erfindung ergeben sich aus den Merkmalen der Ansprüche 2 bis 16 und 18 bis 26.This object is solved by the features of claims 1 and 17. Advantageous developments of the invention result from the features of claims 2 to 16 and 18 to 26.
Nach Maßgabe der Erfindung ist ein Verfahren zur Identifizierung einer an einer elektromagnetische Wellen reflektierenden ersten Phase gebundenen ersten Polymersequenz mit folgenden Schritten vorgesehen: a) Inkontaktbringen der ersten Polymersequenz mit einer dazu affinen zweiten Polymersequenz, die direkt oder indirekt über metallische Cluster an eine feste für elektromagnetische Wellen durchlässige zweite Phase gebunden ist,According to the invention, a method for identifying a first polymer sequence bound to a first phase reflecting electromagnetic waves is provided with the following steps: a) bringing the first polymer sequence into contact with an affine second polymer sequence which is bound directly or indirectly via metallic clusters to a solid second phase permeable to electromagnetic waves,
b) Durchstrahlen der zweiten Phase mit elektromagnetischen Wellen undb) irradiating the second phase with electromagnetic waves and
c) Erfassen der Änderung der Eigenschaften der reflektierten elektromagnetischen Wellen.c) Detecting the change in the properties of the reflected electromagnetic waves.
Nach dem erfindungsgemäßen Verfahren muß das nachzuweisende biochemische Molekül nicht unbedingt in Lösung vorliegen. Es kann z.B. auch zu Markierungszwecken an einen Festkörper, wie eine Banknote, gebunden sein. Durch einfaches Inkontaktbringen der zweiten für elektromagnetische Wellen durchlässigen Phase und Messung der optischen Eigenschaften des reflektierten Lichts kann sofort ermittelt werden, ob das nachzuweisende Biomolekül an der ersten festen Phase gebunden ist. Das Verfahren ist schnell und einfach durchführbar.According to the method according to the invention, the biochemical molecule to be detected does not necessarily have to be in solution. For example, also be bound to a solid, such as a banknote, for marking purposes. By simply bringing the second phase, which is permeable to electromagnetic waves, into contact and measuring the optical properties of the reflected light, it can be determined immediately whether the biomolecule to be detected is bound to the first solid phase. The process can be carried out quickly and easily.
Vorteilhafterweise werden als elektromagnetische Wellen Licht, vorzugsweise erzeugt durch eine Fluo.reszenzlampe, Leuchtdiode (LED) , eine Xenon- oder Leuchtstoffröhre oder ein LASER, verwendet. Die Eigenschaften von direkt reflektiertem oder gestreutem Licht können besonders einfach ermittelt werden .Light, preferably generated by a fluorescent lamp, light-emitting diode (LED), a xenon or fluorescent tube or a LASER, is advantageously used as electromagnetic waves. The properties of directly reflected or scattered light can be determined particularly easily.
Als Änderung der Eigenschaft kann die Absorption in einem vorgegebenen Spektrum vor und/oder nach dem Inkontaktbringen der ersten und der zweiten Polymersequenz gemessen werden. Ferner kann auch bei Verwendung von monochromatischem Licht als Änderung der Eigenschaft die spektrale Verschiebung gemessen werden. Außerdem kann als Änderung der Eigenschaft die zeitliche Änderung der Absorption und/oder Reflexion beim oder nach dem Inkontaktbringen und/oder Trennen der ersten und zweiten Polymersequenz gemessen werden. Die Änderung der Eigenschaft kann unter mehreren voneinander verschiedenen Einfallswinkeln gemessen werden. Es ist denkbar auch andere Änderungen der Eigenschaften des reflektierten Lichts zu messen. Insbesondere richtet sich die Wahl, welche Änderung erfaßt wird, nach den jeweiligen Gegebenheiten des Einsatzbereichs.As a change in the property, the absorption in a predetermined spectrum can be measured before and / or after the first and the second polymer sequence have been brought into contact. Furthermore, the spectral shift can also be measured when using monochromatic light as a change in the property. In addition, as a change in the property, the change in absorption and / or reflection over time during or after contacting and / or separating the first and second polymer sequences can be measured. The change in property can be measured from several different angles of incidence. It is also conceivable to measure other changes in the properties of the reflected light. In particular, the choice of which change is recorded depends on the particular circumstances of the area of application.
Zweckmäßigerweise wird das Inkontaktbringen der ersten mit der zweiten Polymersequenz durch trockenes Aufeinander pressen der ersten und der zweiten Phase vorgenommen. Die Änderung der Eigenschaft wird zweckmäßigerweise in Abhängigkeit des Anpreßdrucks erfaßt.The contacting of the first with the second polymer sequence is expediently carried out by pressing the first and second phases dry together. The change in property is expediently detected as a function of the contact pressure.
Beim Schritt lit. a kann auch mindestens eine weitere direkt oder indirekt über die metallischen Cluster an die zweite Phase gebundene Polymersequenz mit der ersten Polymersequenz in Kontakt gebracht werden. Das ermöglicht es, gleichzeitig eine Mehrzahl an Identifizierungsreaktionen durchzuführen.At step lit. a can also be brought into contact with the first polymer sequence at least one further polymer sequence bound directly or indirectly via the metallic clusters to the second phase. This makes it possible to carry out a plurality of identification reactions at the same time.
Die erste Phase bzw. das erste Substrat kann eine Metallfolie sein, auf der zweckmäßigerweise eine, vorzugsweise inerte, Abstandsschicht aufgebracht ist. Durch die Dicke der AbStandsschicht kann die beim Aufeinanderpressen der Phasen beobachtbare Absorption bestimmter Lichtwellenlängen variiert werden. Es können so als Signal bestimmte Farben voreingestellt werden.The first phase or the first substrate can be a metal foil, on which a, preferably inert, spacer layer is expediently applied. The thickness of the spacer layer allows the absorption of certain wavelengths of light that can be observed when the phases are pressed together to be varied. Certain colors can be preset as a signal.
Die Abstandsschicht kann in Form eines Musters, vorzugsweise eines Strichcodes auf die erste aber auch auf die zweite Phase aufgebracht sein. Auch die erste und/oder die zweite Polymersequenz können in Form eines Musters, vorzugsweise eines Strichcodes auf die erste bzw. zweite Phase aufgebracht sein. Das Vorsehen der vorgeschlagenen Strichcodes eignet sich hervorragend zur fälschungssicheren Markierung z.B. von Banknoten.The spacer layer can be applied in the form of a pattern, preferably a bar code, to the first but also to the second phase. The first and / or the second polymer sequence can also be applied to the first or second phase in the form of a pattern, preferably a bar code. The provision of the proposed bar codes is suitable excellent for counterfeit-proof marking of banknotes, for example.
Zur Markierung kann entweder .die erste Phase fest mit dem zu markierenden Gegenstand verbunden und zur Detektion die auf der zweiten Phase aufgebrachte zweite Polymersequenz mit der auf der ersten Phase befindlichen ersten Polymersequenz in Kontakt gebracht werden. Es ist aber auch möglich zur Markierung die zweite Phase fest mit dem zu markierenden Gegenstand zu verbinden und zur Detektion die auf der ersten Phase aufgebrachte erste Polymersequenz mit der auf der zweiten Phase befindlichen zweiten Polymersequenz in Kontakt zu bringen.For marking, either the first phase can be firmly connected to the object to be marked and for detection the second polymer sequence applied to the second phase can be brought into contact with the first polymer sequence located on the first phase. However, it is also possible to firmly connect the second phase to the object to be marked for marking and to bring the first polymer sequence applied to the first phase into contact with the second polymer sequence located on the second phase for detection.
Als erste und/oder zweite Polymersequenz wird zweckmäßigerweise DNA, RNA, Protein, Peptid, Peptidnukleinsäure (PNA) , ein strukturell verwandtes aus einem oder aus unterschiedlichen in definierter Sequenz gekoppelten Monomeren gebildetes Oligo- bzw. Polymer oder ein Ligand davon verwendet. Grundsätzlich eignen sich alle biochemischen Moleküle mit selektiven biorekognitiven Eigenschaften.The first and / or second polymer sequence is advantageously DNA, RNA, protein, peptide, peptide nucleic acid (PNA), a structurally related oligomer or polymer formed from one or from different monomers coupled in a defined sequence, or a ligand thereof. Basically, all biochemical molecules with selective biorecognitive properties are suitable.
Erfindungsgemäß ist bei einer Vorrichtung zur Identifizierung einer an einer elektromagnetische Wellen reflektierenden ersten Phase gebundenen ersten Polymersequenz vorgesehen, daß eine zweite für elektromagnetische Wellen durchlässige Phase an einer Oberfläche eine direkt oder indirekt über metallische Cluster gebundene zweite Polymersequenz aufweist, so daß die zweite Polymersequenz mit der ersten Polymersequenz in Kontakt bringbar ist.According to the invention, in a device for identifying a first polymer sequence bound to an electromagnetic wave reflecting first phase, it is provided that a second phase permeable to electromagnetic waves has on one surface a second polymer sequence bound directly or indirectly via metallic clusters, so that the second polymer sequence matches the first polymer sequence can be brought into contact.
Die erfindungsgemäße Vorrichtung eignet sich insbesondere zum Einsatz in der Sicherheits- und Erkennungstechnik; sie erlaubt eine schnelle und einfache Identifizierung der ersten Polymersequenz . Ein Spülen und Trocknen der Vorrichtung ist zur Messung der optischen Eigenschaften der verwendeten elektromagnetischen Wellen nicht erforderlich.The device according to the invention is particularly suitable for use in security and detection technology; it allows quick and easy identification of the first polymer sequence. Rinsing and drying the device is not necessary to measure the optical properties of the electromagnetic waves used.
Es hat sich als zweckmäßig erwiesen, die metallischen Cluster aus edlen Metallen wie z.B. Silber, Gold oder Platin zu bilden. Auch Metalle mit guter Leitfähigkeit und Korrosionsfestigkeit wie z.B. Kupfer, Aluminium, Zinn oder Indium, sind geeignet. An solche Metalle binden insbesondere chemisch modifizierte Polymersequenzen besonders gut.It has proven to be expedient to use the metallic clusters of noble metals such as Form silver, gold or platinum. Even metals with good conductivity and corrosion resistance such as Copper, aluminum, tin or indium are suitable. Chemically modified polymer sequences in particular bind particularly well to such metals.
Als elektromagnetische Wellen kann Licht, vorzugsweise erzeugt durch eine Fluoreszenzlampe, Leuchtdiode oder einen LASER, verwendet werden. Vorteilhafterweise ist die zweite Phase aus einem Material mit hoher Oberflächenglätte z.B. Glas oder aus einer flexiblen, glatten Kunststofffolie hergestellt .Light, preferably generated by a fluorescent lamp, light-emitting diode or a LASER, can be used as electromagnetic waves. Advantageously, the second phase is made of a material with high surface smoothness e.g. Glass or made of a flexible, smooth plastic film.
Als weiterer Bestandteil der Vorrichtung kann eine Einrichtung • zur Bestimmung der optischen Eigenschaften des reflektierten Lichts vorgesehen sein. Mittels der Einrichtung kann die Absorption in einem vorgegebenen Spektrum vor und/oder nach dem Inkontaktbringen der ersten und der zweiten Polymersequenz meßbar sein. Ferner kann mittels der Einrichtung die spektrale Verschiebung des reflektierten Lichts meßbar sein. Zweckmäßigerweise ist mittels der Einrichtung die optische Eigenschaft . unter mehreren voneinander verschiedenen Einfallswinkeln meßbar.A device for determining the optical properties of the reflected light can be provided as a further component of the device. By means of the device, the absorption can be measurable in a predetermined spectrum before and / or after the first and the second polymer sequence have been brought into contact. Furthermore, the spectral shift of the reflected light can be measured by means of the device. The optical property is expedient by means of the device. measurable from several different angles of incidence.
Die erste und/oder zweite Polymersequenz kann DNA, RNA,The first and / or second polymer sequence can be DNA, RNA,
Protein, Peptid, Peptidnukleinsäure, ein strukturell verwandtes aus unterschiedlichen Monomeren in definierter Sequenz gekoppeltes Oligo- bzw. Polymer oder ein Ligand davon sein. Als Polymersequenz können aber auch ss-DNA, ss-RNA oder synthetische Analoga davon verwendet werden. Darüber hinaus können Polymersequenzen aus gleichen Monomeren, sogenannte Homopolymere, verwendet werden.Protein, peptide, peptide nucleic acid, a structurally related oligomer or polymer coupled from different monomers in a defined sequence, or a ligand thereof. However, ss-DNA, ss-RNA or synthetic analogues thereof can also be used as the polymer sequence. In addition, polymer sequences from the same monomers, so-called homopolymers, can be used.
Nachfolgend wird die Erfindung anhand der Zeichnung näher erläutert. Es zeigen:The invention is explained in more detail below with reference to the drawing. Show it:
Fig. 1 eine schematische Ansicht der Vorrichtung,1 is a schematic view of the device,
Fig. 2 die Vorrichtung nach Fig. 1 im nicht affin wechselwirkenden Fall undFig. 2 shows the device of FIG. 1 in the non-affine interacting case and
Fig. 3 die Vorrichtung nach Fig. 1 im affin wechselwirkenden Fall .Fig. 3 shows the device of FIG. 1 in the affine interacting case.
In den Fig. 1 - 3 ist als erste Polymersequenz eine einzelsträngige DNA 4 an eine Metallfolie 5 gebunden. Die Metallfolie 5 kann wiederum beispielsweise zu Markierungszwecken an Banknoten oder Chipkarten angebracht sein (hier nicht dargestellt) . Die zweite feste Phase kann beispielsweise aus einem Glasträger 1 hergestellt sein. Auf einer Oberfläche des Glasträgers 1 befinden sich metallische Cluster 2, z.B. Goldcluster. An die Cluster 2 ist als zweite Polymersequenz eine weitere einzelsträngige DNA 3 gebunden.1-3, a single-stranded DNA 4 is bound to a metal foil 5 as the first polymer sequence. The metal foil 5 can in turn be attached to banknotes or chip cards for marking purposes (not shown here). The second solid phase can be made, for example, from a glass carrier 1. On a surface of the glass carrier 1 there are metallic clusters 2, e.g. Gold cluster. Another single-stranded DNA 3 is bound to the cluster 2 as the second polymer sequence.
Sofern die DNA 4 und die weitere DNA 3 in Kontakt gebracht werden, sind zwei Fälle zu unterscheiden:If the DNA 4 and the other DNA 3 are brought into contact, two cases can be distinguished:
Im ersten in Fig. 2 gezeigten Fall ist die DNA 4 nicht komplementär zur weiteren DNA 3. Es findet keine affine Wechselwirkung (in Fall von DNA Hybridisierung genannt) statt . Zwischen der durch die Cluster 2 gebildeten Schicht und der Metallfolie 5 stellt sich ein erster Abstand di ein.In the first case shown in FIG. 2, the DNA 4 is not complementary to the further DNA 3. There is no affine interaction (called in the case of DNA hybridization). A first distance di is established between the layer formed by the clusters 2 and the metal foil 5.
Im zweiten in Fig. 3 gezeigten Fall ist die DNA 4 komplementär zur weiteren DNA 3. Die DNA 4 und die weitere DNA 3 hybridisieren. Es stellt sich ein kleinerer zweiter Abstand d2 zwischen der durch die Cluster 2 gebildeten Schicht und der Metallfolie 5 ein.In the second case shown in FIG. 3, the DNA 4 is complementary to the further DNA 3. The DNA 4 and the further DNA 3 hybridize. There is a smaller second distance d 2 between the layer formed by the clusters 2 and the metal foil 5.
Ein durch den Glasträger 1 einfallender Laserstrahl (hier nicht dargestellt) wird an der durch die Cluster 2 gebildeten Schicht reflektiert. Die Eigenschaften des reflektierten Lichts hängen vom Abstand di, d2 der durch die Cluster 2 gebildeten Schicht von der Metallfolie 5 ab. So ändert sich beispielsweise die Absorption. Durch Messung der Absorption kann auf einfache Weise ermittelt werden, ob eine spezifische Interaktion (insbesondere Hybridisierung) vorliegt oder nicht. Das ermöglicht die Identifizierung der ersten Polymersequenz .A laser beam (not shown here) incident through the glass carrier 1 is reflected on the layer formed by the clusters 2. The properties of the reflected light depend on the distance di, d 2 of the layer formed by the clusters 2 from the metal foil 5. For example, the absorption changes. By measuring the absorption, it can easily be determined whether there is a specific interaction (in particular hybridization) or not. This enables the identification of the first polymer sequence.
Zur Herstellung der mit den Bezugszeichen 1 - 3 bezeichneten optischen Sonde wird ein Glassubstrat mit Gold beispielsweise bedampft. Die DNA, z.B. Oligonukleotide, werden an ihrem 5- Ende mit einer Thiolgruppe versehen. Die mit Gold bedampfte Glasoberfläche wird in eine die vorgenannten Oligonukleotide enthaltende Lösung getaucht. Dabei lagern sich die Oligonukleotide über eine stabile Thiolbindung an die Goldcluster an.To manufacture the optical probe designated by the reference numerals 1-3, a glass substrate is, for example, vapor-deposited with gold. The DNA, e.g. Oligonucleotides are provided with a thiol group at their 5-end. The gold-coated glass surface is immersed in a solution containing the aforementioned oligonucleotides. The oligonucleotides attach to the gold clusters via a stable thiol bond.
Die mit den Bezugszeichen 4 und 5 bezeichnete Probe wird auf eine analoge Weise hergestellt.The sample designated by reference numerals 4 and 5 is produced in an analogous manner.
Im Hinblick auf weitere Einzelheiten, insbesondere die Größe der Cluster sowie die Abstandsparameter, wird auf die WO 98/48275 verwiesen, deren Offenbarungsgehalt hiermit einbezogen wird. Insbesondere wird auch auf die US 5,611,998 verwiesen, in der die Änderung der spektralen Eigenschaften in Abhängigkeit von den Abständen dx bzw. d2 beschrieben wird, deren Offenbarungsgehalt hiermit einbezogen wird. Zusätzliche Sicherheit und/oder verbesserte Signalqualität kann darüber hinaus auch dadurch erreicht werden, dass dieselben oder weitere Identifizierungsreaktionen auf einer Metallfolie, welche mit verschieden dicken inerten Abstandsschichten bedeckt ist, durchgeführt werden.With regard to further details, in particular the size of the clusters and the distance parameters, reference is made to WO 98/48275, the disclosure content of which is hereby incorporated. In particular, reference is also made to US Pat. No. 5,611,998, which describes the change in the spectral properties as a function of the distances d x or d 2 , the disclosure content of which is hereby incorporated. Additional security and / or improved signal quality can also be achieved in that the same or further identification reactions are carried out on a metal foil which is covered with inert layers of different thickness.
Dadurch können die Identifizierungsreaktionen bei unterschiedlichen Wellenlängen ausgelesen werden. Die Abstandsschichten können dabei in Form eines Strichmusters oder eines anderen Musters aufgebracht sein. As a result, the identification reactions at different wavelengths can be read out. The spacer layers can be applied in the form of a line pattern or another pattern.

Claims

Patentansprüche claims
1. Verfahren zur Identifizierung einer an einer elektromagnetische Wellen reflektierenden ersten Phase (5) gebundenen ersten Polymersequenz (4) mit folgenden Schritten:1. A method for identifying a first polymer sequence (4) bound to an electromagnetic wave reflecting first phase (5) with the following steps:
a) Inkontaktbringen der ersten Polymersequenz (4) mit einer dazu affinen zweiten Polymersequenz (3) , die direkt oder indirekt über metallische Cluster (2) an eine feste für elektromagnetische Wellen durchlässige zweite Phase (1) gebundenen ist,a) bringing the first polymer sequence (4) into contact with an affine second polymer sequence (3) which is bound directly or indirectly via metallic clusters (2) to a solid second phase (1) which is permeable to electromagnetic waves,
b) Durchstrahlen der zweiten Phase (1) mit elektromagnetischen Wellen undb) irradiating the second phase (1) with electromagnetic waves and
c) Erfassen der Änderung der Eigenschaften der reflektierten elektromagnetischen Wellen.c) Detecting the change in the properties of the reflected electromagnetic waves.
2. Verfahren nach Anspruch 1, wobei als elektromagnetische Wellen Licht, vorzugsweise erzeugt durch eine Fluoreszenzlampe, Xenonlampe, Leuchtstoffröhre, Leuchtdiode oder einen LASER, verwendet wird.2. The method according to claim 1, wherein light, preferably generated by a fluorescent lamp, xenon lamp, fluorescent tube, light-emitting diode or a LASER, is used as the electromagnetic waves.
3. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei3. The method according to any one of the preceding claims, wherein
* als Änderung der Eigenschaft die Absorption in einem vorgegebenen Spektrum vor und/oder nach dem * As a change in property, the absorption in a given spectrum before and / or after
Inkontaktbringen der ersten (4) und der zweitenBringing the first (4) and the second into contact
Polymersequenz (3) gemessen wird.Polymer sequence (3) is measured.
4. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche , wobei bei Verwendung von monochromatischem Licht als Änderung die spektrale Verschiebung gemessen wird.4. The method according to any one of the preceding claims, wherein the spectral shift is measured when using monochromatic light as a change.
5. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei als Änderung der Eigenschaft die zeitliche Änderung der Absorption und/oder Reflexion beim oder nach dem Inkontaktbringen und/oder Trennen der ersten (4) und zweiten Polymersequenz (3) gemessen wird.5. The method according to any one of the preceding claims, wherein as a change in the property, the change over time Absorbance and / or reflection during or after contacting and / or separating the first (4) and second polymer sequence (3) is measured.
6. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Änderung der Eigenschaft unter mehreren voneinander verschiedenen Einfallswinkeln gemessen wird.6. The method according to any one of the preceding claims, wherein the change in property is measured at several different angles of incidence.
7. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei das Inkontaktbringen durch trockenes Aufeinanderpressen vorgenommen wird.7. The method according to any one of the preceding claims, wherein the contacting is carried out by dry pressing together.
8. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Änderung der Eigenschaft in Abhängigkeit des Anpreßdrucks erfaßt wird.8. The method according to any one of the preceding claims, wherein the change in the property is detected as a function of the contact pressure.
9. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei beim Schritt lit. a mindestens eine weitere direkt oder indirekt über die metallischen Cluster (2) an die zweite Phase (1) gebundene Polymersequenz mit der ersten9. The method according to any one of the preceding claims, wherein in step lit. a at least one further polymer sequence bound directly or indirectly via the metallic clusters (2) to the second phase (1) with the first
Polymersequenz (4) in Kontakt gebracht wird.Polymer sequence (4) is brought into contact.
10. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei ,die erste Phase (5) eine Metallfolie ist.10. The method according to any one of the preceding claims, wherein, the first phase (5) is a metal foil.
11.- Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei auf der Metallfolie eine, vorzugsweise inerte, Abstandsschicht aufgebracht ist .11.- Method according to one of the preceding claims, wherein a, preferably inert, spacer layer is applied to the metal foil.
12. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Abstandsschicht in Form eines Musters, vorzugsweise eines Strichcodes, auf die erste (5) bzw. zweite Phase (1) aufgebracht ist/sind.12. The method according to any one of the preceding claims, wherein the spacer layer in the form of a pattern, preferably a bar code, is / are applied to the first (5) or second phase (1).
13. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei die erste (4) und/oder die zweite Polymersequenz (3) in Form eines Musters, vorzugsweise eines Strichcodes, auf die erste (5) bzw. zweite Phase (1) aufgebracht ist/sind.13. The method according to any one of the preceding claims, wherein the first (4) and / or the second polymer sequence (3) in Form of a pattern, preferably a bar code, on which the first (5) or second phase (1) is / are applied.
14. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei zur Markierung die erste Phase (5) fest mit dem zu markierenden Gegenstand verbunden und zur Detektion die auf der zweiten Phase (1) aufgebrachte zweite Polymersequenz (3) mit der auf der ersten Phase (5) befindlichen ersten Polymersequenz (4) in Kontakt gebracht wird.14. The method according to any one of the preceding claims, wherein for marking the first phase (5) firmly connected to the object to be marked and for detection the second polymer sequence (3) applied to the second phase (3) with that on the first phase (5 ) located first polymer sequence (4) is brought into contact.
15. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei zur Markierung die zweite Phase fest mit dem zu markierenden Gegenstand verbunden und zur Detektion die auf der ersten Phase (5) aufgebrachte erste Polymersequenz (4) mit der auf die auf der zweiten Phase (1) befindlichen zweiten Polymersequenz (3) in Kontakt gebracht wird.15. The method according to any one of the preceding claims, wherein for marking the second phase is firmly connected to the object to be marked and for detection the first polymer sequence (4) applied to the first phase (5) with that to the second phase (1) located second polymer sequence (3) is brought into contact.
16. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei als erste (4) und/oder zweite Polymersequenz (3) DNA,16. The method according to any one of the preceding claims, wherein as the first (4) and / or second polymer sequence (3) DNA,
RNA, Protein, Peptide, Peptidnukleinsäure (PNA) , ein strukturell verwandtes aus einem oder ausRNA, protein, peptides, peptide nucleic acid (PNA), a structurally related one from or out
/ nterschiedlichen in definierter Sequenz gekoppelten Monomeren gebildetes Oligo- bzw. Polymer oder ein LigandDifferent oligomers or polymers or a ligand formed in a defined sequence
' davon verwendet wird/werden.'of which will be used.
17. Vorrichtung zur Identifizierung einer an einer elektromagnetische Wellen reflektierenden ersten Phase (5) gebundenen ersten Polymersequenz (4) , dadurch gekennzeichnet, daß eine zweite für elektromagnetische Wellen durchlässige Phase (1) an einer Oberfläche eine direkt oder indirekt über metallische Cluster (2) gebundene zweite Polymersequenz (3) aufweist, so daß die zweite Polymersequenz (3) mit der ersten Polymersequenz (4) in Kontakt bringbar ist. 17. Device for identifying a first polymer sequence (4) bound to an electromagnetic wave reflecting first phase (5), characterized in that a second phase (1) which is permeable to electromagnetic waves has a surface directly or indirectly via metallic clusters (2). has bound second polymer sequence (3) so that the second polymer sequence (3) can be brought into contact with the first polymer sequence (4).
18. Vorrichtung nach Anspruch 17, wobei die metallischen Cluster (2) aus Silber, Gold, Platin, Aluminium, Kupfer, Zinn oder Indium gebildet sind.18. The apparatus of claim 17, wherein the metallic clusters (2) are formed from silver, gold, platinum, aluminum, copper, tin or indium.
19. Vorrichtung nach Anspruch 17 oder 18, wobei als elektromagnetische Wellen Licht, vorzugsweise erzeugt durch eine Fluoreszenzlampe, Xenonlampe, Leuchtstoffröhre, Leuchtdiode oder LASER, verwendet wird.19. The apparatus of claim 17 or 18, wherein light, preferably generated by a fluorescent lamp, xenon lamp, fluorescent tube, light-emitting diode or LASER, is used as electromagnetic waves.
20. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 17 bis 19, wobei beide Phasen eine glatte Oberfläche aufweisen.20. Device according to one of claims 17 to 19, wherein both phases have a smooth surface.
21. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 17 bis 20, wobei eine Einrichtung zur Bestimmung der optischen Eigenschaft des reflektierten Lichts vorgesehen ist .21. Device according to one of claims 17 to 20, wherein a device for determining the optical property of the reflected light is provided.
22. Vorrichtung nach Anspruch 21, wobei mittels der Einrichtung die Absorption in einem vorgegebenen Spektralbereich vor und/oder nach dem Inkontaktbringen der ersten (4) und der zweiten Polymersequenz (3) meßbar ist.22. The apparatus of claim 21, wherein by means of the device, the absorption in a predetermined spectral range before and / or after contacting the first (4) and the second polymer sequence (3) can be measured.
23. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 21 oder 22, wobei .mittels der Einrichtung die spektrale Verschiebung des reflektierten Lichts meßbar ist.23. Device according to one of claims 21 or 22, wherein. The spectral shift of the reflected light can be measured by means of the device.
24. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 21 bis 23, wobei mittels der Einrichtung die optische Eigenschaft unter mehreren voneinander verschiedenen Einfallswinkeln meßbar ist.24. Device according to one of claims 21 to 23, wherein by means of the device the optical property can be measured at several different angles of incidence.
25. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 17 bis 24, wobei die erste (4) und/oder zweite Polymersequenz (3) DNA, RNA, Protein, Peptid, Peptidnukleinsäure (PNA) ein strukturell verwandtes aus einem oder aus unterschiedlichen in definierter Sequenz gekoppelten Monomeren gebildetes Oligo- bzw. Polymer oder ein Ligand davon ist.25. Device according to one of claims 17 to 24, wherein the first (4) and / or second polymer sequence (3) DNA, RNA, protein, peptide, peptide nucleic acid (PNA) a structurally related from one or from different in defined sequence coupled monomers formed oligomer or polymer or a ligand thereof.
26. Vorrichtung nach einem der Ansprüche 17 bis 25, wobei die erste (4) und/oder zweite Polymersequenz (3) ss-DNA, ss- RNA oder synthetische Analoga davon ist/sind. 26. Device according to one of claims 17 to 25, wherein the first (4) and / or second polymer sequence (3) is ss-DNA, ss-RNA or synthetic analogues thereof.
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